
- •Курс лекций
- •Оглавление
- •1. Архитектура и принципы работы обычных эвм с центральным процессором (cpu) 9
- •2. Методы повышения производительности традиционных эвм 27
- •3. Типы архитектур высокопроизводительных вычислительных систем 45
- •4. Потоковые параллельные вычисления для физического моделирования 62
- •5. Применение графических процессоров на примерах сложения матриц и решения дифференциальных уравнений 82
- •6. Молекулярная динамика на графическом процессоре 100
- •7. Высокоскоростное моделирование систем с дальнодействием 125
- •8. Восстановление потенциалов межчастичных взаимодействий по температурной зависимости периода решетки методами высокоскоростного мдм на графических процессорах 145
- •9. Базовые особенности программирования графических процессоров шейдерной модели 4.0 160
- •Введение
- •1.Архитектура и принципы работы обычных эвм с центральным процессором (cpu)
- •1.1.Структура традиционной эвм
- •1.2.Организация работы эвм
- •1.3.Иерархия памяти компьютера
- •1.4. Выполнение команд
- •1.5.Требования к коммуникационным линиям
- •1.6.Устройства ввода-вывода
- •2.Методы повышения производительности традиционных эвм
- •2.1. Распараллеливание расчетов
- •2.2.Конвейерная обработка данных и команд
- •2.3.Высокопроизводительные процессоры
- •2.3.1.Суперскалярные процессоры
- •2.3.2.Процессоры risc с сокращенным набором команд
- •2.3.3.Процессоры со сверхдлинным командным словом
- •2.3.4.Векторные процессоры
- •2.3.5.Процессоры для параллельных компьютеров
- •2.3.6.Процессоры с многопоточной архитектурой
- •2.3.7.Технология Hyper-Threading
- •2.4.Требования к памяти высокопроизводительных эвм
- •2.5.Коммуникационная сеть высокопроизводительных эвм
- •2.5.1.Статические и динамические топологии и маршрутизация коммуникационных систем
- •2.5.2.Многокаскадные сети и методы коммутации
- •2.6.Классификация архитектур параллельных компьютеров
- •3.Типы архитектур высокопроизводительных вычислительных систем
- •3.1.Simd архитектура (с разделяемой и распределенной памятью)
- •3.2. Mimd архитектура с разделяемой и распределенной памятью
- •3.3. Комбинированные системы
- •3.4. Мультипроцессорные и мультикомпьютерные системы
- •3.5.Кластеры пэвм и рабочих станций
- •3.6.Особенности параллельного программирования
- •4.Потоковые параллельные вычисления для физического моделирования
- •4.1.Общие принципы распараллеливания расчётов
- •4.2.Обмен данными между процессором и памятью
- •4.3.Графические процессоры как вычислительные системы для поточно-параллельных расчётов
- •4.3.1.Вычислительные возможности центральных процессоров общего назначения и графических процессоров
- •4.3.2.Графический конвейер
- •4.3.3.История программируемости графических процессоров
- •4.3.4.Требования к алгоритмам для gpu, поддерживающих шейдерную модель 3.0
- •4.3.5.Возможности gpu в рамках шейдерной модели 3.0 и взаимодействие gpu с памятью
- •4.3.6.Проблема одинарной точности
- •4.4.Средства программирования графических процессоров
- •4.4.1.Общая структура программы для физического моделирования на графическом процессоре
- •4.4.2.Необходимое программное обеспечение
- •4.5.Области использования графических процессоров
- •5.Применение графических процессоров на примерах сложения матриц и решения дифференциальных уравнений
- •5.1.Распараллеливание независимых вычислений
- •5.2.Используемый графический процессор
- •5.3.Представление данных для графического процессора
- •5.4.Программирование вычислительного ядра
- •5.5.Взаимодействие центрального и графического процессоров
- •5.5.1.Функции центрального процессора
- •5.5.2.Пример программы
- •6.Молекулярная динамика на графическом процессоре
- •6.1.Принципы моделирования ионных кристаллов методом молекулярной динамики
- •6.2.Программирование графического процессора для расчёта действующих на ионы результирующих сил
- •6.2.1.Исходные данные
- •6.2.2.Представление исходных данных для gpu
- •6.2.3.Алгоритм расчёта результирующих сил с использованием графического процессора
- •6.2.4.Шейдер для расчёта результирующей силы
- •6.3.Исполнение шейдера из программы мд-моделирования на c#
- •6.3.1.Этапы алгоритма моделирования, исполняемые на cpu
- •6.3.2.Процедуры на c#, обеспечивающие работу с графическим процессором
- •6.4.Постановка граничных условий и стабилизация макросостояния молекулярно-динамической системы
- •6.4.1.Компенсация импульса и момента импульса
- •6.4.2.Стабилизация температуры
- •7.Высокоскоростное моделирование систем с дальнодействием
- •7.1.Актуальность моделирования
- •7.2.Высокоскоростные алгоритмы моделирования систем с дальнодействующими силами
- •7.3.Методика высокоскоростного молекулярно-динамического моделирования диоксида урана
- •7.4.Экспериментальные результаты и их обсуждение
- •7.5.Анализ зависимостей среднего квадрата смещений ионов кислорода от времени
- •8.Восстановление потенциалов межчастичных взаимодействий по температурной зависимости периода решетки методами высокоскоростного мдм на графических процессорах
- •8.1.Задача восстановления потенциалов межчастичных взаимодействий в кристаллах
- •8.2.Исходные данные и метод восстановления потенциалов
- •8.3.Модель и детали реализации
- •9.Базовые особенности программирования графических процессоров шейдерной модели 4.0
- •9.1.Предпосылки появления новой шейдерной модели
- •9.2.Архитектура gpu шейдерной модели 4.0. Преимущества этой модели
- •9.2.1.Иерархия вычислительных блоков и памяти в шейдерной модели 4.0
- •9.2.2.Конвейерная обработка данных на gpu sm4
- •9.2.3.Логическая структура вычислений на gpu sm4
- •9.2.4.Преимущества gpu шейдерной модели 4.0
- •9.3.Средства высокоуровневого программирования gpu шейдерной модели 4.0
- •9.3.1.Совместимость с шейдерной моделью 3.0
- •9.3.2.Специальные средства программирования gpu sm4. Cuda
- •9.3.3.Средства для написания и компиляции программ на cuda
- •9.3.4.Структура программы на cuda
- •9.4.Перемножение матриц на cuda
- •9.4.1.Алгоритм перемножения матриц
- •9.4.2.Процедура перемножения матриц на gpu sm4
- •9.4.3.Вызов процедуры перемножения матриц из программы на c
- •9.5.Молекулярная динамика на cuda
- •9.5.1.Алгоритм с использованием разделяемой памяти
- •9.5.2.Расчёт сил на gpu с использованием 3-го закона Ньютона
- •Библиографический список
- •Приложение 1 Операторы и функции языка hlsl, использованные в курсе лекций п.1.2. Типы данных
9.2.2.Конвейерная обработка данных на gpu sm4
Как описано выше, физически графический процессор G80 состоит из 16 мультипроцессоров, в каждом из которых по 8 «вычислителей». Вместе с тем, эти «вычислители» имеют конвейерную архитектуру, то есть – могут одновременно исполнять несколько конкретных вычислительных процессов, находящихся на разных стадиях алгоритма (например, когда один процесс записывает данные в глобальную видеопамять, другой может вести вычисления). Эти вычислительные процессы принято называть потоками (англ. tread – обработка). Каждый мультипроцессор может одновременно исполнять до 768 параллельных потоков.
В программах должны быть логически разделены потоки, исполняемые на различных мультипроцессорах, поскольку только потоки, исполняемые на одном и том же мультипроцессоре, имеют общий доступ к разделяемой памяти. Поэтому, потоки объединяются в «связки» потоков (англ. blocks). Каждая «связка» исполняется на одном мультипроцессоре. В «связке» может быть до 512 потоков. На одном мультипроцессоре могут исполняться две «связки», при условии, что для этого достаточно его ресурсов (общее количество потоков – не более 768, требуемый объём разделяемой памяти не больше имеющегося).
9.2.3.Логическая структура вычислений на gpu sm4
Шейдерная модель 4.0 даёт программисту возможность управлять распределением обрабатываемых данных и задач по «связкам» и по конкретным потокам. Для этого существуют системные переменные, которые внутри каждого конкретного потока возвращают индексы именно этого потока, а также индексы той «связки», к которой он принадлежит. Методы использования этих индексов показаны в нижеследующих примерах.
Программист имеет и возможность задавать способ индексации связок и потоков. В общем случае индексы являются трёхмерными, что может быть удобно при обработке трёхмерных сеток. Допустимы также одно- и двухмерные индексы (см. примеры).
В системе программирования CUDA (см. ниже) переменные, возвращающие индексы «связок» и потоков, имеют следующие имена.
dim3 – тип переменной, означающий 3-компонентный вектор;
dim3 gridDim – размерности 3-мерной сетки «связок», задаваемые для исполнения алгоритма;
dim3 blockDim - размерности 3-мерной сетки «вычислителей» внутри одной «связки», задаваемые для исполнения алгоритма;
dim3 blockIdx – 3-мерные индексы (координаты) той «связки», к которой принадлежит исполняемый поток;
dim3 threadIdx – 3-мерные индексы (координаты внутри «связки») исполняемого потока.
9.2.4.Преимущества gpu шейдерной модели 4.0
Архитектура GPU SM4 позволяет этим графическим процессорам исполнять все программы «чистого» поточно-параллельного моделирования, написанные для шейдерной модели 3.0, а кроме этого – предоставляет программисту дополнительные возможности, позволяющие использовать алгоритмы, которые раньше не были эффективны на GPU. Шейдерная модель 4.0 даёт следующие конкретные преимущества перед использованием стандартных графических библиотек DirectX и OpenGL:
широко известный стандартный язык программирования Си с несколькими простыми расширениями;
произвольная адресация при записи в память;
программируемость кэша;
значительно меньшие накладные расходы на взаимодействие CPU и GPU, некоторые операции выполняются асинхронно;
побитные операции над целыми числами;
двойная точность операций с плавающей запятой (аппаратная реализация, начиная с поколения чипов ATI Radeon 4xxx и NVIDIA GeForce GTX 2xx).
Приведённые возможности делают графические процессоры шейдерной модели 4.0 гораздо более универсальными вычислительными системами, чем предыдущие GPU.