Добавил:
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:

Словарь-справочник терминов и понятий в области госпитальной эпидемиологии

.pdf
Скачиваний:
0
Добавлен:
08.09.2026
Размер:
2 Мб
Скачать
☆
íîì íîé ÄÍÊ ñëó æàò ìàð êå ðà ìè äëÿ îöåí êè ãå íå òè ÷å ñêîé îä íî ðîä ­íî ñòè èçî ëÿ òîâ äàí íî ãî âèäà ñ ïî ìî ùüþ ðå ñò ðèê öè îí íî ãî àíà ëè çà è ðàç ëè÷ íûõ ìî äè ôè êà öèé ìå òî äà ÄÍÊ-ñåê âå íè ðî âà íèÿ [3].
ÎÏÅ ÐÀ ÖÈ ÎÍ ÍÀß ÒÀÊ ÑÎ ÍÎ ÌÈ ×Å ÑÊÀß ÅÄÈ ÍÈ ÖÀ (OPE RA TI O ­NAL TA XO NO MIC UNIT, OTU)
Объ ект фи ло ге не ти че ско го ис сле до ва ния — штамм мик ро ор га низ ­ма, ген, ге не ти че ский эле мент, нук ле о тид ная или ами но кис лот ная по сле до ва те ль ность [4].
ÎÐ ÒÎ ËÎ ÃÈ× ÍÛÅ ÏÎ ÑËÅ ÄÎ ÂÀ ÒÅ ËÜ ÍÎ ÑÒÈ (OR T HO LO GIC SE ­QU EN CES)
Ãî ìî ëî ãè÷ íûå íóê ëå î òèä íûå èëè àìè íî êèñ ëîò íûå ïî ñëå äî âà òå ëü ­íî ñòè ó äâóõ âè äîâ íà çû âà þò îð òî ëî ãè÷ íû ìè, åñëè îíè ïî ÿ âè ëèñü â ðå çó ëü òà òå âè äî îá ðà çî âà íèÿ [5].
ÎÑÍÎ ÂÀ ÒÅ Ëß ÝÔ ÔÅÊÒ (FO UN DER EF FECT)
Пе ре нос груп пой осо бей (осо бей — «осно ва те лей») бо ль шой по пу ля ­ции лишь ча с ти ге не ти че ско го раз но об ра зия этой по пу ля ции при за ­се ле нии но вой тер ри то рии. Вви ду воз мож но го в свя зи с эф фек том основателя сме ще ния «ак цен тов» ес те ст вен но го от бо ра ис ход ная и но вая по пу ля ции мо гут эво лю ци о ни ро вать в су ще ст вен но раз ли ча ю ­щих ся на прав ле ни ях [2].
ÎÒ ÊÐÛ ÒÀß ÏÎ ÏÓ Ëß ÖÈß (OPEN PO PU LA TI ON)
Hå ïîë íî ñòüþ èçî ëè ðî âàí íàÿ ïî ïó ëÿ öèÿ, ò. å. — ñ ãå íå òè ÷å ñêîé òî÷ ­êè çðå íèÿ — ïî ïó ëÿ öèÿ, ïîä âåð æåí íàÿ âëè ÿ íèþ ãåí íî ãî ïî òî êà èç ñî ñåä íèõ ïî ïó ëÿ öèé [2].
ÏÀ ËÈÍ Ä ÐÎÌ (PA LIN D RO ME)
Уча с ток двух це по чеч ной мо ле ку лы ДНК, обе цепи ко то ро го об ла да ­ют оди на ко вой по сле до ва те ль но стью нук ле о ти дов при про чи ты ва ­нии от 5'- к 3'-кон цу, т. е. Па лин д ром яв ля ет ся тан дем ным ин вер ти ­ро ван ным по вто ром. Па лин д ро мы иг ра ют важ ную роль в обес пе че ­нии про цес сов тер ми на ции транс крип ции (у про ка ри от па лин д ро мы об на ру же ны во всех тер ми на тор ных уча ст ках ге нов), яв ля ют ся сай ­та ми дей ст вия ре ст рик таз (res t ric ti on en do nuc le a ses), à òàê æå ó÷à ñò âó þò â ðÿäå äðó ãèõ ïðî öåñ ñîâ [2].
ÏÀÐÀ ÍÓÊ ËÅ Î ÒÈ ÄÎÂ (ÎÑÍÎ ÂÀ ÍÈÉ) (BASE PAIR)
Ýëå ìåí òàð íàÿ åäè íè öà äâóõ öå ïî ÷å÷ íîé ìî ëå êó ëû íóê ëå è íî âîé êèñ ëî òû: ïàðû íóê ëå î òè äîâ â ÄÍÊ ôîð ìè ðó þò ñÿ ïî ïðèí öè ïó êîì ï ëå ìåí òàð íî ñòè — ãó à íèí-öè òî çèí è àäå íèí-òè ìèí (â ÐÍÊ èëè ãèá ðèä íûõ ÄÍÊ/ÐÍÊ-äóï ëåê ñàõ — àäå íèí-óðà öèë); òàê æå ïàðà íóê ëå î òè äîâ — åäè íè öà èç ìå ðå íèÿ ðàç ìå ðà äëè íû ãåíà, ñàé òà, õðî ìî ñî ìû, ãå íî ìà [2].
211
ÏÀ ÐÀ ËÎ ÃÈ× ÍÛÅ ÏÎ ÑËÅ ÄÎ ÂÀ ÒÅ ËÜ ÍÎ ÑÒÈ (PA RA LO GIC GE NES)
Ãî ìî ëî ãè÷ íûå íóê ëå î òèä íûå èëè àìè íî êèñ ëîò íûå ïî ñëå äî âà òå ëü ­íî ñòè ó äâóõ âè äîâ-ïî òîì êîâ íà çû âà þò ïà ðà ëî ãè÷ íû ìè, îíè ïî ÿ âè ­ëèñü â ðå çó ëü òà òå äóï ëè êà öèè ó âè äà-ïðåä êà [5].
ÏÀÐ ÍÎÅ ÂÛ ÐÀÂ ÍÈ ÂÀ ÍÈÅ (PA IR WI SE ALIG N MENT)
Âû ðàâ íè âà íèå äâóõ ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòåé [5].
