- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
2. Характеристические функции
Первый и второй законы термодинамики устанавливают существование двух функций состояния системы – внутренней энергии (U) и энтропии (S), приращение которых не зависит от пути перехода из одного состояния в другое. Однако по величине этих функций нельзя судить о величине производимой работы (A). В классической термодинамике доказывается существование других характеристических функций состояния системы, изменение которых в равновесных процессах равно максимальной полезной работе.
В зависимости от условий протекания процесса различают четыре потенциала, которые характеризуются постоянством пары параметров:
Внутренняя энергия |
U |
S,V=const |
Энтальпия |
H=U+PV |
S,P=const |
Энергия Гельмгольца (изохорно–изотермический потенциал) |
F=U-TS |
T,V=const |
Энергия Гиббса (изобарно–изотермический потенциал) |
G=U+PV-TS |
T,P=const |
Для равновесных процессов:
;
Максимальное количество работы, которое можно совершить в процессе, протекающем при постоянных Т и P, равно уменьшению свободной энергии системы.
Для неравновесных процессов:
При необратимом процессе совершается меньшее количество работы. В необратимом процессе, протекающем при постоянных температуре и давлении свободная энергия уменьшается.
Свободная
энергия Гиббса:
Полный дифференциал по этим переменным:
;
(отсутствие
всех видов работы, кроме работы по
расширению)
(1);
(2)
Свободная энергия Гиббса уменьшается с ростом температуры и увеличивается с ростом давления.
Температурная зависимость свободной энергии Гиббса
Интегрируя выражение (2) получаем G при постоянном давлении в температурном интервале от T1 до Т2:
(P=const) (3)
В уравнениях (2) и (3) S является функцией Т при постоянном давлении.
Для расчета температурной зависимости изменения свободной энергии Гиббса химической реакции
пАА + пBВ пCС + nDD (4)
изменение свободной энергии реакции равно:
где
и
т. д. — мольные
свободные энергии соединений С, D
и т. д.
Взяв производные уравнения (4) по температуре при постоянном давлении, получаем
(5)
где S – изменение энтропии реакции. Интегрируя уравнение (5), получаем
(6)
Если S реакции не изменяется значительно в температурном интервале от Т1 до Т2, уравнение (6) дает
Рассмотрим другое полезное уравнение для расчета температурной зависимости G при постоянном давлении:
Это уравнение Гиббса—Гельмгольца. Его можно вывести, взяв дифференциал от (G/Т) по температуре при постоянном давлении:
Считая
,
получаем
(7)
Умножив обе части уравнения (7) на Т2 и учитывая, что (dT/T2) = —d(1/T), получаем
(8)
Для рассматриваемой химической реакции (4) из уравнений (7) и (8) следует, что
, (9)
где Н — изменение энтальпии реакции
Если изменение Н мало по всему температурному интервалу, то из уравнения (9) получаем уравнение Гиббса-Гельмгольца:
(9)
Зависимость свободной энергии Гиббса от давления
,
T=const
(10)
Для твердых веществ и жидкостей при умеренных давлениях объем приблизительно постоянен и не зависит от давления; тогда после интегрирования получим
(11)
Для газа следует использовать уравнение состояния в приближении идеального газа и записать V как функцию от Р. Подставляя уравнение состояния в уравнение (10), получим
(12)
Для расчета влияния давления на свободную энергию химической реакции применим уравнения (11) и (12) к каждому продукту реакции и реагирующему веществу.
Если все продукты и исходные вещества — твердые или жидкие, используем уравнение (11):
(13)
где
Уравнение
(13) показывает, что если объем продуктов
реакции больше объема реагирующих
веществ (
),
то повышение давления будет увеличивать
свободную энергию реакции. Если хотя
бы одно из реагирующих веществ или
продуктов реакции газообразно, можно
пренебречь объемом жидкостей и твердых
веществ по сравнению с газом и использовать
уравнение (12)
где
–
число моль газообразных продуктов минус
число моль газообразных веществ.
