1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Як називається полімерний ланцюг, що побудований з амінокислотних залишків?

3. Ван-дер-ваальсові взаємодії реалізуються між групами чи молекулами: а) зарядженими; б) гідрофобними; в) полярними; г) будь-якими; д) ароматичними.

4. Чи можливий водневий зв'язок між групами –NH та ═O?

5. До чого призводить екранування неполярних груп чи молекул від води (зростання вільної енергії, зростання ентропії, зниження ентропії, зростання енальпії, зниження ентальпії)?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Met.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Lys.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найбільш важливою у визначенні амінокислоти?

10. Як називають просторову структуру білка, що складається з кількох субодиниць?

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Підкреслити атом вуглецю пентози, до якого приєднані різні групи у рибози та дезоксирибози: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Нуклеотидну послідовність нуклеїнової кислоти прийнято зчитувати в певному напрямі. Як позначається його кінцева точка?

15. Як називається пентоза, що входить до складу ДНК?

16. Подвійна спіраль ДНК в В-формі є правою чи лівою?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – AAGTATG. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з великим жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Які нековалентні взаємодії майже завжди реалізуються в білково-нуклеїнових комплексах (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Яку природу мають взаємодії між гістонами та ДНК в нуклеосомі (іонні, гідрофобні, ван-дер-ваальсові, водневі зв’язки)?

24. Базова фібрила інтерфазного хроматину має товщину: 10, 20, 30, 40, 50 нм.

25. До ядерного матриксу прикріплюються: а) кінці хромосом; б) центромери; в) петлі хроматину; г) кожна нуклеосома; д) не прикріплюється інтерфазний хроматин.

26. Яка приблизно частка геному прокаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Зростає, знижується чи не змінюється спорідненість до промоторів бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється зчитування інформації з ДНК в ході транскрипції?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. Підкреслити субодиниці, які входять до складу голо-ферменту бактеріальної РНК-полімерази: α, β, β', σ.

31. Ділянка ДНК, що контролює активність певного промотору, називається trans- чи cis-регулятором?

32. Певний промотор є сильним. Слід очікувати, що транскрипція з цього промотору знаходиться під контролем активатора чи репресора?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази відповідає за точну орієнтацію РНК-полімерази на промоторі (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує фосфорилювання С-кінцевого домену полімерази при переході до елонгації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. С-кінцевий домен РНК-полімерази ІІ на певних етапах транскрипції піддається: а) ацетилуванню; б) метилуванню; в) фосфорилюванню; г) формілюванню; д) не модифікується.

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – хромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює ацетилування гістонів?

39. Основним наслідком АТР-залежного ремоделювання хроматину є: а) деконденсація хроматину; б) руйнування нуклеосом; в) репозиціювання нуклеосом; г) зміна структури нуклеосом.

40. Комплекси ремоделювання хроматину рекрутуються в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) гістон ацетилтрансферазою; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.

Модуль 1. Білет 199.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Який заряд несе на собі кожна амінокислота за фізіологічних умов (плюс, мінус, обидва, жодного)?

2. Підкреслити хімічні групи в складі амінокислот, які формують пептидний зв’язок: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

3. Як називаються нековалентні взаємодії, які реалізуються між будь-якими групами чи молекулами на маленьких відстанях?

4. Одна з двох груп, що формують водневий зв'язок, містить пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку. Як називається ця група?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Pro.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Gln.

8. Скільки існує змістовних кодонів, що відповідають амінокислотам?

9. Які нековалентні взаємодії стабілізують вторинну структуру білків?

10. Якого хімічного елементу немає в складі нуклеотидів (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

11. Тип вторинної структури білків, яка стабілізується водневими зв'язками між пептидними групами витягнутих поліпептидних ланцюгів?

12. Скільки атомів вуглецю містить цукор в складі нуклеотиду?

13. Як називається пентоза, що містить атом водню при атомі С2'?

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Заряд якого знаку має фосфатний залишок у нуклеїнових кислотах за фізіологічних умов?

