Донецкая Э.Г.-А., Зрячкин Н.И., Кутырев В.В. и др. Руководство по клинической микробиологии
.pdfФедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования
«Саратовский государственный медицинский университет имени В.И. Разумовского»
Министерства здравоохранения Российской Федерации
РУКОВОДСТВО ПО КЛИНИЧЕСКОЙ МИКРОБИОЛОГИИ
Под редакцией Э.Г.-А. Донецкой, Н.И. Зрячкина, В.В. Кутырева
Издательство Саратовского государственного медицинского университета
2017
УДК 616. 5-022-02-092-078.33(075.9) ББК 55.83+55.14я75
Р851
Авторы:
Э.Г.-А. Донецкая, Н.И. Зрячкин, В.В. Кутырев, И.Г. Швиденко, П.В. Глыбочко, А.А. Свистунов, А.Л. Бакулев, Т.Г. Каменских, О.В. Мареев, И.А. Утц, А.Н. Микеров, О.В. Еремин, И.Н. Шарова, И.А. Касьян, И.О. Лунева, С.Н. Киреев
Руководство по клинической микробиологии / Э.Г.-А. Донец-
Р851 кая,Н.И.Зрячкин,В.В.Кутырев[идр.];подред.Э.Г.-А.Донецкой, Н.И. Зрячкина, В.В. Кутырева. – Саратов: Изд-во Сарат. гос. мед.
ун-та, 2017. – 608 с.
ISBN 978-5-7213-0663-1
Руководство по клинической микробиологии написано коллективом специалистов из различных областей медицины. Ссовременных позиций освещаются вопросы этиологии, эпидемиологии, этиопатогенеза, клиники преимущественно наиболее часто встречаемых нозологических форм инфекционной и инвазивной патологии, представляющих особый интерес для специалистов клинической лабораторной диагностики и других областей медицины. Впервые материал систематизирован по поражениям органов и систем при инфекционных и инвазивных заболеваниях.
Издание предназначено для врачей клинической лабораторной диагностики, инфекционистов, эпидемиологов, терапевтов, педиатров, врачей общей практики, оториноларингологов, офтальмологов, дерматоло-
гов и студентов медицинских вузов.
УДК 616. 5-022-02-092-078.33(075.9) ББК 55.83+55.14я75
Рецензенты:
профессор кафедры клинической лабораторной диагностики с курсом бактериологии ФГБОУ ВО «Ставропольский ГМУ»
доктор медицинских наук Е.В. Алиева; заведующий кафедрой клинической лабораторной диагностики ФГБОУ ВО «Саратовский ГМУ им. В.И. Разумовского» профессор,
доктор медицинских наук Г.П. Гладилин
Одобрено к изданию редакционно-издательским советом СГМУ
|
© |
Авторы, 2017 |
ISBN 978-5-7213-0663-1 |
© Саратовский государственный |
|
|
медицинский университет, 2017 |
|
Авторы:
Донецкая Эврика Георгиевна-Авраамовна – канд. биол. наук, до-
цент кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии СГМУ; Зрячкин Николай Иванович – д-р мед. наук, профессор, заведую-
щий кафедрой педиатрии ИДПО СГМУ;
Кутырев Владимир Викторович – академик РАН, д-р мед. наук,
профессор, заведующий кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии СГМУ, директор ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт» (РосНИПЧИ «Микроб») Роспотребнадзора; Швиденко Инна Григорьевна – д-р мед. наук, профессор кафедры
микробиологии, вирусологии и иммунологии СГМУ; Глыбочко Петр Витальевич – академик РАН, д-р мед. наук, про-
фессор, директор НИИ уронефрологии и репродуктивного здоровья человека, ректор Первого Московского ГМУ им. И.М. Сеченова;
Свистунов Андрей Алексеевич – член-корр. РАН, д-р мед. наук,
профессор, директор НИИ фармации Первого Московского ГМУ им. И.М. Сеченова;
Бакулев Андрей Леонидович – д-р мед. наук, профессор кафедры кожных и венерических болезней СГМУ, заместитель главного врача клиники кожных болезней;
КаменскихТатьянаГригорьевна– д-р мед. наук,профессор, заве-
дующая кафедрой глазных болезней СГМУ; Мареев Олег Вадимович – д-р мед. наук, профессор, заведующий
кафедрой оториноларингологии СГМУ; Утц Ирина Александровна – д-р мед. наук, профессор, заведую-
щая кафедрой педиатрии лечебного факультета;
Микеров Анатолий Николаевич – д-р биол. наук, профессор кафе-
дры микробиологии, вирусологии и иммунологии СГМУ; Еремин Олег Вячеславович – д-р мед. наук, доцент, заведующий
кафедрой пропедевтики стоматологических заболеваний СГМУ; Шарова Ирина Николаевна – канд. биол. наук, ведущий научный
сотрудник РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора; Касьян Ирина Александровна – канд. биол. наук, научный сотруд-
ник РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора; ЛуневаИринаОлеговна– канд. мед. наук, доцент кафедры микро-
биологии, вирусологии и иммунологии СГМУ; Киреев Сергей Николаевич – канд. мед. наук, доцент кафедры ор-
топедии и травматологии СГМУ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВИЧ – вирус иммунодефицита человека ВПГ – вирусы простого герпеса ДНК – дезоксирибонуклеиновая кислота ЛОР – ларингооторинология
ПБА – патогенные биологические агенты РНК – рибонуклеиновая кислота
СПИД – синдром приобретенного иммунодефицита ЦНС – центральная нервная система
СD4 – мономерный трансмембранный гликопротеин надсемейства Ig Ig – иммуноглобулины
HTLV-1 – human T-lymphotropic virus
Издание приурочено к 100-летию создания кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии ФГБОУ ВО «Саратовский ГМУ
им. В.И. Разумовского» Минздрава России
ВВЕДЕНИЕ
Клиническая микробиология исследует микробиологические аспекты этиопатогенеза, лабораторной диагностики и химиотерапии инфекционных болезней. Основные задачи клинической микробиологии:
−этиологическая диагностика инфекционной болезни;
−исследование микробиологических аспектов внутрибольничных инфекций;
−мониторинг лекарственной устойчивостивозбудителей в лечеб- но-профилактических учреждениях.