ÏËÀÇ ÌÈ ÄÛ (PLAS MIDS)
Вне хро мо сом ные фак то ры на след ст вен но сти, пред став ля ю щие со ­бой ма лые по срав не нию с хро мо со мой, зам кну тые в ко ль цо, двух це ­по чеч ные ДНК (мо ле ку ляр ной мас сой 106–108 Да), спо соб ные к ав ­то ном ной реп ли ка ции. Тер мин пред ло жен в 1952 г. Наи бо лее изу че ­ны бак те ри а ль ные плазмиды, хотя они ши ро ко рас про стра не ны во всех жи вых клет ках, в том чис ле и вы сших ор га низ мов. Плазмиды при да ют со дер жа щим их клет кам но вые свой ст ва: F-фак тор (фер ти ­ль но сти фак тор) со об ща ет клет кам спо соб ность к пе ре да че ге нов; Col-фак то ры (ко ли ци но ген ные фак то ры) про ду ци ру ют бак те ри о ци ­ны; на ли чие R-фак то ров (ре зи стен т но сти фак то ров) обес пе чи ва ет устой чи вость бак те рий к ле кар ст вен ным пре па ра там и т. д. В ген ной ин же не рии плазмиды ис по ль зу ют ся в ка че ст ве пе ре нос чи ков чу же ­род ной ДНК (векторов) [6].
ÏÎ ÇÈ ÒÈÂ ÍÛÉ ÎÒ ÁÎÐ (PO SI TI VE SE LEC TI ON)
От бор кле ток по на ли чию в них мар кер но го гена, бла го при ят ст ву ю ­ще го ро с ту в опре де лен ных огра ни чен ных усло ви ях (на при мер, по зи ­тив ные от бор кле ток, не су щих ген устой чи во сти к ан ти би о ти кам [2].
ÏÎ ËÈ ÌÅ ÐÀÇ ÍÀß ÖÅÏ ÍÀß ÐÅ ÀÊ ÖÈß, ÏÖÐ (PO LY ME RA SE CHA IN RE AC TI ON, PCR)
Ìå òîä àì ï ëè ôè êà öèè in vit ro с по мо щью ДНК-по ли ме ра зы нук ле о ­тид ных по сле до ва те ль но стей с ис по ль зо ва ни ем оли го нук ле о тид ных ДНК-за тра вок, ком п ле мен тар ных по сле до ва те ль но стям про ти во по ­лож ных це пей ДНК на гра ни цах ам п ли фи ци ру е мо го уча ст ка. Соб ст ­вен но ПЦР пред став ля ет со бой се рию из 3 цик ли че ски по вто ря ю ­щих ся ре ак ций (20–30 цик лов): де на ту ра ция ДНК, от жиг ДНК-за ­тра вок и син тез ДНК с каж дой из за тра вок на встре чу друг дру гу с ис по ль зо ва ни ем про ти во по лож ных це пей ДНК в ка че ст ве мат риц. По за вер ше нии каж до го цик ла ко ли че ст во син те зи ро ван но го про ­дук та уд ва и ва ет ся и про ис хо дит уве ли че ние ко ли че ст ва ана ли зи ру е ­мой ДНК в гео мет ри че ской про грес сии. ПЦР по зво ля ет ам п ли фи ­ци ро вать лю бые по сле до ва те ль но сти дли ной до 5–6 тыс. нук ле о ти ­дов, что де ла ет воз мож ным ис по ль зо вать ее для сек ве ни ро ва ния, мо ле ку ляр ной ДНК-диа гно с ти ки, кар ти ро ва ния ге нов (в ка че ст ве зон дов для гиб ри ди за ции in situ) è äð. [2].
212
ÏÎ ËÈ ÌÎÐ ÔÈÇÌ (PO LY MOR P HISM)
Cу ще ст во ва ние в скре щи ва ю щей ся груп пи ров ке (в по пу ля ции) ге не ­ти че ски раз ли ча ю щих ся осо бей. По ли мор физм мо жет иметь не ге не ­ти че ский (мо ди фи ка ци он ный) ха рак тер — на при мер, в за ви си мо сти от плот но сти по пу ля ции (ñì. po lyp he nism) è ò. ï.; ãå íå òè ÷å ñêèé ïî ëè ­ìîð ôèçì ìî æåò íî ñèòü ðå ãó ëÿð íûé õà ðàê òåð — íà ïðè ìåð, ïðè ÷å ðå ­äî âà íèè ïî êî ëå íèé (al te ra ti on of ge ne ra ti on); ÷à ñò íûå ñëó ÷àè ïî ëè ìîð ­ôèç ìà — ïëåé î ìîð ôèçì (plei ot ro py), à òàê æå äè ìîð ôèçì (êàê ïðà âè ëî, ïî ëî âîé äè ìîð ôèçì). Íàè áî ëåå ÷à ñ òî ïî ëè ìîð ôèçì ñâÿ çàí ñ íà ëè ÷è ­åì àë ëå ëü íûõ ôîðì îò äå ëü íûõ ãå íîâ, ÷òî ÷à ñ òî ïðî ÿâ ëÿ åò ñÿ â íà ëè ­÷èè ðàç ëè ÷à þ ùèõ ñÿ áåë êî âûõ ìî ëå êóë (áåë êî âûé ïî ëè ìîð ôèçì), — äëÿ èõ âû ÿâ ëå íèÿ ïðè ìå íÿ þò ñÿ ìå òî äû ýëåê ò ðî ôî ðå çà (elec t rop ho re - sis), ïî çâî ëÿ þ ùèå ýô ôåê òèâ íî îöå íè âàòü óðî âåíü ïî ïó ëÿ öè îí íî-ãå ­íå òè ÷å ñêîé ãå òå ðî ãåí íî ñòè (ïî ëè ìîð ôèç ìà). Òàê æå ïî íÿ òèå «ïî ëè ­ìîð ôèçì» èñ ïî ëü çó åò ñÿ äëÿ îáî çíà ÷å íèÿ äèô ôå ðåí öè ðî âàí íûõ âà ðè ­àí òîâ ìàê ðî ìî ëå êóë — íà ïðè ìåð, ïî ëè ìîð ôèçì äëèí ðå ñò ðèê öè îí ­íûõ ôðàã ìåí òîâ (res t ric ti on frag ment length po ly mor p hism). Вне ге не ти ки по ли мор физм по ни ма ют бо лее ши ро ко (цве то вой по ли мор физм, мор фо ло ги че ский по ли мор физм), од на ко, как пра ви ло, в осно ве та ­ко го по ли мор физ ма ле жат ге не ти че ские ме ха низ мы. Ино гда тер мин «по ли мор физм» ис по ль зу ют при срав не нии осо бей из раз ных скре ­щи ва ю щих ся груп пи ро вок (по пу ля ций), хотя в та ких слу ча ях точ нее ис по ль зо вать по ня тие «внут ри ви до вая из мен чи вость» [2].
