4. Получение структуры рядов (vast)

А Cn3D does fine с единой структуры, она даже лучше подходит для отображения структуры рядов нескольких белков. NCBI создает и поддерживает базу данных таких совмещений, называется огромный, для всех пар белков из MMDB чьи структуры имеют некоторые схожие основные регионы. Подавляющее делает две вещи для каждой связанной пары: она рассчитывает оптимальный 3-d суперпозиции для консервативной core, и создает выравнивание последовательностей на основе взаимодействия 3-d структуры.

Cn3D-это основной инструмент для визуализации обширных рядов. Сочетание структуры и последовательности отображает позволит многочисленным пользователям просматривать как выравнивание структуры и выравнивания последовательности, созданные из него, с цветовыми схемами, которые обозначают и подчеркивают консервативных регионов.

Давайте взглянем на PTEN структура и ее обширные соседей. Перейти к обширной домашней страницы, типа "1D5R" в поле запроса и нажать кнопку "Найти". Это вызовет знакомые MMDB странице " сводка". Графический говорит, что белок состоит из одной цепи (а), что NCBI имеет проанализирован в двух доменов: N-концевой домен 1, и C-терминал 2. Нажав на верхней панели, помеченной "цепочке" принесет огромные соседями на всю " цепочку", при нажатии на цветные области, помеченные "1" или "2" покажет соседями этих отдельных доменов.

Нажмите на кнопку "1" домена воспитывать сосед список для N-концевого домена. В PTEN структура бумаги (Lee et al., 1999) подчеркивает сходство между PTEN и двойной специфичности фосфатазы (1VHR в PDB). Установите флажок слева от 1VHR chain), а затем нажмите кнопку "просмотр 3D структура" воспитывать этого огромного выравнивание в Cn3D. Мы будем использовать его в качестве примера в следующем разделе.

4.1 Просмотр структуры рядов в Cn3d

Как описано в предыдущем пункте, нагрузка в подавляющем выравнивание 1D5R и 1VHR. Представление по умолчанию, когда Cn3D первом запуске-до двух белков, накладывается и обращается с виртуальной магистрали (прямая цилиндров подключение Альфа-атомов углерода), с помощью которых тесное перекрытие Альфа углей в выровнен core регионов, - подчеркнул он.

По умолчанию раскраска для выравнивания структуры в Cn3D использует красный и синий для регионов выравнивается подавляющее алгоритм, где одинаковые выровнены, остатки красного, и по-разному, но в соответствии остатки голубой; unaligned регионов выполнены в сером цвете. Обратите внимание, что, поскольку подавляющее работ, выравнивания регионов, как правило, соответствуют отдельных или группы последовательных элементов вторичной структуры - спиралей и нитей, в то время как петли вне ядра различаются по длине и ориентации и часто остаются unaligned. Сооружений цветов отражаются в последовательности отображения, более подробно обсуждаться ниже.

Первоначальный стиль и цветовые настройки для выравнивания структуры эквивалентны сочетание стиля:оказание ярлыки:трубы и стиль:раскраски ярлыки:последовательность сохранения:идентификационные параметры меню. Чертеж параметры структуры рядов, настраиваемых пользователем, таким же образом, как единой структуры. Например, вот Cn3D воспроизводства рис. 2а в PTEN структура бумаги (Lee et al., 1999 г.), с тем же основные стили рисования и ориентации вида. Рисунок ясно показывает тесную структурную связь между двумя белками, так как ориентации и позиции основных элементов вторичной структуры весьма похожи. Но петли вокруг активного сайта, здесь занимают ингибиторы, могут значительно различаться в размер и положение) в целях удовлетворения различных субстратов.