Одразу ж після затвердження сеймом Гадяцька угода почала вступати в силу. У 20-х числах червня 1659 р. Відбулася присяга Війська Запорозького польському королю.

Отже, Гадяцька угода, по суті, втратила своє попереднє практичне значення для України. Це фактично означало велику дипломатичну й політичну поразку гетьманського уряду.

Безперечно, розумів це і сам І. Виговський. Єдиний варіант зміцнення свого становища всередині країни та за її межами гетьман та його прибічники вбачали в успішній війні проти Москви. І цей шанс, по суті — останній, Виговський намагався використати сповна.

Та, видно, доля вже остаточно відвернулася від нього. В умовах нового наступу російських військ Польща фактично не подавала ніякої допомоги. Старшина Лівобережної України на чолі з переяславським полковником Т. Цицурою почала переходити на бік Москви і, запобігаючи перед нею, діяла вже проти Виговського. Визріває опозиція проти гетьмана і серед правобережної старшини, що була тривалий час його опорою. Більше того, саме вони, колишні соратники й однодумці, будучи вкрай незадоволені остаточними умовами Гадяцької (Варшавської) угоди, вирішили долю свого патрона, взявши активну участь в усуненні його від гетьманства. Фактичним лідером опозиції став полковник І. Богун, який тривалий час був одним з найближчих соратників І. Виговського.

Величезної шкоди справі Виговського, а, об'єктивно, й усій Україні, завдав у цей час похід І. Сірка на Крим, що позбавило союзників можливості розвинути військові успіхи після Конотопа.

За цих умов у жовтні 1659 р. у Переяславі відбулася козацька рада, на якій гетьманом України, за домовленістю з присутніми російськими воєводами В. Шереметєвим і Г. Ромодановським, було проголошено Юрія Хмельницького.

А незабаром в околицях Білої Церкви на Чорній раді І. Виговський був офіційно усунений від влади і передав Ю. Хмельницькому гетьманські клейноди.

Внаслідок Переяславської угоди 1659 р. значно зміцнила свої позиції в Україні Москва, прихильником якої оголосив себе новий гетьман Ю. Хмельницький. Козацька старшина, що в основній своїй масі покинула І. Виговського, втративши в його особі сильного лідера, цього разу виявила нерішучість у відстоюванні своїх «вольностей». До того ж, на раді в Переяславі, де було прийнято ряд дискримінаційних щодо України статей, були відсутні такі авторитетні державні діячі, як полковники І. Богун, М. Ханенко, О. Гоголь та інші, котрі могли вплинути на прийняття рішень.

І. Виговський після втрати гетьманської булави тісно пов'язує своє життя з Польщею. Деякий час він обіймав високі офіційні посади в адміністрації Речі Посполитої: Київського воєводи (тобто управителя тієї частини воєводства, що залишалося під польською владою), королівського старости в Барі, нарешті, сенатора сейму.

1663 р. під час нової польсько-московської війни І. Виговський, за наказом тодішнього гетьмана Правобережної України Павла Тетері, його особистого ворога, був заарештований у м. Рокитному на Київщині. Його безпідставно звинуватили у зраді польського короля і через добу після арешту розстріляли за вироком військово-польового суду.

Так трагічно скінчилося життя одного з видатних державних і політичних діячів України II пол. XVII ст. Та трагічною була не тільки смерть І. Виговського. Трагічним, по суті, виявилося все його перебування в ранзі гетьмана. Змагаючись у надзвичайно складних історичних умовах, насамперед, за національні інтереси свого народу, І. Виговський, на жаль, так і залишився незрозумілим для останнього. Більше того, стараннями офіційної ідеології національний герой України, як це, на жаль, часто траплялося, став її «офіційним зрадником».

Та у пам'яті народу усе ж знайшлося почесне місце для такого поняття, власне, цілого явища нашої історії, як «виговщина». Так, тієї самої спадщини славного гетьмана України І. Виговського, яка потім логічно переросла в «мазепинщину» і стала добрим підґрунтям у національно-визвольній боротьбі українського народу в наступні епохи.