![](/user_photo/_userpic.png)
книги из ГПНТБ / Гласкер, Дж. Анализ кристаллической структуры
.pdfДифракционные картины и пробные структуры |
131 |
ределения фазовых углов и практически единствен ным методом решения таких больших структур, как структуры белков. Два кристалла являются изоморф ными, если их пространственные группы одинаковы, а элементарные ячейки и размещения атомов в них полностью идентичны. Предположим, что к некоторой молекуле можно присоединить атом или группу ато мов или можно заместить какой-либо атом, принад лежащий этой молекуле, и тем самым получить но вый кристалл, изоморфный исходному кристаллу. Если найти положения этих присоединенных или за мещенных атомов из паттерсоновской карты, то за тем можно вычислить их вклады в фазовый угол каждого рефлекса, а если эти атомы достаточно тя желы, то по разности интенсивностей двух изоморф ных кристаллов можно алгебраически или графиче ски определить фазовый угол каждого рефлекса.
9. АНАЛИТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ПРЯМОГО О ПРЕ ДЕЛЕН ИЯ ФАЗ
Если структура имеет центр симметрии в начале координат, то каждый структурный фактор может иметь фазовый угол либо 0°, либо 180°, так что cos а равен либо +1, либо —1, a sin а равен нулю. Поэто му | Д |cos а = F = + |Е | или — |Е |. Если для неко торой структуры было обнаружено N отражений, то для нее можно вычислить 2N карт электронной плот ности, основанных на всех возможных комбинациях знаков N независимых структурных факторов. Одна из этих 2N карт должна быть истинной картой элек тронной плотности, однако каким образом можно выбрать ее среди множества других? Даже для 20 рефлексов можно вычислить более миллиона различ ных карт (220 = 1048 576), а большинство интере сующих нас структур содержит примерно 103 реф лексов. Поскольку вклады от рефлексов с большими значениями амплитуды структурного фактора должны доминировать в любой рассчитанной карте, включая карты, построенные с фазами, соответствующими пра вильной структуре, то на первой стадии исследования
5*
Рис. 29. Прямое определение знака аналитическими методами.
(а) В центросимметричных структурах фазовый угол любого структурного фактора может быть либо 0, либо 180°. На ри сунке приведены карты электронной плотности, основанные на одном структурном факторе [для F(100) и F(200)]. В общем слу чае для центросимметричных структур при большом F(hkl) неза висимо от его знака и при большом F{2h 2k 21) последний струк турный фактор, вероятно, положителен (фаза его равна 0°).
(1)Возможные ситуации для F(100): ------F положительно
(фаза 0 ° ) ; .........F отрицательно (фаза 180°).
(2)Возможная ситуация для F(200): ------F положительно (фаза 0 ° ) , ___ F отрицательно (фаза 180°).
(3)Суммирование четырех комбинаций возможных ситуаций.
(1) |
и |
(2) |
показывает, что |
если |
F(200) имеет фазу |
180° |
|
(В, Г), |
то |
появляются большие |
отрицательные |
области. |
Член |
||
F(000), |
который |
был опущен, всегда |
является |
положительным, |
и потому, если включить его в сумму, то последняя в каждой точке будет всегда более положительной (см. рис. 17).
(б) Если |F(200) |, |/*'(300) | и |F(500) | все велики, то они должны давать значительный вклад в конечную карту электрон
ной плотности. Предположим, что F(200) |
имеет отрицательный |
|||
знак, a F (3 0 0 )— положительный; области, |
в которые |
каждый из |
||
них вносит в этом случае положительный |
вклад, заштрихованы |
|||
на диаграммах (1) и (2) слева. Участки, |
где эти области пере |
|||
крываются |
(примерно при |
* = ± 0 , 3 ) , соответствуют |
участкам, |
|
в которые |
F(500) вносит |
положительные вклады, |
если член |
Отдельные вклады |
Сщма всех трех |
|
д членов |
200-
Амплитуда 2,0
4
м ш А А В Д
-4 500-
(3)Амплитуда 3,5
i7(500) отрицателен, т. е. фаза равна 180°, как это показано на диаграмме (3). При суммировании этих членов с указанными знаками фон, как это видно из диаграммы (4), уменьшается; если ^(500) имеет положительный знак, т. е. фаза равна 0°, то карта становится значительно менее удовлетворительной. Связь между этими знаками можно записать тогда в виде
s (500) « s (200) s (300),
что является частным случаем уравнения |
(32) |
(з означает знак). |
|||
(в) |
|
Последовательное применение |
уравнения (32) (см. |
||
текст) для вывода знаков некоторых наиболее сильных рефлек |
|||||
сов структуры |
тиосемикарбазона [Г]. Значения |
| Е \ |
выведены из |
||
значений |
[ F | |
главным образом за счет исключения эффектов |
|||
тепловых |
колебаний и рассмотрения каждого атома как точки (ках |
||||
будто все атомные электроны сконцентрированы в одной точке). |
|||||
Значения |
|£ | |
можно использовать при |
выводе |
соотношений |
134 Часть II
между знаками, поскольку их величины зависят только от разме щения атомов и их относительных атомных номеров.
