39. Як називається фермент, що здійснює метилування днк?

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 45.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Чи можливий водневий зв’язок між групами –ОН та –СН3?

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Leu.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Lys.

8. Скільки всього існує кодонів?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Скільки атомів вуглецю містить цукор в складі нуклеотиду?

13. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

14. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Заряд якого знаку має фосфатний залишок у нуклеїнових кислотах за фізіологічних умов?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Білково-нуклеїнове впізнання здійснюється переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Як називаються ферменти, що змінюють топологічний стан циркулярної ДНК?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів піддається посттрансляційним модифікаціям (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. До ядерного матриксу прикріплюються: а) кінці хромосом; б) центромери; в) петлі хроматину; г) кожна нуклеосома; д) не прикріплюється інтерфазний хроматин.

26. Як називається сукупність послідовностей ДНК в гаплоїдному наборі даного організму?

27. Зростає, знижується чи не змінюється загальна спорідненість до ДНК бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 46.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку. Як називається ця група?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Скільки всього існує кодонів?

9. Які нековалентні взаємодії стабілізують вторинну структуру білків?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Які нековалентні взаємодії є головною рушійною силою формування глобулярної структури в білках?

12. Азотиста основа приєднана в складі нуклеотиду до одного з атомів вуглецю пентози. Який номер має цей атом за стандартною нумерацією?

13. Як називається пентоза, що містить ОН-групу при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – CGTCCAT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Яка середня густина нуклеосом в хроматині (1/100, 1/200, 1/300, 1/400 нуклеосом на пари основ)?

24. Якій посттрансляційній модифікації не піддаються гістони (ацетилування, глікозилювання, фосфорилювання, метилування)?

25. Гени – це ділянки ДНК, які кодують амінокислотні послідовності білків. Чи є цей вислів вичерпним (так/ні)?

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється синтез мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази є необхідною для ініціації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. До якого кінця мРНК приєднується черговий нуклеотид під час транскрипції?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Що означає абревіатура TFII?

34. З яким стандартним елементом еукаріотичних промоторів зв'язується білок ТВР?

35. Що означає абревіатура CTD, яка має відношення до РНК-полімерази ІІ?

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – хромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює деацетилування гістонів?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 47.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Ван-дер-ваальсові взаємодії реалізуються між групами чи молекулами: а) зарядженими; б) гідрофобними; в) полярними; г) будь-якими; д) ароматичними.

4. Як називаються нековалентні взаємодії, які призводять до агрегації неполярних груп чи молекул?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ala.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Чи може один кодон кодувати різні амінокислоти?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Як називають просторову структуру поліпептидного ланцюга?

11. Які нековалентні взаємодії є головною рушійною силою формування глобулярної структури в білках?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

14. Нуклеотид складається з азотистої основи, пентозного цукру та фосфатного залишку. Між якими елементами формується ковалентний зв'язок у полінуклетидному ланцюгу?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. Яка структурна форма ДНК є переважною за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між А і Т в АТ-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. З великим чи маленьким жолобком взаємодіє переважна більшість білків, що впізнають певні нуклеотидні послідовності?

21. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Скільки типів гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Яка ділянка в складі корових гістонів піддається посттрансляційним модифікаціям (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Як називається частина хроматину, яка значно декомпактизується і є потенційно транскрипційно активною в інтерфазі?

26. Скільки пар основ ДНК міститься в геномі людини (3 тис, 3 млн, 3 млрд, 33 млрд)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється зчитування інформації з ДНК в ході транскрипції?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази є необхідною для ініціації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК?

31. Як називається кластер бактеріальних генів, який є єдиною одиницею транскрипції?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Як називається стандартний елемент багатьох еукаріотичних промоторів, що має консенсусну послідовність ТАТААА?

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. Що означає абревіатура CTD, яка має відношення до РНК-полімерази ІІ?

