5. Импорт последовательностей и структур

Cn3D-это идеальный инструмент для просмотра предварительно вычисляемых раскладах, как те, огромные, как описано в предыдущей главе. Но это также может импортировать выбранные пользователем последовательности и структуры, чтобы показать способ отображения последовательности на текущий владеть структурой, или для согласования новых структур.

Давайте начнем с простого примера. В предыдущем разделе мы отметили, что когда Deoxyhemoglobin структура, загружена в Cn3D, последовательность нумерации остатков в последовательности, окна не совпадает нумерация остатков в PDB-файл, из-за остатков отсутствует в изысканную структуру. Хотя не всегда, правда, в этом случае PDB остатки пронумерованы в порядке очередности в соответствии с "истинной" последовательность природного белка. Это лучше проиллюстрировать на выравнивание Deoxyhemoglobin последовательности чисел натурального ряда, где отсутствует остатков в структуре делаются очевидными.

Так, давайте использовать Entrez чтобы найти естественную последовательность: выберите "белка" в меню "поиск" слева, Тип в "человеческих PTEN" в поле запроса, и нажмите "Go". Посмотрите список доступен также прототип этого портала, чтобы найти в PTEN_HUMAN запись. Нажмите на вступление "P6228" ссылку, чтобы перейти на GenPept отчет. Для импорта файла, Cn3D только понимает, FASTA, поэтому выберите "FASTA" вправо "кнопка" дисплей", затем нажимаешь "показать" кнопку, чтобы увидеть FASTA-форматированный последовательности, которые мы будем использовать позже.

Во-первых, загрузить Deoxyhemoglobin структуры в Cn3D (см. MMDB инструкции для этого). Затем в последовательности окна, поэтому импорт:показать импорта, который будет воспитывать (пустое) окно импорта.

Далее, есть два способа, чтобы импортировать последовательность в Cn3D, либо из локального файла или с помощью сетевой загрузки. Использование локального файла, вырезать и вставить в FASTA-форматированный последовательность в текстовый файл на вашем компьютере. Затем выполните Edit:импорт последовательностей:от FASTA-файл и выберите в файловом диалоговом окне файл, который вы только что сохранили. Если Вы не находитесь за брандмауэром, вы можете также иметь Cn3D скачать последовательности непосредственно от NCBI. Чтобы сделать это, выполните редактирование:импорт последовательности:сеть через GI/присоединения, затем введите выше присоединении код "P6228" и нажмите "Ok."

Обратите внимание, что на данный момент все остатки в Нижнем регистре; это означает, что без выравнивания. Так что вам еще нужно для выравнивания двух последовательностей с помощью некоторого алгоритма выравнивания. Cn3D имеет базовые взрыв интерфейс встроенный, так делают алгоритмы:взрыв одного, а затем один раз нажмите в любом месте на одной из двух последовательностей в окне импорта. Это позволит осуществить выравнивание двух последовательностей с использованием по умолчанию шла взрывная волна.

Наконец, чтобы сделать этот расклад в "несколько" выравнивание в последовательности, окна, сделать ряды:объединить всех. Это будет двигаться, выровненные пары в последовательности окно, и свою структуру, чтобы быть повторно окрашены в обычные выравнивание схема раскраски.

Импорт структур осуществляется таким же образом. Например, сказать, что мы хотели воссоздать абсолютное выравнивание 1D5R и Deoxyhemoglobin это был пример в предыдущей главе. Во-первых, пойти MMDB резюме Deoxyhemoglobin . Как с последовательностями, вы можете скачать MMDB файл самостоятельно (выберите "Сохранить файл" в MMDB странице), или Cn3D загрузить ее для вас. Так, загрузить Deoxyhemoglobin структуры в Cn3D снова зайдите в окно импорта, и делать редактировать:Структура импорта. Если вы делаете "из файла", затем выберите диалоговое окно MMDB файл, который вы сохранили на вашем компьютере. Если вы делаете "через сеть", затем введите в MMDB id 2HBS, 6228.

Какой бы путь запуска не выбрали импорта Cn3D будет потом спросить, какая цепь Deoxyhemoglobin вы хотите выровнять. В этом случае, мы хотим, чтобы выровнять цепи, так выберите. Cn3D будет подключить к обширной базы данных в NCBI и попытаться найти обширный выравнивание этих двух последовательностей. Если импорт выполняется успешно, вы увидите выравнивания последовательности, что соответствует подавляющее выравнивания мы рассматривали в предыдущей главе. Сделать ряды:объединить все, чтобы двигаться к ввозу на выравнивание окна.

Заметить, что здесь ни одна структура не просматривается; Cn3D только показывает структур, присутствующих в множественное выравнивание, когда файл открывается впервые. Итак, делаем файл:сохранить, чтобы экспортировать на локальный файл (ответ "да" на вопросы, которые он спрашивает), затем выполните файл:Load и укажите на файл, который вы только что сохранили. Теперь вы должны увидеть две выровненные конструкции, с указанием выравнивание структуры импортируемых из огромной.

Если нет огромного выравнивание, или вы находитесь за файерволом или по какой-то причине Cn3D не могу подключиться к NCBI, тогда вам нужно для выравнивания последовательностей и структур вручную. Сделать алгоритмов:взрыв одного, а затем щелкните на одной из последовательностей, чтобы инициировать взрыв выравнивания. Затем выполните ряды:объединить все, чтобы двигаться к ввозу на выравнивание окна. Сохранить и снова загрузить файл, затем выполните файл:перестройке структуры для расчета выравнивание структуры на основе Альфа-угли для выравнивания остатков.