книги из ГПНТБ / Гласкер, Дж. Анализ кристаллической структуры
.pdfРис. 34. Аномальная дисперсия.
(а) Разности хода при наличии аномального источника рас сеяния в элементарной ячейке. Предположим, что для опреде
ленного |
отражения аномальный источник рассеяния (жирные |
|
кружки) |
приводит |
к разности фаз q, что добавляется к обычной |
разности |
2р между |
излучением, рассеянным нормальным атомом |
в этом положении, и излучением, рассеянным нормальным ато мом в некотором другом положении (светлые кружки). Нетрудно понять, что разность хода для отражения hkl при аномальном рассеянии есть 2р + q, а для отражения Rffi 2р — q. Если бы аномальйое рассеяние вообще не имело места, то в обоих случаях разность хода была бы одинаковой, а именно 2р. Поскольку ин тенсивность дифрагированного пучка зависит от разности хода между волнами, рассеянными различными атомами элементарной ячейки, результатом аномального рассеяния является разность
интенсивностей между |
hkl и Ш1. Можно |
вычислить значения |
| F(hkl) | и \F (hkl)\ |
и выяснить, какое из |
них больше. Если |
вычисленный знак разности между ними соответствует экспери ментально измеренной разности, то, следовательно, конфигурация модели была правильной; если нет, то конфигурацию модели
следует изменить, т. е. если |
| F0 {hkl) \ > | F0 (Ш) | , то с необхо |
|||
димостью |
будем иметь \Fc(hkl)\ |
> | Fc{Fik7) | . См. приложение 9, |
||
стр. |
204. |
Найденная абсолютная конфигурация гидроизоцитрат- |
||
иона |
(б) |
|||
в кристалле калиевой |
соли |
(+)-изолимонной кислоты, изо |
лированной из Bryophyllum calycinum [Е]. Молекула не может быть совмещена со своим зеркальным отражением. Показаны также соответствующие формулы Фишера и Ньюмена,
6 Зак. 81
162 Часть III
Для определения других величин, описывающих гео метрию молекулы и их упаковку в кристалле, сущест вуют некоторые другие формулы. .Однако, если чита тель, изучающий статью по кристаллографии, поже лает проделать (особенно в неортогональной системе) какие-либо расчеты расстояний, углов, плоскостей или вообще геометрии, то ему лучше всего воспользовать ся векторной (или тензорной) алгеброй. Погрешности определения углов, расстояний и других молекуляр ных характеристик можно получить, используя урав нения (36) и (37), из погрешностей атомных пара метров и размеров ячейки.
Атомное и молекулярное движение. Влияние теп ловых колебаний атомов в кристаллах на рассеяние рентгеновских лучей этими атомами обсуждалось в подрисуночной подписи к рис. 15 и в соответствую щем тексте (стр. 82). Простейшее допущение заклю чается в том, что каждый атом предполагается движущимся одинаково во всех направлениях, т. е. движение считается изотропным. Уменьшение интен-
270°
Уточнение структуры и структурная информация |
163 |
сивности рассеяния, обусловленное этим движением, зависит только от угла рассеяния и не зависит от ориентации кристалла по отношению к первичному пучку рентгеновских лучей. Как указывалось в под* пней к рис. 1 5 ( b ) , такое изотропное движение приво дит к экспоненциальному уменьшению эффективных
Рис. 35. Изоморфное замещение плюс аномальное рассеяние.
Для устранения неоднозначности в определении фазовых уг лов методом изоморфного замещения можно использовать эф фект аномального рассеяния замещенным атомом М. Эффект аномального рассеяния (приложение 9) заключается в появлении фазового сдвига, приводящего к тому, что атомный фактор рас сеяния замещенного атома становится вместо действительного числа f комплексным (f + Дf') + i&f". Предположим, что А к В относятся к компонентам структурного фактора полной структуры без аномального рассеяния, А" и В" — к тем же компонентам для структуры с аномальным рассеянием, а Лы и Вм — к ком понентам для одного замещенного атома с аномальным рас сеянием.
Лм = 0(/ + ДК + /ДП.
В М = Я (f + Д / '- И Д Г ) ,
A" = A + G ДК + Ю Дf" = А' + Ю ДГ,
В" = В + В Д/' + 1Н Ц" = В' + Ш Ц".