|
Моноклинный пример |
|
||
|
|
\F (h k l)\^ \F (h k l)\ |
||
k + 1 четно |
s (hkl) = s (hkl) = |
s (hk'l) = |
s (hkl) |
|
|
s (hkl) — s (hkl) = |
s (hkl) = |
s (hkl) |
|
fe.+ I нечетно |
s (hkl) — s(hkl) = |
- s |
(hkl) = - s (hkl) |
|
|
s (hkl) = s(hkl) = |
—s(hkl) = |
—s(hkl) |
(заимствовано из «Интернациональных таблиц»)
Соотношение, которое должно быть использовано [уравнение
(32)]: |
s (hi + |
h2, k\ + k2, 11 |
12) = s |
(hi. ki, |
h) |
s (h2, kit ^2) |
|
|||||||||
h |
|
k |
l |
E |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
3 |
|
3 |
1 |
3.74 |
+ |
] |
Знаки |
|
выбраны |
произвольно |
||||||
9 |
|
6 |
7 |
3,25 |
+ |
} |
|
|||||||||
13 |
|
1 |
4 |
2,92 |
+ |
j |
с фиксированием дачала |
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
h |
k |
l |
E |
Hайденный |
Использованные |
|
|
|
|
|||||||
|
0 |
O' |
|
знак |
|
|
соотношения |
|
|
|
|
|
||||
12 |
4,35 |
|
+ |
|
(6 |
0 |
0) |
(6 |
0 |
0) |
** = |
+ |
|
|||
6 |
0 |
0 |
2,80 |
|
? |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
25 |
1 |
4 |
3,49 |
|
+ |
|
(12 |
0 |
0) |
(ТЗ 1 |
4) |
+ |
+ |
= 4 - |
||
22 |
4 |
5 |
2,22 |
|
+ |
|
(3 |
3 |
1) |
(25 |
2 |
4) |
+ |
+ = - + |
|
|
6 |
4 |
2 |
2,86 |
|
a |
|
выбран |
и временно |
обозначен |
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
через |
а |
дополнительный |
и неоп- |
||||||
18 |
4 |
2 |
2,92 |
|
a |
|
ределенный знак |
+ а = |
а |
|
||||||
|
|
(12 |
0 |
0) |
(6 |
4 |
2) |
|
||||||||
9 |
7 |
3 |
2,07 |
|
a |
|
(3 |
3 |
1) |
(6 |
4 |
2) |
+ а = |
а |
|
|
22 |
6 |
1 |
2,30 |
—a |
|
(13 |
I |
4) |
(9 |
7 |
3) |
—(+ а ) = |
—а |
|||
19 |
3 |
2 |
2,84 |
—a |
|
(3 |
3 |
1) |
(22 |
6 |
1) |
+ ( —а) = —а |
||||
7 |
3 |
2 |
2,14 |
—a |
|
(13 |
1 |
4) |
(6 |
4 2) |
—( + а ) = —а |
|||||
|
(12 0 |
0) |
(19 |
3 2) |
+ ( —а) = —а |
|||||||||||
25 |
1 |
0 |
2,03 |
|
— |
|
(18 |
4 2) |
(7 |
3 2) |
а (—а) = |
— |
||||
|
|
|
|
|
|
|
(6 |
4 |
2) |
(19 |
3 2) |
а (—а) = |
— |
а Если же один из знаков (или все) отрицателен, то следует выбрать другое начало.
Часто можно найти знаки некоторых рефлексов как в тер минах а, так и каким-либо независимым способом, позволяющимустановить, например, что а скорее всего имеет знак + . Еслиже это сделать не удается, то приходится рассчитывать две кар ты, одна из которых соответствует положительному знаку а, а- другая — отрицательному.
