РАЗОБРАННЫЕ БИЛЕТЫ
.pdfClustalW — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.
SMART – база данных, используемая при идентификации и анализе белковых доменов в белковых последовательностях
BioEdit – редактор выравнивания биологических последовательностей.
PROTPARS (Protein Sequence Parsimony method) и NEIGHBOR (Neighbor-Joining method) – программы, позволяющиепроводить бутстреп-анализ для построения филогенетических деревьев.
TreeView – прогрмма, которая позволетт получать графические изображения построенных филогенетических деревьев.
UniProt (Universal Protein Resource) - один из наиболее всеобъемлющих каталогов информации о белках и их функциях, центральное хранилище первичных структур, объединяет базы первичных структур белков
Protein Data Bank, PDB — банк данных трёхмерных структур белков и нуклеиновых кислот. Информация, полученная методами рентгеновской кристаллографии или ЯМР-спектроскопии, и, всё чаще, методом криоэлектронной микроскопии
Catalytic Site Atlas – база данных для аннотации сайтов связывания лигандов и активных сайтов фермента в новых белковых последовательностях.
Pfam — база данных семейств белковых доменов.
PROSITE – белковая база данных мотивов (характерные последовательности, связанные с определенными функциями).
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool — средство поиска основного локального выравнивания) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти.
FASTA — текстовый формат для нуклеотидных или полипептидных последовательностей, в котором нуклеотиды или аминокислоты обозначаются при помощи однобуквенных кодов. Из-за его простоты и практичности в настоящее время используется большинством программ работы с биологическими последовательностями.
Базы данных ДНК-профилей:
•Самая большая - Национальная база Великобритании «NDNAD»
•Исландия - база генотипов всего населения страны, ~ 300 тыс человек Базы ДНК-данных:
Los Almos – самая первая, США
GenBank –NCBI: National Center for Biotechnology Information, США
EMBL - первая международняя под рук-вом European Bioinformatics Institute, или EBI
DDBJ – с 1986 г DNA Data Bank of Japan Национального института генетики
INSD – сотрудничество GenBank + EMBL + DDBJ - единые требования и ежедневный обмен. Аннотированная коллекция всех публично доступных ДНК последов-ей. Оригинальные экспериментальные данные от исследователей.
BLAST (англ. Basic Local Alignment Search Tool — средство поиска основного локального выравнивания) — семейство компьютерных программ, служащих для поиска гомологов белков или нуклеиновых кислот, для которых известна первичная структура (последовательность) или её фрагмент. Используя BLAST, исследователь может сравнить имеющуюся у него последовательность с последовательностями из базы данных и найти.
ClustalW — одна из самых широко используемых компьютерных программ для множественного выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.