Как показано в приложении 9, для полной структуры с ано мальным рассеянием имеем
| F (hkl) | = |
У {А' — Н Д И * + |
(В' + |
G Д П 2. |
|
| F (hkl) | = |
У (А' + |
Я Д Г )2 + |
(В' - |
GДf")K |
Поэтому | F(hkl) | и |
| F(IUil) | |
различны; чтобы выяснить, кото |
рый из этих факторов больше, следует измерить интенсивность каждого рефлекса, как это показано в приложении 9.
Предположим, что методом изоморфного замещения с ис пользованием двух производных некоторой молекулы (рис. 27) найдены два возможных фазовых угла ai и аг. Как видно из диаграммы, для оц можно ожидать, что | F(FM) | больше, чем
\F(hkl)\, а для аг \F(hkl)\ больше, чем \ Р(Ш )\. Таким об разом, если абсолютное положение атома М (в рассматриваемой координатной системе) известно, то сравнение измеренных интен сивностей hkl и Ш позволяет выбрать из этих двух возможно стей правильный фазовый угол. В этом случае можно вычислить величины G и Я.
6*
Уточнение структуры и структурная информация |
165 |
атомных рассеивающих факторов при увеличении угла рассеяния 20. Рассеивающий фактор f любого неподвижного атома заменяется при этом на
(38)
где Biso представляет собой изотропный температур ный фактор *. Однако ясно, что изотропное прибли жение слишком грубо для описания истинного движения атомов в большинстве кристаллов, ибо окру жение этих атомов на самом деле далеко не изотроп но. Благодаря развитию быстродействующих вычи слительных машин в последние два десятилетия появилась возможность получать точные данные по интенсивности и анализировать их, учитывая такие
Рис. 36. Молекулярное движение.
Анизотропное движение атомов обычно описывается «тепло выми эллипсоидам»», как в примере, взятом при изучении струк туры дигидроцитрата натрия [Ж]. Полностью показаны два иона дигидроцитрата и два иона натрия, сгруппированные около центра симметрии; кроме того, показаны два атома [0(5) и 0 (2 )] каж дого из двух ионов дигидроцитрата. Жирные линии представляют собой ковалентные связи, светлые означают координационные взаимодействия атомов кислорода с ионом натрия.
Три числа около каждого из эллипсоидов в правой половине рисунка указывают среднеквадратичные смещения (А) вдоль трех главных осей этого эллипсоида. Для некоторых атомов анизотро пия движения видна достаточно хорошо, а особенно для тех, которые находятся на концах иона; для этих периферических ато мов самое большое движение всегда происходит в направлениях, перпендикулярных к направлению связи. Именно такого резуль тата и следовало ожидать. Тот факт, что он получился в рас чете, основанном на экспериментальных данных, можно рассмат ривать как доказательство корректности интерпретации дифрак ционных данных.
* Термин «температурный фактор» обычно используют для обозначения констант в экспонентах уравнения (38) и приведен ного ниже уравнения (39), несмотря на то что уже давно было известно, что поправка на тепловые колебания необходима даже; при- О °К, поскольку колебания сохраняются при низких темпера турах, и если исследование проводится только при какой-либо одной температуре, то статический беспорядок может моделиро вать динамический.
166 |
Часть III |
тонкие эффекты, как весьма сложное атомное и моле кулярное движение. Следующим приближением после рассмотренного выше простейшего приближения (изо тропного) является допущение, что движение атомов эллипсоидально, т. е. что его можно описать при по мощи шести параметров эллипсоида общего типа, а не одним параметром, характеризующим сферу. Три из этих шести параметров определяют длины трех взаимно перпендикулярных осей, описывающих дви жения в трех направлениях, а три других — опреде ляют ориентацию осей эллипсоида по отношению к осям кристалла. Такое представление атомного дви жения для части структуры дигидроцитрата натрия показано на рис. 36. Важно отметить, что как степень анизотропии, так и протяженность атомного движе ния (амплитуды) в различных местах цитрат-иона различны, причем наибольшие амплитуды характер ны для периферических атомов. Чтобы учесть вклад этого эллипсоидального движения в уравнения для структурных факторов, вводят экспоненциальный фактор, аналогичный фактору, описываемому форму лой (38), однако поскольку на этот раз имеется шесть «анизотропных температурных факторов» Ьц, то их используют в качестве множителей индексов каждого рефлекса hkl в экспоненте, т. е.
