- •Предисловие
- •Глава 1. Аминокислоты и белки
- •1.1 Общая характеристика
- •1.2 Классификация аминокислот
- •1.3 Модификация аминокислот
- •1.4 Ионизация аминокислот
- •1.5 Пептидная связь
- •1.6 Пептиды и белки
- •1.7 Функции белков
- •1.8 Уровни структурной организации белков
- •А Первичная структура белка
- •Б Вторичная структура белка
- •В Третичная структура белка
- •Д Четвертичная структура белка
- •1.9 Глобулярные и фибриллярные белки
- •А Кератин
- •1.10 Простые и сложные белки
- •1.11 Денатурация и ренатурация белков
- •1.12 Методы работы с белками
- •А Очистка и выделение белка
- •Б Высаливание
- •В Диализ
- •Д Аналитические методы работы с белками
- •Термины
- •Вопросы к семинарскому занятию (1-я часть)
- •Вопросы к семинарскому занятию (2-я часть)
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- • Аминокислоты
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 2. Ферменты
- •2.1 Общая характеристика
- •2.2 Номенклатура ферментов
- •2.3 Свойства ферментов
- •2.4 Строение фермента
- •2.5 Специфичность ферментов
- •А Модель «ключ-замок»
- •Б Модель индуцированного соответствия
- •2.7 Термодинамика ферментативных реакций
- •2.8 Кинетика ферментативных реакций
- •А Вывод уравнения Михаэлиса-Ментен (по Бергу)
- •В Уравнение Лайнуивера-Берка
- •2.9 Механизмы ферментативного катализа
- •2.10 Влияние факторов среды на скорость протекания ферментативной реакции
- •А Концентрация субстрата
- •2.12 Мультисубстратные реакции
- •А Последовательный механизм
- •2.13 Ингибирование ферментов
- •Б Бесконкурентные ингибиторы
- •В Неконкурентные ингибиторы
- •2.14 Кооперативные взаимодействия внутри молекул ферментов
- •А Параллельная модель
- •2.15 Аллостерическая регуляция активности ферментов
- •2.16 Регуляция активности ферментов с помощью ковалентной модификации
- •2.17 Анти-, мульти- и изоферменты
- •2.18 Ферменты в медицине
- •А Энзимодиагностика
- •Термины
- •Вопросы к занятию (1-я часть)
- •Вопросы к занятию (2-я часть)
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 3. Нуклеиновые кислоты
- •3.1 Общая характеристика
- •3.2 Строение нуклеотида
- •3.3 Первичная структура ДНК
- •3.4 Вторичная структура ДНК
- •3.5 Денатурация и ренатурация ДНК
- •3.6 Третичная структура ДНК
- •3.7 Четвертичная структура ДНК
- •3.8 Виды РНК и их функции
- •3.9 Первичная структура РНК
- •3.10 Вторичная структура РНК
- •3.11 Третичная структура РНК
- •3.12 Четвертичная структура РНК
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 4. Репликация
- •4.1 Общая характеристика
- •4.2 Инициация репликации у прокариот
- •4.3 Элонгация репликации у прокариот
- •Б Механизм ферментативной реакции
- •4.4 Терминация репликации у прокариот
- •4.5 Репликация у эукариот
- •4.6 Проблемы репликации
- •Б Проблема высокой точности процесса
- •4.7 Плазмиды
- •В Типы плазмид
- •Д Механизмы репликации кольцевых плазмид
- •4.8 Репликация вирусов
- •Б Репликация генома РНК-вирусов
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 5. Транскрипция
- •5.1 Организация генетической информации
- •5.2 Общая характеристика транскрипции
- •5.3 Гипотеза Жакоба и Моно
- •5.4 Строение РНК-полимераз
- •5.5 Инициация транскрипции у прокариот
- •5.6 Элонгация транскрипции у прокариот
- •5.7 Терминация транскрипции у прокариот
- •5.8 Инициация транскрипции у эукариот
- •5.9 Элонгация транскрипции у эукариот
- •5.10 Терминация транскрипции у эукариот
- •А Кэпирование
- •Б Полиаденилирование
- •В Сплайсинг
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 6. Трансляция
- •6.1 Общая характеристика
- •6.2 Свойства генетического кода
- •6.3 Основные этапы биосинтеза белка
- •А Этап 1. Активация аминокислот
- •Д Этап 5. Фолдинг и посттрансляционная модификация
- •6.4 Рибосомы
- •6.5 Инициация у прокариот
- •6.6 Инициация у эукариот
- •6.7 Элонгация у прокариот
- •6.8 Элонгация у эукариот
- •6.9 Терминация у прокариот
- •6.10 Терминация у эукариот
- •6.11 Гипотеза «качания»
- •6.12 Фолдинг и посттрансляционная модификация белков
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 7. Регуляция биосинтеза белка
- •7.1 Регуляция экспрессии генов у прокариот
- •В Катаболическая репрессия. Лактозный оперон
- •Д Аттенуация. Триптофановый оперон
- •Е «Сильные» и «слабые» промоторы
- •Ж σ-Субъединица РНК-полимеразы
- •7.2 Регуляция экспрессии генов у эукариот
- •Хроматин-перестраивающие комплексы
- •Архитектурные белки высокомобильной группы
- •Ковалентная модификация гистонов
- •Метилирование ДНК
- •В Регуляция с помощью факторов транскрипции
- •7.3 Регуляция на уровне трансляции у про- и эукариот
- •А Дискриминация мРНК
- •Б Трансляционная репрессия
- •7.4 Другие механизмы регуляции у эукариот
- •Б РНК-интерференция
- •Интерференция с помощью малых интерферирующих РНК
- •Интерференция с помощью микроРНК
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- • Регуляция на уровне транскрипции (прокариоты)
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 8. Мутации и репарация
- •8.1 Мутации
- •8.2 Классификация мутаций по вызвавшим их причинам
- •8.3 Классификация мутаций по степени изменений генома
- •8.4 Классическая классификация
- •8.5 Репарация
- •А Прямая репарация
- •8.6 Эксцизионная репарация оснований (BER)
- •8.7 Эксцизионная репарация нуклеотидов (NER)
- •8.8 Мисметч репарация
- •8.9 Репарация двунитевых разрывов
- •8.10 Негомологичное соединение цепей ДНК при двунитевых разрывах
- •8.11 SOS-репарация (SOS-ответ)
- •8.12 Рекомбинационная репарация
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 9. Иммунитет и антитела
- •9.1 Иммунитет: его виды и элементы
- •9.2 Врожденный (неспецифический) иммунитет
- •В Химические медиаторы врожденного иимунитета
- •Е Классический путь активации комплемента
- •Ж Альтернативный путь активации комплемента
- •З Активация терминальных компонентов комплемента
- •И Как фагоциты отличают чужеродные клетки от «своих»?
- •9.3 Приобретенный (специфический) иммунитет
- •А T-лимфоциты
- •В Антитела
- •Е Вторичный иммунный ответ
- •Ж Активация гуморального иммунитета
- •9.4 Группы крови
- •9.5 Трансфузионные реакции
- •9.6 Правила переливания
- •9.7 Резус-фактор (Rh)
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 10. Биологические мембраны
- •10.1 Строение биомембран
- •В Липиды биомембран
- •10.2 Функции мембран
- •10.3 Мембранный транспорт
- •10.4 Эндо- и экзоцитоз
- •10.5 Трансмембранная передача сигнала
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 11. Энергетический обмен
- •11.1 Энергия в клетке
- •11.2 Дыхательная цепь митохондрий
- •11.3 Сопряжение дыхания и окислительного фосфорилирования
- •11.4 Разобщение дыхания и окислительного фосфорилирования
- •Термины
- •Вопросы к занятию
- •Дополнительные вопросы и ключевые слова
- •Вопросы для самопроверки
- •Глава 12. Введение в метаболизм
- •12.1 Общая характеристика
- •А Метаболические пути
- •Б Метаболиты
- •В Гомеостаз
- •12.2 Функции метаболических путей
- •А Образование энергии
- •Б Катаболизм органических соединений
- •Переваривание
- •Гликолиз
- •Окисление жирных кислот
- •Катаболизм аминокислот
- •В Синтез органических соединений и предшественников макромолекул
- •Глюконеогенез: синтез глюкозы
- •Синтез жирных кислот
- •Синтез гема
- •Креатинфосфат
- •Гликоген
- •Жиры или триацилглицеролы
- •Д Выведение потенциально опасных соединений
- •Цикл мочевины
- •Синтез желчных кислот
- •Катаболизм гема
- •Е Образование регуляторных молекул
- •12.3 Ключевые положения всех метаболических путей
- •А АТФ — донор энергии для синтеза
- •В Эссенциальные органические соединения
- •Д Взаимосвязи метаболических путей
- •Е Нелинейность метаболических путей
- •Ж Локализация метаболических путей в клетке