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. CpG-острівці частіше зустрічаються в промоторах генів: а) активних тканьоспецифічних; б) репресованих; в) генів “домашнього господарства”; г) псевдогенів.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 48.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі карбоксильна група за фізіологічних умов?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить атом водню. Як вона називається?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ile.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається His.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Якого хімічного елементу немає в складі амінокислот (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Нуклеотид складається з азотистої основи, пентозного цукру та фосфатного залишку. Між якими елементами формується ковалентний зв'язок у полінуклетидному ланцюгу?

15. Заряд якого знаку має фосфатний залишок у нуклеїнових кислотах за фізіологічних умов?

16. Подвійна спіраль ДНК в А-формі є правою чи лівою?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між G і C в GC-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – AAGTATG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії, як правило, відіграють провідну роль у білково-нуклеїновому впізнанні (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Гени – це ділянки ДНК, які кодують амінокислотні послідовності білків. Чи є цей вислів вичерпним (так/ні)?

26. Яка приблизно частка геному прокаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, що є матрицею для синтезу мРНК?

29. Підкреслити субодиниці, які входять до складу кор-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

30. До якого кінця мРНК приєднується черговий нуклеотид під час транскрипції?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою І: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

33. Як називається стандартний елемент багатьох еукаріотичних промоторів, що має консенсусну послідовність ТАТААА?

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ піддається фосфорилюванню при: а) ініціації транскрипції; б) переході від інінціації до елонгації; в) елонгації; г) термінації.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – хромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 49.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить атом водню. Як вона називається?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Trp.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Glu.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Підкреслити атом вуглецю пентози, до якого приєднані різні групи у рибози та дезоксирибози: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Який структурний елемент білків є структурно комплементарним до великого жолобка ДНК (α-спіраль, β-структура, α-шпилька, β-поворот).

21. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Скільки пар основ ДНК входить до складу корової частинки нуклеосоми (1056, 125, 145, 175)?

24. Які амінокислотні залишки піддаються ацетилуванню в гістонах?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Як називається сукупність послідовностей ДНК в гаплоїдному наборі даного організму?

27. Підкреслити термін, який не має відношення до класифікації послідовностей, що повторюються в геномі: транспозони, тандемні повтори, псевдогени, стробозони, прості повтори.

28. В якому напрямі здійснюється синтез мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї при переході від ініціації до елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок блокує транскрипцію на певному гені. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує фосфорилювання С-кінцевого домену полімерази при переході до елонгації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ на певних етапах транскрипції піддається: а) ацетилуванню; б) метилуванню; в) фосфорилюванню; г) формілюванню; д) не модифікується.

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. В транскрипційно активних генах: а) нуклеосоми присутні завжди; б) нуклеосоми відсутні завжди; в) 50:50; г) частіше нуклеосоми присутні; д) частіше нуклеосоми відсутні.

Модуль 1. Білет 50.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі карбоксильна група за фізіологічних умов?

2. Підкреслити хімічні групи в складі амінокислот, які формують пептидний зв’язок: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

3. Ван-дер-ваальсові взаємодії реалізуються між групами чи молекулами: а) зарядженими; б) гідрофобними; в) полярними; г) будь-якими; д) ароматичними.

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Tyr.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Asn.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Підкреслити два типи вторинної структури в складі білків: α-спіраль, α-структура, β-спіраль, β-структура, γ-спіраль, γ-структура.

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. Скільки існує типів динуклеотидних контактів у полінуклеотиді, що складається з залишків чотирьох типів?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між G і C в GC-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – GGCGTGC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Білково-нуклеїнове впізнання здійснюється переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії, як правило, відіграють провідну роль у білково-нуклеїновому впізнанні (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Скільки типів гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Базова фібрила інтерфазного хроматину має товщину: 10, 20, 30, 40, 50 нм.

25. Як називається ділянка ДНК, що є необхідною для синтезу повноцінного функціонального білка?

26. Скільки пар основ ДНК міститься в геномі людини (3 тис, 3 млн, 3 млрд, 33 млрд)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази є необхідною для ініціації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Білок – транскрипційний фактор називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є сильним. Слід очікувати, що транскрипція з цього промотору знаходиться під контролем активатора чи репресора?

