
- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •Метод Гуггенгейма
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Влияние температуры на скорость химической реакции
Скорость протекания любой химической реакции зависит от условий проведения эксперимента: состава реакционной смеси, температуры, давления, рН и т.д.
Рис.1.1.3. Схематическое представление изменения свободной энергии в ходе реакции: а– пунктирная линия – снижение барьера свободной энергии; б–фермент разбивает высокий барьер на несколько более мелких. |
Модификация условий эксперимента может привести к изменению величины константы скорости реакции или к трансформации механизма протекания реакции. Зависимость константы скорости реакции от температуры описывается уравнением Аррениуса:
Зависимость данного типа в 1889 году впервые получил С.Аррениус. Большую роль сыграла опубликованная пятью годами раньше книга Я. Вант-Гоффа «Очерки по химической динамике», в которой он эмпирическим путем вывел уравнение для температурной зависимости константы равновесия реакции (уравнение изохоры Вант-Гоффа). Для объяснения полученной зависимости Аррениус исходил примерно из следующих соображений. Скорость реакции пропорциональна числу столкновений молекул реагирующих веществ. Поэтому разумно предположить, что константа скорости также пропорциональна этому числу столкновений.
Следовательно,
|
где Р-коэффициент пропорциональности (фактор аддиабативности); Z- число столкновений между молекулами.
Если бы любое столкновение между молекулами приводило к образованию продуктов химической реакции, то температура не оказывала бы столь большое влияние на скорость протекания химической реакции. Следовательно, химическая реакция протекает в результате столкновения не любых, а только «активных» молекул. Число таких молекул должно возрастать при увеличении температуры.
Согласно предположениям Аррениуса, разница между «активной» и «неактивной» молекулами определяется энергией молекулы. Для каждой химической реакции существует своя критическая величина E, называемая энергией активации. Как только энергия молекулы больше, чем Е, она «активна».
Энергией активации называется количество энергии, которая необходима для переведения одного моля вещества в активированное состояние при определенной температуре. Ее определяют опытным путем, обозначают буквой E (Еa) и обычно выражают в кДж/моль.
Графически эта величина соответствует величине барьера (образование переходного состояния, рис. 1.1.3), который необходимо преодолеть для осуществления химической реакции (соответствует разности энергий Гиббса переходного и исходного состояний).
Реакция возможна, если она идет с понижением энергии. Это необходимое, но не достаточное условие.
Еще
до Аррениуса было показано, что доля
молекул с энергией больше, чем Е, равна,
где
R—универсальная газовая постоянная.
Поэтому разумно предположить, что
.
Тогда:
Обозначая
предэкспоненциальный множитель как
,
получаем современный вид уравнения
Аррениуса:
Строим
графическую зависимость в координатах
—
(рис. 1.1.4).
Рис.1.1.4. Определение энергии активации исходя из температурной зависимости.
Д
ифференцируем
последнее уравнение по Т: