- •«Российский государственный университет нефти и газа имени и. М. Губкина» в г. Оренбурге
- •Лекция n1
- •1.Предмет и задачи биотехнологии
- •2.Выбор биотехнологических объектов
- •Лекция №2 Метаболизм. Основные процессы клеточного метаболизма. Механизмы регуляции метаболитических процессов.
- •Регуляция синтеза белков с точки зрения молекулярной биологии.
- •Лекция № 3 Понятие о первичных и вторичных метаболитах.
- •Теоретические основы получения первичных метаболитов.
- •Анаэробные процессы.
- •Аэробные процессы
- •2.Получение глюконовой кислоты.
- •3.Получение итаконовой кислоты.
- •Процессы с полным окислением
- •1. Получение лимонной кислоты.
- •2.Получение кетокислот (пировиноградной и кетоглутаровой).
- •Лекция №4 Теоретические основы получения вторичных метаболитов
- •1. Получение антибиотиков
- •2.Производство аминокислот
- •3.Производство витаминов. (самостоятельно)
- •Производство водорастворимых витаминов (в2, в12).
- •Производство жирорастворимых витаминов (a, d).
- •Использование процесса микробной биотрансформации при промышленном получении витамина с. Лекция №5 биотрансформация и биодеградация органических соединений
- •1.Биотрансформация органических соединений
- •1.1.Процессы микробной химии
- •1.2.Методы микробной трансформации органических соединений.
- •I. Использование ферментативных свойств интактных (нормальных) клеток:
- •III. Конструирование штаммов с повышенной способностью к трансформации органических соединений.
- •IV. Использование ферментных препаратов, иммобилизованных ферментов и клеток.
- •1.2.1.Трансформация растущей культурой в периодических условиях
- •1.2.2.Трансформация суспензиями неразмножающихся клеток
- •1.2.3.Трансформация осуществляемая спорами грибов и актиномицетов
- •1.2.4.Непрерывные методы культивирования
- •1.2.5.Кометаболизм
- •1.2.6.Применение поврежденных и дезинтегрированных клеток
- •1.2.7.Ингибирование определенных участков метаболитических путей.
- •1.2.8.Применение мутантов с блокированным синтезом определенных ферментов
- •1.2.9. Конструирование штаммов с повышенной способностью к трансформации
- •1.2.10.Ферментные препараты и иммобилизованные ферменты
- •1.2.11.Иммобилизация клеток
- •1.2.12.Политрансформации
- •1.Подбор штамма, способного осуществлять нужную трансформацию
- •1.3.Микроорганизмы трансформирующие органические соединения
- •1.4.Примеры трансформации органических соединений
- •2.Биодеградация токсичных соединений
- •2.1.Деградация ксенобиотиков с помощью микроорганизмов
- •2.2. Использование методов генной инженерии для биодеградации ксенобиотиков
- •Лекция 6 Основы технологии, процессы и аппараты биотехнологических производств
- •Подготовка и стерилизация питательных сред.
- •Подготовка воздуха
- •Подготовка и наработка продуцента.
- •Основы технологии микробиологических производств
- •Поверхностное культивирование
- •Способы поверхностного культивирования
- •Выделение и очистка целевых продуктов
- •Глубинное культивирование
- •Процесс идеального (полного) вытеснения;
- •Процесс идеального (полного) смешения;
- •Лекция №7 основное оборудование биотехнологических производств.
- •Классификация ферментеров
- •Ферментеры с подводом энергии жидкой фазой (группа фж).
- •Ферментеры с подводом энергии жидкой и газовыми фазами (фжг).
- •Особенности конструирования и работы ферментационного оборудования
- •Термостатирование
- •Пеногашение
- •Проблемы масштабирования ферментационных процессов
- •Лекция № 8
- •1.Культуры клеток и тканей растений и животных
- •2.Технология культивирования клеток и тканей
- •2.1.Получение культуры каллуса, суспензионных культур и одиночных клеток.
- •2.2. Факторы, влияющие на продуктивность культур тканей
- •2.2.1. Происхождение ткани
- •2.2.2. Клеточная дифференциация in vitro.
- •2.2.3.Питательные среды для культивирования клеток и тканей.
- •2.2.4.Асептика
- •2.2.5.Физические факторы, влияющие на развитие клеточных культур.
- •2.2.6. Химические факторы, влияющие на синтез вторичных метаболитов.
- •2.2.7. Способы выделения целевого продукта.