16. Скільки існує типів динуклеотидних контактів у полінуклеотиді, що складається з залишків чотирьох типів?

17. Подвійна спіраль ДНК в Z-формі є правою чи лівою?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт AG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – ATTAGGT. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Білково-нуклеїнове впізнання здійснюється переважно через цукрофосфатний остов чи жолобки подвійної спіралі ДНК?

21. Як називаються молекули циркулярної ДНК, що розрізняються тільки за числом зачеплень?

22. Негативна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Скільки пар основ ДНК входить до складу корової частинки нуклеосоми (1056, 125, 145, 175)?

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. Як називається частина хроматину, яка значно декомпактизується і є потенційно транскрипційно активною в інтерфазі?

26. Яка приблизно частка геному еукаріотів приходиться на кодуючи послідовності (0.02, 0.10, 0.25, 0.50, 0.75, 0.95)?

27. Кластери генів еукаріотів, як правило, є: а) єдиними транскрипційними одиницями; б) гени в кластерах транскрибуються окремо; в) в еукаріотів немає кластерів генів.

28. В якому напрямі здійснюється синтез мРНК?

29. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази не входить до складу ферменту під час елонгації транскрипції (α, β, β', σ)?

30. До якого кінця мРНК приєднується черговий нуклеотид під час транскрипції?

31. Деякий білок сприяє зв'язуванню РНК-полімерази з промотором. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Спорідненість певного білка до ДНК залежить від того, чи зв'язана на сусідньому сайті інша молекула цього чи іншого білка. Як називається такий феномен?

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Що означає абревіатура ТВР?

35. Який транскрипційний фактор РНК-полімерази ІІ забезпечує фосфорилювання С-кінцевого домену полімерази при переході до елонгації транскрипції (TFII A, TFII B, TFII D, TFII E, TFII F, TFII H)?

36. Як називається транскрипційний фактор, який стає активним у відповідь на зв'язування зі стероїдним гормоном?

37. Один зі стандартних структурних блоків білків – бромодомен – впізнає: а) ацетатні залишки в гістонах; б) метильні залишки в гістонах; в) фосфатні залишки в гістонах; д) метильні залишки в ДНК.

38. Як називається фермент, що здійснює деацетилування гістонів?

39. CpG-острівці з’являються внаслідок: а) метилування ДНК; б) підтримання деметильованого стану ДНК; в) мутацій; г) активності мобільних елементів.

40. Типова послідовність зв’язування елементів при активації транскрипції: а) транскрипційний фактор ТF – гістон ацетилтрансфераза НАТ – комплекс ремоделювання хроматину СR – преініціаторний комплекс PIC; б) ТF – СR – НАТ – PIC; в) ТF – PIC – НАТ – СR; г) ТF – PIC – СR – НАТ; д) реалізуються всі названі сценарії.

Модуль 1. Білет 200.

Дата ________ Група________________

Прізвище ______________________

1. Підкреслити хімічну групу, яка не зустрічається в складі амінокислот: аміногрупа, фенольна, карбоксильна, фосфатна, гуанідінова, амідна.

2. Як називаються нековалентні взаємодії між зарядженими групами чи молекулами?

3. Як називаються нековалентні взаємодії між двома групами, кожна з яких містить електронегативний атом, причому одна з них містить атом водню, а інша – пару електронів, що не формують ковалентного зв'язку?

4. Як називаються нековалентні взаємодії, які призводять до агрегації неполярних груп чи молекул?

5. Деякий процес супроводжується зниженням ентальпії. Зростає чи знижується при цьому вільна енергія?

6. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Val.

7. Дайте повну назву амінокислоти, що позначається Gln.

8. Яка позиція в складі кодону (перша, друга третя) є найменш важливою у визначенні амінокислоти?

9. Якого хімічного елементу немає в складі амінокислот (азот, сірка, кисень, фосфор, вуглець)?

10. Підкреслити два типи вторинної структури в складі білків: α-спіраль, α-структура, β-спіраль, β-структура, γ-спіраль, γ-структура.