33. Підкреслити 6 базальних транскрипційних факторів РНК-полімерази ІІ: TFII A, TFII B, TFII C, TFII D, TFII E, TFII F, TFII G, TFII H, TFII I, TFII J, TFII K.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. В межах яких динуклеотидів здійснюється метилування ДНК (ApT, TpA, GpT, CpG, CpA, GpC)?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 51.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі аміногрупа за фізіологічних умов?

2. Як називаються нековалентні взаємодії між зарядженими групами чи молекулами?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку. Як називається ця група?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Leu.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається His.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у відсутності ліганду?

12. Азотиста основа приєднана в складі нуклеотиду до одного з атомів вуглецю пентози. Який номер має цей атом за стандартною нумерацією?

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між А і Т в АТ-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CC. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії, як правило, відіграють провідну роль у білково-нуклеїновому впізнанні (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Чи входить гістон Н1 до складу корової частинки нуклеосоми?

24. Базова фібрила інтерфазного хроматину має товщину: 10, 20, 30, 40, 50 нм.

25. Як називається ділянка ДНК, що є необхідною для синтезу повноцінного функціонального білка?

26. Скільки пар основ ДНК міститься в геномі людини (3 тис, 3 млн, 3 млрд, 33 млрд)?

27. Середня довжина інтронів у генах на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, що є матрицею для синтезу мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази є необхідною для ініціації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є слабким. Активатор чи репресор є необхідним елементом регуляції транскрипції з цього промотору?

33. Що означає абревіатура TFII?

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 52.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі аміногрупа за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить атом водню. Як вона називається?

5. До чого призводить занурення неполярної групи чи молекули у водне середовище (зниження вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання ентальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ala.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Gln.

8. Чи може один кодон кодувати різні амінокислоти?

9. Які нековалентні взаємодії стабілізують вторинну структуру білків?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – GGCGTGC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Як називаються основні білки хроматину?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Які амінокислотні залишки піддаються ацетилуванню в гістонах?

25. Підкреслить гістон, який відіграє провідну роль у конденсації хроматинової фібрили: Н1, Н2А, Н2В, Н3, Н4.

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Скільки консенсусних послідовностей містить стандартний промотор E coli?

30. Підкреслити субодиниці, які входять до складу голо-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити 6 базальних транскрипційних факторів РНК-полімерази ІІ: TFII A, TFII B, TFII C, TFII D, TFII E, TFII F, TFII G, TFII H, TFII I, TFII J, TFII K.

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. В межах яких динуклеотидів здійснюється метилування ДНК (ApT, TpA, GpT, CpG, CpA, GpC)?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 53.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі аміногрупа за фізіологічних умов?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Leu.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Arg.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Водневі зв'язки між якими хімічними групами стабілізують вторинну структуру білків (аміногрупи, гідроксильні, пептидні, метильні, фосфатні)?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називаються нековалентні взаємодії, які головним чином стабілізують подвійну спіраль ДНК?

16. Скільки існує типів динуклеотидних контактів у полінуклеотиді, що складається з залишків чотирьох типів?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії майже завжди реалізуються в білково-нуклеїнових комплексах (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Скільки типів гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Чи входить гістон Н1 до складу корової частинки нуклеосоми?

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Підкреслити термін, який не має відношення до класифікації послідовностей, що повторюються в геномі: транспозони, тандемні повтори, псевдогени, стробозони, прості повтори.

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Скільки консенсусних послідовностей містить стандартний промотор E coli?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в активному хроматині?

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. CpG-острівці частіше зустрічаються в промоторах генів: а) активних тканьоспецифічних; б) репресованих; в) генів “домашнього господарства”; г) псевдогенів.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 54.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Чи можливий водневий зв’язок між групами –ОН та –СН3?

4. Чи можливий водневий зв'язок між групами –NH та ═O?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Leu.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Скільки всього існує кодонів?

9. Які нековалентні взаємодії стабілізують вторинну структуру білків?