ÏÎ ËÈ ÌÎÐ ÔÈÇÌ ÄËÈÍ ÐÅ ÑÒ ÐÈÊ ÖÈ ÎÍ ÍÛÕ ÔÐÀÃ ÌÅÍ ÒÎÂ, ÏÄÐÔ (RES T RIC TI ON FRAG MENT LENGTH PO LY MOR P HISM, RFLP)
Из мен чи вость раз ме ров фраг мен тов ДНК, вы щеп ля е мых ре ст рик та ­за ми (res t ric ti on en do nuc le a ses), обу слов лен ная воз ник но ве ни ем или из ме не ни ем в ре зу ль та те му та ций сай тов ре ст рик ции; в свя зи с этим ана лиз ПДРФ по зво ля ет ис по ль зо вать от де ль ные ал ле ли (по при чи ­не мен де лев ско го ха рак те ра их на сле ду е мо сти) в ка че ст ве по пу ля ци ­он ных мар ке ров, а так же при ме нять их в пре на та ль ной и обыч ной диа гно с ти ке му та ций в ге нах, обу слов ли ва ю щих раз лич ные НЗЧ, и опре де лять их ло ка ли за цию в ге но ме ме то дом ре ст рик ци он но го кар ­ти ро ва ния (res t ric ti on map ping) [2].
ÏÎ ÏÓ Ëß ÖÈ ÎÍ ÍÀß ÃÅ ÍÅ ÒÈ ÊÀ (PO PU LA TI ON GE NE TICS)
Pаз дел ге не ти ки, изу ча ю щий за ко но мер но сти на след ст вен но сти и из мен чи во сти на уров не по пу ля ций (po pu la ti on). Ста нов ле ние по пу ­ля ци он ной ге не ти ки свя зы ва ет ся с ра бо та ми В. Иоган зе на (ра бо та о на сле до ва нии в по пу ля ци ях и чи с тых ли ни ях, 1903), Г. Хар ди и Э. Вай нбер га (за кон Хар ди–Вай нбер га — Har dy–We in berg’s law), Ñ. Ñ. ×åò âå ðè êî âà, ïî êà çàâ øå ãî, ÷òî ýâî ëþ öèÿ ïî ïó ëÿ öèé îïðå äå ëÿ ­åò ñÿ íà êîï ëå íè åì ìó òà öèé è äåé ñò âè åì åñ òå ñò âåí íî ãî îò áî ðà (1926),
213
Í. Ï. Äó áè íè íà, Ä. Ä. Ðî ìà øî âà è Ñ. Ðàé òà (òå î ðèÿ äðåé ôà ãå íîâ — gene drift, 1931–1932) [2].
ÏÎ ÏÓ Ëß ÖÈß (PO PU LA TI ON)
1. Cо во куп ность осо бей од но го вида, об ла да ю щих об щим ге но фон -
äîì (÷òî îïðå äå ëÿ åò ñÿ íà ëè ÷è åì ñâî áîä íî ãî ñêðå ùè âà íèÿ) è çà íè -
ìà þ ùèõ îïðå äå ëåí íóþ òåð ðè òî ðèþ. Âo ìíî ãèõ ñëó ÷à ÿõ ïî ïó ëÿ öèÿ
мо жет быть струк ту ри ро ва на на бо лее мел кие еди ни цы (суб по пу ля -
öèè, äèìû — deme, ëåêè— lek, ñå ìüè è ò. ï.). Äëÿ õà ðàê òå ðè ñòè êè
ïî ïó ëÿ öèè èñ ïî ëü çó þò ïî êà çà òå ëè îá ùåé ÷èñ ëåí íî ñòè (è åå äè íà -
ìè êè), ýô ôåê òèâ íî ãî ðàç ìå ðà (ef fec ti ve size of po pu la ti on), ïëîò íî ñòè
(po pu la ti on den si ty) è ò. ä. Ïî ïó ëÿ öèÿ ðàñ ñìàò ðè âà åò ñÿ êàê ýëå ìåí -
òàð íàÿ åäè íè öà ïðî öåñ ñà ìèê ðî ýâî ëþ öèè (mic ro e vo lu ti on). Òåð ìèí
«по пу ля ция» пред ло жен В. Иоган зе ном в 1903 [2].
2. Со во куп ность осо бей од но го вида, дли те ль но за ни ма ю щая опре -
де лен ное про стран ст во и вос про из во дя щая себя в те че ние бо ль -
øî ãî ÷èñ ëà ïî êî ëå íèé. Òåð ìèí ïðè ìå íèì, ïî ñó ùå ñò âó, ê ëþ áîé
êó ëü òó ðå ìèê ðî îð ãà íèç ìîâ [6].
ÏÎ ÑÒÎ ßÍ ÍÛÅ ÑÀÉ ÒÛ (CON SER VA TI VE SI TES)
Ñàé òû, ñî äåð æà ùèå îäè íà êî âûé íóê ëå î òèä (èëè àìè íî êèñ ëî òó) äëÿ âñåõ êîí ñåð âà òèâ íûõ ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòåé àíà ëè çè ðó å ìûõ òàê ñî íîâ, íà çû âà þò ñÿ ïî ñòî ÿí íû ìè [5].
ПРИ СПО СОБ ЛЯ Е МОСТЬ (FIT NESS)
Oт но си те ль ная спо соб ность ор га низ ма вы жи вать в опре де лен ных (но вых) усло ви ях внеш ней сре ды и пе ре да вать свой ге не ти че ский ма те ри ал по том ст ву [2].
