- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •Метод Гуггенгейма
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Кинетика реакций Реакции первого порядка
После интегрирования имеем:
;
Постоянную интегрирования С находим из начальных условий:
t=0;
;
Линеаризация кинетического уравнения первого порядка представлена уравнениями (1) и (2), графическое определение констант скоростей реакции первого порядка показана на рис.1.1.5.
|
|
|
|
Рис. 1.1.5. Графическое определение константы скорости реакции первого порядка на основании экспериментальной зависимости концентрация – время. |
|
Кинетическое
уравнение реакции первого порядка имеет
вид:
Рис. 1.1.6. Вид кинетической зависимости для реакции первого порядка.
Константа скорости реакции первого порядка k зависит от концентрации только одного реагирующего вещества.
Время полупревращения. У реакций первого порядка есть одно интересное свойство: время полупревращения (т.е. то время, за которое субстрат реакции наполовину уменьшит свою концентрацию по сравнению с первоначальной) в этих реакциях не зависит от начальной концентрации субстрата.
,
где
–
время
полупревращения.
Кинетическое уравнение реакции второго порядка
Уравнение скорости для рассматриваемой реакции
Обозначим начальные концентрации A и B через a и b; примем, что через время t прореагирует количество A равное x; тогда концентрации A и B в момент времени t будут равны (a-x) и (b-x) соответственно. Выражение скорости реакции будет следующим:
;
;
C–
постоянная интегрирования.
;
C
находим из начальных условий: x=0
при t=0.
.
или
Графическое определение кинетических параметров уравнения второго порядка показано на рис. 1.1.7.
Рис. 1.1.7. Графическое определение константы скорости реакции второго порядка на основании экспериментальной зависимости концентрация – время.
В особом случае, когда A и B являются молекулами одного и того же вещества, т.е.
либо начальные концентрации A и B равны [A0]=[B0], выражение скорости реакции будет иметь следующий вид:
или
Интегрируя, получаем
;
при t=0,
;
[A0]–
начальная
концентрация вещества A.
|
|
Рис. 1.1.8. Графическое определение константы скорости реакции второго порядка типа на основании экспериментальной зависимости концентрация – время. |
|
В этом случае время полупревращения реакции второго порядка:
;
;
;
Метод Гуггенгейма
Измерение концентраций реагирующих веществ сложный и трудоемкий процесс. Достаточно часто в эксперименте вместо концентрации веществ измеряются физические величины, прямо пропорционально связанные с концентрацией исследованного вещества (оптическая плотность, оптическое вращение, намагничиваемость и т.д.)
В ряде случаев переход от физических величин к концентрациям элементарен. Так, например, связь между оптической плотностью и концентрацией вещества определяется законом Бугера-Ламберта-Бера. При кинетических исследованиях достаточно часто возникает вопрос о непосредственном определении порядка реакции и константы скорости исходя из измеренных непосредственно в эксперименте физических величин, без их пересчета в концентрацию реагирующих веществ.
Иногда, например, изучаемая реакция сопряжена с накоплением другого окрашенного вещества, что влияет на результаты измерения оптической плотности. В этом случае экспериментальные данные не линеаризуются в полулогарифмических координатах.
Нивелировать накопление вещества X можно с помощью метода Гуггенгейма.
,
где Ф–измеряемая
в эксперименте физическая величина,
которая является линейной функцией
концентрации изучаемого вещества.
Тогда
Если начальный момент реакции не был зафиксирован
,
где
–
величина Ф,
достигаемая при бесконечно большом
времени реакции.
Дадим приращение времени реакции, равное . Тогда для произвольных времен t1 и t2 получим следующие уравнения:
где
–
значение Ф
при увеличении времени наблюдения на
.
Складываем попарно:
;
В общем случае
,
где А – константа.
Тогда
|
|
|
Рис. 1.1.9. Графический способ определения константы скорости реакции первого порядка по методу Гуггенгейма. |

(2)