- •Содержание
- •Предисловие
- •Предисловие ко 2-му изданию
- •Введение
- •Этапы развития биотехнологии
- •Биотехнология сегодня
- •Биотехнологическое производство пищевых продуктов
- •Алкогольные напитки
- •Пивоварение
- •Ферментация в пищевой промышленности
- •Пищевые продукты и молочнокислое брожение
- •Этиловый спирт
- •1-Бутанол, ацетон
- •Уксусная кислота
- •Лимонная кислота
- •Молочная и глюконовая кислоты
- •Аминокислоты
- •L-Глутаминовая кислота
- •D,L-Метионин, L-лизин и L-треонин
- •Антибиотики
- •Антибиотики: источники, применение и механизмы действия
- •Антибиотики: получение. Устойчивость к антибиотикам
- •β-Лактамные антибиотики: промышленное получение
- •Гликопептидные, полиэфирные и нуклеозидные антибиотики
- •Аминогликозидные антибиотики
- •Тетрациклины, хиноны, хинолоны и другие ароматические антибиотики
- •Поликетидные антибиотики
- •Получение новых антибиотиков
- •Специальные продукты
- •Витамины
- •Нуклеозиды и нуклеотиды
- •Биодетергенты и биокосметика
- •Микробные полисахариды
- •Биоматериалы
- •Биотрансформация
- •Биотрансформация стероидов
- •Ферменты
- •Ферменты
- •Ферментативный катализ
- •Ферменты в клинических анализах
- •Тесты с помощью ферментов
- •Применение ферментов в промышленных технологиях
- •Ферменты в производстве моющих средств
- •Ферменты, расщепляющие крахмал
- •Ферментативное расщепление крахмала в промышленности
- •Ферментативное превращение сахаров
- •Утилизация целлюлозы и полиозы
- •Использование ферментов в целлюлозно-бумажной промышленности
- •Пектиназы
- •Ферменты в производстве молочных продуктов
- •Использование ферментов в хлебобулочной и мясоперерабатывающей промышленности
- •Ферменты в кожевенной и текстильной промышленности
- •Перспективы получения ферментов для промышленных технологий
- •Белковая инженерия
- •Пекарские и кормовые дрожжи
- •Пекарские и кормовые дрожжи
- •Белки и жиры из одноклеточных организмов
- •Аэробная очистка сточных вод
- •Анаэробная очистка сточных вод и переработка ила
- •Биологическая очистка газовых выбросов
- •Биологическая очистка почв
- •Микробиологическое выщелачивание руд и биокоррозия
- •Инсулин
- •Гормон роста и другие гормоны
- •Гемоглобин, сывороточный альбумин и лактоферрин
- •Факторы свертывания крови
- •Антикоагулянты и тромболитики
- •Ингибиторы ферментов
- •Иммунная система
- •Стволовые клетки
- •Тканевая инженерия
- •Интерфероны
- •Интерлейкины
- •Эритропоэтин и другие факторы роста
- •Другие белки, имеющие медицинское значение
- •Вакцины
- •Рекомбинантные вакцины
- •Антитела
- •Моноклональные антитела
- •Рекомбинантные и каталитические антитела
- •Методы иммуноанализа
- •Биосенсоры
- •Биотехнология в сельском хозяйстве
- •Животноводство
- •Перенос эмбрионов и клонирование животных
- •Картирование генов
- •Трансгенные животные
- •Генетическая ферма и ксенотрансплантация
- •Растениеводство
- •Культивирование растительных клеток: поверхностные культуры
- •Культивирование растительных клеток: суспензионные культуры
- •Трансгенные растения: методы получения
- •Трансгенные растения
- •Вирусы
- •Бактериофаги
- •Микроорганизмы
- •Бактерии
- •Некоторые бактерии, важные для биотехнологии
- •Грибы
- •Дрожжи
- •Усовершенствование штаммов микроорганизмов
- •Основы биотехнологических методов
- •Микроорганизмы: рост в искусственных условиях
- •Кинетика образования продуктов метаболизма и биомассы в культуре микроорганизмов
- •Технология ферментации
- •Промышленные процессы ферментации
- •Культивирование животных клеток
- •Биореакторы для культивирования животных клеток
- •Биореакторы с иммобилизованными ферментами и клетками
- •Очистка биотехнологических продуктов
- •Очистка биотехнологических продуктов: хроматографические методы
- •Экономические аспекты биотехнологического производства
- •Методы генетической инженерии
- •Структура ДНК
- •Функции ДНК
- •Эксперимент в генетической инженерии
- •Методы выделения ДНК
- •Ферменты, модифицирующие ДНК
