6.2 Пользовательские стили
Предположим, Cn3D используется для того, чтобы создать рисунок с изображением активного центра белка. Пользователь может пожелать, чтобы подчеркнуть определенные аминокислоты, как известно, участвует в связывании и катализ, использование ярлыков и контрастные стили рисования отличать тех остатков, очевидно, противоречит остальной конструкции.
Этот вид специализированной Аннотация осуществляется посредством стиль:Аннотировать диалог. Это позволяет пользователю применять маркировку и параметры чертежа " - отличается от глобальной настройки - остатков, которые были выбраны (выделены) в любой последовательности или структуры окна.
Вернемся снова к человеческому PTEN кристаллической структуры. Cn3D может использоваться, чтобы создать фигуру, которая выглядит как на рис., проявляя активность на сайте боковых цепей вокруг ингибитора:
Процедура создания специальных аннотаций, стиля:
Выделите соответствующий остатков путем их выбора в последовательности, окна или дважды щелкнув на них в окне " структура".
Перейдите к стиль:Аннотировать диалоговом окне, и нажмите New (новая). Введите имя и описание для этого есть. Хит-изменить стиль, чтобы вызвать панель в стиле, который теперь будет применяться только к выбранной остатков. Набор для рисования и маркировки стили, как хотелось бы, наверное, что-то, что контрастирует с глобальным стилем (стилем все не в конкретных Аннотация). Изменения сразу будут отображены в окне " структура".
Жмем "Done") в стиле панели, затем "ок" для создания и отображения аннотаций.
Аннотация пример выше показывает, как Аннотировать диалоговое окно используется для создания связывающего кармана Аннотация для создания надписей и визуализации этих конкретных остатков. Также в комплект входит второй аннотации, что цвета каталитического цистеин (C124) желтый.
Чертеж и маркировка параметры аннотации могут быть изменены путем выбора объекта в списке слева и нажав " правка " и затем " редактировать стиль", чтобы вызвать панель в стиле для, что аннотации; внесите необходимые изменения, а затем нажмите кнопку "готово", чтобы сохранить и показать новые настройки. Удалить удалить Примечание, и двигаться будет переместить аннотацию вместо параметров для любых остатков, выделенных на время ее нажатия. Индивидуальные аннотации могут быть скрыты путем выбора их в списке справа и наезд выключите, затем показывается снова, выбрав в списке слева и нажав включить.
6.3 Сохранение структур и изображений
Существуют два типа вывода файла из Cn3D: статические изображения и файлы данных. Каждый имеет свои преимущества и недостатки, описанные ниже. Эти функции были использованы для создания многих образов и интерактивные рисунки, представленные в данном документе.
Файл:экспорт PNG команда сохраняет текущее содержимое структуры черчения для PNG-Формат файла изображения, который по умолчанию имеет одинаковые Размеры в пикселах, как оригинал, но могут сохраняться гораздо более высоким разрешением файла, например. для hardcopy. Эти файлы можно просматривать на большинстве современных веб-браузеров и текстовых процессоров, а из-за их хорошей сжатия данных и полная поддержка цветов, идеально подходят для включения в электронные публикации.
Файл:команда " сохранить " сохраняет текущий вид в ASN1 файл данных, который является типом данных, Cn3D читает. Результирующий файл содержит всю структуру и последовательность информации, присутствующей в исходных данных, наряду с текущей ориентации модели (вращение/масштабирование), каких-либо дополнительных последовательностей импортные, глобальные рисования и маркировки параметров и пользовательские аннотации (как обсуждалось выше). Это служит двум целям: во-первых, он позволяет сохранить результат в файле, как текстовые процессоры или другим программным обеспечением для редактирования, сохранить для извлечения в последующем сеансе. Во-вторых, и, возможно, более важно, он позволяет человеку использовать сохраненный Cn3D сессии как интерактивный рисунок, который является предметом следующего раздела.