Понятие о клинической микробиологии как самостоятельном разделе медицинской микробиологии, ее задачах и методах сформировалось только в последние 35−40 лет. Выделение этого раздела обусловлено главным образом тем, что произошло резкое увеличение удельного веса гнойно-воспалительных заболеваний, вызванных ус- ловно-патогенными микроорганизмами, возникающими в неинфекционных стационарах.
Условно-патогенные микроорганизмы – особая группа, которая длительное время пристально не изучали ученые и врачи. Только
впоследние несколько десятилетий установили, что они играют важнейшую роль в инфекционной патологии человека. В настоящее время им уделяют большое внимание. Однако их еще не достаточно хорошо изучили, еще не научились эффективно лечить заболевания, которые они вызывают, еще не разработаны препараты специфической профилактики. При этом доказать их роль как этиологического фактора тоже достаточно сложно. Их называют также микробами-оппортунистами, а инфекции − оппортунистическими.
Таким образом, под оппортунистической инфекцией понимают инфекционный процесс, вызываемый условно-патогенными микроор-
5
Руководство по клинической микробиологии
ганизмами и развивающийся, как правило, на фоне иммунодефицитного состояния макроорганизма.
Возбудители оппортунистических инфекций – это микроорганизмы авирулентные или со слабо выраженными факторами вирулентности; при нарушении механизмов защиты у хозяина они вызывают инфекционную болезнь. Возбудители оппортунистических инфекций не имеют строго выраженного органного тропизма: один и тот же возбудитель может быть причиной развития многих нозологических форм болезни, и одна и та же нозологическая форма может быть вызвана несколькими условно-патогенными микроорганизмами.
Особенности оппортунистических инфекций:
−клиническаякартинаоппортунистическихинфекцийв большей мере зависит от пораженной системы органов, чем от возбудителя;
−оппортунистические инфекции часто вызываются ассоциацией микроорганизмов и протекают как микст-инфекция;
−при оппортунистической инфекции выражена тенденция к генерализации инфекционного процесса;
−группа риска возникновения оппортунистических инфекций – иммунокомпрометированные хозяева; больные, которым назначены инвазивные методы диагностики и лечения;
−трудности в лечении оппортунистических инфекций связаны с широким распространением лекарственной устойчивости к химиотерапевтическим препаратам.
Факторы, сопутствующие развитию оппортунистических инфек-
ций:
−врожденные или приобретенные нарушения иммунитета;
−оперативные вмешательства, инвазивные методы лечения и диагностики;
−пластичность генома у бактерий;
−нерациональная антибиотикотерапия, приводящая к формированию антибиотикорезистентности микроорганизмов и полирезистентности у госпитальных штаммов возбудителей.
Методы исследования авторы не сочили необходимым повторять после каждой нозологической формы, а дают в обобщенном виде:
– бактериологический посев материала на плотные и жидкие питательный среды с дальнейшей биохимической идентификацией;
– иммуносерологические методы – реакция пассивной гемагглютинации, реакция связывания комплемента, реакция непрямой гемаг-
6
Введение
глютинации, реакция торможения пассивной гемагглютинации, иммуноферментный анализ, иммунохроматографический анализ;
–молекулярно-генетические методы – полимеразная цепная реакция и другие;
–паразитологические методы исследования;
–микологические методы исследования;
–вирусологические методы исследования.
Следует указать, что одни и те же возбудители инфекции и инвазии способны поражать ряд органов и систем органов человека, поэтому повторение излагаемого материала присутствует в определенной степени в различных главах. Авторы считают целесообразным такое преподнесение материала для удобства читателей.
