- •Міністерство освіти і науки, молоді та спорту україни
- •Київ – 2014 р.
- •1.1 Поиска с Entrez литературы
- •2.1 Из известного pdb идентификатора
- •3. Просмотр отдельных структур в Cn3d
- •3.1 Основы управления Cn3d
- •3.2 Главное меню окна структура
- •3.3 Панель стиль
- •3.4 Cn3d последовательность просмотра
- •4. Получение структуры рядов (vast)
- •4.1 Просмотр структуры рядов в Cn3d
- •4.2 Cn3d выравнивание просмотра
- •4.3 Cn3d выравнивание модели
- •5. Импорт последовательностей и структур
- •5.1 Визуализация последовательности сохранения
- •6. Аннотирование структур
- •6.1 Позвоночник и термины этикетки
- •6.2 Пользовательские стили
- •6.3 Сохранение структур и изображений
- •7. Элементы управления анимацией
- •7.1 Визуализации кристаллографических расстройств
- •7.2 Шаблон поиска
- •7.3 Импорт пользовательских pdb файлов
- •8. Редактирование выравниваний
- •8.1 С помощью редактора
- •8.2 Блок индикатора row
- •8.3 Блок ориентации
- •9. Вывод
Додаток 2
Міністерство освіти і науки, молоді та спорту україни
НАЦІОНАЛЬНИЙ ТЕХНІЧНИЙ УНІВЕРСИТЕТ УКРАЇНИ
“КИЇВСЬКИЙ ПОЛІТЕХНІЧНИЙ ІНСТИТУТ”
Факультет біомедичної інженерії
Кафедра біомедичної кібернетики
ЗВІТ
з проектно-технологічної практики
освітньо-кваліфікаційного рівня “бакалавр”
з напряму підготовки – 6.050101 Комп’ютерні науки
на тему: “____________Сульфгемоглобін_______”
(тема індивідуального завдання)
Студент групи ЛД-11 ) Огородніковов О.В. ___________
(підпис)
Керівник практики ___Коржов Віктор Іванович ___________
(вчені ступінь та звання, прізвище,ініціали) (підпис)
Київ – 2014 р.
1.1 Поиска с Entrez литературы
База структур интегрирована в Entrez, так что поиск литературы может привести к структуре сводок MMDB. Простейший случай является использование Entrez поисковика структуры по ключевым словам, авторам и т.д. Например, пойти в Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/) выберите «Structure» в выпадающем меню "Поиск":
Затем введите "sulfhemoglobin" в поле ввода и нажмите "Go", чтобы начать поиск. В этом случае результат неоднозначный, но в нашем случае первая ссылка и есть нашим искомым.
На этой странице выберите опцию "View in Cn3D", после чего загрузится файл нашего гемоглобина.
Далее открываю в Cn3D вручную с помощью File: Open. Должны появиться Два окна: главное окно структуры Cn3D, где отображается белок, и окно последовательности (белковая цепь в аминокислотах):
Так как у нашего белка мульти-цепи, то и несколько последовательностей показаны одновременно в окне последовательности.
2.1 Из известного pdb идентификатора
Если идентификатор PDB белок уже известно (в нашем случае: 2HBS), то самый простой способ найти структуру непосредственно от MMDB. Просто введите проверочный код, PDB четырех символов в поле ввода, и нажмите "Go".
3. Просмотр отдельных структур в Cn3d
3.1 Основы управления Cn3d
Этот раздел содержит обзор основных элементов управления программы, и иллюстрирует методы визуализации различных научных аспектов данных:
- главное меню окна структура
- панель стилей
- некоторые примеры использования пользовательских настроек
- Cn3D последовательность просмотра
3.2 Главное меню окна структура
"File" меню управляет вводом данных в Cn3D, и выходом различных типов данных и файлов изображений; это достаточно понятно. В частности, File: Save действие сохраняет структуру наряду с текущим видом, опираясь на настройки и все пользовательские аннотации, так что работа может быть сохранена и восстановлена. File: Export PNG пункт сохраняет содержимое структуры области рисования в PNG формат файла изображения для использования в веб-страницах или публикациях.
View меню содержит пункты, которые определяют, как отображается структура в целом. Вся структура может быть больше или меньше, View: Zoom in и View: Zoom Out , вид возвращается к своему первоначальному размеру и ориентации, как сохранен в файле данных с помощью View: Restore . View: Reset будет размещать всю структуру в окно. Если есть больше чем одна структура рассматривается (например, ВАСТ выравнивание), или, если структура содержит несколько моделей (например, структуры ЯМР), то каждой структуре будет присвоен свой "кадр". Различные View: Frame элементы управления, которые в данный момент отображают рамку. View: Animation обсудим в следующей главе.
Show / Hide меню содержит операции, которые пренадлежат некоторым подструктурам, которые будут показаны или скрыты. Show / Hide: Pick Структуры диалог позволяет вам выбрать, какие отдельные структуры, цепи, и домены включить или выключить. Остальные элементы в Show / Hide меню являются более актуальными для управления вида выравнивания.
Style меню отвичает за форму и цвет различных частей конструкции. Например, display по умолчанию для отдельных структур представляет собой сочетание Style:Rendering Shortcuts:Worms and Style:Coloring Shortcuts:Secondary Structure, которая показывает позвоночник червя, не имея побочных цепей. Цвета зеленый для спиралей, нити оранжевый и катушки синий. Обратите внимание, что стрелки на пряди (и необязательно на цилиндрах спирали) всегда указывают от N к С направлении. Лучший способ узнать, что делают другие различные стили просто -попробовать их!
Cn3D намеренно держит цвет отдельно от стиля рисования. Style:Coloring Shortcuts меню определяет, какие свойства используются для отображения различных частей структуры в разных цветах. Используя эти параметры, можно легко визуализировать NCBI-структуру в области ( Domain ) или кристаллографические температуры ( температуры ) в соответствии с данными PDB и т.д. Настройки Style:Rendering Shortcuts определяют форму различных частей структуры.