- •3.Культуры органов растений
- •3.2. Культура корней
- •4. Клональное микроразмножение растений
- •1.Клеточная инженерия
- •1.1.Получение протопластов
- •1.2.Культивирование протопластов
- •1.3.Слияние протопластов
- •1.4.Гибридизация соматических клеток
- •2.Генетические основы совершенствования биообъектов.
- •2.1.Селекция микроорганизмов – продуцентов практически важных веществ.
- •2.2.Методы и подходы в селекции
- •Основы генетической инженерии.
- •1.Технология конструирования и работы с рекомбинантными днк
- •Лекция №11 Оптимизация экспрессии клонированных генов.
- •Экспрессия генов при участии сильных регулируемых промоторов
- •Регулируемые промоторы
- •Интеграция чужеродной днк в хромосому хозяина
- •Химерные белки
- •Расщепление химерных белков
- •Повышение эффективности секреции
- •Метаболитическая перегрузка
- •Направленный мутагенез
- •Направленный мутагенез: методика
- •Получение рекомбинантных белков с помощью эукариотических систем
- •Лекция № 12 Получение лекарственных препаратов белковой природы на основе методов генной инженерии
- •1.Получение инсулина.
- •2.Получение соматостатина
- •3.Синтез соматотропина
- •5.Иммуномодуляторы
- •6.Использование трансгенных животных и растений для получения лекарственных препаратов белковой природы
- •Лекция №13 Использование рекомбинантных микроорганизмов для получения коммерческих продуктов небелковой природы.
- •1.Синтез l-аскорбиновой кислоты
- •2.Антибиотики
- •2.1.Синтез новых антибиотиков
- •2.2.Разработка новых методов получения поликетидных антибиотиков
- •2.3.Усовершенствование производства антибиотиков
- •Лекция №14
- •1.Генная инженерия в производстве вакцин.
- •2. Генная терапия онкологических заболеваний.
- •3.Лекарственные препараты на основе олигонуклеотидов
- •3.1..«Антисмысловые» олигонуклеотиды как лекарственные средства
- •3.2. Рибозимы как лекарственные средства
- •3.3. Малые интерферирующие рнк.
- •Лекция №15
- •1.Моноклональные антитела в диагностике и лечении.
- •1.1.Использование антител в иммуноферментном анализе
- •1.2.Моноклоналъные антитела
- •1.3.Образование и отбор гибридных клеток
- •1.4.Идентификация гибридных клеточных линий, секретирующих специфические антитела
- •1.5.Моноклональные антитела как лекарственные средства
- •1.6. Лекарственные вещества, связанные с моноклоналъными антителами
- •1.7. Профилактика отторжения трансплантированных органов
- •2.Системы днк-диагностики
- •Примеры днк-диагностики Диагностика малярии
- •Диагностика Trypanosoma cruzi
- •Лекция №16
- •1.Геномика, протеомика и биоинформатика. Медицинская биотехнология в “постгеномную эру”
- •Новые подходы к разработке лекарств в постгеномную эру.
- •1. Кризис классической фармакотерапии и фарминдустрии.
- •2. От гена до прототипа лекарства. Новые подходы к разработке лекарств в постгеномную эру.
- •2.1. Поиск биомишеней для создания новых лекарственных средств на основе анализа геномных данных
- •2.1.1. Основные критерии селекции мишеней для создания антимикробных средств.
- •2.1.2. Экспериментальные технологии валидации потенциальных мишеней.
- •Методы валидации биомишеней.
- •1. Протеомные методы валидации потенциальных мишеней.
- •2. Геномные методы валидации потенциальных мишеней.
- •3. Валидация потенциальных мишеней in vivo.
- •2.1.3. Пространственная структура мишеней.
- •2.1.3.1. Экспериментальные методы расшифровки пространствен-ных структур белков
- •2.1.3.2. Моделирование пространственных структур белков.
- •2.1.4. Конечная селекция и приоритезация потенциальных мишеней
- •2.2. Основные типы биомишеней.
- •2.2.1.Генные мишени
- •2.2.2. Белковые биомишени.
- •2.2.2.1. Белковые мишени для разработки противовирусных препаратов.
- •2.2.2.2. Белковые мишени для антибактериальных и противо-опухолевых препаратов
- •2.2. Стратегия поиска соединений – лидеров.
- •2.2.1. Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг
- •2.2.2.1.Технология комбинаторного синтеза
- •Жидкофазный синтез
- •1. Синтез смесей
- •2. Параллельный синтез
- •Преимущества жидкофазного синтеза:
- •Недостатки:
- •Твердофазный синтез
- •2.2.2.2. Планирование и дизайн комбинаторного синтеза
- •1.Темплейты
- •2. Дизайн молекул. Структурные критерии.
