7. Элементы управления анимацией

7.1 Визуализации кристаллографических расстройств

Некоторые рентгеновские кристаллические структуры сделки с неупорядоченной группы, путем внесения нескольких координат для неупорядоченных атомов. Этих альтернативных конформеров могут быть просмотрены с Cn3D, и при запуске анимации, предоставит быстрый способ одновременно визуализировать все неупорядоченных групп в структуре.

Например, попробуйте загрузить в Cn3D в MMDB запись для 3LZT, структура куриного лизоцима. Для того, чтобы увидеть всех альтернативных конформеров, опция "все модели" должны быть выбраны в MMDB структура реферат страницы перед загрузкой данных.

Эта структура имеет три набора альтернативные координаты для различных остатков вокруг поверхности белка. Можно перебрать эти наборы с той же анимации элементов управления, которые обсуждались выше. Это, вероятно, самый простой, чтобы увидеть неупорядоченных атомов - в основном sidechains - при использовании стиля:оказание ярлыки:провод дисплея.

PDB-Формат не делает различия между коррелированными и некоррелированными расстройства. Cn3D отображает все расстройство, как если бы это были коррелированы. В некоторых случаях множество альтернативных конформеров является неполным, так как в случае 3LZT, где для некоторых групп, авторы дают два набора координат, а для других три. Cn3D выберем произвольный набор координат, чтобы заполнить в неполном ансамбль, в смысле, что если ансамбль номер три, выбранные для отображения, и у некоторых групп есть только два комплекта, то координаты другой набор "позаимствовали", чтобы заполнить в-третьих, установленным для этих групп. В противном случае некоторые атомы, казалось бы, "исчезают" при просмотре набора, а не только количество заместителей, предоставляемых для этих атомов.

7.2 Шаблон поиска

Cn3D 4.0 включает в себя pattern search engine, так что вы можете найти и выделить группы остатков в определенном порядке. Это делается через вид:найти шаблон пункты меню в обоих выравнивание и импорт windows. Просто заполните шаблон Спецификация (в ProSite синтаксис) в диалоговом окне, и все неперекрывающиеся матчи во всех последовательностей в окне будет выделен.

7.3 Импорт пользовательских pdb файлов

Некоторые пользователи могут пожелать, чтобы просмотреть свои собственные, пользовательские файлы PDB в Cn3D. Cn3D не import PDB-файлы напрямую, но можно конвертировать файлы PDB в ASN1 данных с услугами, предоставляемыми через NCBI сайте. Обратите внимание, что не гарантируется работа с PDB-файлы, которые не соответствуют очень близко к стандарту; экспортированными из моделирования или других химических программного обеспечения часто некачественные, особенно когда не натуральные остатки присутствуют. Используйте это на свой страх и риск!

Через обширную странице поиска можно загрузить структура (секретно) к NCBI, где он будет преобразован в ASN1 данных. Целью данной страницы является на самом деле позволяет совершать структуры, сравнения, поиска против MMDB. Полученные данные и выравнивания может быть загружен как ASN1 данных и просматривать в Cn3D.