10. Підкреслити два типи вторинної структури в складі білків: α-спіраль, α-структура, β-спіраль, β-структура, γ-спіраль, γ-структура.

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу, пентозний цукор та фосфатний залишок?

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми АТ та GC парою в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт TT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – AAGTATG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Білково-нуклеїнове впізнання здійснюється переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Як називається елементарна структурна одиниця хроматину?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Гени – це ділянки ДНК, які кодують амінокислотні послідовності білків. Чи є цей вислів вичерпним (так/ні)?

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється зчитування інформації з ДНК в ході транскрипції?

29. Дайте повну назву ферменту, який прийнято скорочено позначати як RNAP.

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Білок – транскрипційний фактор називається trans- чи cis-регулятором?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Що означає абревіатура TFII?

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Основним наслідком АТР-залежного ремоделювання хроматину є: а) деконденсація хроматину; б) руйнування нуклеосом; в) репозиціювання нуклеосом; г) зміна структури нуклеосом.

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 55.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі позитивний заряд за фізіологічних умов?

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. До чого призводить занурення неполярної групи чи молекули у водне середовище (зниження вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання ентальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ala.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Gly.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Водневі зв'язки між якими хімічними групами стабілізують вторинну структуру білків (аміногрупи, гідроксильні, пептидні, метильні, фосфатні)?

10. Як називають просторову структуру поліпептидного ланцюга?

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Як називається пентоза, що містить ОН-групу при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між G і C в GC-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – GGCGTGC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Який структурний елемент білків є структурно комплементарним до великого жолобка ДНК (α-спіраль, β-структура, α-шпилька, β-поворот).

21. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеродімер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н2В.

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. Як називається частина хроматину, яка значно декомпактизується і є потенційно транскрипційно активною в інтерфазі?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Середня довжина інтронів у генах на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

28. В якому напрямі здійснюється зчитування інформації з ДНК в ході транскрипції?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї при переході від ініціації до елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок блокує транскрипцію на певному гені. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Певний промотор є слабким. Активатор чи репресор є необхідним елементом регуляції транскрипції з цього промотору?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ має кілька ферментативних активностей (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ піддається фосфорилюванню при: а) ініціації транскрипції; б) переході від інінціації до елонгації; в) елонгації; г) термінації.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. Нуклеосоми розташовані відносно послідовностей пар основ ДНК: а) лише на певних послідовностях; б) незалежно від послідовності; в) деякі послідовності мають перевагу щодо формування нуклеосом.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 56.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд несе на собі кожна амінокислота за фізіологічних умов (плюс, мінус, обидва, жодного)?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Ван-дер-ваальсові взаємодії реалізуються між групами чи молекулами: а) зарядженими; б) гідрофобними; в) полярними; г) будь-якими; д) ароматичними.

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. Зростання чи зниження вільної енергії є умовою здійснення будь-якого процесу?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Trp.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Glu.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Які нековалентні взаємодії є головною рушійною силою формування глобулярної структури в білках?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між А і Т в АТ-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CC. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – CGTCCAT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Скільки пар основ ДНК входить до складу корової частинки нуклеосоми (1056, 125, 145, 175)?

24. Які амінокислотні залишки піддаються ацетилуванню в гістонах?

25. Як називається частина хроматину, яка значно декомпактизується і є потенційно транскрипційно активною в інтерфазі?

26. Як називається сукупність послідовностей ДНК в гаплоїдному наборі даного організму?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, що є матрицею для синтезу мРНК?

29. Скільки консенсусних послідовностей містить стандартний промотор E coli?

30. До якого кінця мРНК приєднується черговий нуклеотид під час транскрипції?

31. Як називається кластер бактеріальних генів, який є єдиною одиницею транскрипції?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. Нуклеосоми розташовані відносно послідовностей пар основ ДНК: а) лише на певних послідовностях; б) незалежно від послідовності; в) деякі послідовності мають перевагу щодо формування нуклеосом.