- •З Тканеспецифичность метаболических путей
- •И Метаболизм при голодании
- •12.4 Интеграция метаболизма
- •А Основные физиологические состояния организма и роль различных органов в интеграции метаболизма
- •Состояние насыщения
- •Состояние голодания
- •Б Интеграция метаболизма в различных физиологических состояниях
- •Состояние голодания
- •Продолжительное голодание
- •Состояние насыщения
- •Физические нагрузки
- •В Регуляция метаболизма
- •Инсулин
- •Глюкагон
- •Адреналин
- •Гидрокортизон
- •Адипоцитокины
- •Рекомендуемая литература
- •Приложение 1. Аминокислоты и белки
- •Классификация аминокислот
- •Приложение 2. Ферменты
- •Строение химотрипсина
- •Приложение 3. Нуклеиновые кислоты
- •Приложение 4. Репликация
- •Приложение 5. Транскрипция
- •Приложение 6. Трансляция
- •Приложение 7. Регуляция биосинтеза белка
- •Приложение 8. Мутации и репарация
- •Приложение 9. Иммунитет и антитела
- •Приложение 10. Биологические мембраны
- •Приложение 11. Энергетический обмен
- •Оглавление
Ключевые положения всех метаболических путей 215
Синтез желчных кислот
Метаболизм холестерола до желчных кислот в печени выполняет две основные функции:
1.Обеспечивает кишечник желчными кислотами, которые участвуют в эмульгировании жиров для их переваривания и всасывания.
2.Избавляет наш организм от избыточного холестерола. Организм человека не способен расщеплять холестерол и окислять его до CO2 и H2O. Поэтому его экскреция в виде желчных кислот — единственный путь вывода избытка холестерола из организма.
Катаболизм гема
При деградации белков, содержащих гем (гемоглобин, миоглобин, каталаза), гемовая группа окисляется до билирубина, который после конъюгации с глюкуроновой кислотой выводится через гепатобилиарную систему.
Е Образование регуляторных молекул
Метаболические пути образуют регуляторные молекулы, играющие важную роль в регуляции метаболизма. Как уже было сказано выше, лимонная кислота (цитрат), образующаяся в ЦТК, играет важную роль в регуляции активности гликолиза и глюконеогенеза. Другим примером регуляторной молекулы является 2,3-бисфосфо- глицерат, синтезирующийся в побочной реакции вне гликолитического пути и изменяющий сродство гемоглобина к кислороду.
12.3 Ключевые положения всех метаболических путей
А АТФ — донор энергии для синтеза
Анаболические или синтетические пути требуют притока энергии извне (например, энергии, запасённой в виде макроэргических связей АТФ). АТФ образуется в ходе некоторых реакций катаболизма (например, в ходе гликолиза) и окислительного фосфорилирования в митохондриях.
БОкисление и восстановление в метаболических реакциях
Входе ОВ-реакций восстановительные эквиваленты (атомы водорода или гидрид ионы) переносятся на такие кофакторы, как NAD+ и NADP+ (никотинамидадениндинуклеотидфосфат) или FAD. Восстановленные NADH и FADH2 могут быть использованы для синтеза АТФ с помощью окислительного фосфорилирования в митохондриях. NADPH является источником восстановительных эквивалентов для анаболических, энергозависимых процессов, таких как синтез жирных кислот и холестерола.
216 |
Глава 12 |
Введение в метаболизм |
В Эссенциальные органические соединения
Некоторые клеточные молекулы не синтезируются в организме человека и должны поступать с пищей (поэтому такие соединения называют эссенциальными). Например, такими молекулами являются некоторые аминокислоты (лизин, метионин, треонин и др.), витамины (тиамин, ниацин и др.) и полиненасыщенные жирные кислоты — линолевая (ω-6 жирная кислота) и линоленовая (ω-3 жирная кислота). Другие важные соединения, такие как глюкоза и пальмитиновая кислота, не являются эссенциальными. Глюкоза, уровень которой в крови строго регулируется, может быть синтезирована из глицерола, лактата, пирувата и углеродного скелета глюкогенных аминокислот (этот процесс называется глюконеогенезом).
