
- •1. Биохимия - молекулярная логика живых организмов. Состав живой материи
- •1.1. Химическая организация клетки. Основные классы биомолекул, общие принципы их строения
- •1.2. Строение и функции клетки эукариотов и прокариотов. Внутриклеточные органеллы.
- •1.3. Особенности организации биосинтетических процессов в клетках прокариот и эукариот
- •2. Аминокислоты и белки
- •Строение и классификация аминокислот
- •Стереоизомерия.
- •Кислотно-основные свойства аминокислот
- •2.2. Пептиды. Строение пептидов. Особенности пептидной связи.
- •2.3. Белки и их основные признаки. Классификации белков. Биологические функции белков и пептидов (ферменты, гормоны, транспортные белки, структурные белки, иммуноглобулины, рецепторы).
- •Классификация белков
- •Биологические функции белков
- •Пространственное расположение полипептидных цепей (Конформация пептидных цепей в белках)
- •2.6.Четвертичная структура белка. Свойства олигомерных белков. Роль четвертичной структуры в проявлении определенных функций белка.
- •К инетика оксигенирования миоглобина и гемоглобина
- •Транспорт двуокиси углерода
- •Молекулярная основа эффекта Бора
- •Регуляция 2,3-бисфосфоглицератом
- •Изофункциональные белки
- •3.Биологический катализ. Ферменты.
- •Особенности ферментов как биокатализаторов
- •Ферменты
- •Принципы построения рабочего названия фермента
- •Список ферментов
- •Механизм действия ферментов. Активный центр ферментов
- •Механизм действия ферментов (на примере фермента холинэстеразы)
- •Причины высокой каталитической активности.
- •3.2.Субстратная специфичность. Специфичность пути превращения.
- •Специфичность пути превращения
- •6.2. Линеризация уравнения Михаэлиса-Ментен
- •Зависимость скорости ферментативной реакции от температуры
- •Зависимость скорости ферментативной реакции от рН
- •Обратимое конкурентное ингибирование аналогами субстрата
- •Обратимое неконкурентное ингибирование
- •Необратимое ингибирование
- •Регуляция количества фермента путем регуляции скорости его синтеза и распада
- •Превращение ферментов в активные формы
- •Регуляция активности ферментов путем их ковалентной модификации
- •Регуляция белковыми ингибиторами
- •Аллостерическая регуляция
- •Ингибирование по принципу обратной связи
- •4. Строение, состав и физиологическая роль клеточной стенки и цитоплазматической мембраны.
- •Функции мембран
- •Мембранные липиды. Образование липидного бислоя мембран.
- •Мембранные белки. Жидко-мозаичное строение мембран
- •Функции мембранных гликолипидов, гликопротеинов, белков:
- •Свойства биологических мембран
- •Пассивный транспорт
- •Активный транспорт
- •Экзо- и эндоцитоз
- •Системы унипорта, симпорта и антипорта
- •4.3. Строение клеточной стенки грамположительных и грамотрицательных бактерий.
- •5. Пути и механизмы преобразования энергии в живых системах
- •5.1. Метаболизм. Катаболизм и анаболизм
- •Макроэргические соединения
- •Фазы освобождения энергии из питательных веществ
- •Роль высокоэнергетических фосфатов в улавливании энергии. Субстратное и окислительное фосфорилирование
- •Организация дыхательной цепи в митохондриях
- •Механизм сопряжения окисления и фосфорилирования
- •Строение атф-синтазы и синтез атф
- •Коэффициент окислительного фосфорилирования
- •Дыхательный контроль
- •Энергетический обмен и теплопродукция
- •5.4. Фотосинтез и хемосинтез. Фотосинтез
- •Световая стадия фотосинтеза
- •Механизм световой фазы фотосинтеза
- •Темновая фаза фотосинтеза
- •Хемосинтез
- •6. Основные метаболические пути углеводов.
- •6.1. Общая схема превращения глюкозы. Метаболизм глюкозы в печени
- •Энергетический выход аэробного распада глюкозы
- •6.3. Пентозфосфатный путь.
- •Биосинтез глюкозы (глюконеогенез)
- •Субстраты для глюконеогенеза
- •Биосинтез гликогена (гликогенез)
- •Распад гликогена (гликогенолиз)
- •П ревращение в жирные кислоты и холестерол
- •6.4. Брожение.
- •6.5. Биосинтез глюкозы. Обходные пути глюконеогенеза. Биосинтез глюкозы (глюконеогенез)
- •Субстраты для глюконеогенеза
- •Биосинтез гликогена (гликогенез)
- •Распад гликогена (гликогенолиз)
- •П ревращение в жирные кислоты и холестерол
- •6.6. Биосинтез глюкозы из двухуглеродных соединений (глиоксилатный цикл).
- •7. Обмен липидов.
- •7.1. Катаболизм глицерина.
- •Окисление до со2 и образование атф
- •7.3. Биосинтез липидов.
- •8. Обмен белков
- •8.1. Общая схема метаболизма аминокислот. Механизмы транспорта аминокислот в клетку. Метаболизм аминокислот в печени
- •8.2. Дезаминирование аминокислот: окислительное дезаминирование, трансаминирование, непрямое дезаминирование (трансдезаминирование).
- •8.3. Превращения углеродного скелета аминокислот. Кетогенные и гликогенные аминокислоты.
- •8.4. Декарбоксилирование аминокислот. Биогенные амины.
- •8.5. Азотфиксация.
- •8.6. Биосинтез заменимых и незаменимых аминокислот.
- •9. Вторичные метаболиты бактерий и растений
- •Библиография
Механизм световой фазы фотосинтеза
В световой фазе фотосинтеза участвуют две фотосистемы (ФС) I и II. ФС I содержит в основном хлорофилл а, поглощающий при 680 нм, а ФС II – при 680 нм.
