- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
Рассмотрим
открытую систему, внутри которой
установилось равновесие по отношению
к температуре и давлению Т,Р=const,
т.e в системе отсутствуют такие необратимые
процессы, как перенос тепла, вязкие
течения. Пусть в ней не достигнуто
равновесие к распределению веществ,
способных к химическому взаимодействию.
Внутри такой системы невозможно
возрастание энтропии за счет теплопередачи
между ее фазами с различной температурой,
и оно обусловлено только химическими
реакциями, переносом вещества между
фазами и вообще любыми процессами,
которые можно охарактеризовать
изменениями химических потенциалов.
Системы, обладающие такими свойствами
находятся в частично равновесном
состоянии
.
-описывает
изменение энтропии открытой системы в
результате ее равновесного теплообмена
с окружающей средой.
-соответствует
самопроизвольному возрастанию энтропии
внутри системы за счет химических
превращений веществ, находящихся в
начальном состоянии.
(Работа
совершается против сил внешнего давления)
Приращение энтропии открытой системы вследствие внутренних необратимых процессов пропорционально уменьшению ее общего термодинамического потенциала.
Скорость диссипации свободной энергии задается диссипативной функцией Ф
Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
Неравновесный процесс представляет собой расщепление субстрата Х на идентичных фрагментов Y.
Для конкретной реакции:
В
уравнении
является функцией состояния, названной
сродством
реакции (впервые
введенная Де Дондером).
В более общем случае сродство определяется выражением
где
–
стехиометрический коэффициент
i–компонента
в реакции, который берется с положительным
знаком, если i–компонент
является продуктом реакции, и с
отрицательным знаком, если он расходуется
как реагент. Поэтому уравнение удобно
переписать в виде:
Если одновременно протекает r различных независимых реакций, то
Пример
Запишем выражение диссипативноной функции для первой реакции гексозомонофосфатного пути, катализируемой гексокиназой. Этот процесс состоит из двух полуреакций, одна их которых – реакция фосфорилирования глюкозы до глюкозо–6–фосфата, вторая– реакция гидролиза АТФ.
Для
первой реакции изменение стандартной
свободной энергии составляет 14.8 кДж/моль,
тогда как для второй реакции – -30.5
кДж/моль. Даже при физиологических
условиях изменение стандартной свободной
энергии (
)
для первой реакции положительно, и
поэтому она не может протекать
самопроизвольно в сторону образования
продуктов реакции. Однако, сопряжение
со второй реакцией, может привести к
полной диссипации свободной энергии.
Диссипативная функция для двух независимых реакций:
С учетом сродства реакций:
Скорости
этих реакций зависимы, поскольку
гексокиназа катализирует фосфорилирование
глюкозы с образованием глюкозо-6-фосфата
только когда вторая реакция идет
одновременно. Поэтому
Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
Рассмотрим необратимый процесс, протекающий на мембране.
Мембрана (0) встроена в соответствующую камеру и разделяет ее на два отсека (1) и (2). Отсеки заполнены разбавленными водными растворами, содержащими единственное проникающее растворенное вещество, которое может быть или не быть электролитом. Проникающее вещество может двигаться между областью (1) и (2) под влиянием градиентов концентрации или электродвижущих сил.
По сравнению с обоими отсеками камеры мембрана является областью с малой вместимостью и быстро достигает стационарного состояния.
Складываем (1) и (2). Учитывая, что сумма dU, и dV=0
Поток i-го компонента через мембрану со стороны(1) в сторону(2)
Диссипативная функция имеет форму суммы произведений сил и потоков. Если проникающим веществом является вода, катион и анион, то