ГНеобратимость метаболических путей
Примером необратимого метаболического пути является гликолиз — катаболический путь окисления глюкозы до двух молекул пирувата или лактата. Обратным гликолизу является глюконеогенез — процесс синтеза глюкозы из молекул пирувата или других соединений (лактата, скелета глюкогенных аминокислот). Несмотря на то, что многие ферменты гликолиза участвуют и в глюконеогенезе, последний включает несколько специфичных ферментов, осуществляющих реакции обхода необратимых стадий гликолиза (1-я, 3-я и 10-я реакции гликолиза).
Д Взаимосвязи метаболических путей
Первая реакция гликолиза — фосфорилирование глюкозы до глюкозо-6-фос- фата. Глюкозо-6-фосфат участвует и в других метаболических путях: синтез гликогена и пентозофосфатный путь (другое название — гексозомонофосфатный шунт), образующий рибозо-5-фосфат и NADPH.
Е Нелинейность метаболических путей
Некоторые метаболические пути нелинейны. Примерами являются цикл трикарбоновых кислот (ЦТК или цикл Кребса) и цикл мочевины. В обоих случаях путь начинается с включения малой молекулы в процесс (ацетил-КоА в ЦТК и NH4+ в цикл мочевины). Несмотря на нелинейность этих путей, другие соединения способны включаться в их реакции на промежуточных этапах и восполнять количество их метаболитов. Например, глутамат может использоваться для регенерации α-кетоглута- рата (ключевой метаболит ЦТК).
Ж Локализация метаболических путей в клетке
Многие метаболические пути происходят в цитозоле клетки: гликолиз, пентозофосфатный путь, синтез жирных кислот и др. Другие метаболические пути протекают в митохондриях: β-окисление жирных кислот, ЦТК, окислительное фосфорилирование, окислительное декарбоксилирование пирувата. Некоторые метаболические
Ключевые положения всех метаболических путей 217
пути имеют двойную локализацию (часть реакций протекает в цитозоле, другая — в митохондриях): цикл мочевины и синтез гема.
З Тканеспецифичность метаболических путей
Все клетки нашего организма способны окислять глюкозу до пирувата в ходе гликолиза (для синтеза АТФ). Однако в эритроцитах отсутствуют митохондрии, поэтому они не способны полностью окислить глюкозу до CO2 и H2O (в митохондриях находятся ферменты окислительного декарбоксилирования пирувата и ЦТК). Вместо этого пируват восстанавливается в лактат и выводится из клетки.
Многие клетки могут использовать жирные кислоты в качестве источника энергии. Несмотря на то, что нейроны содержат митохондрии, они не способны окислять жирные кислоты. Поэтому нервная ткань требует постоянного поступления глюкозы в кровь. Процесс, в ходе которого синтезируется глюкоза, называется глюконео-
генезом.
И Метаболизм при голодании
После приёма пищи метаболические пути участвуют в усвоении полезных соединений и их запасании в организме. После приёма богатой углеводами пищи количество глюкозы в организме резко возрастает. Она используется для синтеза АТФ
ивосполнения запасов гликогена (в мышцах и печени). Избыточная глюкоза метаболизируется до жирных кислот в печени и используется для синтеза триацилглицеролов в адипоцитах.
Вфазу голодания организм всё так же нуждается в питательных веществах, поэтому активируются их эндогенные запасы. Метаболические пути активируются так, чтобы обеспечить окисление запасённых источников энергии в виде жирных кислот (запасаются в форме триацилглицеролов в адипоцитах) и гликогена (сложный гликопротеин, включающий множество остатков глюкозы; запасается в печени и мышцах). Фактически во время голодания именно жирные кислоты обеспечивают организм энергией.
КРегуляция метаболических путей
Вфазу насыщения (после приёма пищи) метаболизм извлекает энергию и запасает её. Фаза голодания требует использования этих запасов. Такое «переключение» метаболизма достигается с помощью физиологической регуляции, которая происходит на многих уровнях организации.
На первом уровне регуляции метаболизма важную роль играют транскрипция
итрансляция, которые определяют, какие ферменты будут присутствовать в клетке. Второй уровень контроля — субстратный, на котором сигналом к активации
или ингибированию ферментов служит количество субстрата. К примеру, цитрат (лимонная кислота) является метаболитом, регулирующим несколько метаболических путей. Цитрат ингибирует гликолиз и активирует синтез жирных кислот.