Поглощение кванта света ФС I переводит хлорофилл-700 в электронно-возбужденное состояние. Происходит восстановление акцептора электронов неизвестной природы Аred, при этом возбужденный хлорофилл превращается в катион-радикал, т.е. в его молекуле образуется «электронная дырка»:
Chl + hν → Chl*
Chl* + Aox → Chl+ + Ared
Высокоэнергетические электроны из Ared, восстанавливают железосерный белок ферредоксин, который принимает участие в восстановлении НАДФ, под действием фермента ферредоксин: НАДФ+-оксидоредуктаза:
2FDred + НАДФ+ + 2H+ → 2 FDox + НАДФНН+
В ФС II за возбуждение молекулы хлорофилла следует передача возбужденного электрона на акцептор электронов А'red. При этом образуется катион-радикал хлорофилла и сильны окислитель, который принимает участие в окислении молекулы воды до молекулярного кислорода, а электроны из молекулы воды поступают в цепь переносчиков электронов от ФС I в ФС II.
В цепь переносчиков электронов от ФС I в ФС II входят:
- пластохинон – структурный аналог убихинона;
- цитохромы;
- пластоцианин РС – медьсодержащий белок, передающий электроны в реакционный центр фотосистемы I и заполняющий в нем «электронную дырку».
Часть энергии электронов, проходящих через цепь переносчиков от ФС I в ФС II трансформируется в химическую энергию АТФ (нециклическое фотосинтетическое фосфорилирование).
Механизм фотосинтетического фосфорилирования сходен с синтезом АТФ в ходе окислительного фосфорилирования. Переносчики электронов интегрированы в мембрану тилакоидов таким образом, что перенос электронов создает поток электронов внутрь тилакоида. На мембране создается электрохимический протонный потенциал, который используется интегрированной в мембрану Н+-зависимой АТФ-синтазой, которая катализирует фосфорилирование АДФ.
Суммарно процесс, протекающий в световой фазе фотосинтеза можно записать как:
nhν
2НАДФ+ + mАДФ + mН3РО4 + 2Н2О → 2HАДФНН+ + mАТФ + О2
Существует дополнительный механизм – циклическое фотосинтетическое фосфорилирование, обеспечивающий синтез АТФ без сопутствующего восстановления НАДФ и выделения кислорода. При этом поток поступивших из реакционного центра ФС I и восстановивших Ared электронов возвращается в ФС I, и используется для синтеза АТФ, проходя через цитохромы и РС. Этот путь функционирует, когда клетка обеспечена НАДФ, но испытывает потребность в АТФ.
Темновая фаза фотосинтеза
АТФ и восстановленный НАДФ, образовавшиеся в световой фазе фотосинтеза, используются в темновой фазе фотосинтеза для синтеза углеводов, сопряженного с ассимиляцией углекислого газа.
Образование глюкозы происходит в строме хлоропластов в результате цикла каталитических реакций, называемого цикл Кальвина, (восстановительный пентозофосфатный цикл или С3-путь).
Фиксация газообразного СО2 в органический продукт происходит на первом этапе цикла Кальвина и катализируется ферментом рибулозо-1,5-бифосфаткарбоксилазой (рубиско):
Схема реакций цикла Кальвина представлена на рис.
Рис. Цикл Кальвина.
Сначала 3-фосфоглицерат фосфорилируется АТФ с образованием 1,3-бифос-фоглицерата, который затем восстанавливается НАДФН до глицеральдегид-3-фосфата. Полученный триозофосфат затем вступает в ряд реакций изомеризации, конденсации и перегруппировок, дающих 3 молекулы рибулозо-5-фосфата. Последний фосфорилируется при участии АТФ с образованием рибулозо-1,5-бифосфата и, таким образом цикл замыкается. Одна из 6 образующихся молекул глицеральдегид-3-фосфата превращается в глюкозо-6-фосфат и используется затем для синтеза крахмала либо выделяется из хлоропласта в цитоплазму. Глицеральдегид-3-фосфат может также превращаться в 3-глицерофосфат и затем в липиды. Триозофосфаты, поступающие из хлоропласта, превращаются в основном в сахарозу, которая переносится из листа в другие части растения.
Из всех реакций цикла Кальвина только две специфичны для зеленых растений: 1) акцептирование СО2 рибулозо-1,5-бифосфатом и быстрое преобразование шестиуглеродного соединения в 3-фосфоглицериновую кислоту; 2) фосфорилирование рибулозо-5-фофата в рибулозо-1,5-бифосфат. Остальные реакции идут и в тех клетках, где фотосинтеза нет. Многие из этих реакций являются обратимыми и имеют место при брожении и дыхании.
Как видно из цикла Кальвина на каждую ассимилированную молекулу СО2 затрачивается 2 молекулы НАДФНН+ и три молекулы АТФ. Поскольку на фотосинтез одной молекулы фруктозо-6-фосфата затрачивается 6 молекул СО2, то необходимо, следовательно, использовать 12 молекул НАДФНН+ 18 молекул АТФ.
Суммарную реакцию фотосинтеза можно записать как:
6СО2 + 12 НАДФНН+ + 18АТФ + 11Н2О → фруктозо-6-фосфат + 12НАДФ+ + 18АДФ + 17 Н3РО4
Образовавшийся в цикле Кальвина фруктозо-6-фосфат при участии специфических ферментных систем может легко превращаться в глюкозу, галактозу, маннозу.
Энергетическая эффективность цикла (отношение энергии фотонов, необходимых для фотосинтеза АТФ и НАДФН, к ∆G0 образования углевода из CO2) с учетом действующих в строме хлоропласта концентраций субстратов составляет 83%.