Дифракционные картины и пробные структуры |
135 |
(при поиске некоторого приближения к истинной карте) имеет смысл использовать только члены с наибольшими значениями амплитуды. Даже если имеется совсем немного членов, скажем 10, то число возможных карт равно 1024, что является достаточно большим числом, чтобы сделать любой простой метод проб и ошибок практически невыполнимым. Что же касается нецентросимметричных кристаллических структур, то для них фазовые углы могут находиться где угодно в пределах от 0 до 360°, и для того чтобы хотя бы с некоторой точностью найти правильные фазы тех же 10 рефлексов, необходимо было бы по строить неразумно большое число таких карт.
Однако в ряде случаев представляется возмож ным найти соотношения между фазами разных реф лексов. Эти соотношения основаны на том, что элек тронная плотность никогда не может быть отрица тельной и что она близка к нулю во всех точках, кроме тех, которые соответствуют изолированным разрешенным пикам, характеризующим положения атомов. Для центросимметричных структур можно найти соотношения между знаками этих структурных факторов; при этом, как уже отмечалось выше, мо гут иметь место только знаки плюс или минус, так как cosa = + l или —1 и sina = 0. Эти соотноше ния включают наибольшие по величине структурные факторы, нормированные определенным образом.
Предположим, что для центросимметричной струк туры фактор /*'(100) достаточно велик [рис. 29(а)]. Если его значение положительно (фазовый угол ра вен 0°), то соответствующий рефлекс вносит вклад в пик карты электронной плотности при х = 0 и умень шает электронную плотность при х = '/г; если же знак этого рефлекса отрицательный, то при х — 7г будет иметь место пик, а при х = 0 — впадина. Тот факт, что этот рефлекс сильный, означает, что на карте элек тронной плотности либо при х = 0, либо при х = 1/2 независимо от знака |Е(100)| должен наблюдаться пик. Если же рассматривается рефлекс F(200) ш обнаруживается, что он имеет отрицательный знак, то при х = lU и х = f/4 будут появляться пики, тогда как
136 |
Часть II |
для положительных знаков этого рефлекса пики должны наблюдаться при х = 0 и х = '/г- С интен сивностью У7 (100) совместимы только последние по ложения (напомним, что это сильный рефлекс). Сле довательно, если F(100) является сильным рефлек сом, то величина У7 (200) скорее всего положительна
независимо от знака при У7(100). Из рис. 29(a) сле дует, что если просуммировать только эти два члена, то независимо от знака У7 (100) положительный знак у (200) приведет к тому, что электронная плотность будет иметь более узкую отрицательную впадину (минимум), чем в случае, когда У7 (200) имеет отри цательный знак.
Принцип положительности электронной плотно сти можно обобщить на три изменения. В результате нетрудно показать, что
s (hi, k[, l{) s (h2, k2, I2) ** 5(hi -(- h2, ki -j- k2, 11 -f-12), (32)
где s означает знак (+ или —), а все (hu ku l{), (h2, k2,l2) и (h\-\-h2, k\-\-k2, l\-\-l2) являются сильными рефлексами. Эти уравнения скорее являются стати стическими уравнениями, чем точными. Следует заме тить, что частным случаем уравнения (32) является следующее приближенное равенство:
s(2/i00)«[s(/i00)]2« + , |
(33) |
что согласуется с высказанными выше качественными соображениями относительно 200 и 100. Далее, рис. 29(6) показывает, что если известно, что У7 (300) по ложительно, а У7 (200) отрицательно, то при условии, что эти рефлексы сильные, У7 (500) скорее всего должно быть отрицательным. Это опять же совме стимо с принципом положительности электронной плотности.
На первом этапе исследования трехмерной струк туры имеется возможность произвольно выбрать знаки каких-нибудь трех рефлексов; этот выбор опре деляет просто, какое именно из нескольких эквива лентных положений использовано в качестве начала.
Дифракционные картины и пробные структуры |
137 |
координат элементарной ячейки. Три набора h, k, l должны быть разными по четности или нечетности индексов, а сами /г, k и I не могут иметь все одинако вую четность. В примере рис. 29(в) вначале были выбраны произвольные з^аки для Z7(331) (нечетный,
нечетный, нечетный), F(967) (нечетный, четный, не
четный) и Т7(1314) (нечетный, нечетный, четный). Из того факта, что этой структуре соответствует моно клинная пространственная группа, можно сразу же вывести некоторые соотношения между знаками; да лее из полученных новых соотношений и произвольно выбранных знаков можно найти другие соотношения. В рассматриваемом примере такая процедура повто рялась до тех пор, пока не были найдены знаки 836 и 872 наиболее существенных членов, так что в этих знаках не было неоднозначности. Часть окончатель ного фурье-синтеза показана на рис. 30; эта карта вычислена для так называемых S'-значений, которые являются нормированными значениями l^l, как это указано в подписи к рис. 29(в).