- •ПЦР: лабораторная практика
- •ДНК: химический синтез и определение размера молекул
- •Секвенирование ДНК
- •Введение ДНК в живые клетки (трансформация)
- •Идентификация и клонирование генов
- •Экспрессия генов
- •Выключение генов
- •Геном прокариот
- •Геном эукариот
- •Геном человека
- •Функциональный анализ генома человека
- •ДНК-анализ
- •Белковые и ДНК-чипы
- •Маркерные группы
- •Тенденции развития
- •Генная терапия
- •Поиск биологически активных веществ
- •Протеомика
- •Обмен веществ
- •Метаболомика и метаболическая инженерия
- •Системная биология
- •«Белая» биотехнология
- •Сертификация биотехнологической продукции
- •Этические аспекты генетической инженерии
- •Патентование в биотехнологии
- •Биотехнология в разных странах
- •Биотехнология в разных странах
- •Литература
- •Источники иллюстраций
- •Указатель микроорганизмов
инженерии |
Маркерные группы |
||
ВВЕДЕНИЕ. Маркерные молекулы имеют важное зна- |
|||
|
|||
|
чение в фундаментальных исследованиях и приклад- |
||
генетической |
ной биотехнологии. Их используют: 1) при гисто- и |
||
цитохимическом изучении клеток; 2) при отборе не- |
|||
|
|||
|
обходимых клеток в клеточном анализаторе; 3) для |
||
|
визуализации комплексов, например, с ДНК или с |
||
|
антителами; 4) в генетической инженерии – при кло- |
||
|
нировании промоторов. Для мечения используют ра- |
||
|
диоактивные изотопы, флуорофоры, ферменты, ди- |
||
Методы |
гоксигениновую |
или биотин-стрептавидиновую |
|
систему, а в качестве генетических маркеров исполь- |
|||
|
|||
|
зуют гены β-галактозидазы, люциферазы или GFP |
||
|
(зеленого флуоресцентного белка). |
||
|
РАДИОАКТИВНОЕ |
МЕЧЕНИЕ. Для радиоиммуного |
|
|
анализа белки метят с помощью 131I или 35S, а де- |
||
|
тектирование осуществляют на сцинтилляционном |
||
|
счетчике. В генетической инженерии в ДНКили |
||
|
РНК-зонды вводят 32Р-фосфатные группы, используя |
||
|
ДНК-полимеразу I, фрагмент Клёнова или РНК-поли- |
||
|
меразу. Результаты гибридизации меченых фрагмен- |
||
|
тов наблюдают с помощью авторадиографа. Соблю- |
||
|
дение техники безопасности при работе с |
||
|
радиоактивными изотопами сопряжено с финансо- |
||
|
выми затратами. Несмотря на это, радиоактивное |
||
|
мечение чаще всего используется благодаря высокой |
||
|
чувствительности методов детекции. Поиск новых |
||
|
меток и подходящих быстрых методов детекции про- |
||
|
должается |
|
|
|
ФЛУОРОФОРЫ. Использование таких флуорофоров, |
||
|
как флуоресцеин или родамин, позволяет обнаружи- |
||
|
вать вещества в пикомолярных концентрациях. В ги- |
||
|
сто- и цитохимических исследованиях особенно ши- |
||
|
рокое применение находят меченные флуорофорами |
||
|
антитела. В клеточном анализаторе FACS за одну ми- |
||
|
нуту можно отделить до 1000 клеток, несущих флу- |
||
|
оресцентный маркер. Примером использования этого |
||
|
метода в клеточной биологии является разделение |
||
|
различных типов Т- и В-клеток, имеющих на своей |
||
|
поверхности специфические антитела. Другой при- |
||
|
мер применения флуорофоров – поиск в смеси бак- |
||
|
терий тех, чья 16S-рРНК гибридизуется со специфи- |
||
|
ческим меченым зондом (FISH). Флуоресцентными |
||
|
маркерами для ДНК являются SYBR-GreenTM и бро- |
||
|
мистый этидий. |
|
|
|
ФЕРМЕНТЫ. Преимущества ферментных меток об- |
||
|
условлены их мощной каталитической активностью, |
||
|
благодаря которой достигается высокая чувствитель- |
||
|
ность при многократном усилении сигнала. Это важ- |
||
|
но при проведении анализов. Часто в качестве мар- |
||
|
керов используются кислая фосфатаза и |
||
|
пероксидаза хрена. Реакции, катализируемые этими |
||
|
ферментами, можно изучать электрохимическими |
||
266 |
(биосенсоры), фотометрическим, а также особенно |
||
чувствительным хемилюминесцентным или флуорес- |
|||
центным методом. Эти методы имеют очень высокую чувствительность и позволяют определять концентрации веществ от пикодо аттомолей.