ÏÐÎ ÒÅ Î ÌÈ ÊÀ (PRO TE O MICS)
Ðàç äåë ìî ëå êó ëÿð íîé áèî ëî ãèè, âêëþ ÷à þ ùèé â ñåáÿ ìàñ ø òàá íûé àíà ëèç âñåõ áåë êîâ (ïðî òå î ìà) îð ãà íèç ìà, òêà íè èëè êëåò êè îïðå äå ­ëåí íî ãî òèïà. Ïðî òå î ìè êà ìî æåò ïðè ìå íÿ òü ñÿ äëÿ âû ÿâ ëå íèÿ ñïå ­öè ôè ÷å ñêèõ, ïà òî ëî ãè ÷å ñêèõ áåë êîâ, êî òî ðûå ïðè âî äÿò ê çà áî ëå âà ­íè ÿì [12].
ÏÐÎ ÔÀÃ, ËÀ ÒÅÍ Ò ÍÛÉ (ÊÐÈÏ ÒÈ ×Å ÑÊÈÉ) ÔÀà (PRO PHA GE)
Ãå íîì óìå ðåí íî ãî áàê òå ðè î ôà ãà, èí òåã ðè ðî âàí íûé â ÄÍÊ ãå íî ìà áàê òå ðè à ëü íîé êëåò êè-õî çÿ è íà è âìå ñ òå ñ íåé ðåï ëè öè ðó þ ùèé ñÿ ëèáî ïðè ñóò ñò âó þ ùèé â âèäå àâ òî íîì íîé êî ëü öå âîé ìî ëå êó ëû ÄÍÊ. Ïðî öåññ èí òåã ðà öèè è ñî õðà íå íèÿ ïðî ôà ãà ïðî èñ õî äèò â ðå ­çó ëü òà òå ëè çî ãå íèè (ly so ge ny), ïðè ÷åì îí ìî æåò ñî õðà íÿ òü ñÿ â çà ðà ­æåí íîé êëåò êå íà ïðî òÿ æå íèè ìíî ãèõ ïî êî ëå íèé; èí äóê öèÿ ïðî ­ôà ãà — ñïîí òàí íûé èëè èí äó öè ðî âàí íûé ïå ðå õîä èç ëè çî ãåí íî ãî ñî ñòî ÿ íèÿ â ëè òè ÷å ñêèé öèêë ðàç âè òèÿ [2].
214
ÏÐß ÌÛÅ ÏÎ ÂÒÎ ÐÛ (DI RECT RE PE ATS)
Èäåí òè÷ íûå (èëè ïî õî æèå) ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòè íóê ëå î òè äîâ, ïðè ­ñóò ñò âó þ ùèå â äâóõ èëè áî ëåå êî ïè ÿõ, îäè íà êî âî îðè åí òè ðî âàí ­íûå, íà õî äÿ ùè å ñÿ â îä íîé ìî ëå êó ëå ÄÍÊ, íî íå î áÿ çà òå ëü íî ïðè ­ìû êà þ ùèå äðóã ê äðó ãó; â ÷à ñò íî ñòè, êî ðîò êèå (÷àùå âñå ãî 5 èëè 9 ïàð îñíî âà íèé). Ïðÿ ìûå ïî âòî ðû âñå ãäà ôëàí êè ðó þò IS-ýëå ìåí ­òû (IS-ele ments) [2].
ПУЛЬС-ЭЛЕК Т РО ФО РЕЗ, МЕ ТОД ГЕЛЬ-ЭЛЕК Т РО ФО РЕ ЗА В ПУ ­ЛЬ СИ РУ Ю ЩЕМ ПОЛЕ (PUL SED FI ELD GEL ELEC T ROP HO RE SIS, PFGE)
Ìå òîä ìî ëå êó ëÿð íî-ãå íå òè ÷å ñêî ãî òè ïè ðî âà íèÿ ìèê ðî îð ãà íèç ìîâ.  íà ñòî ÿ ùåå âðå ìÿ ïðè çíàí «çî ëî òûì ñòàí äàð òîì» â òè ïè ðî âà íèè ðÿäà áàê òå ðè à ëü íûõ âîç áó äè òå ëåé èí ôåê öè îí íûõ çà áî ëå âà íèé. Ñóòü äàí íî ãî ìå òî äà çà êëþ ÷à åò ñÿ â òîì, ÷òî õðî ìî ñîì íóþ ÄÍÊ èçî ëÿ òîâ ìèê ðî îð ãà íèç ìà ðàñ ùåï ëÿ þò ðå ñò ðèê òà çà ìè (÷à ñ òî èñ ïî ëü çó þò ýí ­äî íóê ëå à çó ðå ñò ðèê öèè SmaI) с тем, что бы по лу чить 10–20 фраг мен ­тов. За тем про во дят элек т ро фо рез та ким об ра зом, что бы на прав ле ­ние элек т ри че ско го поля ме ня лось с опре де лен ной ча с то той, т. е. ток по да ет ся в им пу ль сном ре жи ме в раз ных на прав ле ни ях. В усло ­ви ях «пу ль си ру ю ще го» элек т ри че ско го поля, в от ли чие от тра ди ци ­он но го элек т ро фо ре за с по сто ян ным на прав ле ни ем элек т ри че ско го тока, круп ные фраг мен ты ДНК по лу ча ют воз мож ность миг ри ро вать че рез поры геля, что по зво ля ет их раз де лить по мас се. Ре зу ль тат элек т ро фо ре за оце ни ва ют при окра с ке геля бро ми стым эти ди ем и ви зу а ли за ции в уль т ра фи о ле то вом из лу че нии. Про фи ли ре ст рик ции (пат тер ны) изо ля тов пред став ля ют со бой на бо ры све тя щих ся по лос, со от вет ст ву ю щих по лу чен ным в ре зу ль та те ре ст рик ции фраг мен там ДНК. Пульс-элек т ро фо рез об ла да ет вы со чай шей раз ре ша ю щей спо ­соб но стью, од на ко дли те ль ность, тру до ем кость и не об хо ди мость ис ­по ль зо ва ния до ро го сто я ще го обо ру до ва ния и ре ак ти вов огра ни чи ва ­ют ис по ль зо ва ние дан но го ме то да при рас сле до ва нии вспы шек. При про ве де нии мно го цен т ро вых ис сле до ва ний с ис по ль зо ва ни ем дан ­но го ме то да тре бу ет ся про ве де ние внеш не го кон т ро ля ка че ст ва [3].