Q -(b \\h :i-{'b2ik'1+biTl2-\-biihk-\-b2ikl-¥bb\hl)' |
( 39) |
Температурные факторы b{j различных атомов струк туры, как правило, все разные.
Описанное выше эллипсоидальное движение ато мов удобно для практических расчетов, однако с фи зической точки зрения оно может и не быть наиболее реалистичным; что же касается современного струк турного анализа, то такое приближение оправдало Себя как вполне адекватное. На современной стадии развития техники кристаллографии лишь очень редко делаются попытки проанализировать атомное движе ние в терминах более сложной модели, чем эллипсои дальная модель, хотя ясно, что движения атомов в кристалле часто могут быть и более сложными. Так, атомы могут двигаться скорее по дуге, чем по
Уточнение структуры и структурная информация |
167 |
прямой линии; кроме того, энгармонизм потенциаль ной функции колебания приводит к тому, что движе ние от положения равновесия будет более пологим в одну сторону, чем в другую. Чтобы проанализиро вать такое движение, необходимы наилучшие совре менные данные. Существует немало примеров опре деления кристаллической структуры, в которых даже такая упрощенная модель, как эллипсоидальная, на самом деле является неоправданной просто потому, что данные по интенсивностям не были достаточно качественными. «Колебательные параметры», полу ченные на основе этих данных, по крайней мере ча стично являются артефактами; в частности, ложная анизотропия движения некоторых атомов структуры может быть следствием пренебрежения поправками на поглощение в кристалле нерегулярной формы. Однако, используя подходящее излучение, а также кристалл с соответствующими размерами и формой, можно либо оценить, либо свести к минимуму ошиб ки, связанные с таким поглощением. Когда же это сделано и из рентгенографических данных получены параметры анизотропии движения атомов (а это де лается лишь в лучших работах), то найденная таким способом анизотропия должна отражать действитель ность.
Движение молекул как целого. Некоторые моле кулы приближенно можно рассматривать как твердые тела, т. е. считать, что при их движении относитель ные положения всех атомов (а следовательно, и все межатомные расстояния) остаются неизменными. Та ким образом, можно считать, что молекулы движутся как целое. Конечно, это всего лишь приближение, поскольку «внутренние» колебания —движение како го-нибудь атома в молекуле по отношению к его со седям — всегда имеют место, однако во многих крикристаллах движение целых молекул (или ионов) много больше внутренних колебаний. Анализ отдель ных анизотропных параметров температурного фак тора молекул в кристаллах обнаруживает иногда не которые интересные свойства молекулярного движе ния, которые часто удается скоррелировать с формой
168 |
Часть III |
■молекулы |
и с природой ее окружения в кристалле. |
•Движение молекулы, вообще говоря, можно описать в терминах трех компонентов: трансляционного дви жения (колебания по прямой линии), либрационного
•движения (колебания по дуге), а также комбинацией трансляционного и либрационного движений, которую можно рассматривать как колебание по спирали. Не которые молекулы, не являющиеся вполне жесткими, можно считать состоящими из жестких сегментов, соединенных нежесткими связями. К ним относятся такие молекулы, как дифенил и его производные, в которых торсионные колебания вокруг связи между кольцами очень велики. Методы анализа молекуляр ного движения в таких молекулах, которые можно рассматривать как системы, построенные из жестких участков, в настоящее время успешно развиваются.
Одно важное свойство либрационного движения состоит в том, что внутримолекулярные расстояния
•кажутся несколько короче, чем они есть на самом деле; особенно это касается расстояний, перпендику лярных осям, около которых наблюдается существен ное либрационное движение. Если картина движения известна, то нетрудно найти приближенную поправку -к внутримолекулярным расстояниям, однако для не жестких молекул достаточно точных формул для та ких поправок не существует. Это еще один пример систематической ошибки, которая приводит к значи тельно меньшей точности полученного результата, чем точность, основанная на статистическом анализе и -предположении о случайности ошибок. Что же ка сается межмолекулярных расстояний, то при наличии существенного молекулярного движения для них мож но указать лишь весьма неопределенные пределы из- ■менения, ибо корреляция движения одной молекулы -с ее соседями неизвестна.
