4.2 Cn3d выравнивание просмотра

Cn3D последовательность окна также такие функции, как выравнивание viewer при отображении более чем одной структуры или структуры, к которой множественные последовательности были выровнены..

Выравнивание дисплея довольно прост. Существует одна строка для каждой последовательности, с главной последовательности всегда на высоте. Только последовательности, которые являются частью выравнивания показаны, даже если структура имеет несколько цепочек. Как всегда, каждая буква в последовательности приобретают цвет, соответствующего Альфа-углерода (или фосфатов) в структуре. Подчеркивается также совместно последовательность и структура windows.

Однако, есть некоторые важные различия между структурой на основе рядов в Cn3D и выравнивание последовательностей из распространенных алгоритмов, как взрыв или ClustalW, как на экран, так и базового выравнивания данных. Это тема следующего раздела.

4.3 Cn3d выравнивание модели

Первые вопросы, которые Новый пользователь может задать при просмотре подавляющего выравнивание в Cn3D, "почему некоторые буквы ПРОПИСНЫМИ и другие строчные? И в чем эти смешные '~' символы?" Короткий ответ заключается в том, что выровненных остатков отображаются заглавными буквами, смещенной в Нижнем регистре, и '~' представляет unaligned разрыв. Но последнего, в частности, требует дополнительных пояснений.

Динамическое программирование алгоритмы выравнивания последовательностей align остатков на основе мутации, вероятность забить, и использовать пробелы для моделирования эволюционных вставки или делеции в одной последовательности относительно другой. Вставленный остатков выравнивается с зазором в алгоритме по бухгалтерскому учету, и начисляются баллы, соответственно (разрыв с пенальти). Эти зазоры выровнены обычно рисуется как '-' (тире). Это позволяет осуществлять непрерывный гэп выравнивание, чтобы покрыть большие области двух последовательностей, даже когда существуют значительные эволюционные различия между ними.

В выравнивание структуры (например. от VAST), один остаток выравнивается с другой, потому что их Альфа углей находятся рядом в пространстве. Следовательно, понятие " остаток бытия "выравнивание", чтобы разрыв" не имеет физического смысла, так как Альфа-углерода в одной структуре не соответствуют пустого пространства в другую. Вместо этого, выравнивание производится разрывными: выровнены регионов - спиралей или прядей, которые перекрываются внимательно и постоянно между двух структур, разделенных unaligned регионов, которые, как правило, петли с достаточно разной длины и ориентации, что они не могут быть эффективно накладывается.

Возьмем, к примеру, выравнивание , Дезоксигемоглобина как обсуждалось выше.

Отображение по умолчанию для выравнивания имеет Unaligned оправдание:Split стиль. Это показывает остатки из короткого unaligned регионе сплит в середине и положить рядом выравнивания блоков по обе стороны. Это совершенно эквивалентно логической и физической структуры оправдание:центр вариант, который помещает unaligned остатков в центре пространства между выровненными блоками. Эти два стиля изображены ниже.

Еще одним важным вопросом является то, как Cn3D создает то, что выглядит как множественное выравнивание, когда более чем две структуры будут рассматривать, из чего на самом деле серии master/slave пар. Этот вопрос обсуждается отдельно в страницу о "пересечение " мастера" алгоритм.