- •Курс лекций
- •Оглавление
- •1. Архитектура и принципы работы обычных эвм с центральным процессором (cpu) 9
- •2. Методы повышения производительности традиционных эвм 27
- •3. Типы архитектур высокопроизводительных вычислительных систем 45
- •4. Потоковые параллельные вычисления для физического моделирования 62
- •5. Применение графических процессоров на примерах сложения матриц и решения дифференциальных уравнений 82
- •6. Молекулярная динамика на графическом процессоре 100
- •7. Высокоскоростное моделирование систем с дальнодействием 125
- •8. Восстановление потенциалов межчастичных взаимодействий по температурной зависимости периода решетки методами высокоскоростного мдм на графических процессорах 145
- •9. Базовые особенности программирования графических процессоров шейдерной модели 4.0 160
- •Введение
- •1.Архитектура и принципы работы обычных эвм с центральным процессором (cpu)
- •1.1.Структура традиционной эвм
- •1.2.Организация работы эвм
- •1.3.Иерархия памяти компьютера
- •1.4. Выполнение команд
- •1.5.Требования к коммуникационным линиям
- •1.6.Устройства ввода-вывода
- •2.Методы повышения производительности традиционных эвм
- •2.1. Распараллеливание расчетов
- •2.2.Конвейерная обработка данных и команд
- •2.3.Высокопроизводительные процессоры
- •2.3.1.Суперскалярные процессоры
- •2.3.2.Процессоры risc с сокращенным набором команд
- •2.3.3.Процессоры со сверхдлинным командным словом
- •2.3.4.Векторные процессоры
- •2.3.5.Процессоры для параллельных компьютеров
- •2.3.6.Процессоры с многопоточной архитектурой
- •2.3.7.Технология Hyper-Threading
- •2.4.Требования к памяти высокопроизводительных эвм
- •2.5.Коммуникационная сеть высокопроизводительных эвм
- •2.5.1.Статические и динамические топологии и маршрутизация коммуникационных систем
- •2.5.2.Многокаскадные сети и методы коммутации
- •2.6.Классификация архитектур параллельных компьютеров
- •3.Типы архитектур высокопроизводительных вычислительных систем
- •3.1.Simd архитектура (с разделяемой и распределенной памятью)
- •3.2. Mimd архитектура с разделяемой и распределенной памятью
- •3.3. Комбинированные системы
- •3.4. Мультипроцессорные и мультикомпьютерные системы
- •3.5.Кластеры пэвм и рабочих станций
- •3.6.Особенности параллельного программирования
- •4.Потоковые параллельные вычисления для физического моделирования
- •4.1.Общие принципы распараллеливания расчётов
- •4.2.Обмен данными между процессором и памятью
- •4.3.Графические процессоры как вычислительные системы для поточно-параллельных расчётов
- •4.3.1.Вычислительные возможности центральных процессоров общего назначения и графических процессоров
- •4.3.2.Графический конвейер
- •4.3.3.История программируемости графических процессоров
- •4.3.4.Требования к алгоритмам для gpu, поддерживающих шейдерную модель 3.0
- •4.3.5.Возможности gpu в рамках шейдерной модели 3.0 и взаимодействие gpu с памятью
- •4.3.6.Проблема одинарной точности
- •4.4.Средства программирования графических процессоров
- •4.4.1.Общая структура программы для физического моделирования на графическом процессоре
- •4.4.2.Необходимое программное обеспечение
- •4.5.Области использования графических процессоров
- •5.Применение графических процессоров на примерах сложения матриц и решения дифференциальных уравнений
- •5.1.Распараллеливание независимых вычислений
- •5.2.Используемый графический процессор
- •5.3.Представление данных для графического процессора
- •5.4.Программирование вычислительного ядра
- •5.5.Взаимодействие центрального и графического процессоров
- •5.5.1.Функции центрального процессора
- •5.5.2.Пример программы
- •6.Молекулярная динамика на графическом процессоре
- •6.1.Принципы моделирования ионных кристаллов методом молекулярной динамики
- •6.2.Программирование графического процессора для расчёта действующих на ионы результирующих сил
- •6.2.1.Исходные данные
- •6.2.2.Представление исходных данных для gpu
- •6.2.3.Алгоритм расчёта результирующих сил с использованием графического процессора
- •6.2.4.Шейдер для расчёта результирующей силы
- •6.3.Исполнение шейдера из программы мд-моделирования на c#
- •6.3.1.Этапы алгоритма моделирования, исполняемые на cpu
- •6.3.2.Процедуры на c#, обеспечивающие работу с графическим процессором
- •6.4.Постановка граничных условий и стабилизация макросостояния молекулярно-динамической системы
- •6.4.1.Компенсация импульса и момента импульса
- •6.4.2.Стабилизация температуры
- •7.Высокоскоростное моделирование систем с дальнодействием
- •7.1.Актуальность моделирования
- •7.2.Высокоскоростные алгоритмы моделирования систем с дальнодействующими силами
- •7.3.Методика высокоскоростного молекулярно-динамического моделирования диоксида урана