ÏÖÐ ÑÎ ÑËÓ ×ÀÉ ÍÎÉ ÀÌ Ï ËÈ ÔÈ ÊÀ ÖÈÅÉ ÏÎ ËÈ ÌÎÐ Ô ÍÎÉ ÄÍÊ (RAN DOM AM P LI FI CA TI ON OF PO LY MOR P HIC DNA, RAPD)
Ìå òîä ìî ëå êó ëÿð íî-ãå íå òè ÷å ñêî ãî òè ïè ðî âà íèÿ, îñíî âàí íûé íà îò ­æè ãå ïðè íå âû ñî êîé òåì ïå ðà òó ðå îä íî ãî ïðàé ìå ðà ñ ïðî èç âî ëü íîé êî ðîò êîé ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòüþ íà êîì ï ëå ìåí òàð íûõ ó÷à ñò êàõ îáå èõ öå ïåé ÄÍÊ. ×èñ ëî è ëî êà ëè çà öèÿ êîì ï ëå ìåí òàð íûõ ïðàé ìå ðó ó÷à ­ñò êîâ õðî ìî ñîì íîé ÄÍÊ ìî ãóò âà ðü è ðî âàòü ó øòàì ìîâ îä íî ãî âèäà. Êàê ïðà âè ëî, ðîä ñò âåí íûå øòàì ìû èìå þò îäè íà êî âûå ó÷à ñò êè îò ­æè ãà ïðàé ìå ðà, ÷òî îáåñ ïå ÷è âà åò ñèí òåç ÏÖÐ-ïðî äóê òîâ ðàç ëè÷ íîé
215
ìî ëå êó ëÿð íîé ìàñ ñû, êî òî ðûå âû ÿâ ëÿ þò ñÿ â âèäå îäè íà êî âî ãî íà ­áî ðà ôðàã ìåí òîâ íà ýëåê ò ðî ôî ðåã ðàì ìå (ôèí ãåð ï ðèí òà) [2].
ÐÀÇ ÐÛÂ (GAP)
Гэп, про черк (обо зна че ние (–)), ко то рый вво дят в вы рав ни ва ние для ком пен са ции встав ки (вы па де ния) нук ле о ти дов в од ной по сле до ва ­те ль но сти от но си те ль но дру гой [5].
ÐÀÑ ÑÒÎ ß ÍÈÅ Ð (P-DIS TAN CE)
Íå ñêîð ðåê òè ðî âàí íîå ýâî ëþ öè îí íîå ðàñ ñòî ÿ íèå. Îöå íè âà åò ðàç ëè ­÷èÿ ìåæ äó äâó ìÿ ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòÿ ìè ðàâ íîé äëè íû ÷å ðåç äîëþ (÷à ñ òî òó) íå ñî âïà äå íèé ìåæ äó íèìè [5].
ÐÅ ÊÎÌ ÁÈ ÍÀ ÖÈß (RE COM BI NA TI ON)
В ге не ти ке пе ре рас пре де ле ние ге не ти че ско го ма те ри а ла ро ди те лей в по том ст ве, обу слов ли ва ю щее ком би на тив ную из мен чи вость жи вых ор га низ мов [6].
ÐÅ ÑÒ ÐÈÊ ÒÀ ÇÀ, ÐÅ ÑÒ ÐÈÊ ÖÈ ÎÍ ÍÀß ÝÍ ÄÎ ÍÓÊ ËÅ À ÇÀ (RES T RIC ­TI ON EN DO NUC LE A SE)
Áàê òå ðè à ëü íûé ôåð ìåíò, ðàñ ùåï ëÿ þ ùèé ìî ëå êó ëó ÄÍÊ â ñòðî ãî ñïå öè ôè÷ íûõ ñàé òàõ. Ïðè ýòîì ðå ñò ðèê òà çû, äåé ñò âó þ ùèå íà îäè ­íà êî âûå ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòè íóê ëå î òè äîâ, íà çû âà þò ñÿ èçî øè çî ìå ­ðà ìè (isos c hi zo me res), ак тив ность изо ши зо ме ров ча с то за ви сит от ме ти ли ро ва ния (met hy la ti on) íóê ëå î òè äîâ â ñàé òå ðå ñò ðèê öèè. Ïðè ýòîì ðå ñò ðèê òà çà ìî æåò ðàñ ùåï ëÿòü ÄÍÊ íà ôðàã ìåí òû ñ òó ïû ìè (blunt ends — Hin dIII) èëè ñ «ëèï êè ìè» êîí öà ìè (co he si ve ends — Eco RI, Bam HI). Íà è ìå íî âà íèÿ ðå ñò ðèê òàç ÿâ ëÿ þò ñÿ 3–4-áóê âåí ­íû ìè àá áðå âè à òó ðà ìè ëà òèí ñêî ãî íà çâà íèÿ áàê òå ðè à ëü íî ãî øòàì ­ìà, èç êî òî ðî ãî îíè âû äå ëå íû (ñì. при ло же ние 6), а рим ская циф ра от ра жа ет хро но ло гию от кры тия фер мен та. При ме не ние ре ст рик таз по зво ли ло рез ко уве ли чить эф фек тив ность ана ли за струк ту ры ДНК ге но мов раз ных ор га низ мов (в ча ст но сти, с ис по ль зо ва ни ем ме то да ре ст рик ци он но го кар ти ро ва ния — res t ric ti on map ping è âû ÿâ ëå íèÿ ïî ëè ìîð ôèç ìà äëèí ðå ñò ðèê öè îí íûõ ôðàã ìåí òîâ res t ric ti on frag - ment length po ly mor p hism), à òàê æå ñäå ëà ëî âîç ìîæ íûì ïðî âå äå íèå ðà áîò ïî ãåí íîé èí æå íå ðèè. Çà îò êðû òèå ðå ñò ðèê òàç è èõ ïðè ìå íå ­íèå â ìî ëå êó ëÿð íîé ãå íå òè êå Â. Àð áåð, Õ. Ñìèò è Ä. Íà òàíñ áûëè óäî ñ òî å íû â 1978 ã. Íî áå ëåâ ñêîé ïðå ìèè [2].