40. В транскрипційно активних генах: а) нуклеосоми присутні завжди; б) нуклеосоми відсутні завжди; в) 50:50; г) частіше нуклеосоми присутні; д) частіше нуклеосоми відсутні.

Модуль 1. Білет 57.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Пептидна група по відношенню до водневого зв’язку є: а) донором; б) акцептором; в) і донором, і акцептором; г) не формує водневих зв’язків.

3. Чи можливий водневий зв'язок між двома метильними групами –СН3?

4. Чи можливий водневий зв'язок між групами –NH та ═O?

5. Зростання чи зниження вільної енергії є умовою здійснення будь-якого процесу?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Lys.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів?

9. Водневі зв'язки між якими хімічними групами стабілізують вторинну структуру білків (аміногрупи, гідроксильні, пептидні, метильні, фосфатні)?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Скільки атомів вуглецю містить цукор в складі нуклеотиду?

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в А-формі є правою чи лівою?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – ATTAGGT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Як називаються основні білки хроматину?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Які амінокислотні залишки піддаються ацетилуванню в гістонах?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Яка приблизно частка геному прокаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї при переході від ініціації до елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

31. Як називається кластер бактеріальних генів, який є єдиною одиницею транскрипції?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити 6 базальних транскрипційних факторів РНК-полімерази ІІ: TFII A, TFII B, TFII C, TFII D, TFII E, TFII F, TFII G, TFII H, TFII I, TFII J, TFII K.

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ має кілька ферментативних активностей (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. Основним наслідком АТР-залежного ремоделювання хроматину є: а) деконденсація хроматину; б) руйнування нуклеосом; в) репозиціювання нуклеосом; г) зміна структури нуклеосом.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 58.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі карбоксильна група за фізіологічних умов?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Trp.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Glu.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у відсутності ліганду?

12. Азотиста основа приєднана в складі нуклеотиду до одного з атомів вуглецю пентози. Який номер має цей атом за стандартною нумерацією?

13. Підкреслити два атоми вуглецю пентози в складі нуклеотиду, при яких може утворюватись фосфодіефірний зв'язок: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – AAGTATG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. З великим чи маленьким жолобком взаємодіє переважна більшість білків, що впізнають певні нуклеотидні послідовності?

21. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК еквівалентна до розкручування чи закрутки подвійної спіралі?

22. Скільки молекул гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Чи входить гістон Н1 до складу корової частинки нуклеосоми?

24. Базова фібрила інтерфазного хроматину має товщину: 10, 20, 30, 40, 50 нм.

25. Як називається ділянка ДНК, що є необхідною для синтезу повноцінного функціонального білка?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Середня довжина інтронів у генах на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. До якого кінця мРНК приєднується черговий нуклеотид під час транскрипції?

31. Як називається кластер бактеріальних генів, який є єдиною одиницею транскрипції?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. З яким стандартним елементом еукаріотичних промоторів зв'язується білок ТВР?

35. Що означає абревіатура CTD, яка має відношення до РНК-полімерази ІІ?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ піддається фосфорилюванню при: а) ініціації транскрипції; б) переході від інінціації до елонгації; в) елонгації; г) термінації.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – хромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 59.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі аміногрупа за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку. Як називається ця група?

5. Зростання чи зниження вільної енергії є умовою здійснення будь-якого процесу?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Asn.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Як називають просторову структуру поліпептидного ланцюга?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Підкреслити атом вуглецю пентози, до якого приєднані різні групи у рибози та дезоксирибози: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

15. Як називаються нековалентні взаємодії, які головним чином стабілізують подвійну спіраль ДНК?

16. Скільки існує типів динуклеотидних контактів у полінуклеотиді, що складається з залишків чотирьох типів?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між А і Т в АТ-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт CC. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – ATTAGGT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії, як правило, відіграють провідну роль у білково-нуклеїновому впізнанні (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Базова фібрила інтерфазного хроматину має товщину: 10, 20, 30, 40, 50 нм.

25. Гени – це ділянки ДНК, які кодують амінокислотні послідовності білків. Чи є цей вислів вичерпним (так/ні)?