- •Критерии выбора центроидов.
- •Варьирование заместителей
- •3. Дизайн библиотек для оптимизации лидера
- •2.2.2.3.Оптимизация скрининга
- •2.3. Медицинская химия
- •2.4. Рациональный дизайн лекарств. Общая схема.
- •Конструирование лекарств на основе известной структуры мишени (технология sbdd)
- •Конструирование лекарств на основе структур лигандов (технология lbdd)
- •2.4.2. Разработка лекарств на базе соединений – лидеров.
- •2.5. Фармакогеномика и новые подходы к терапии и клиническим испытаниям лекарств.
- •2.6. Лекарство, действующее на несколько молекулярных мишеней в организме: исключительная ситуация или будущее фармакотерапии?
2.4.2. Разработка лекарств на базе соединений – лидеров.
Завершающая стадия создания лекарственного соединения - его разработка. На этой стадии оптимизированный лидер улучшают таким образом, чтобы он стал удобным для клинического использования и приобрёл нужные фармакокинетические характеристики (растворимость в воде, высокую биохимическую стабильность, пролонгированность действия). Как правило, на этой стадии структуру соединений снова изменяют, иногда очень существенно. При этом стараются без крайней необходимости сильно не увеличивать молекулярную массу лекарства, по сравнению с массой молекулы соединения – лидера. Опыт модификации таких сложных природных веществ, как морфин, хинин или алкалоиды кураре свидетельствует, что нередко можно получить более простые аналоги исходного соединения-лидера, сохраняющие его биологическую активность. На этом этапе используется много методов с красивыми названиями: создание биоизостеров, пролекарств, пептидомиметиков, “мягких”(soft drug) и “двойных”(twin drug) лекарств и т. д.
Пролекарства - это вещества, не обладающие выраженной физиологической активностью, но способные превратиться в лекарства уже в организме человека. Происходит это в результате либо ферментативной реакции, либо химической (без участия белкового катализатора). Чтобы получить пролекарство, обычно модифицируют какую-то реакционно-способную группу в физиологически активном соединении так, чтобы эта связь разрушалась в организме. С помощью пролекарств можно, например, продлить действие препарата, повысить его растворимость в воде и даже изменить его вкус. Например, азатиоприн является пролекарством 6-меркаптопурина, обладающего цитостатическими и иммунодепрессивными свойствами. В организме азатиоприн медленно превращается в 6-меркаптопурин, что приводит к пролонгированию действия последнего.
азатиоприн 6-меркаптопурин
Важный методом этого этапа является так называемая изостерическая или биоизостерическая замена. Термин „изостеры“ был введён ещё Ирвингом Ленгмюром в начале XX века: „Молекулы или ионы, которые содержат одинаковое число атомов и имеют одинаковое количество и расположение электронов“. Соответственно изостерическая замена в конструируемом лекарстве - это замена атома или группы на похожую по размеру или валентности. Если при этом сохраняется физиологическая активность, то замена называется „биоизостерической“. Интересно, что термин „биоизостер“ относится и к соединениям, получающимся путём замены на совершенно „непохожие“ группировки, но с сохранением биологических свойств (рис. 7). С помощью биоизостерической замены исследователям удаётся, например, уменьшить токсичность активного соединения, повысить его растворимость и устойчивость к действию ферментативных систем организма и т. д.
Рис.7. Примеры группировок, которые кажутся „непохожими“ на карбоксильную группу (–СООН), но, тем не менее, часто используются вместо неё при биоизостерической замене |
Одним из перспективных направлений в создании новых типов лекарственных препаратов является использование соединений, называемых „пептидомиметиками“ и “пептоидами”.
Многие из ферментных субстратов, например ангиотензиноген, ангиотензин, фибриноген (как предшественник фибрина), белки вируса иммунодефицита GAG и GAG-POL (предшественники протеазы и других белков ВИЧ) и многие лиганды ферментов и рецепторов, такие как серпины, энкефалины, нейрокинины, соматостатин, фибриноген, витронектин и другие, являются либо низкомолекулярными пептидами, либо белками. В отличие от взаимодействий белок-белок в сигнальных цепях, взаимодействие этих лигандов с их биомишенями осуществляется с помощью небольшого участка полипептидной цепи, содержащего всего несколько аминокислот, а остальная часть полипептида или белка стабилизирует определенное пространственное расположение данной части макромолекулы. Показательным примером этого может служить пептидный мотив RGD (аргинин, глицин, аспартат), который взаимодействует с различными интегриновыми рецепторами в совершенно разных конформациях.
