- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
В биологических системах скалярные и векторные процессы часто сочетаются. Метаболизм субстратов влечет за собой активный транспорт; с другой стороны транспорт влияет на скорость сопряженной метаболической реакции.
В таких сопряженных процессах свободная энергия, которая в других случаях должна была бы рассеиваться, будет в некоторой степени сохраняться. Химическая реакция, для которой vA> 0 может совершать электроосмотическую работу путем переноса i–го компонента против его электрохимического градиента.
В
этом случае
<0
Ф>0,
но
Другими словами, часть химической свободной энергии, которая могла бы рассеиваться в несопряженных реакциях будет сохраняться.
Если транспортный процесс катионов и анионов сопряжен с химической реакцией, диссипативная функция принимает вид:
Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
В предыдущей лекции было показано, что диссипативная функция для различных систем может быть выражена в виде суммы произведений сопряженных потоков и сил:
I– термодинамические потоки, такие как скорости реакций, скорости транспорта или мышечного сокращения, электрический ток.
X– термодинамические силы, такие как сродство реакций, разность электрохимических потенциалов и мышечное напряжение, разность электрических потенциалов, гидростатическое и осмотическое давление.
Рассмотрим случай, когда в системе имеется только одна сила и один поток. Поскольку в состоянии равновесия как величина силы X, так и величина потока I равны нулю, то можно предположить, что при малых отклонениях от равновесия между величинами обобщенных сил и потоков существует линейная зависимость.
Предположим, что величина потока I есть некая произвольная функция обобщенной силы I=I(X). Разложим поток в ряд Тейлора вблизи точки равновесия, т.е. около точки X=0.
– (в
равновесии поток равен нулю)
,
– постоянная величина.
Закономерности такого типа называются линейными феноменологическими соотношениями между величинами обобщенных скоростей и сил, L– линейный коэффициент.
Примеры линейных соотношений
–Закон
Ома. Величина
потока электричества пропорциональна
движущей силе– разности потенциалов
U.
.
– Закон
диффузии Фика
– Закон
Фурье
Особый интерес представляет случай, когда в системе одновременно протекает несколько процессов, каждый из которых характеризуется собственной величиной скорости и движущей силы. Эти процессы могут взаимодействовать друг с другом, так что скорость каждого из них будет также зависеть и от движущих сил всех других процессов, т.е. каждый поток зависит не только от «своей силы», но и от других сил. В этом случае нельзя говорить о том, что движущей силой диффузии заряженных частиц ионов является градиент концентрации, поскольку на этот процесс влияет величина напряженности электрического поля в данной точке.
Для двух взаимодействующих потоков:
– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
Коэффициенты
взаимности
и
могут иметь любой знак, однако между
ними существует важное соотношение:
Соотношение взаимности Онзагера показывает, что если поток 1-го необратимого процесса испытывает влияние сродства X2 необратимого 2–го процесса через коэффициент , то поток 2–го процесса также испытывает влияние сродства X1 через тот же самый коэффициент .
Выражение для диссипативной функции в случае двух процессов примет вид:
В общем случае, когда в системе одновременно протекает k процессов,
,
где
при
,
откуда следует
Соотношения
Онзагера играют важную роль в термодинамике
необратимых процессов и, кроме того,
находят непосредственное использование
в анализе свойств биологических систем.
Так, используя эти соотношения, можно,
определяя значения коэффициентов
,
установить количественную связь между
одновременно протекающими в клетке
процессами.