Авторы с благодарностью воспримут замечания для исправлений в последующих переизданиях руководства.
ГЛАВА 1. ОРГАНИЗАЦИЯ РАБОТ
СВОЗБУДИТЕЛЯМИ ИНФЕКЦИОННЫХ
ИИНВАЗИВНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ ЧЕЛОВЕКА
1.1. Общие требования к работе микробиологической лаборатории
Работу с патогенными биологическими агентами (ПБА) проводят в микробиологических лабораториях различного уровня, направленности и ведомственной принадлежности. В число ПБА входят патогенные и условно-патогенные для человека микроорганизмы (бактерии, вирусы, риккетсии, простейшие, грибы, микоплазмы,хламидии, гельминты) включая генно-инженерно-модифицированные, яды биологического происхождения (токсины), а также любые объекты и материалы, зараженные или подозрительные на заражение перечисленными агентами.
Исследования различного материала от людей на наличие ПБА бактериальной природы, риккетсий, хламидий, некоторых грибов и простейших осуществляют в диагностических бактериологических лабораториях. В вирусологических лабораториях проводят исследования по обнаружению ПБА вирусной природы. В задачи паразитологических лабораторий входят выявление и идентификация гельминтов и простейших. В микологических лабораториях проводят работу с материалом, подозрительным на зараженность грибами.
В Российской Федерации принята классификация патогенных для человека микроорганизмов, согласно которой ПБА по степени биологической опасности разделены на четыре группы:
–I группа – возбудители особо опасных инфекционных болезней;
–II группа – возбудители высоко контагиозных эпидемических заболеваний человека;
–III группа – возбудители инфекционных болезней;
8
Глава 1. Организация работ с возбудителями инфекционных и инвазивных заболеваний человека
–IV группа – патогенные микроорганизмы возбудители оппортунистических инфекций.
Главной составляющей в повседневной работе микробиологических лабораторий независимо от направленности и ведомственной принадлежности является соблюдение правил биологической безопасности. В Российской Федерации для обеспечения биологической безопасности разработана и внедрена нормативная правовая база. Требования биологической безопасности при работе с ПБА регламентированы санитарно-эпидемиологическими правилами, которые введены в
действие постановлением Главного государственного санитарного врача Российской Федерации и другими нормативно-методическими документами по организации и проведению лабораторной диагностики инфекционных болезней:
–СП «Безопасность работы с микроорганизмами I–II групп патогенности (опасности)»;
–санитарно-эпидемиологические правила «Безопасность работы
смикроорганизмами III–IV групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней»;
–санитарно-эпидемиологические правила «Порядок выдачи са- нитарно-эпидемиологического заключения о возможности проведения работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека I–IV групп патогенности (опасности), генно-инженерно-модифицированными микроорганизмами,ядамибиологическогопроисхожденияигельминтами»;
–санитарно-эпидемиологические правила «Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I–IV групп патогенности»;
–методические указания «Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного патогенными биологическими агентами I–IV групп патогенности».
–методические указания по лабораторной диагностике соответствующих нозологий.
В соответствии с этими документами микробиологические лаборатории должны иметь разрешительные документы на проведение исследований с возбудителями инфекционных заболеваний:
–санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с микроорганизмами I–IV групп патогенности;
–лицензию на деятельность, связанную с использованием ПБА
I–IV групп.
9
Руководство по клинической микробиологии
Санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения в лабораториях работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека I–II групп патогенности выдает Главный государственный санитарный врач Российской Федерации. Санитарно-эпидемиоло- гическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека III–IV групп патогенности выдает главный санитарный врач субъекта Российской Федерации.
Лицензиюнадеятельность,связаннуюсиспользованиемвозбудителей инфекционных заболеваний человека, выдают органы Росздравнадзора при наличии санитарно-эпидемиологического заключения.
Ворганизациях, на базе которых проводятся любые виды работ с ПБА, создаются комиссии по контролю соблюдения требований биологической безопасности. Каждый сотрудник лаборатории несет личную ответственность за соблюдение требований биологической безопасности. Ответственным за обеспечение биологической безопасности в лаборатории является заведующий лабораторией.
Вмикробиологических лабораториях должна быть разработана, внедрена и поддерживаться система менеджмента качества исследований, которая устанавливает организационные и административные процедуры, распределение ответственности и полномочий, кадровый состав, ресурсы, рабочие методы проведения исследований и их контроль.
1.2.Требования к помещениям микробиологических лабораторий, осуществляющим работы
с микроорганизмами III–IV групп патогенности
1.Лаборатории, работающие с ПБА, должны располагаться в отдельно стоящем здании или изолированной его части. Размещение микробиологических лабораторий в жилых зданиях запрещается.
2.Диагностические лаборатории должны иметь два входа: один для сотрудников, другой для доставки материала на исследование (возможно получение материала через передаточное окно).
3.Лаборатория должна быть обеспечена искусственным и естественным освещением, водопроводом, канализацией, электричеством, отоплением и вентиляцией.
10