Если создаваемое нами лекарство должно подействовать на мишень, природный лиганд для которой такой пептид, то этот пептид можно взять в качестве соединения-лидера. Однако пептиды в качестве лекарств не слишком удобны: плохо растворяются в воде, легко расщепляются протеолитическими ферментами организма.
Поэтому на основе такого пептида создается лекарство- пептидомиметик - соединение, способное взаимодействовать с той же мишенью, но содержащее различные непептидные (неприродные) структурные элементы. Пептидомиметики способны копировать или противодействовать биологической активности природных белковых молекул, аналогами которых они являются..
По своей структуре пептидомиметики могут представлять собой полипептидную цепочку, построенную из молекул неприродных α-аминокислот или D-изомеров природных. Введение таких аминокислот (особенно α,α-дизамещенных) в ключевые позиции биологически активных пептидов, как правило, приводит к существенному повышению протеолитической и конформационной стабильности, селективности действия и улучшению фармакокинетических параметров потенциальных лекарств. Пептоиды представляют собой полипептиды полученные из молекул глицина, у которых один атом водорода в аминогруппе замещен на различные радикалы.
В принципе, пептидомиметики вовсе не обязательно должны иметь классическую полипептидную структуру. Главное, чтобы они могли эффективно имитировать полипептидный лиганд и обладать высоким сродством к биомишени. Поэтому в структуры пептидомиметиков часто вводят различные фрагменты - заместители и функциональные группы никогда не встречающиеся в природных полипептидах, которые являются биоизостерическими аналогами определенных участков природных пептидов.
Результатом успешного применения пептидомиметического подхода являются некоторые искусственные лиганды интегринов. Сначала была выявлена селективность циклических пептидов по отношению к соответствующим интегриновым рецепторам, а затем уже на их основе были сконструированы бензодиазепиновые пептидомиметики с превосходной селективностью. Другим примером удачного превращения пептидов в пепти-домиметики являются аналоги лигандов рецепторов нейрокинина-1 и нейрокинина-2 и лиганды рецепторов соматостатина с резко выраженной селективностью к определенным их подтипам.
Методом пептидомиметического моделирования также удалось получить ряд ингибиторов протеазы ВИЧ, исходя из последовательности сайта расщепления. Первые лекарства этого типа против ВИЧ - саквинавир, ритонавир и индинавир - еще очень похожи на пептиды, а более новые аналоги, полученные путем структурного дизайна, - нелфинавир, ампренавир, а также пока не выпущенные на рынок ингибиторы, разработанные фирмой «DuPont», уже являются настоящими пептидомиметиками.
нелфинавир ампренавир
«Мягкие лекарства» - физиологически активные соединения, фармакологический эффект которых локализован в определенном месте. Распределение в других местах приводит к их быстрой деструкции или инактивации. «Мягкие» лекарства представляют собой активные производные неактивных аналогов лекарств. Например, такими являются эфиры кортикостероид-21-карбоновых кислот, которые активны при местном применении, но после всасывания через кожу очень быстро метаболически разлагаются до неактивных 21-кислот. Другим примером являются лекарства против глаукомы.
«Двойные лекарства» - физиологически активные соединения, содержащие две фармакофорные группы, объединенные ковалентно в одну молекулу. Это препятствует образованию молекул соли при комбинации двух лекарств. Примером идентичного двойного лекарства, представляющего собой комбинацию двух одинаковых составляющих может быть симметричная молекула BDHP. Активность BDHP приблизительно в десять раз выше, чем активность составляющих ее молекул нитрендипина (антагониста кальциевых каналов).
нитрендипин
Двойные лекарства могут быть и неидентичными (имеющими в качестве составляющих различные структуры). В частности, возможно конструирование сложных «бинарных» структур, содержащих в своем составе несколько функционально значимых частей молекулы.
Создание лекарств-клонов. Копирование существующих лекарств с незначительными химическими изменениями (создание лекарств-клонов) получило название исследования «mе too». Такие аналоги иногда могут иметь существенные терапевтические преимущества, по сравнению с уже существующим лекарством. Примером являются, различные биодоступные и устойчивые к лактамазе пенициллины широкого спектра действия, диуретические и противодиабетические сульфамидные препараты на основе антибактериальных сульфамидов. Если лекарство «me too» имеет некоторое терапевтическое преимущество, то оно, как правило, выдвигается на первое место, например, более популярным стал ранитидин по сравнению с циметидином или эналаприл по сравнению с каптоприлом.
