- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Химический потенциал
В дальнейшем нас в основном будут интересовать химические реакции, изменяющие состав самой системы.
В
таких случаях
число
молей всех составных частей системы.
–
означает
постоянство масс всех компонентов,
кроме i–го.
Частная производная свободной энергии Гиббса по числу молей компонента называется химическим потенциалом.
Химический
потенциал в дифференциальном виде
Типичная кривая зависимости химического потенциала от концентрации для разбавленных растворов на рисунке.
С увеличением С, одинаковым ее приращениям соответствуют все меньшие приращения химического потенциала.
Установлено, что при малых изменениях концентрации
из
которого вытекает, что одно и то же
приращение
приведет при большой концентрации С к
меньшему изменению
,
чем при малой.
Разность химических потенциалов является величиной относительной, поэтому «нулевой уровень» потенциала при данных T и P можно выбрать произвольно. В данном случае несущественно с какого нулевого уровня ведется отсчет, а важна разность между конечными и начальными значениями.
–
стандартный
химический потенциал.
Рассмотрим систему, состоящую из двух фаз, между которыми распределен интересующий нас компонент. Переход массы dn из первой во вторую фазу вызовет изменение потенциала dG.
В равновесии
Равенство химических потенциалов это условие равновесия перехода компонента из фазы I в фазу II.
В
отсутствие равновесия
.
Самопроизвольный переход будет
происходить из состояния с большим
химическим потенциалом в состояние с
меньшим химическим потенциалом.
Электрохимический потенциал
Электрическая
работа по переносу заряда
в область с электрическим потенциалом
:
Пусть
положительный заряд
перемещается из области с электрическим
потенциалом
в область с потенциалом
.
Заряд, который несет на себе заряженная молекула =Z e
Z–
количество
e-заряд 1,610-19 Кл
Заряд 1 моля вещества – Z e N0 N=61023 моль
еN0=F число Фарадея
Если перенос между фразами представляет собой транспорт заряженных ионов, то работа по переносу:
Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
При одном обороте или акте реакции число израсходованных молекул исходных веществ и число образованных молекул продуктов пропорционально соответствующим стехиометрическим коэффициентам
Стандартная величина термодинамического потенциала
Если концентрации реагентов равны 1¸
2.
можно
определить исходя из величин стандартных
окислительно-восстановительных
потенциалов.
∆G0 = -nF∆E0 F =23063 кал ∕ моль (96500 Дж∕моль);
3.
A
+ C
Д + Е
∆G0=?
Известно, что:
Д + Р А ∆G1
2Е А + С ∆G2
С + Р Д ∆G3
Д + Р А
+
2Е А + С
Д + Р + 2Е 2А + С ∆G1+∆G2
-
С + Р Д
Д +P+ 2Е – С - P 2А+С-Д
Д
+
Е
А
+
С
∆G10
=1/2(∆G1
+
∆G2
- ∆G3)
