Добавил:
Upload Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:
DODATOK_-_2_ZWIT3_ogorodnikov.doc
Скачиваний:
8
Добавлен:
12.05.2015
Размер:
1.53 Mб
Скачать

Додаток 2

Міністерство освіти і науки, молоді та спорту україни

НАЦІОНАЛЬНИЙ ТЕХНІЧНИЙ УНІВЕРСИТЕТ УКРАЇНИ

КИЇВСЬКИЙ ПОЛІТЕХНІЧНИЙ ІНСТИТУТ”

Факультет біомедичної інженерії

Кафедра біомедичної кібернетики

ЗВІТ

з проектно-технологічної практики

освітньо-кваліфікаційного рівня “бакалавр”

з напряму підготовки – 6.050101 Комп’ютерні науки

на тему: “____________Сульфгемоглобін_______”

(тема індивідуального завдання)

Студент групи ЛД-11 ) Огородніковов О.В. ___________

(підпис)

Керівник практики ___Коржов Віктор Іванович ___________

(вчені ступінь та звання, прізвище,ініціали) (підпис)

Київ – 2014 р.

1.1 Поиска с Entrez литературы

База структур интегрирована в Entrez, так что поиск литературы может привести к структуре сводок MMDB. Простейший случай является использование Entrez поисковика структуры по ключевым словам, авторам и т.д. Например, пойти в Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/) выберите «Structure» в выпадающем меню "Поиск":

Затем введите "sulfhemoglobin" в поле ввода и нажмите "Go", чтобы начать поиск. В этом случае результат неоднозначный, но в нашем случае первая ссылка и есть нашим искомым.

На этой странице выберите опцию "View in Cn3D", после чего загрузится файл нашего гемоглобина.

Далее открываю в Cn3D вручную с помощью File: Open. Должны появиться Два окна: главное окно структуры Cn3D, где отображается белок, и окно последовательности (белковая цепь в аминокислотах):

Так как у нашего белка мульти-цепи, то и несколько последовательностей показаны одновременно в окне последовательности.

2.1 Из известного pdb идентификатора

Если идентификатор PDB белок уже известно (в нашем случае: 2HBS), то самый простой способ найти структуру непосредственно от MMDB. Просто введите проверочный код, PDB четырех символов в поле ввода, и нажмите "Go".

3. Просмотр отдельных структур в Cn3d

3.1 Основы управления Cn3d

Этот раздел содержит обзор основных элементов управления программы, и иллюстрирует методы визуализации различных научных аспектов данных:

- главное меню окна структура

- панель стилей

- некоторые примеры использования пользовательских настроек

- Cn3D последовательность просмотра

3.2 Главное меню окна структура

"File" меню управляет вводом данных в Cn3D, и выходом различных типов данных и файлов изображений; это достаточно понятно. В частности, File: Save действие сохраняет структуру наряду с текущим видом, опираясь на настройки и все пользовательские аннотации, так что работа может быть сохранена и восстановлена. File: Export PNG пункт сохраняет содержимое структуры области рисования в PNG формат файла изображения для использования в веб-страницах или публикациях.

View меню содержит пункты, которые определяют, как отображается структура в целом. Вся структура может быть больше или меньше, View: Zoom in и View: Zoom Out , вид возвращается к своему первоначальному размеру и ориентации, как сохранен в файле данных с помощью View: Restore . View: Reset будет размещать всю структуру в окно. Если есть больше чем одна структура рассматривается (например, ВАСТ выравнивание), или, если структура содержит несколько моделей (например, структуры ЯМР), то каждой структуре будет присвоен свой ​​"кадр". Различные View: Frame элементы управления, которые в данный момент отображают рамку. View: Animation обсудим в следующей главе.

Show / Hide меню содержит операции, которые пренадлежат некоторым подструктурам, которые будут показаны или скрыты. Show / Hide: Pick Структуры диалог позволяет вам выбрать, какие отдельные структуры, цепи, и домены включить или выключить. Остальные элементы в Show / Hide меню являются более актуальными для управления вида выравнивания.

Style меню отвичает за форму и цвет различных частей конструкции. Например, display по умолчанию для отдельных структур представляет собой сочетание Style:Rendering Shortcuts:Worms and Style:Coloring Shortcuts:Secondary Structure, которая показывает позвоночник червя, не имея побочных цепей. Цвета зеленый для спиралей, нити оранжевый и катушки синий. Обратите внимание, что стрелки на пряди (и необязательно на цилиндрах спирали) всегда указывают от N к С направлении. Лучший способ узнать, что делают другие различные стили просто -попробовать их!

Cn3D намеренно держит цвет отдельно от стиля рисования. Style:Coloring Shortcuts меню определяет, какие свойства используются для отображения различных частей структуры в разных цветах. Используя эти параметры, можно легко визуализировать NCBI-структуру в области ( Domain ) или кристаллографические температуры ( температуры ) в соответствии с данными PDB и т.д. Настройки Style:Rendering Shortcuts определяют форму различных частей структуры.

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]