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється зчитування інформації з ДНК в ході транскрипції?

29. Скільки консенсусних послідовностей містить стандартний промотор E coli?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї при переході від ініціації до елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

31. Білок – транскрипційний фактор називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є слабким. Активатор чи репресор є необхідним елементом регуляції транскрипції з цього промотору?

33. Як називається стандартний елемент багатьох еукаріотичних промоторів, що має консенсусну послідовність ТАТААА?

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ зв'язується з ТАТА-боксом (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в активному хроматині?

38. В межах яких динуклеотидів здійснюється метилування ДНК (ApT, TpA, GpT, CpG, CpA, GpC)?

39. Нуклеосоми розташовані відносно послідовностей пар основ ДНК: а) лише на певних послідовностях; б) незалежно від послідовності; в) деякі послідовності мають перевагу щодо формування нуклеосом.

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 60.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Ван-дер-ваальсові взаємодії реалізуються між групами чи молекулами: а) зарядженими; б) гідрофобними; в) полярними; г) будь-якими; д) ароматичними.

4. Чи можливі іонні взаємодії між двома аміногрупами за фізіологічних умов?

5. До чого призводить занурення неполярної групи чи молекули у водне середовище (зниження вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання ентальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ala.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Glu.

8. Чи може один кодон кодувати різні амінокислоти?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу та пентозний цукор?

13. Підкреслити атом вуглецю пентози, до якого приєднані різні групи у рибози та дезоксирибози: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотид складається з азотистої основи, пентозного цукру та фосфатного залишку. Між якими елементами формується ковалентний зв'язок у полінуклетидному ланцюгу?

15. Як називаються нековалентні взаємодії, які головним чином стабілізують подвійну спіраль ДНК?

16. Яка структурна форма ДНК є переважною за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми АТ парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – GGCGTGC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Скільки молекул гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Як називається частина хроматину, яка значно декомпактизується і є потенційно транскрипційно активною в інтерфазі?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Дайте повну назву ферменту, який прийнято скорочено позначати як RNAP.

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї при переході від ініціації до елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Що означає абревіатура TFII?

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує фосфорилювання С-кінцевого домену полімерази при переході до елонгації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ на певних етапах транскрипції піддається: а) ацетилуванню; б) метилуванню; в) фосфорилюванню; г) формілюванню; д) не модифікується.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Нуклеосоми розташовані відносно послідовностей пар основ ДНК: а) лише на певних послідовностях; б) незалежно від послідовності; в) деякі послідовності мають перевагу щодо формування нуклеосом.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 61.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. Пептидна група по відношенню до водневого зв’язку є: а) донором; б) акцептором; в) і донором, і акцептором; г) не формує водневих зв’язків.

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить атом водню. Як вона називається?

5. До чого призводить занурення неполярної групи чи молекули у водне середовище (зниження вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання ентальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ala.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Gln.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його початок?

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Між якими елементами нуклеотидів (азотисті основи, пентози, фосфати) реалізуються стекінг-взаємодії в полінуклеотидах?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – CGTCCAT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії майже завжди реалізуються в білково-нуклеїнових комплексах (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Як називається елементарна структурна одиниця хроматину?

23. Чи входить гістон Н1 до складу корової частинки нуклеосоми?

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Підкреслить гістон, який відіграє провідну роль у конденсації хроматинової фібрили: Н1, Н2А, Н2В, Н3, Н4.

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Підкреслити субодиниці, які входять до складу кор-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК?

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою І: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ має кілька ферментативних активностей (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Метилування ДНК в промоторних зонах корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 62.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Як називається міра невпорядкованості термодинамічної системи?

5. До чого призводить занурення неполярної групи чи молекули у водне середовище (зниження вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання ентальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Met.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Asn.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Водневі зв'язки між якими хімічними групами стабілізують вторинну структуру білків (аміногрупи, гідроксильні, пептидні, метильні, фосфатні)?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу, пентозний цукор та фосфатний залишок?

