БИОИНЖЕНЕРИЯ
.pdf
Димеризация геликаз в S субъединице
Димеризация геликаз в S субъединице
РЕСТРИКТАЗЫ II ТИПА
•Система состоит из гомодимера или гомотетрамера
•Не требует для работы АТФ
•Осуществляет разрезание в либо близко к сайту узнавания последовательности ДНК (палиндромы 4-8 пн)
•Формирует «тупые» либо «липкие» концы
Варианты разрезания ДНК
Разновидности системы рестикции II типа
•Тип IIA – узнают асимметричную последовательность (например,
Bpu10I - CCTNAGC(-5/-2)
•Тип IIB – разрезают за 8 нуклеотидов до и 13 после сайта узнавания на одной цепи, и наоборот, на другой цепи (например, BplI ((8/13)GAGNNNNNCTC(13/8)
•Тип IIC – узнавание и разрезание подобно IIB (например, BcgI [(10/12)CGANNNNNNTGC(12/10), но имеют иную организацию
•Тип IIM – узнают и разрезают модифицированную последовательность ДНК (например, DpnI (GA/TC)
•Тип IIS – по отдельности как никазы, работают как димеры для разрезания двух цепей ДНК (например, FokI - (GGATG(9/13)
обозначение Nt – никаза, разрезающая верхнюю цепь ДНК Nb – никаза, разрезающая нижнюю цепь ДНК
Изошизомеры – разные ферменты, узнающие и разрезающие ДНК в одинаковых позициях
Неошизомеры – ферменты, узнающие одну последовательность ДНК, но разрезающие её в разных положениях
Кристаллическая структура рестиктаз II типа
Топология основных ветвей системы рестрикции II типа
Взаимодействие системы рестрикции II типа с ДНК
Взаимодействие системы рестрикции II типа с ДНК
SN2-механизм гидролиза фосфодиэфирной связи
Нуклеофильная атака
Пентавалентное переходное состояние
Удаление 3 штрих гидроксильной группы