- •7.4.Экспериментальные результаты и их обсуждение
- •7.5.Анализ зависимостей среднего квадрата смещений ионов кислорода от времени
- •8.Восстановление потенциалов межчастичных взаимодействий по температурной зависимости периода решетки методами высокоскоростного мдм на графических процессорах
- •8.1.Задача восстановления потенциалов межчастичных взаимодействий в кристаллах
- •8.2.Исходные данные и метод восстановления потенциалов
- •8.3.Модель и детали реализации
- •9.Базовые особенности программирования графических процессоров шейдерной модели 4.0
- •9.1.Предпосылки появления новой шейдерной модели
- •9.2.Архитектура gpu шейдерной модели 4.0. Преимущества этой модели
- •9.2.1.Иерархия вычислительных блоков и памяти в шейдерной модели 4.0
- •9.2.2.Конвейерная обработка данных на gpu sm4
- •9.2.3.Логическая структура вычислений на gpu sm4
- •9.2.4.Преимущества gpu шейдерной модели 4.0
- •9.3.Средства высокоуровневого программирования gpu шейдерной модели 4.0
- •9.3.1.Совместимость с шейдерной моделью 3.0
- •9.3.2.Специальные средства программирования gpu sm4. Cuda
- •9.3.3.Средства для написания и компиляции программ на cuda
- •9.3.4.Структура программы на cuda
- •9.4.Перемножение матриц на cuda
- •9.4.1.Алгоритм перемножения матриц
- •9.4.2.Процедура перемножения матриц на gpu sm4
- •9.4.3.Вызов процедуры перемножения матриц из программы на c
- •9.5.Молекулярная динамика на cuda
- •9.5.1.Алгоритм с использованием разделяемой памяти
- •9.5.2.Расчёт сил на gpu с использованием 3-го закона Ньютона
- •Библиографический список
- •Приложение 1 Операторы и функции языка hlsl, использованные в курсе лекций п.1.2. Типы данных
И ННОВАЦИОННАЯ ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ПРОГРАММА
федеральное агентство по образованию
ГОУ ВПО «Уральский государственный технический университет – УПИ имени первого президента России Б.Н. Ельцина»
А.Я. Купряжкин, К.А. Некрасов, Поташников С.И.
ФИЗИЧЕСКОЕ И МАТЕМАТИЧЕСКОЕ моделирование
Курс лекций
Научный редактор – доктор ф.-м. н., проф. Купряжкин А.Я.
Екатеринбург
2008
УДК 669 (017.3)
Купряжкин А.Я., Некрасов К.А., Поташников С.И.
К92 Физическое и математическое моделирование: курс лекций / А.Я. Купряжкин, К.А. Некрасов, С.И. Поташников. Екатеринбург: УГТУ-УПИ, 2008. 197 с.
В курсе лекций изложены основные методики высокоскоростного параллельного моделирования на графических процессорах, методы компьютерного моделирования процессов массопереноса в реакторных материалах, включающие методы численного решения дифференциальных уравнений, молекулярной динамики для моделирования свойств реакторных материалов. Продемонстрированы возможности указанных методов для расчета коэффициентов диффузии, дефектообразования, структурного разупорядочения и межчастичных взаимодействий в реакторных материалах и их структурных аналогах.
Курс предназначен для подготовки магистров по специальности 140305 «Ядерные реакторы и энергетичеcкие установки» (направление 140300 «Ядерная физика и технологии»).
Научный редактор – доктор ф.-м. н., проф. Купряжкин А.Я.
Библиогр.: 69 назв. Рис. 67. Табл. 14. Прил. 2. |
|
|
|
© Уральский государственный технический университет – УПИ, 2008 ©Купряжкин А.Я., Некрасов К.А., Поташников С.И., 2008 |
Оглавление
ВВЕДЕНИЕ 7
1. Архитектура и принципы работы обычных эвм с центральным процессором (cpu) 9
1.1. Структура традиционной ЭВМ 9
1.2. Организация работы ЭВМ 13
1.3. Иерархия памяти компьютера 13
1.4. Выполнение команд 24
1.5. Требования к коммуникационным линиям 24
1.6. Устройства ввода-вывода 25
2. Методы повышения производительности традиционных эвм 27
2.1. Распараллеливание расчетов 27
2.2. Конвейерная обработка данных и команд 28
2.3. Высокопроизводительные процессоры 30
2.3.1. Суперскалярные процессоры 30
2.3.2. Процессоры RISC с сокращенным набором команд 31
2.3.3. Процессоры со сверхдлинным командным словом 34
2.3.4. Векторные процессоры 36
2.3.5. Процессоры для параллельных компьютеров 37
2.3.6. Процессоры с многопоточной архитектурой 37
2.3.7. Технология Hyper-Threading 39
2.4. Требования к памяти высокопроизводительных ЭВМ 40
2.5. Коммуникационная сеть высокопроизводительных ЭВМ 40
2.5.1. Статические и динамические топологии и маршрутизация коммуникационных систем 40
2.5.2. Многокаскадные сети и методы коммутации 41
2.6. Классификация архитектур параллельных компьютеров 42
3. Типы архитектур высокопроизводительных вычислительных систем 45
3.1. SIMD архитектура (с разделяемой и распределенной памятью) 45
3.2. MIMD архитектура с разделяемой и распределенной памятью 46
3.3. Комбинированные системы 49
3.4. Мультипроцессорные и мультикомпьютерные системы 51
3.5. Кластеры ПЭВМ и рабочих станций 51
3.6. Особенности параллельного программирования 56