Добавил:
Upload Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:
gene_expression.doc
Скачиваний:
387
Добавлен:
13.03.2016
Размер:
6.12 Mб
Скачать

Эффективность расщепления коротких последовательностей днк некоторыми распространенными рестриктазами

Рестриктаза

Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции

Длина цепи, нт

Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение

2 ч

20 ч

BamHI

CGGATCCG

CGGGATCCCG

CGCGGATCCCGC

8

10

12

10

>90

>90

25

>90

>90

BglII

CAGATCTG

GAAGATCTTC

GGAAGATCTTCC

8

10

12

0

75

25

0

>90

>90

ClaI

CATCGATT

GATCGATC

CCATCGATGG

CCCATCGATGGG

8

8

10

12

0

0

>90

50

0

0

>90

50

EcoRI

GGAATTCC

CGGAATTCCG

CCGGAATTCCGG

8

10

12

>90

>90

>90

>90

>90

>90

HindIII

CAAGCTTG

CCAAGCTTGG

CCCAAGCTTGGG

8

10

12

0

0

10

0

0

75

NheI

GGCTAGCC

CGGCTAGCCG

CTAGCTAGCTAG

8

10

12

0

10

10

0

25

50

PstI

GCTGCAGC

TGCACTGCAGTGCA

8

14

0

10

0

10

Таблица II.1 (окончание)

Рестриктаза

Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции

Длина цепи, нт

Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение

2 ч

20 ч

PvuI

CCGATCGG

ATCGATCGAT

TCGCGATCGCGA

8

10

12

0

10

0

0

25

10

SacI

CGAGCTCG

8

10

10

SacII

GCCGCGGC

TCCCCGCGGGGA

8

12

0

50

0

>90

SmaI

CCCGGG

CCCCGGGG

CCCCCGGGGG

TCCCCCGGGGGA

6

8

10

12

10

10

0

0

10

10

50

>90

SpeI

GACTAGTC

GGACTAGTCC

CGGACTAGTCCG

CTAGACTAGTCTAG

8

10

12

14

10

10

0

0

>90

>90

50

50

SphI

GGCATGCC

CATGCATGCATG

ACATGCATGCATGT

8

12

14

0

0

10

0

25

50

XbaI

CTCTAGAG

GCTCTAGAGC

TGCTCTAGAGCA

CTAGTCTAGACTAG

8

10

12

14

0

>90

75

75

0

>90

>90

>90

XhoI

CCTCGAGG

CCCTCGAGGG

CCGCTCGAGCGG

8

10

12

0

10

10

0

25

75

Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции.

ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например BclI, MboI или ClaI), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoRII, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях CMeCAGG и CMeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam- и dcm-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]