8. Редактирование выравниваний

8.1 С помощью редактора

Cn3D имеет полное выравнивание редактор, когда изменения, внесенные вручную, выравнивание-желанные, такие, как исправить ошибки или добавить новые последовательности.

Существует несколько основных правил о том, сортировки, редактирования, которые вы можете сделать: Вы не можете изменить последовательностей себя, и Cn3D выравнивание модели является вынужденной, то есть только выровненные блоки без зазоров допускается. После этого, однако, Пользователь имеет полную свободу, чтобы изменить выравнивание с операций, перечисленных ниже.

Выравнивание редактор работает одинаково в обеих выравнивание окно и окно импорта. Чтобы включить редактор в выравнивание окна, используйте команду Edit:включить редактор; редактор в окне импорта, работает всегда.

Основные выравнивание операции редактирования-просто нажмите и перетащите остатков влево или вправо в пределах выровненный блок. Это приведет к смещению центровки, что строки в пределах одного блока. Это предполагает, что режим мыши:горизонтальная перетащите выбран, который используется по умолчанию, когда редактор.

После любых изменений выравнивание, правка:отменить операцию в случае ошибки. Вы можете отменить до 50 операций, поскольку редактор был включен.

Существуют также операции, которые изменяют размер и количество унифицированных блоков, описанных ниже.

8.2 Блок индикатора row

Когда редактор, вы увидите дополнительную строку в верхней части выравнивания, с надписью (блоков), что указывает границы выравнивания блоков. Символ '<' указывает, что левый край блока, '-' середине, и '>' справа. Если блок состоит из одного остатка широкий, ' ^ ' символ используется.

Глыба больше или меньше, просто щелкните и перетащите край символом ('<' или '>'). При изготовлении блока меньше, остаток буквы, будут сделаны в Нижнем регистре, и добавил к соседнему unaligned области. Или когда, составляющих блок больше, тем больше вы будете видеть остатки будучи добавлен к блоку - следовательно, буквы становятся заглавными, и, возможно, окрашенные в выровненный блок-схема. Обратите внимание, что в связи с отсутствием проемов допускается в выровненный блок, там может быть ограничение того, насколько большой вы можете создать блок, в зависимости от того, сколько unaligned остатков доступны в соседнем невыровненные площади в каждой последовательности в выравнивании.

8.3 Блок ориентации

Существует четыре блок-мудрый операций в редакторе:

Разъемный блок: выберите этот пункт, затем нажмите кнопку на внутренней колонны внутри выровненный блок; существующий блок будет разделен на два смежных блока с нового блока, начиная с этого же столбца.

Слияние блоков: выберите этот элемент, а затем нажмите и перетащите мышь по краям блока любых двух или более смежных выровненные блоки. Эти блоки будут объединены в один единый блок.

Создать блок: выберите этот пункт и нажмите и перетащите через любое количество столбцов логической и физической структуры остатков. Новый блок будет создан из этих остатков, предполагая, что всякая последовательность в выравнивание привела в соответствие остатков в выбранных столбцах.

Удалить блок выберите этот пункт и нажмите в любом месте в выровненный блок. Блок будет удален и ее остатков добавлены прилегающих unaligned регионах.

Редактор также позволяет удалить строку редактирования:удалить строки, перемещать строки вверх или вниз, когда режим мыши:перемещение строк включена, а также сортировка строк по различным критериям - см. встроенную справку на редактирование:алгоритмы сортировки строк.

Если есть ошибки в множественное выравнивание, есть два основных способа, чтобы исправить их, в зависимости от их тяжести. Если ошибки незначительны, они могут быть исправлены вручную с помощью операций, описанных выше. Но иногда ошибки в согласовании определенной последовательности настолько серьезны, что полная переориентация в этой последовательности необходимо.

Чтобы применить алгоритмы (как взрыв) к перестройке всей последовательности, необходимо двигаться последовательности в окне импорта, где эти алгоритмы доступны. Это можно сделать с помощью импорта:перестроить... элементы выравнивания окна (доступно только тогда, когда редактор). Например, после выбора импорта:перестроить отдельные строки, щелкните на любой последовательности (кроме мастера) в множественное выравнивание, и он будет удален из множественного выравнивания и добавлено на окне импорта, как парное выравнивание с мастером.

Один раз в окне импорта, последовательность может быть перестроена с использованием различных алгоритмов, встроенных в Cn3D, или как всегда, выравнивание может быть отрегулирован вручную.

После последовательности выравнивается удовлетворительно в окне импорта, он может затем быть объединены в множественное выравнивание. Эта процедура описана в следующем разделе.

Последовательностей из окна импорта могут быть добавлены в качестве новых строк множественное выравнивание на выравнивание окна. Этот процесс называется "слияние", и применяется к последовательностям, которые были импортированы, а также последовательности, которые были удалены из множественного выравнивания, чтобы быть пересмотрены (см. выше).

Слияние может быть сложным, так как парного выравнивания для объединения должны иметь выровненные блоки совместимы с теми, из множественного выравнивания. Иными словами, если имеет множественного выравнивания блока от остатков 10-20 (с уважением к мастеру последовательности), затем парное выравнивание быть объединены также должен иметь блок, который охватывает, по крайней мере, остатки 10-20.

Это правило необходимо для того, чтобы сохранить блочная структура множественного выравнивания, когда новая последовательность добавляется. В Cn3D выравнивание модели, выровненные блоки представляют собой "ядро" выравнивание (обычно соответствующее структурное ядро белка), и Cn3D это реализовано в базовой модели на все новые последовательности, чтобы быть добавлены множественное выравнивание. Если, скажем, остатков 10-20 на мастер-представляют собой ядро Альфа-спираль, затем утверждается, что любой член семьи должен иметь соответствующие Альфа-спирали и, таким образом, все строки выравнивание должна иметь блок, который покрывает эти остатки.

Cn3D пытается руководство пользователя к mergeable выравнивание по живописи красный фон за любые регионы парного последовательности в окне импорта, что бы предотвратить, что последовательности объединяются в множественное выравнивание. Это до пользователя, чтобы сделать любые необходимые перепланировки парного выравнивания блока по структуре в эти красные участки, прежде чем его можно будет объединить.

Это также можно сделать попарных выравниваний mergeable путем изменения блочная структура множественного выравнивания. Хотя обычно это не рекомендуется стратегии, могут быть случаи, когда импортные последовательность свидетельствует о том, что базовой моделью семейства является неправильным, и, таким образом, множественное выравнивание должно быть изменено. Это на усмотрение пользователя, принять решение; дизайн, Cn3D не будет пытаться принять такое решение автоматически - следовательно, эти правила слияния.

После выравнивания mergeable - когда нет красного в тени остатков в парное выравнивание - то делать ряды:слияние одного, а затем щелкните на любые попарные выравнивания, и он будет удален из окна импорта и добавляется в качестве новой строки в конце множественное выравнивание на выравнивание окна. Вы также можете сделать ряды:объединение всех объединить, и все трассы в окне импорта.