8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Якого хімічного елементу немає в складі амінокислот (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Між якими елементами нуклеотидів (азотисті основи, пентози, фосфати) реалізуються стекінг-взаємодії в полінуклеотидах?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між G і C в GC-парі? 3

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт TC. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Білково-нуклеїнове впізнання здійснюється переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Як називаються основні білки хроматину?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеродімер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н2В.

24. Якій посттрансляційній модифікації не піддаються гістони (ацетилування, глікозилювання, фосфорилювання, метилування)?

25. З яких елементів складається ядерний матрикс (білки, нуклеїнові кислоти, вуглеводи, ліпіди, ліпополісахариди)?

26. Яка приблизно частка геному прокаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Середня довжина інтронів у генах на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Скільки консенсусних послідовностей містить стандартний промотор E coli? 2 (-35 -10)

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є слабким. Активатор чи репресор є необхідним елементом регуляції транскрипції з цього промотору?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ піддається фосфорилюванню при: а) ініціації транскрипції; б) переході від інінціації до елонгації; в) елонгації; г) термінації.

37. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в активному хроматині?

38. В межах яких динуклеотидів здійснюється метилування ДНК (ApT, TpA, GpT, CpG, CpA, GpC)?

39. Основним наслідком АТР-залежного ремоделювання хроматину є: а) деконденсація хроматину; б) руйнування нуклеосом; в) репозиціювання нуклеосом; г) зміна структури нуклеосом.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 5.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд несе на собі кожна амінокислота за фізіологічних умов (плюс, мінус, обидва, жодного)?

2. Пептидна група по відношенню до водневого зв’язку є: а) донором; б) акцептором; в) і донором, і акцептором; г) не формує водневих зв’язків.

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками? так

4. Як називаються нековалентні взаємодії, які призводять до агрегації неполярних груп чи молекул?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ile.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів? виродженість

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга? Альфа спіраль

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Як називається пентоза, що містить ОН-групу при атомі С2'?

14. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка? С-кінець

15. Як називаються нековалентні взаємодії, які головним чином стабілізують подвійну спіраль ДНК?

16. Скільки існує типів динуклеотидних контактів у полінуклеотиді, що складається з залишків чотирьох типів? 16

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – AAGTATG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. З великим чи маленьким жолобком взаємодіє переважна більшість білків, що впізнають певні нуклеотидні послідовності?

21. Які нековалентні взаємодії майже завжди реалізуються в білково-нуклеїнових комплексах (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. З яких елементів складається ядерний матрикс (білки, нуклеїнові кислоти, вуглеводи, ліпіди, ліпополісахариди)?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Зростає, знижується чи не змінюється загальна спорідненість до ДНК бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Дайте повну назву ферменту, який прийнято скорочено позначати як RNAP. РНК – залежна ДНК-полімераза

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК? Субстратами реакції є 3'-кінцева ОН-група рибози зростаючого транскрипту (ланцюга РНК, що синтезується) і рибонуклеозидтрифосфати (rNTP)

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою І: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

33. Що означає абревіатура TFII? Фактор транскрипції РНК полімерази ІІ

34. З яким стандартним елементом еукаріотичних промоторів зв'язується білок ТВР? ТАТА бокс

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ має кілька ферментативних активностей (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном? Гормоновий рецептор

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.