Концепция стерического соответствия «ключ-замок»
В 1890 г. Фишер (Fischer) высказал предположение о том, что высокая специфичность действия ферментов обусловливается особой формой молекулы фермента, точно соответствующей форме молекулы субстрата (или субстратов). Эту гипотезу часто называют гипотезой «ключа и замка»: в ней субстрат сравнивается с «ключом», который точно подходит по форме к «замку», т. е. к ферменту (рис. 3.3.2).
Рис. 3.3.2. Образование нестойкого фермент-субстратного комплекса согласно теории Э. Фишера «ключ-замок»
Фермент-субстратный комплекс – это активированное состояние, ведущее к образованию продуктов реакции. Образовавшиеся продукты по форме уже не соответствуют активному центру. Они отделяются от него (поступают в окружающую среду), после чего освободившийся активный центр может принимать новые молекулы субстрата.
Концепция индуцированного соответствия
В 1959 г. новую интерпретацию гипотезы «ключа и замка» предложил Кошланд (Koshland). На основании данных, позволявших считать ферменты и их активные центры физически более гибкими, чем это казалось вначале, он предложил идею о динамическом взаимодействии между ферментом и субстратом. Согласно этому представлению субстрат, соединяясь с ферментом, вызывает изменения в структуре последнего. Аминокислотные остатки, составляющие активный центр фермента, принимают определенную форму, которая дает возможность ферменту наиболее эффективным образом выполнять свою функцию (рис. 3.3.3).
Рис. 3.3.3. Изменения структуры активного центра фермента, вызванные субстратом, согласно модели Д. Кошланда: 1 – активный комплекс; 2 – неактивный комплекс; А, В, С – функциональные группы активного центра
Эту гипотезу называют гипотезой индуцированного соответствия. Подходящей аналогией в этом случае может служить перчатка, которая при надевании на руку соответствующим образом изменяет свою форму. С выяснением отдельных деталей механизма различных реакций в эту гипотезу вносятся уточнения. Выяснилось, например, что молекулы субстрата в некоторых случаях несколько изменяют свою форму еще до того, как вступить в соединение с ферментом.
Раздел 4. Контроль активности ферментов лекция 4.1. Ферменты в клетке и организованных системах
С современной точки зрения клетка представляется высокоорганизованной системой, в отдельных частях которой осуществляются строго определенные биохимические процессы. В соответствии с приуроченностью их к определенным субклеточным частицам или отсекам (компартментам) клетки в них локализованы те или иные индивидуальные ферменты, мультиэнзимные комплексы, полифункциональные ферменты или сложнейшие метаболоны.
Разнообразные гидролазы и лиазы сосредоточены преимущественно в лизосомах. Внутри этих сравнительно небольших (несколько нанометров в диаметре) пузырьков, ограниченных мембраной от гиалоплазмы клетки, протекают процессы деструкции различных органических соединений до тех простейших структурных единиц, из которых они построены.
Сложные ансамбли окислительно-восстановительных ферментов, такие, например, как цитохромная система, находятся в митохондриях. В этих же субклеточных частицах локализован набор ферментов цикла дикарбоновых и трикарбоновых кислот. Ферменты активирования аминокислот распределены в цитоплазме, но они же есть и в ядре. В цитоплазме присутствуют многочисленные метаболоны гликолиза, структурно объединенные с таковыми пентозофосфатного цикла, что обеспечивает взаимопереключение дихотомического и апотомического путей распада углеводов. В то же время ферменты, ускоряющие перенос аминокислотных остатков на растущий конец полипептидной цепи и катализирующие некоторые другие реакции в процессе биосинтеза белка, сосредоточены в рибосомальном аппарате клетки. Нуклеотидилтрансферазы, ускоряющие реакцию переноса нуклеотидных остатков при новообразовании нуклеиновых кислот, локализованы в основном в ядерном аппарате клетки. Таким образом, системы ферментов, сосредоточенные в тех или иных структурах, участвуют в осуществлении отдельных циклов реакций. Будучи тонко координированы друг с другом, эти отдельные циклы реакций обеспечивают жизнедеятельность клеток, органов, тканей и организма в целом.