5.1 Визуализация последовательности сохранения

Cn3D есть возможность расчета различных цветовых схем на основе сохранения последовательности в столбцах выравнивания. Расположение консервативных остатков в структуре, таким образом, состоит видны непосредственно путем применения "законсервировало" цвет, структуру и последовательность отображает.

Cn3D использует красным цветом, указывая на крайне консервативные позиции, и синий для весьма различных позиций. Просто, как состав столбец букв в створе должны быть сопоставлен цвет непуст; Cn3D использует различные простые алгоритмы цвет сохранения. Эти варианты в стиле:раскраски ярлыки:последовательность сохранения подменю:

Личность - цвета колонки одинаковой остатки красного, в противном случае синий.

Разнообразие - весы, от красного до синего в зависимости от количества различных остатков в колонке, независимо от остатка типа. Для столбца из четырех остатков, например, наиболее консервативных, конечно, одного типа (например. "AAAA"), затем двух типов ("AAAV"), затем три ("AAVW), и наименее консервативных четыре ("AVIW"). Таким образом есть четыре цвета: различные 1 = красный, 2 = голубовато-красный, 3 = красно-синий, 4 = синий. Каждый разрыв рассматривается в качестве дополнительного типа.

Взвешенный выбор аналогичен, за исключением "разнообразие" взвешена замена матрицы вероятности (BLOSUM62). Таким образом, столбец аналогичные остатки (например. "VVIL") будут засчитаны как более консервативны (и сделали более красный), чем один из разнородных остатков ("AAWK"), несмотря на то, что в "варьете" - это то же (в данном случае 3).

Содержание информации также использует матрицу BLOSUM62 рассчитать сохранения балл. с помощью журнала соотношение наблюдается в сравнении с ожидаемой частотой остатков в каждом столбце.

Посадка немного по-другому, в том, что он показывает остатки в более синий цвет, чтобы указать, что остаток не приспособлен для сохранения в остальных столбцов (напр., лизина в столбце в противном случае состоит из valines).

С помощью этих цветовых схем, можно быстро определить, где более консервативны (больше красного) остатки расположены на структуры и выравнивание. Часто очень консервативных вокруг остатков активного сайта, например, будет ясно увидеть этот путь.

6. Аннотирование структур

В этой главе описываются функции Cn3D, которые используются для аннотирования структуры с ярлыками и стили рисования, чтобы создавать статические изображения, файлы, и чтобы сохранить работу, чтобы Cn3D-стиль (ASN1) файлы данных для перезагрузки в другой сессии или для использования в качестве интерактивных цифры в электронную публикацию.

6.1 Позвоночник и термины этикетки

Элементы управления на панель в стиле надписей на вкладке (см стиль:редактировать глобальный стиль) пусть одно место, текстовые метки автоматически в различных точках вдоль аминокислотной или нуклеотидной цепи. Расстояние диктовать интервал между метками, например. на каждой пятой остатка, каждый двадцатый, и др. Типа говорит ли использовать один или три буквы сокращения остатков, и нумерация позволяет выбрать один порядковые номера (1..N вдоль последовательности), PDB, назначенный остатков чисел, или нет. Надписи будут в цвет, который видно на фоне, если контраст с позвоночником проверяется, в противном случае будем предполагать, цвет остатков скелета. Метки на цепи Термини и ионы металла могут быть контролируемыми и здесь.

В то время как автоматическая маркировка удобно, особенно для больших конструкций, во многих случаях требуется этикетка и выделить какие-то отдельные, выбранные пользователем остатков. Это тема следующего раздела.