3.3 Панель стиль
Панель стиль ( Style:Edit Global Style ) содержит подробные элементы управления для всех стилей рисования, цветов и этикеток, тут содержится большая часть гибкости Cn3D. На самом деле, все варианты в Style:Rendering Shortcuts и Style:Coloring Shortcuts меню просто удобные ярлыки для различных комбинаций опций в панели стилей.
Панель стиля автора Settings вкладка имеет четыре колонки настройки для различных элементов структуры выявленных слева; Эти настройки применяются по всему миру для всех структур. "On / Off" элементы управления отображаются ли элементы (а также, какой тип магистралей используют), "Rendering" контролирует геометрию, используемую для визуализации элементов, и "Color Scheme" управляет элементами цвета. Большинство из них может быть установленj независимо, с тем исключением, что worms стиль может быть использован только для виртуальных магистралей. Правый столбец "User Color" может быть использован для установки цвета для структурных элементов, когда выбрана "User selection" цветовая схема. Общий цвет фона также устанавливается таким образом.
Панель стиля автора Label вкладка контролирует маркировку магистралей, цепи концов, и ионов. (Фактические шрифты, используемые устанавливаются из файла: Набора Шрифтов)
Панель стиля автора Details вкладка позволяет контроль конкретных геометрических свойств рендеринга. Например, Details: Radius Worm трубка контролирует, толстоту позвоночника червя.
Style: Annotate панель обсуждается отдельно в главе об анотации, но если кратко, то она позволяет устанавливать различные стили и маркировку для конкретных выбранных пользователем остатков, чтобы отделить их от остальной структуры.
Наконец, File: Preferences:Quality вкладка управляет «качеством» показа OpenGL. Все, казалось бы, гладкие и округлые объекты в OpenGL построены из многих малых плоских многоугольников. Элементы управления на этой панели определяют, как хорошо используется сетка мелких полигонов для построения более крупных объектов. Всплывающее меню предоставляет детальные настройки, в то время как три кнопки справа являются удобством для настройки меню с заданными настройками. Существует компромисс между кажущейся гладкостью объектов и скорости, с которой они были загружены: все больше и меньшие полигоны дать объекту приятнее округлый вид, но займет больше времени, чтобы рисовать. Таким образом, на старом компьютере, более низкие настройки качества могут быть необходимы для Cn3D чтобы он мог реагировать достаточно быстро. И наоборот, на быстром компьютере, или для сохранения красивых изображений как изображение PNG, где скорость не является проблемой, установка высокого качества может быть предпочтительнее.
3.4 Cn3d последовательность просмотра
Когда одна структура не загружается в Cn3D, последовательность viewer показывает последовательности всех белков и нуклеиновых кислот цепочек в структуре. Цвет каждого остатка согласовывается между структурой и последовательностью windows: каждая буква представляет собой последовательность остатков в структуре, и всегда принимает цвет костяк " Альфа-углерода (или фосфора, для нуклеотидов), даже если боковые цепи окрашены по-разному-от позвоночника в окне " структура".
Наиболее мощное приложение, последовательности в окно Cn3D позволяет легко корреляции остатков в последовательности атомов в структуре. Это достигается путем выделения - просто как текстовый редактор, мыши-перетаскивание мышью по региону, в последовательности, окна заставит буквы "light up", и будет применять тот же цвет выделения соответствующих атомов в структуре окна. И обратное верно: если дважды щелкнуть остатка в окне " структура", вызывают и соответствующие буквы в последовательности окно для освещения.
Таким образом, пользователь может быстро находить и выделять нужные участки белковой последовательности окно, как скопление остатков активного сайта. Вот, например, Дезоксигемоглобин после выделения некоторых ключевых каталитических и связывания :