ДИГОКСИГЕНИН И СИСТЕМА БИОТИН/СТРЕПТАВИДИН.
Это так называемые непрямые маркеры – они присоединяются к другим, настоящим маркерным группам на биомолекуле. Стероид дигоксигенин присоединяется к нуклеотиду через гидроксильную группу и не препятствует гибридизации. Для выявления гибридизовавшегося зонда, меченного дигоксигенином, используют его способность с высокой аффинностью (10–9 М) связываться с антителами, которые несут метку.
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ. Встраивание в плазмиду генов, кодирующих маркерные группы, значительно облегчает отбор клонов, несущих такую ДНК-конст- рукцию. При так называемом «бело-голубом» скрининге используют ген β-галактозидазы. В последовательности гена находятся сайты для встраивания чужеродной ДНК. Если плазмида несет соответствующую вставку, синтез β-галактозидазы прекращается и ее субстрат 5-бром-4-хлор-3-индолил-β- D-галактопиранозид (X-Gal) в среде роста не гидролизуется, а значит, не образуется продукт синего цвета. Особенно просто доказать экспрессию зеленого флуоресцентного белка (GFP – green flourescent protein), ген которого выделен из медузы и кодирует образование флуоресцирующих белков, не требуя никаких дополнительных субстратов. Ген GFP часто применяется как метка, для того чтобы наблюдать функционирование промоторов, которые участвуют в экспрессии или регуляции генов. Для похожих целей можно использовать ген люциферазы, который, в отличие от GFP, нуждается в специфическом субстрате люциферине и АТФ (светляки) или деканале (фотобактерии).
Введение радиоактивной метки |
|
Проточная цитометрия с использованием |
||||
Введение 32P-dATP |
|
|
флуоресцентной метки (FACS*) |
|||
|
|
|
Электрод |
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
Фрагмент Клёнова |
|
|
Пьезо- |
||
|
|
|
преобразователь |
|||
|
+ 32P-dATP |
|
|
|
||
Липкий |
|
|
|
|
|
|
|
Меченые |
|
Кювета |
|
|
|
конец (EcoRI) |
|
|
|
|
||
концы |
|
|
|
Лазерный |
||
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
луч |
Гибридизация с радиоактивно меченными зондами |
|
|
|
|||
|
|
|
|
Заземление |
Меченые клетки |
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
Немеченые клетки |
|
Носитель |
Разделение |
|
|
Заряженные |
* FACS – метод |
|
|
|
пластины |
||||
с иммобили- |
хромосомы |
Зонд, |
|
сортировки клеток |
||
|
|
с флуоресцентной |
||||
зованными |
|
авторадио- |
|
меткой |
||
клетками |
|
графия |
|
|
|
|
Положение пятен |
|
|
Вакуум |
|
|
|
на авторадио- |
|
|
|
|
|
|
грамме указывает |
|
|
|
|
|
|
на локализацию |
|
|
|
|
|
|
исследуемого |
|
|
|
|
|
|
гена на хромосоме |
|
|
X/Y-столик |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Оптические методы наблюдения результатов гибридизации |
|
|
||||
Флуоресценция |
Хемилюминесценция |
Визуальное наблюдение |
||||
hν1 |
hν2 |
Диоксетан |
hν |
|
Индолилфосфат |
Индиго |
|
|
|
|
Щелочная фосфатаза |
|
|
Метка |
|
|
|
|
|
|
Антитело |
|
|
Сайт связывания |
|
Участок |
|
|
|
|
связывания |
|||
|
|
|
|
с ДНК через |
|
|
|
|
|
|
|
с антителом |
|
|
|
|
|
спейсер |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Дигоксигенин |
|
|
|
|
|
|
(гаптен) |
|
|
|
|
|
|
|
|
Спейсер |
|
|
|
|
|
|
Зонд |
|
|
Дигоксигенин |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Мишень (последовательность) |
|
|
||
Часто используемые метки |
|
|
|
|
|
|
|
Ген |
Субстрат |
Детектирование |
|
|
|
lacZ ': фрагмент гена |
5-Бром-4-хлор-3-индолил- |
Белый или голубой цвет |
|
|
|
β-галактозидазы |
β-D-Галактопиранозид (X-Gal) |
|
|
|
|
lux: люцифераза светляков |
Люциферин |
Люминесценция |
|
|
|
или фотобактерий |
|
|
|
|
|
GFP: зеленый флуоресцентный |
– |
Флуоресценция |
|
|
|
белок из медузы |
|
|
|
267 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