13. Як називається пентоза, що містить ОН-групу при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт TT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – GGCGTGC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Як називаються ферменти, що змінюють топологічний стан циркулярної ДНК?

22. Скільки типів гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів піддається посттрансляційним модифікаціям (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Як називається ділянка ДНК, що є необхідною для синтезу повноцінного функціонального білка?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Зростає, знижується чи не змінюється загальна спорідненість до ДНК бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, що є матрицею для синтезу мРНК?

29. Підкреслити субодиниці, які входять до складу кор-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок блокує транскрипцію на певному гені. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Метилування ДНК в промоторних зонах корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Нуклеосоми розташовані відносно послідовностей пар основ ДНК: а) лише на певних послідовностях; б) незалежно від послідовності; в) деякі послідовності мають перевагу щодо формування нуклеосом.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 63.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд в складі кожної амінокислоти несе на собі аміногрупа за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку. Як називається ця група?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Підкреслити два типи вторинної структури в складі білків: α-спіраль, α-структура, β-спіраль, β-структура, γ-спіраль, γ-структура.

11. Які нековалентні взаємодії є головною рушійною силою формування глобулярної структури в білках?

12. Скільки атомів вуглецю містить цукор в складі нуклеотиду?

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в А-формі є правою чи лівою?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми АТ та GC парою в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Як називається елементарна структурна одиниця хроматину?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. До ядерного матриксу прикріплюються: а) кінці хромосом; б) центромери; в) петлі хроматину; г) кожна нуклеосома; д) не прикріплюється інтерфазний хроматин.

26. Як називається сукупність послідовностей ДНК в гаплоїдному наборі даного організму?

27. Підкреслити термін, який не має відношення до класифікації послідовностей, що повторюються в геномі: транспозони, тандемні повтори, псевдогени, стробозони, прості повтори.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, що є матрицею для синтезу мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази є необхідною для ініціації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК?

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Регуляція транскрипції, що залежить від ефективності впізнання термінуючого елементу, є: а) негативною; б) позитивною; в) атенюацією; г) аллостеричною.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує фосфорилювання С-кінцевого домену полімерази при переході до елонгації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Метилування ДНК в промоторних зонах корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 64.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд несе на собі кожна амінокислота за фізіологічних умов (плюс, мінус, обидва, жодного)?

2. Як називається хімічний зв'язок, що з'єднує сусідні амінокислотні залишки в поліпептидному ланцюзі?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Як називається міра невпорядкованості термодинамічної системи?

5. Деякий процес супроводжується зростанням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ser.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами амінокислот, що відстоять на 3 амінокислоти одна від одної вздовж ланцюга?

11. Головний механізм ферментативного каталізу полягає в: а) зниженні вільної енергії продуктів реакції; б) зниженні вільної енергії субстратів реакції; в) зниженні вільної енергії інтермедіатів; г) зниженні вільної енергії ферменту.

12. Як називається сполука, що містить азотисту основу, пентозний цукор та фосфатний залишок?

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Між якими елементами нуклеотидів (азотисті основи, пентози, фосфати) реалізуються стекінг-взаємодії в полінуклеотидах?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Незалежні від нуклеотидної послідовності білково-нуклеїновї взаємодії здійснюються переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії майже завжди реалізуються в білково-нуклеїнових комплексах (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеродімер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н2В.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Скільки пар основ ДНК міститься в геномі людини (3 тис, 3 млн, 3 млрд, 33 млрд)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається ділянка первинного зв'язування РНК-полімерази з ДНК при ініціації транскрипції?

29. Підкреслити субодиниці, які входять до складу кор-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

30. Які сполуки є субстратами синтезу мРНК?

31. Як називається кластер бактеріальних генів, який є єдиною одиницею транскрипції?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Що означає абревіатура TFII?

34. З яким стандартним елементом еукаріотичних промоторів зв'язується білок ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Ацетильованими чи деацетильованими є гістони в гетерохроматині?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Метилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 65.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Як називаються нековалентні взаємодії між зарядженими групами чи молекулами?

