Мое решение:

Общая канва №184-ФЗ состоит в том, что субъект свободен в определении системы и структуры исполнительной власти, с учетом соблюдения общих принципов (например, разделения властей), но не частных принципов построения федеральной системы исполнительной власти (к коим относится и принцип функциональной структуры). Выстраивание единой системы исполнительной власти по вопросам совместного ведения не является тем условием, которое влечет построение функциональной структуры исполнительной власти во всех субъектах. Выстраивание единой системы – это определение функциональной, а не линейной подчиненности органов власти субъекта федеральным органам в рамках осуществления полномочий по совместным предметам ведения. Функциональная структура не означает совпадение характера функций и полномочий органов, находящихся в отношениях соподчиненности. В рамках осуществления одних функций орган власти субъекта может быть подчинен одному федеральному органу, в рамках осуществления других – другому. И это вполне соответствует функциональной схеме управления. Иное решение вопроса – это вторжение в предметы исключительного ведения субъекта – а именно, свободы создания системы и структуры органов власти в субъекте. Поскольку презюмируется осуществление этими органами исключительных предметов ведения субъекта, а не только совместных, то создание единой системы исполнительной власти нельзя признать всеобъемлющим принципом построения исполнительной власти на региональном уровне. Организационные сложности реализации совместных полномочий при их функциональном разделении между несколькими органами на уровне субъекта не является проблемой юридической. Формально закон закрепляет свободу субъекта в определении системы и структуры органов исполнительной власти.

Тем более, в соответствии со ст.5 184-ФЗ систему органов исполнительной власти субъекта определяет законодательный орган субъекта путем издания соответствующего закона. Поэтому прокурор, по сути требуя изменить систему, не правильно избрал адресат протеста. Устанавливая структуру, Губернатор ЛО осуществлял полномочие в рамках соблюдения требований закона. Соответственно, система, будучи установленной законом, должна отражаться и в структуре – иной вариант может вести к признанию акта Губернатора об утверждении структуры незаконным.

К сожалению, существует практический казус (Определение Верховного Суда Российской Федерации от 28 февраля 2003 года по делу N 56-Г03-3), в котором ВС решил, что принцип функционального разделения федеральных органов исполнительной власти на осуществляющие нормотворческие, контрольно-надзорные и хозяйственно-предоставительные функции является общим и должен отражаться в построении системы и структуры органов субъектов в рамках осуществления совместных предметов ведения, т.е. образования единой системы исполнительной власти. Подобное решение противоречит самой сути функциональной структуры с учетом федеративного устройства государства. То, что функции закреплены за одним или несколькими органами субъектов, не создает юридических препятствий для создания единой системы и руководства органами исполнительной власти субъектов со стороны федеральных органов. Федеральные органы могут осуществлять координацию и в части осуществления соответствующих функций в рамках общего предмета ведения.

Поскольку юридических препятствий для самостоятельного определения субъектом системы и структуры органов исполнительной власти отличной от системы и структуры федеральных органов исполнительной власти законодательство не предусматривает, то, исходя из представленных аргументов, протест прокурора удовлетворению не подлежит.