ÑÀÉÒ (SITE)
Måñ òî ïî ëî æå íèå òî÷ êî âîé ìó òà öèè, ò. å. ëþ áàÿ ïàðà íóê ëå î òè äîâ â äâóõ öå ïî ÷å÷ íîé ìî ëå êó ëå ÄÍÊ. Áî ëåå øè ðî êî òåð ìèí «ñàéò» èñ ïî ­ëü çó þò äëÿ îáî çíà ÷å íèÿ ëþ áî ãî (ïðî èç âî ëü íî ãî ðàç ìå ðà, íî îáû÷ íî
216
íå áî ëü øî ãî) ó÷à ñò êà ãå íî ìà (ÄÍÊ, ÐÍÊ), ïî ëè ïåï òèä íîé ìî ëå êó ëû è äð [2].
ÑÀÉÒ ÐÅ ÑÒ ÐÈÊ ÖÈÈ (RES T RIC TI ON SITE, RES T RIC TI ON RE COG ­NI TI ON SITE)
Нук ле о тид ная по сле до ва те ль ность в мо ле ку ле ДНК, уз на ва е мая эн ­до нук ле а зой ре ст рик ции (ре ст рик та зой) [6].
ÑÅÊ ÂÅ ÍÈ ÐÎ ÂÀ ÍÈÅ (SE QU EN CING)
Îïðå äå ëå íèå ïî ðÿä êà íóê ëå î òè äîâ (ïàð íóê ëå î òè äîâ) â ìî ëå êó ëå íóê ëå è íî âîé êèñ ëî òû èëè ïî ðÿä êà àìè íî êèñ ëîò â áåë êå [9].
ÑÅ ËÅÊ ÒÈÂ ÍÎÅ ÏÐÅ È ÌÓ ÙÅ ÑÒ ÂÎ, ÏÐÅ È ÌÓ ÙÅ ÑÒ ÂÎ ÏÐÈ ÎÒ ­ÁÎ ÐÅ (SE LEC TI VE AD VAN TA GE (AD VAN CE))
По вы шен ная вы жи ва е мость од но го ге но ти па по от но ше нию к дру ­го му, вы ра жа ю ща я ся в его вы тес не нии из об щей эко ло ги че ской ниши [2].
ÑÎ ÑÅ ÄÈ (NE IG H BORS)
Íà ïðè ìåð, â ìå òî äå NJ (ñì.) ñî ñå äÿ ìè íà çû âà þò ñÿ äâà òàê ñî íà íà äå ­ðå âå áåç êîð íÿ, ñî å äè íåí íûå ÷å ðåç îäèí âíóò ðåí íèé óçåë [5].
ÑÏÅÉ ÑÅÐ (SPA CER)
Hет ран ск ри би ру е мый уча с ток мо ле ку лы ДНК, раз де ля ю щий по вто ­ря ю щи е ся транс кри би ру е мые эле мен ты ген но го кла с те ра. Обыч но спей се ры вы со ко из мен чи вы как по раз ме рам (в кла с те рах ге нов рРНК), так и по нук ле о тид но му со ста ву в от ли чие от кон сер ва тив ­ных транс кри би ру е мых уча ст ков (ге нов). Так же спей сер — лю бой не тран ск ри би ру е мый уча с ток ДНК, раз де ля ю щий ак тив ные гены (обыч но его раз мер 5–10 нук ле о тид ных пар). Ино гда спей сер мо жет транс кри би ро ва ть ся (tran s c ri bed spa cer) [2].
ÑÏÎ ËÈ ÃÎ ÒÈ ÏÈ ÐÎ ÂÀ ÍÈÅ (SPO LI GO TY PING, SPA CER OLI GO NUC ­LE O TI DE TY PING)
Àíà ëèç ïî ëè ìîð ôèç ìà DR-ëî êó ñà (ó÷à ñò êà, ñî äåð æà ùå ãî ïðÿ ìûå ïî ­âòî ðû) õðî ìî ñî ìû èçî ëÿ òîâ ìè êî áàê òå ðèé òó áåð êó ëå çà. Ñïî ëè ãî òè ­ïè ðî âà íèå îñíî âà íî íà äå òåê öèè 43 ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòåé (ñïåé ñå ­ðîâ), íà õî äÿ ùèõ ñÿ ìåæ äó ïðÿ ìû ìè ïî âòî ðà ìè (di rect re pe ats) ëè íåé íî ðàñ ïî ëî æåí íûõ íà õðî ìî ñî ìå ìè êî áàê òå ðèé òó áåð êó ëåç íî ãî êîì ï ­ëåê ñà [3].
ÒÀÊ ÑÎÍ (TA XON)
Åäè íè öà êëàñ ñè ôè êà öèè èëè åäè íè öà òàê ñî íî ìè ÷å ñêàÿ. Ñì. òàê æå òàê ñî íî ìèÿ [6].
217
ÒÀÊ ÑÎ ÍÎ ÌÈß (TA XO NO MY)
Òå î ðèÿ êëàñ ñè ôè êà öèè è ñè ñ òå ìà òè çà öèè îð ãà íèç ìîâ. Ñì. òàê æå êëàñ ñè ôè êà öèÿ, ñè ñ òå ìà òè êà [6].
ÒÎ ÏÎ ËÎ ÃÈß (TO PO LO GY)
 óç êîì ñìûñ ëå — õà ðàê òåð âåò â ëå íèÿ ôè ëî ãå íå òè ÷å ñêî ãî äå ðå âà [5].
ÒÎ× ÊÎ ÂÀß ÌÓ ÒÀ ÖÈß (PO INT MU TA TI ON)
Ãåí íàÿ ìó òà öèÿ (gene mu ta ti on), ïðåä ñòàâ ëÿ þ ùàÿ ñî áîé çà ìå íó (â ðå çó ëü òà òå òðàí çè öèè (tran si ti on) или транс вер сии — tran s ver si on), встав ку или по те рю од но го нук ле о ти да [2].
ТРАНС ДУК ТАНТ (TRAN S DUC TANT)
Бак те ри а ль ная клет ка, со дер жа щая уча с ток ге но ма (бак те ри а ль ной хро мо со мы или плаз мид ной ДНК), пе ре не сен ный в нее от до но ра при транс дук ции (tran s duc ti on) [2].