Для нецентросимметричных структур при выборе приближенных значений фазового угла можно ис пользовать следующую дополнительную формулу;
Фя ^ (фя-лг + Фк)к>
где Н = A], ki, 1\ и К = h2, k2, W, ф— фазовый угол структурного фактора, а угловые скобки означают суммирование по всем значениям h2, k2, 12, для кото рых это равенство удовлетворяется. Для вычисления и уточнения фаз нецентросимметричных структур ча сто используют так называемую формулу тангенса
( l E* l l Ef f - y lsin(,Pjr + <Pff-y))* g ФЯ ~ ( I Ек 11Ен -к Icos (Фд + 4>я-*)>*■ '
Прямые методы определения фаз как для центросим^ метричных, так и для нецентросимметричных струк тур запрограммированы для многих быстродействую щих вычислительных машин. Они особенно хорошо работают, если исследователь сумеет найти фазы не скольких рефлексов, связанных с другими сильными
|
|
Рис. 30. Часть £ -карты. |
|
|
(а) |
Рассчитанная |
трехмерная карта с фазами, установленными так |
же, как и на рис. |
29(в); в качестве |
амплитуды в данном |
случае использованы значения Е, а не F [смысл величин Е указан в подписи к рис. 29(в)]. |
|||
Каждый прк изображен так, как будто сечение проведено именно через ту плоскость, |
в которой этот пик |
|||
имеет максимальную |
высоту, таким образом получается составная карта. |
Из этой карты уже нетрудно получить |
||
представление о целой молекуле [Г]; поэтому наряду с пиками показан |
скелет молекулы, построенный в пред, |
|||
.положении идентичности всех атомов. |
|
|
||
(б) |
Шароигловая |
модель молекулы. |
|
|
(в) |
Химическая структура молекулы. |
|
|
Дифракционные картины и пробные структуры |
139 |
рефлексами, уже на ранних стадиях уточнения струк туры. Во многих структурных исследованиях ра зумное приближение к структуре (пробную структу ру) удавалось получить из Ё-карты, вычисленной только по 10% наблюдаемых рефлексов, хотя в ряде случаев используют значительно большее число реф лексов, как это показано на примерах рис. 29(в)
и 30.
Выводы
Существуют некоторые ограничения на возможные фазовые углы отдельных рефлексов как для центро симметричных, так и для нецентросимметричных структур. Так, для трех связанных сильных рефлек сов центросимметричной структуры соотношение между знаками определяется из приближенного ра венства
s ( H ) s ( K ) ~ s ( H + K),
где |
s означает |
знак, Н = |
hlt k\, /ь К = h2, k2, l2, |
Н + |
К = hi + h2, |
k\ -J- k2t |
+ l2. Такие соотношения |
во многих случаях позволяют вывести фазы большин ства сильных рефлексов и таким образом определить структуру из построенной приближенной карты элек тронной плотности.
Часть III. УТОЧНЕНИЕ СТРУКТУРЫ И СТРУКТУРНАЯ ИНФОРМАЦИЯ
10. УТОЧНЕНИЕ ПРОБНОЙ СТРУКТУРЫ
После того как приближенные положения боль шинства, но не всех атомов найдены, необходимо про вести уточнение структуры. Процедура уточнения за ключается в систематическом варьировании атомных параметров с таким расчетом, чтобы получить наи лучшее согласие между амплитудами структурных факторов, вычисленных для некоторой предложенной структуры, и наблюдаемыми амплитудами. Посколь ку большинство задач, связанных с расшифровкой кристаллической структуры, требует определения многих параметров, необходимо использование не скольких последовательных циклов уточнения до тех пор, пока на некоторой стадии не будет достигнута хорошая сходимость; в этом случае изменения атом ных параметров при переходе от цикла к циклу ста нут пренебрежимо малыми по сравнению с ожидае мыми экспериментальными ошибками. Существуют два распространенных метода уточнения: один из них основан на фурье-синтезе, другой — на методе наи меньших квадратов. Несмотря на то что с формаль ной точки зрения эти два метода практически эквива лентны (они различаются главным образом весом, приписываемым экспериментальным наблюдениям), технические приемы, лежащие в основе их примене ния, резко различаются. Ниже будут рассмотрены порознь оба эти метода.
Фурье-методы
Если положения большинства атомов структуры известны, то вычисленный фазовый угол должен быть, как это показано на рис. 16 (стр. 81), примерно пра