Дифракция нейтронов. Рентгено- и нейтронография
• во многих отношениях дополняют одна другую, по-
• скольку суть процесса в них различна. Рентгеновские
-лучи |
рассеиваются |
почти |
исключительно атомными |
|
-электронами, |
тогда |
как нейтроны рассеиваются ядра- |
||
•ми. |
Поэтому, |
если |
центр |
тяжести электронного рас |
Уточнение структуры и структурная информация |
169 |
пределения какого-либо атома не совпадает с поло жением его ядра, то положение атома, определяемое этими двумя методами, будет различаться. Это разли чие особенно заметно в положениях атомов водорода; в рентгеновских исследованиях связи, в которых уча ствуют атомы водорода, обычно кажутся на 0,1 А ко роче, чем они есть на самом деле, так как связанный атом водорода не имеет сферической симметрии, ха рактерной для внутренних электронных оболочек, — его единственный электрон смещен к атому, с которым связан данный атом водорода.
Рассеяние от ядер мало зависит от атомного но мера (или по крайней мере не зависит от него регу лярным образом). Этот факт можно использовать для выяснения некоторых неоднозначностей рентгено структурного исследования. Типичные значения рас сеивающего фактора для рентгеновских лучей и ней тронов приведены в приложении 10. Водород имеет отрицательный * рассеивающий фактор для нейтронов (см. рис. 37), тогда как дейтерий имеет положитель ный фактор, причем оба они достаточно велики, так что эти два изотопа легко можно различить; что же касается рентгеновских лучей, то для них эти изотопы одинаковы. Поэтому дифракцию нейтронов можно ис пользовать для изучения структур, которые были по мечены дейтерием. При помощи нейтронов можно также различить атомы с примерно одинаковыми атомными номерами, что невозможно установить рентгенографически (например, Fe, Со и N1), ибо для нейтронов их рассеивающая сила существенно раз лична. Нейтронографический анализ позволяет опре делить положения атома водорода или дейтерия с такой же точностью, как и положения урана и многих других тяжелых атомов. Это очень важное преиму щество нейтронографических исследований. Как и в случае рентгеновских лучей, для нейтронов также
* Если ядро имеет отрицательный рассеивающий фактор, то излучение, рассеянное этим ядром, отличается по фазе от излу чения, рассеянного ядром с положительным рассеивающим фак тором. (и занимающим, разумеется, то же положение), ровно на 180° (cos 180° = — 1).
170 |
Часть III |
может иметь место аномальное рассеяние. Поскольку ядра малы по сравнению с длинами волн обычного нейтроновского излучения (порядка 1А), то интен сивность нейтронов, рассеянных от стационарного
|
v |
|
|
V |
|
|
\ |
|
|
Ъ//Л |
|
' SNA \ ' |
|
||||
г |
' Л \ |
|
/ ' / / / |
||
\ |
* |
|
|
||
|
|
I 1 l ! l |
|||
J |
/1 /1 >1 |
,. |
' \ |
||
H I 1, |
|||||
|
|
I |
\ |
(Уу |
'- - А * '
сг!W |
o |
1) н)__ |
|
0 ш / |
\ ,V,v- |
W in |
/ |
/ |
< |
---. N» \ |
//// |
; |
1 |
к |
у , г , |
|
|
|
|
|
\Ч — |
Рис. 37. Плотность рассеяния нейтронов кристаллом, спроециро ванная на плоскость (001).
Положительная плотность (главным образом в положениях лтомов С) указана сплошными линиями, отрицательная плотность (главным образом в положениях атомов Н ) — пунктиром. Неме ченые атомы Н принадлежат другим молекулам бензола. Пло скость кольца не перпендикулярна к направлению проекции; по- -этому кольцо не кажется правильным шестиугольником.
•ядра, в отличие от интенсивности рентгеновских лучей заметно не уменьшается на больших углах. Однако ■так же, как и для рентгеновских лучей, колебания фатомов даже при низкой температуре должны приво
дить |
к уменьшению интенсивности на больших углах |
|
[рис. |
1 5 ( b ) ] . |
. . |