ТРАНС ДУК ЦИЯ (TRAN S DUC TI ON)
Ïå ðå äà ÷à (ïå ðå íîñ) ãå íå òè ÷å ñêîé èí ôîð ìà öèè îò îä íîé áàê òå ðè à ëü ­íîé êëåò êè (äî íî ðà) ê äðó ãîé (ðå öè ïè åí òó) ñ ïî ìî ùüþ áàê òå ðè î ôà ­ãà. Ðàç ëè ÷à þò íå ñïå öè ôè ÷å ñêóþ (non s pe ci fic tran s duc ti on), îãðà íè ÷åí ­íóþ (spe ci al tran s duc ti on) и абор тив ную транс дук цию (abor ti ve tran s - duc ti on), à òàê æå êîò ðàí ñ äóê öèþ (cot ran s duc ti on). Транс дук ция была от кры та Дж. Ле дер бер гом и Н. Цин де ром в 1952г. у Sal mo nel la typ hi - mu ri um è ôàãà Ð22 [2].
ТРАНС ДУК ЦИЯ ОГРА НИ ЧЕН НАЯ (СПЕ ЦИ ФИ ЧЕ СКАЯ) (SPE CI A ­LI ZED (SPE CI AL, RES T RIC TED) TRAN S DUC TI ON)
Пе ре да ча от бак те ри а ль но го до но ра бак те ри а ль но му ре ци пи ен ту с по мо щью бак те ри о фа га стро го опре де лен но го фраг мен та бак те ри а ­ль ной ДНК, рас по ло жен но го вбли зи сай та ин тег ра ции бак те ри о фа га (как пра ви ло, не ско ль ких ге нов); к бак те ри о фа гам, осу ще ст в ля ю ­щим огра ни чен ную транс дук цию, от но сят ся фаг лям б да (lam b da pha ge) è äðó ãèå óìå ðåí íûå ôàãè [2].
ТРАНС ДУ ЦИ РУ Ю ЩИЙ ФАГ (TRAN S DU CING PHA GE)
Óìå ðåí íûé áàê òå ðè î ôàã (tem pe ra te pha ge), осу ще ст в ля ю щий про цесс транс дук ции (tran s duc ti on), — на при мер, транс ду ци ру ю щи ми яв ля ­ют ся фаги Р22 (для Sal mo nel la typ hi mu ri um), Ð1, ôàã ëÿì á äà (äëÿ E. coli), ÐÂS1, SÐ10 (äëÿ Ba cil lus sub ti lis) è ò. ä. [2].
ТРАНС ПО ЗОН (TRAN S PO SON)
Ôîð ìà ìî áè ëü íûõ ãå íå òè ÷å ñêèõ ýëå ìåí òîâ, îò ëè ÷à þ ùèõ ñÿ îò IS-ýëå ìåí òîâ (IS-ele ments) на ли чи ем струк тур ных ге нов, де тер ми ни ­ру ю щих фун к ции, не свя за ные не по сред ст вен но с са мим про цес сом
218
пе ре ме ще ния транспозона по ге но му (на при мер, гены устой чи во сти к ан ти би о ти кам и др.) [2].
ТРАНС ФОР МАНТ (TRAN S FOR MANT)
Бак те ри а ль ная клет ка с из ме нен ным ге но ти пом (и, со от вет ст вен но, фе но ти пом) в ре зу ль та те транс фор ма ции (tran s for ma ti on) [2].
ТРАНС ФОР МА ЦИЯ (TRAN S FOR MA TI ON)
Ïå ðå íîñ ãå íå òè ÷å ñêîé èí ôîð ìà öèè â áàê òå ðè à ëü íûå êëåò êè ïðè ïî ­ìî ùè èçî ëè ðî âàí íîé ÄÍÊ ñ ó÷à ñ òè åì èëè áåç ïëàç ìèä (plas mid), но все гда без уча с тия ви ру сов (тог да — транс дук ция — tran s duc ti on). Спо соб ность клет ки к вос при я тию эк зо ген ной ДНК в про цес се транс фор ма ции — ком пе тен т ность (на при мер, в ко ло нии бак те рий та ких кле ток не бо лее не ско ль ких про цен тов, од на ко чис ло ком пе ­тен т ных кле ток мо жет быть уве ли че но с по мо щью спе ци а ль ной об ­ра бот ки). Транс фор ма ция об на ру же на у бо ль шин ст ва про ка ри от, а в по след ние годы — и у эука ри от, вклю чая вы сшие рас те ния и мле ко ­пи та ю щих. Од на из форм — спон тан ная транс фор ма ция (spon ta neo us tran s for ma ti on). Так же транс фор ма ция — про цесс пре вра ще ния нор ­ма ль ных кле ток жи вот ных в опу хо ле вые (tran s for med cells) êàê ñïîí - тан но, так и под дей ст ви ем он ко ген ных ви ру сов или других кан це ­ро ген ных воз дей ст вий [2].
ÓÇÅË (NODE)
Íà ôè ëî ãå íå òè ÷å ñêîì äå ðå âå — ïî ñëåä íèé îá ùèé ïðå äîê äëÿ ïî ñëå ­äî âà òå ëü íî ñòåé, îò âåò â ëÿ þ ùèõ ñÿ îò íåãî [4].
ÔÀ ÃÎ ÂÀß (ËÈ ÇÎ ÃÅÍ ÍÀß) ÊÎÍ ÂÅÐ ÑÈß (PHA GE (LY SO GE NIC) CON VER SI ON)
Èç ìå íå íèå ïðè çíà êîâ (îá ðà çî âà íèå òîê ñè íîâ, íå êî òî ðûõ ôåð ìåí òîâ è ò. ï.) ëè çî ãåí íîé áàê òå ðè à ëü íîé êëåò êè, ñî äåð æà ùåé óìå ðåí íûé áàê òå ðè î ôàã. Ôà ãî âàÿ êîí âåð ñèÿ âû ñî êî ýô ôåê òèâ íà (ñâîé ñò âåí íà ïðàê òè ÷å ñêè âñåì çà ðà æåí íûì êëåò êàì) è îá ðà òè ìà (ïðè ïî òå ðå ôàãà âîñ ñòà íàâ ëè âà åò ñÿ íîð ìà ëü íûé ôå íî òèï áàê òå ðèè). Ïðè ìå ðîì ôà ãî ­âîé êîí âåð ñèè ÿâ ëÿ åò ñÿ ïðè îá ðå òå íèå èì ìó íè òå òà ê ïî âòîð íî ìó çà ­ðà æå íèþ ãî ìî ëî ãè÷ íûì ôà ãîì [2].
