- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
По величине характеристических функций можно судить о направлении самопроизвольных процессов и установлении равновесия в системе. При отсутствии всех видов работы ( ) кроме работы по расширению и в условиях постоянства соответствующих пар термодинамических параметров (T,P)
–
самопроизвольный
процесс при
постоянных T
и
P
–
несамопроизвольный
процесс при постоянных T
и
P
–
система
в равновесии при постоянных T
и
P
Полезная работа и приращение свободной энергии
«Полезная работа» определяется как вся работа по расширению при постоянном давлении.
Работа
по расширению
П
роизведение
интенсивной переменной, внутреннего
давления, на приращение экстенсивной
переменной V.
Работа
по перемещению
Работа по переносу массы в область, где уже имеется какое–то ее количество
–
–интенсивная
переменная, называемая химическим
потенциалом;
–изменение
массы системы. Знак минус означает, что
для переноса массы из системы в окружающую
среду, система совершает работы над
окружающей средой.
Работа по переносу заряда в область, где уже есть заряженные частицы
Аналогичным образом при совершении электрической работы экстенсивной переменной является заряд системы q, которым она может обмениваться, а в качестве интенсивной переменной вводят электрический потенциал, характерный для каждой системы.
Знак минус означает, что работа выполняется над окружающей средой.
Выражение для свободной энергии в явном виде
Для практического применения свободной энергии необходимо найти соотношение между ее приращением и измеряемыми параметрами системы. Свободная энергия является функцией состояния и следовательно, в любых процессах, протекающих между фиксированными начальным и конечным состояниями, будет иметь место такое же ее изменение.
Запишем выражение I закона термодинамики с учетом всех видов произведенной работы.
При этом полное изменение энергии имеет вид:
В частности, если совершается только работа по переносу массы, то
–химический потенциал системы
–число молей вещества, поступившего в систему.
Если
система распадается на несколько
подсистем, каждая из которых характеризуется
своим химическим потенциалом
,
то изменение свободной энергии будет
записываться в виде суммы свободной
энергии подсистем:
Стандартные состояния. Стандартные условия
В системах с химическими процессами основной причиной изменения термодинамических параметров являются химические реакции. Поскольку химические превращения весьма разнообразны возникает проблема выбора начала отсчета энергетических величин, например термодинамических потенциалов. С этой целью в термодинамике широко применяют такие понятия, как стандартные состояния и стандартные условия. Учитывая, что в химических реакциях элементы друг в друга не вращаются, в качестве нуля отсчета берут совокупность всех химических элементов в виде простых веществ, находящихся в более устойчивых формах при 25°С. Эта выбранная совокупность простых веществ образует базис для проведения термодинамических расчетов, а каждое простое вещество, входящее в базис, является базисным веществом. Для выполнения термодинамических расчетов используют параметры вещества в стандартном состоянии.
Стандартное состояние выбрано в соответствии с рекомендацией ИЮПАК следующим образом:
1) температура вещества в стандартном состоянии равна температуре системы: Т = Т(системы);
2) давление над веществом или давление газообразного вещества в стандартном состоянии (Р0) равно 1 бар:
Р= Р0 = 1 бар
(1 бар = 105 Па). (Паскали рекомендованы для использования ИЮПАК с 1982 г.) Ранее в качестве стандартного состояния использовалась одна атмосфера (1 атм = 101325 Па). Несмотря на то по различия в единицах невелики, рекомендуется обращать внимание на единицы измерения давления.
3) Для жидких и твердых веществ берут реальные состояния при P0 = 1 бар и температуре Т. (Иногда в рассмотрение вводят и вещества в гипотетических состояниях — например, воду в виде газ при давлении 1 бар при температуре ниже 100°С или в виде льда при 25 °С.)
Термодинамические
величины, характеризующие вещества в
стандартном состоянии, называют
стандартными,
а
для их обозначения используют верхний
индекс, например
.
В
качестве
используют
298,15 К (25°С).
Под
стандартной энтальпией
и
энергией Гиббса
образования
вещества А обычно понимают изменение
энтальпии и энергии Гиббса в реакции:
,
где
–
базисные вещества.
Индекс f происходит от английского слова formation. Он используется для обозначения реакции образования вещества из простых базисных веществ. Если вещества и А находятся в стандартных условиях, то говорят о стандартной энтальпии, стандартной энтропии и стандартной энергии Гиббса образования при стандартных условиях:
,
,
Для
базисных
веществ в любых стандартных состояниях
принимают
=0
кДж/моль и
=0
кДж/моль. Обычно
расчет термодинамических параметров
при любых температурах
основывается
на использовании стандартных состояний
при стандартных условиях, для которых
также полагают
кДж/моль и
кДж/моль.
В
таблицах
обычно приводятся
значения
стандартных энтальпий образования
соединений из простых базисных веществ
при стандартных условиях с обозначениями
в
расчете на один моль образованного
вещества А.
Стандартные условия для биохимических процессов
Поскольку биохимические реакции обычно проходят в разбавленных водных растворах при нейтральном pH, то стандартное состояние для биологических систем определяется иными стандартными условиями:
1. Стандартное состояние воды определяется как для чистой жидкости. Таким образом, концентрация (или активность) воды принимается за 1, несмотря на то, что ее концентрация составляет 55.5 М.
2. Активность ионов водорода определена величиной, соответствующей физиологическому pH=7, а не химическому стандартному состоянию, при котором pH=0.
3. Стандартное состояние соединений, вступающих в кислотно-щелочные реакции, определяется с использованием полной концентрации смеси ионов при pH 7. Обычно легче измерить полную концентрацию і соединений, чем концентрацию одного из ионов. Поскольку ионный состав кислот или оснований меняется в зависимости от pH, стандартные свободные энергии вычисляются, используя общие концентрации частиц имеющих место при pH 7.
Стандартная
свободная энергия, вычисленная в
соответствии с предыдущими ссылками,
обычно записывается как
.
Если мы используем биологический
стандарт, то концентрация воды может
быть исключена из уравнений. Если реакция
протекает при pH 7, концентрация протонов
также исключается. Если реакцию проводят
при pH, отличном от 7, концентрация протонов
берется относительно 10-7,
то есть как [H+]/10-7.