Биологическая активность энантиомеров: хиральный переход. В прошлом хиральные лекарства получались в виде рацематов или (при наличии в молекуле нескольких хиральных центров) в виде диастереомерных смесей. Лишь около 20 лет назад фармаколог Арене подверг рацематы критике как вещества, «содержащие 50% примесей». Это подтолкнуло фармацевтическую промышленность к осознанию проблемы, связанной с тем, что оптически активное лекарство и его зеркальный изомер могут значительно различаться по биологической активности. Действительно оказалось, что некоторые хиральные барбитураты в одной из форм обладают седативной активностью, тогда как другой их энантиомер вызывает судороги. В случае синтетических аналогов морфина один энантиомер может быть сильным анальгетиком, а другой - противокашлевым средством. Некоторые дигидропиридины в одной энантиомерной форме являются блокаторами кальциевых каналов, в то время как другой оптический изомер стабилизирует кальциевый канал в открытом состоянии, так что в результате биологические эффекты в таком рацемате компенсируются. Другой пример дает печально известный препарат талидомид. Два его энантиомера обусловливают соответственно седативную активность и побочное тератогенное действие, однако разделение рацемата не приводит к продуктам с индивидуальной активностью из-за метаболической взаимотрансформации обоих энантиомеров.
В течение последнего десятилетия компаниям удалось продлить «время жизни» своих хиральных лекарств с помощью так называемого «хирального перехода», когда на рынок поступает биологически активный энантиомер вместо рацемата. Примерами подобной стратегии являются дексфен-флурамин (изъят из продажи в 1997 г.), дексибупрофен, декскетопрофен, левофлоксацин, левалбутерол, левобупивакаин, эзомепразол, левоцетиризин, дексметилпенидат и эсциталопрам.
«Спасение» плохих соединений-лидеров: метаболический переход. Иногда соединения-лидеры имеют настолько плохие свойства, что ни классическая оптимизация, ни получение пролекарства не в состоянии повысить их терапевтические возможности. Тем не менее, такие соединения можно «спасти», если понятны их биохимические механизмы действия, путем выбора их метаболического предшественника либо активного метаболита неактивного или токсичного лекарства. Приведены ниже отдельные успешные примеры, подтверждают, что «плохие» соединения-лидеры действительно можно трансформировать в ценные лекарства.
Так фенацетин десятилетиями использовался как мягкое анальгетическое и жаропонижающее средство до тех пор, пока при длительном приеме не была обнаружена его гепато- и нефротоксичность, и это лекарство было изъято из продажи. На смену ему пришел активный метаболит фенацетина - парацетамол, не образующий токсичных продуктов.
Занамивир - первый ингибитор нейраминидазы, используемый для лечения гриппа, является настолько полярным соединением, что возможно лишь его ингаляционное применение. Анализ химической структуры не привел к изысканию никакого разумного способа его трансформации в орально активную форму лекарства. В то же время случайно обнаруженное сохранение биологической активности у аналогов, не содержащих характерной глицериновой боковой цепи сиаловой кислоты, привело к созданию орально доступного препарата осельтамивира, который представляет собой пролекарство (этиловый эфир) липофильного аналога переходного состояния.
занамивир осельтамивир
(соединение – лидер) (лекарство от гриппа)
Естественно, каждая структурная модификация, направленная на улучшение фармакокинетических свойств вещества, приводит к созданию нового химического соединения. А оно, конечно же, может иметь не обязательно большую, но и часто меньшую активность или вообще другой тип активности. Поэтому исследования, связанные с разработкой лекарства, неотделимы от стадии оптимизации с использованием QSAR и компьютерного моделирования.
Такова в настоящее время общая стратегия создания лекарств. Конечно, с появлением современных методов не исчезнут традиционные методы поиска. Однако интеллектуальная привлекательность рационального драг-дизайна, а также успехи молекулярной биологии, благодаря которым становятся известными всё больше биомишеней, привели к тому, что сейчас значительная часть мирового сообщества химиков-органиков стала заниматься синтезом структур с заранее предсказанными свойствами. В нашей стране этому направлению уделяли мало внимания, но сейчас ситуация меняется. В 1997 году на кафедре органической химии химического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова появилась отдельная специализация „Медицинская химия“, были сформированы группы исследователей, работающих в области дизайна физиологически активных соединений. Эту дисциплину начинают преподавать и в некоторых других высших учебных заведениях России. В мае 2004 года в Москве впервые прошла Международная конференция по комбинаторной и медицинской химии под эгидой Европейского общества медицинской химии. Рациональное проектирование лекарств - чрезвычайно перспективное и интересное направление химической науки.