ÔÅ ÍÎ ÒÈÏ (PHE NO TY PE)
Cо во куп ность всех при зна ков осо би, фор ми ру ю ща я ся в про цес се взаи мо дей ст вия ее ге но ти па и внеш ней сре ды. Фе но тип — все гда ча ­ст ный слу чай вы ра же ния ге но ти па (ко то рый ни ког да пол но стью про я ви ть ся не мо жет), за ви ся щий от кон к рет ных усло вий сре ды. Тер мин «фенотип» вве ден В. Иоган зе ном в 1903 г. [2].
219
ÔÈ ËÎ ÃÅ ÍÅ ÒÈ ÊÀ ÌÎ ËÅ ÊÓ ËßÐ ÍÀß (MO LE CU LAR PHY LO GE NE ­TICS)
Ýòî èçó ÷å íèå ôè ëî ãå íå çà ïó òåì àíà ëè çà íóê ëå î òèä íûõ è àìè íî êèñ ­ëîò íûõ ïî ñëå äî âà òå ëü íî ñòåé, ò. å. ìî äå ëè ðî âà íèå ýâî ëþ öè îí íûõ ïðî öåñ ñîâ íà ìî ëå êó ëÿð íîì óðîâ íå [5].
ÔÈ ËÎ ÃÅ ÍÅ ÒÈ ×Å ÑÊÎÅ ÄÅ ÐÅ ÂÎ, ÊËÀ ÄÎà ÐÀÌ ÌÀ (PHY LO GE NE ­TIC TREE, CLA DOG RAM)
1. Cõå ìà ïðåä ïî ëà ãà å ìûõ ãå íå à ëî ãè ÷å ñêèõ (ýâî ëþ öè îí íûõ) ñâÿ çåé
îñî áåé, ïî ïó ëÿ öèé èëè òàê ñî íîâ ðàç ëè÷ íî ãî óðîâ íÿ â ðàç ðå çå èñ -
то ри че ско го вре ме ни; точ ки «вет в ле ний» на кладограмме со от вет -
ñò âó þò ãè ïî òå òè ÷å ñêèì ìî ìåí òàì îá ðà çî âà íèÿ íî âûõ ôîðì (äè -
âåð ãåí öèè) [2].
2. Ãðà ôè ÷å ñêîå îòî áðà æå íèå ôè ëî ãå íå òè ÷å ñêèõ ñâÿ çåé ñðàâ íè âà å -
ìûõ ôîðì. Êàæ äîå äå ðå âî ñî ñòî èò èç òàê íà çû âà å ìûõ óç ëîâ è âåò -
âåé, ñî å äè íÿ þ ùèõ óçëû. Ðàç ëè ÷à þò íà ðóæ íûå (ñì.) (òåð ìè íà ëü -
íûå) è âíóò ðåí íèå (ñì.) óçëû. Âåò âè òàê æå áû âà þò íà ðóæ íû ìè è
âíóò ðåí íè ìè. Äëè íà âåò âè ÷èñ ëåí íî õà ðàê òå ðè çó åò èç ìå íå íèÿ,
êî òî ðûå ïðî è çîø ëè ìåæ äó ôîð ìà ìè â ïðî öåñ ñå ýâî ëþ öèè èëè ñå -
ëåê öèè [5].
ÔÈÍ ÃÅÐ Ï ÐÈÍ ÒÈÍà (ÌÅ ÒÎÄ «ÎÒ ÏÅ ×ÀÒ ÊΠÏÀ ËÜ ÖÅ») (FIN ­GER P RINT MET HOD, FIN GER P RIN TING)
Mе тод ана ли за пер вич ной струк ту ры ДНК, РНК и ри бо нук ле оп ро те ­и дов пу тем по сле до ва те ль но го хро ма тог ра фи че ско го и элек т ро фо ре ­ти че ско го раз де ле ния оли го нук ле о ти дов, об ра зу ю щих ся под дей ст ви ­ем ДНКаз или РНКаз. Пер во на ча ль но ме тод фин гер п рин тин га был раз ра бо тан для срав ни те ль но го ана ли за пер вич ной струк ту ры го мо ло ­гич ных бел ков и за клю чал ся в раз де ле нии пеп ти дов, об ра зу ю щих ся по сле рас щеп ле ния бел ков про те а за ми, с по мо щью дву мер но го элек т ­ро фо ре за. Наи бо лее рас про стра нен ный ва ри ант фин гер п рин тин га — ме тод ге не ти че ских «от пе чат ков па ль цев» (DNA fin ger p rint tec h ni que) [2].
ÔÓÍ Ê ÖÈ Î ÍÀ ËÜ ÍÀß ÃÅ ÍÎ ÌÈ ÊÀ (FUN C TI O NAL GE NO MICS)
На прав ле ние со вре мен ной мо ле ку ляр ной био ло гии и ге не ти ки, основ ной це лью ко то рой яв ля ет ся изу че ние ре а ли за ции на след ст ­вен ной ин фор ма ции, за ко ди ро ван ной в ге но ме (путь от гена к при ­зна ку), а основ ной за да чей — пред ска за ние фун к ции ге нов, ре кон ст ­рук ция ме та бо лиз ма [5].
ÕÐÎ ÌÎ ÑÎ ÌÀ ÁÀÊ ÒÅ ÐÈ À ËÜ ÍÀß (BAC TE RI AL CHRO MO SO ME)
Ìî ëå êó ëà ÄÍÊ ó áàê òå ðèé, èìå þ ùàÿ âèä çàì êíó òîé â êî ëü öî íèòè. Ôóí ê öè î íà ëü íî ñî îò âåò ñò âó åò ÿäðó ýóêà ðè îò íûõ êëå òîê [6].
220
Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]