- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
Некоторые уравнения можно решить с помощью символьного процессора Mathcad:
Введите уравнение, пользуясь панелью Booleans (Булевы операторы) или нажав клавиши [Ctrl]+[+] для получения логического знака равенства, например х2+2(х-4)=0.
Щелчком мыши выберите переменную, относительно которой необходимо решить уравнение, как это описано выше.
Выберите в меню Symbolics (Символика) пункт Variable / Solve (Переменная / Решить).
После строки с уравнением появится строка с решением или сообщение о невозможности символьного решения этого уравнения.
Символьные
вычисления могут производиться и над
уравнениями, в которые, помимо неизвестных,
входят различные параметры. Результат
будет получен в аналитической форме.
Например: символьным решением
уравнения
будут корни:
Можно символьно решать уравнения и системы уравнений и с помощью блока Given/Find, который будет выглядеть в программе MathCad следующим образом (рис. 1):
Обратите внимание, вместо знака равенства после оператора Find вводится знак с помощью панели инструментов Evaluation (Выражения)
Рис. 1. Блок Given/Find для системы уравнений (а) или уравнения (б) в символьном виде.
Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
Задание 1
Рассмотрим модель изменения численности популяции, в которой рост численности зависит от доступности пищи. Доступность пищи зависит от сезонных факторов. Возьмем за основу уравнение логистического роста популяции и преобразуем его в соответствии с нашей задачей:
где: - специфическая скорость естественного увеличения популяции. В нашей задаче этот коэффициент помножается на величину cos(t), так как этот коэффициент становится то положительным, то отрицательным, в зависимости от сезона; - коэффициент, учитывающий «эффект самоотравления» популяции, или внутривидовую борьбу.
Решаем это уравнение в пакете Mathcad следующим образом:
1. Введем параметры модели:
:=3 :=0.001
t0:=0 t1:=100 N:=10000 x0:=40
где: t0 – начальный момент времени;
t1 – конечный момент времени;
х0 – начальная численность популяции;
N – число шагов для численных расчетов;
2. Дифференциальное уравнение в Mathcad записывается в следующем виде:
D(t,x):= cos(t)x - x2
Для решения уравнения используем численный метод Рунге-Кутта (в используемой программе для этого предназначена специальная функция rkfixed)
S:=rkfixed(x,t0,t1,N,D)
T:=S<0> X:= S<1>
3. Строим график изменения численности популяции X во времени.
Задание. Дайте биологическую интерпретацию полученным данным. Увеличьте коэффициент в десять раз. Почему численность популяции со временем убывает? Какие коэффициенты нужно изменить, чтобы поддерживать численность популяции на заданном уровне?
Задание 2
Установите, как изменится численность популяции, если сезонно охотиться за данным видом. Самостоятельно, предложите вид уравнения, описывающего изменение численности популяции, взяв за основу уравнение логистического роста.
Вначале задайте следующие значения коэффициентов:
:=3; :=0.01; а:=2,5 (коэффициент, характеризующий интенсивность отстрела животных)
x0:=40; t0:=0; t1:=200; N:=10000.
С какой интенсивностью нужно охотиться, чтобы поддерживать численность популяции на постоянном уровне. Ответ подтвердите выполненными расчетами.
