1. Відділення землеробства, меліорації та агроекології:

Біосферний заповідник «Асканія-Нова», Інститут агроекології, Інститут гідротехніки і меліорації, Інститут землеробства і тваринництва західного регіону, Інститут землеробства південного регіону, Інститут сільського господарства Полісся, Інститут сільськогосподарської мікробіології, ННЦ «Інститут ґрунтознавства та агрохімії ім О.Н. Соколовського», ННЦ «Інститут землеробства».

2. Відділення рослинництва:

Інститут виноградарства і виноробства ім. В.Є. Таїрова, Інститут захисту рослин, Інститут зернового господарства, Інститут зрошуваного садівництва ім М.Ф. Сидоренка, Інститут картоплярства, Інститут кормів, Інститут луб’яних культур, Інститут овочівництва і баштанництва, Інститут олійних культур, Інститут південного овочівництва і баштанництва, Інститут помології ім. Л.П. Симиренка, Інститут рису, Інститут рослинництва ім. В.Я. Юр’єва, Інститут садівництва, Інститут цукрових буряків, Миронівський інститут пшениці ім. В.М. Ремесла, ННЦ «Нікитський ботанічний сад», Південний біотехнологічний центр в рослинництві, Прилуцька дослідна станція, Селекційно-генетичний інститут - Національний центр насіннєзнавства та сортовивчення, Українська науково-дослідна станція карантину рослин.

3. Відділення зоотехніки:

Інститут біології тварин, Інститут птахівництва, Інститут рибного господарства, Інститут розведення і генетики тварин, Інститут свинарства ім. О.В. Квасницького, Інститут тваринництва, Інститут тваринництва степових районів ім. М.Ф. Іванова «Асканія-Нова», Національний науковий селекційно-генетичний центр з вівчарства, Інститут тваринництва центральних районів, ННЦ «Інститут бджільництва ім. П.І. Прокоповича», Черкаський інститут агропромислового виробництва.

4. Відділення ветеринарної медицини:

Інститут ветеринарної медицини, Інститут епізоотології, ННЦ «Інститут експериментальної і клінічної ветеринарної медицини».

5. Відділення зберігання і переробки сільськогосподарської сировини та якості харчової продукції:

Інститут винограду і вина «Магарач», Інститут ефіроолійних і лікарських рослин, Технологічний інститут молока та м’яса, Український науково-дослідний інститут олій та жирів.

6. Відділення механізації і електрифікації:

Інженерно-технологічний інститут «Біотехніка», Інститут механізації тваринництва, ННЦ «Інститут механізації та електрифікації сільського господарства».

7. Відділення аграрної економіки і земельних відносин:

ЗАТ «Інститут інноваційного провайдингу», Західноукраїнський регіональний центр фермерства, Інститут аграрної економіки.

8. Відділення наукового забезпечення трансферу інновацій:

Буковинський, Волинський, Донецький, Закарпатський, Івано-Франківський, Кіровоградський, Кримський, Луганський, Миколаївський, Одеський, Полтавський, Сумський, Тернопільський, Чернігівський інститути агропромислового виробництва, Державна наукова сільськогосподарська бібліотека, Науково-виробнича дослідна агрофірма «Наукова», Хмельницька державна сільськогосподарська дослідна станція, Рівненська державна сільськогосподарська дослідна станція.

Академія має книжкове видавництво «Аграрна наука», видає два періодичних журнали: «Вісник аграрної науки» і Реферативний журнал «Агропромисловий комплекс України», а також науково-інформаційний бюлетень «Аграрна наука — виробництву». В більшості наукових установ видаються збірники наукових праць за галузями знань.

Недержавні академії наук України

1. Академія гірничих наук України – громадська наукова організація гірничо-металургійного профілю, яка об'єднує вчених і спеціалістів, трудові колективи підприємств та організацій.

Створено в лютому 1991 року в Кривому Розі. Станом на 2001 р. мала вісім спеціалізованих і чотирнадцять регіональних відділень, два наукових центри (Донбаський та Дніпропетровський) і один науково-технологічний центр «Підземіндустрія». За розробку та впровадження передової техніки і нових технологій 15 членів Академії одержали звання лауреатів Державної премії України в галузі науки і техніки. АГН України має видавництво «Мінерал», видається журнал «Відомості Академії гірничих наук України». Перспективні плани АГНУ передбачають створення відділення «Вища гірнича та металургійна освіта».

2. Академія економічних наук України – заснована установчою конференцією 25 червня 1993 року в м. Донецьку, зареєстрована як всеукраїнське об’єднання громадян в Міністерстві юстиції України 23 липня 1993 р. (свідоцтво про реєстрацію № 480).

Відділи: Економічної теорії, Економіки регіонів та соціальної інфраструктури, Економіки виробничої сфери, Економіки агропромислового комплексу, Статистики, обліку та фінансів, Економіки народонаселення, демографії та економки праці, Економіки природокористування та охорони навколишнього середовища, Управління та економіко-математичних методів, Світової економіки та зовнішньоекономічної діяльності.

Регіональні центри: Західний (м. Тернопіль); Кримський (м. Сімферополь); Південний (м. Одеса); Східний (м. Донецьк); Придніпровський (м. Дніпропетровськ); Північно-Західний (м. Київ); Північно-Східний (м. Харків).

Академія є співзасновником ряду видань, у тому числі трьох фахових видань ВАК України. Академія з 2002 р. видає науковий журнал «Вісник економічної науки України». Партнер аналітично-інформаційного фахового журналу "Схід".