11. Нехай білок може існувати в двох конформаційних станах – І та ІІ. Стан ІІ, на відміну від І, має спорідненість до ліганду Х. У якому стані перебуває білок у присутності ліганду?

12. Ферментативний каталіз здійснюється за рахунок: а) підвищеної спорідненості ферменту до субстратів реакції; б) підвищеної спорідненості ферменту до продуктів реакції; в) підвищеної спорідненості ферменту до інтермедіатів; г) високої конформаційної рухливості ферменту.

13. Підкреслити атом вуглецю пентози, до якого приєднані різні групи у рибози та дезоксирибози: С1', С2', С3', С4', С5'.

14. Як називається ковалентний зв'язок між нуклеотидами в полінуклетидному ланцюзі (глікозидний, фосфодіефірний, пептидний, цукрофосфатний, полінуклеотидний)?

15. Між якими елементами нуклеотидів (азотисті основи, пентози, фосфати) реалізуються стекінг-взаємодії в полінуклеотидах?

16. Подвійна спіраль ДНК в А-формі є правою чи лівою?

17. Які динуклеотидні контакти можуть утворитися між двома сусідніми GC парами в ДНК?

18. В ДНК реалізуєтся динуклеотидний контакт GG. Яке позначення контакту є еквівалентним до наведеного?

19. Послідовність одного з ланцюгів ДНК – TTAGGCC. Напишіть послідовність комплементарного ланцюга.

20. Чи завжди взаємодія білка з великим жолобком подвійної спіралі потребує значних конформаційних змін ДНК?

21. Як називаються ферменти, що змінюють топологічний стан циркулярної ДНК?

22. Позитивна надспіралізація циркулярної ДНК полегшує розкручування чи закрутку подвійної спіралі?

23. Яка середня густина нуклеосом в хроматині (1/100, 1/200, 1/300, 1/400 нуклеосом на пари основ)?

24. Залишки яких амінокислот є позитивно зарядженими за фізіологічних умов (Ala, Arg, Asp, Gln, Ile, Lys, Met, Tyr,Val)?

25. Гени – це ділянки ДНК, які кодують амінокислотні послідовності білків. Чи є цей вислів вичерпним (так/ні)?

26. Як називається сукупність послідовностей ДНК в гаплоїдному наборі даного організму?

27. Зростає, знижується чи не змінюється загальна спорідненість до ДНК бактеріальної РНК-полімерази при наявності σ-фактора в складі ферменту?

28. В якому напрямі здійснюється синтез мРНК?

29. Дайте повну назву ферменту, який прийнято скорочено позначати як RNAP.

30. Яка субодиниця бактеріальної РНК-полімерази видаляється з неї під час очистки промотору (α, β, β', σ)?

31. Деякий білок блокує транскрипцію на певному гені. Позитивним чи негативним регулятором його називають?

32. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою І: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

33. Підкреслити групи генів, які транскрибуються РНК-полімеразою ІІ: високомолекулярна rRNA, 5S rRNA, білкові гени, snRNA, tRNA.

34. Складовою частиною якого базального транскрипційного фактору РНК-полімерази ІІ є білок ТВР?

35. Що означає абревіатура CTD, яка має відношення до РНК-полімерази ІІ?

36. Як називається регуляторна ділянка ДНК, яка підсилює ефективність транскрипції, знаходячись на деякій, часто значній, відстані від промотору?

37. Гістоновий код – це: а) співвідношення між послідовностями нуклеотидів в гістонових генах і амінокислот в гістонах; б) характер розташування гістонових генів в кластері; в) співвідношення між первинною і вторинною структурами гістонів; г) співвідношення між картиною посттрансляційних модифікацій гістонів і спорідненістю до певних білків.

38. Як називається фермент, що здійснює деацетилування гістонів?

39. Як називається фермент, що здійснює метилування ДНК?

40. Гістон ацетилтрансфераза рекрутується в активні ділянки хроматину: а) транскрипційними факторами; б) ацетильованими гістонами; в) комплексами ремоделювання хроматину; г) білками ядерного матриксу; д) реалізуються всі можливості.