3. Чи можливі ван-дер-ваальсові взаємодії між гетероциклічними сполуками?

4. Чи можливий водневий зв'язок між групами –NH та ═O?

5. До чого призводить екранування неполярних груп чи молекул від води (зростання вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання енальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Val.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається His.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів?

9. Якого хімічного елементу немає в складі амінокислот (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Які нековалентні взаємодії є головною рушійною силою формування глобулярної структури в білках?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Як називається пентоза, що містить ОН-групу при атомі С2'?

14. Амінокислотну послідовність білка прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. В якій формі існує подвійна спіраль РНК за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Скільки водневих зв'язків утворюється між G і C в GC-парі?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт TT. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії, як правило, відіграють провідну роль у білково-нуклеїновому впізнанні (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Скільки типів гістонів входить до складу нуклеосоми?

23. Підкреслить два гістони, які формують гетеротетрамер в складі нуклеосоми: Н2А, Н3, Н1, Н4.

24. Яка ділянка в складі корових гістонів має нерегулярну структуру (N-кінцева, центральна, С-кінцева, нема такої ділянки)?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Середня густина генів на ділянках геному людини корелює з GC-вмістом: а) позитивно; б) негативно; в) в залежності від хромосоми; г) не корелює.

27. Зростає, знижується чи не змінюється загальна спорідненість до ДНК бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Дайте повну назву ферменту, який прийнято скорочено позначати як RNAP.

30. Підкреслити субодиниці, які входять до складу голо-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є сильним. Слід очікувати, що транскрипція з цього промотору знаходиться під контролем активатора чи репресора?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ: а) містить активний центр; б) забезпечує взаємодію між субодиницями; в) забезпечує розкручування подвійної спіралі ДНК; г) має невпорядковану структуру.

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Метилування ДНК в промоторних зонах корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

38. Ацетилування гістонів корелює з активацією чи репресією транскрипції, або такої кореляції немає?

39. Основним наслідком АТР-залежного ремоделювання хроматину є: а) деконденсація хроматину; б) руйнування нуклеосом; в) репозиціювання нуклеосом; г) зміна структури нуклеосом.

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 66.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Яка хімічна група в складі кожної амінокислоти несе на собі негативний заряд за фізіологічних умов?

2. В які міжмолекулярні взаємодії може вступати пептидна група?

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Як називаються нековалентні взаємодії, які призводять до агрегації неполярних груп чи молекул?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентропії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Ile.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Asp.

8. Як називається така властивість генетичного коду, що одній амінокислоті відповідає кілька кодонів?

9. Як називають регулярну структуру в білках, що вона стабілізована водневими зв’язками між пептидними групами?

10. Як називають просторову структуру поліпептидного ланцюга?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Скільки атомів вуглецю містить цукор в складі нуклеотиду?

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Як називається пентоза, що входить до складу РНК?

16. Яка структурна форма ДНК є переважною за фізіологічних умов (A, B, C, D, E, F, X, Z)?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми АТ та GC парою в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GA. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з маленьким жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Як називаються основні білки хроматину?

23. Яка середня густина нуклеосом в хроматині (1/100, 1/200, 1/300, 1/400 нуклеосом на пари основ)?

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. Як називається частина хроматину, яка зберігає високий ступінь компактності і є повністю репресованою в інтерфазі?

26. Скільки пар основ ДНК міститься в геномі людини (3 тис, 3 млн, 3 млрд, 33 млрд)?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. Як називається (змістовний чи антизмістовний) ланцюг ДНК, послідовність якого співпадає з послідовністю мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує первинне розкручування подвійної спіралі при ініціації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ піддається фосфорилюванню при: а) ініціації транскрипції; б) переході від інінціації до елонгації; в) елонгації; г) термінації.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – хромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. CpG-острівці частіше зустрічаються в промоторах генів: а) активних тканьоспецифічних; б) репресованих; в) генів “домашнього господарства”; г) псевдогенів.