Добавил:
ivanov666
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз:
Предмет:
Файл:Биотехнология. Часть 1. Технология рекомбинантной ДНК. Учебное пособие (для студентов биологических специальностей педагогических университетов)
.pdf
Рестрикционная карта (физическая карта по сайтам узнавания
эндонуклеаз рестрикции). Диаграмма расположения на молекуле ДНК
сайтов узнавания рестрицирующих эндонуклеаз.
Ретровирусы. Группа РНК-содержащих вирусов, содержащих
обратную транскриптазу. Синтезированная на РНК-матрице двухцепочечная ДНК может встраиваться в хромосому инфицированной
этим вирусом клетки.
Реципиент. Организм (прокариотическая или эукариотическая
клетка), в который вводят чужеродную генетическую информацию,
например, в виде рекомбинантной ДНК.
Рибоза. Пятиуглеродный моносахарид. Входит в состав РНК.
Рибосома. Немембранная клеточная органелла, рибонуклеопро-
теидная структура, при участии которой осуществляется синтез белка
(трансляция). Состоит из двух частиц: большой и малой.
РНК-полимераза. Фермент, осуществляющий синтез РНК из рибонуклеозидтрифосфатов. Матрицей может служить ДНК или РНК,
соответствующие РНК-полимеразы гпзывают ДНК- или РНКзависимыми.
Сайт «cos» (cos-сайт). Нуклеотидные последовательности (одно-
цепочечные) на концах генома фага λ, необходимые для упаковки
ДНК в фаговые частицы.
Сайт встраивания (клонирования). Специфический участок векторной молекулы, в который встраивают фрагмент чужеродной ДНК.
Очень часто это уникальный сайт рестрикции.
Сайт рестрикции. Нуклеотидная последовательность в молекуле
ДНК, узнаваемая эндонуклеазой рестрикции. Обычно представляет
собой короткий палиндром.
Сайт-направленный мутагенез. Внесение in vitro в конкретный
сайт клонированной последовательности. Позволяет идентифицировать функциональные участки в молекулах белков и получать белки с
заранее заданными свойтвами.
Сайт связывания с рибосомой. Нетранслируемая последова-
тельность, расположенная после одного из кодирующих участков полицистронной мРНК, которая связывается с малой рибосомной субчастицей и образует инициирующий комплекс.
Саузерн-блоттинг (Southern blotting). Обнаружение специфических нуклеотидных последовательностей путем переноса денатуриро-
121
ванных молекул ДНК, подвергнутых электрофорезу, из агарозного
геля на нитроцеллюлозный или нейлоновый фильтр за счет капиллярного эффекта и гибридизации с меченым зондом, комплементарным
искомой последовательности.
Секвенатор. Прибор, на котором производится автоматическое
секвенирование, то есть определение первичной последовательности
ДНК.
Секвенирование ДНК. Определение первичной последовательности, то есть порядка расположения нуклеотидов цепи ДНК.
Секреция. Выведение веществ из клетки во внешнюю среду.
Селекция. Отбор нужных организмов (клеток) в смешанной по-
пуляции.
Сигнал полиаденирования. Нуклеогидная последовательность,
ответственная за окончание транскрипции и детерминирующая ферментативное присоединение остатков аденина к 3'-концу молекулы
мРНК.
Сигнальная последовательность. Нуклеогидная последовательность в гене, служащая местом связывания белка (фактора транскрипции), который регулирует транскрипцию
Сигнальный пептид. N-концевой участок белковой молекулы
длиной 15–30 аминокислот, обеспечивающий секрецию белка (перенос через мембрану). После секреции этот участок отщепляется от
белковой молекулы.
Скрининг. Метод (или комплекс методов) идентификации единичного объекта (особи в популяции, клетки с искомыми свойствами,
участка нуклеотидной последовательности и т. д.) путем перебора
большого числа объектов.
Слитый белок (см. Гибридный белок).
Случайные праймеры. Неспецифические олигонуклеотиды (6–
10 звеньев), случайно гибридизующиеся с исследуемой нуклеотидной
последовательностью ДНК или РНК, служащие затравкой для синтеза
ДНК полимеразой.
Сплайсинг. Вырезание из предшественника мРНК интронов и
ковалентное соединение экзонов собразованием зрелых молекул
мРНК.
Структурный ген (Structural gene). Ген, кодирующий какой либо
белок.
122
Сферопласты. Клетки дрожжей, лишенные части клеточной
стенки после обработки специальными ферментами.
Теломера. Концевые участки хромосом. Теломерные участки
хромосом характеризуются отсутствием способности к соединению с
другими хромосомами или их фрагментами и выполняют защитную
функцию.
Терминальная трансфераза. Фермент, катализирующий присоединение к 3’-концу молекулы ДНК дезоксинуклеозидмонофосфатов. Используется для клонирования кДНК при участии комплементарных гомополимерных «хвостов» поли(А) — поли(Т).
Терминатор. Регуляторные последовательности структуры гена,
свидетельствующие об окончании транскрипции.
Терминация. Остановка синтеза макромолекулы.
Терминирующий кодон. Кодон, определяющий окончание (тер-
минацию) синтеза полинуклеотидной цепи. Обычно это кодоны UAA,
UAG и UGA.
Тимин. Пиримидиновое основание, одно из четырех оснований,
входящих в состав ДНК.
Трансдукция. Перенос генетического материала из одной бактериальной клетки в другую с помощью бактериофага.
Транскрипт. Молекула РНК, синтезированная на матрице специфической ДНК.
Транскрипция. Процесс синтеза всех видов РНК на матрице
ДНК с помощью фермента ДНК-зависимой РНК полимеразы.
Трансляция. Синтез полипептидной цепи рибосомой с исполь-
зованием в качестве матрицы мРНК.
Транспортная РНК (тРНК). Молекула РНК, выступающая в роли адаптера при специфическом переносе аминокислот к растущей
полипептидной цепи в процессе трансляции.
Трансфекцня. Искусственное введение в эукариотические клетки изолированных молекул ДНК.
Тупые концы. Концы цепей двухцепочечной молекулы ДНК, за-
канчивающиеся парой соединенных комплементарных оснований, то
есть один конец не «выступает» за другой — в отличие от липких
концов.
123
Урацил (U). Пиримидиновое основание; одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав РНК.
Ферменты. Обычно белковые молекулы (энзимы), или молекулы
РНК (рибозимы), или их комплексы, ускоряющие (катализирующие)
химические реакции в живых системах.
Физическая карта ДНК. Расположение генов на хромосоме, установленное с помощью различных методов (электронная микроскопия, секвенирование, картирование). Расстояние на такой карте измеряется в числе пар нуклеотидов.
Флуоресцин. Флуоресцирующий краситель, часто использующийся в качестве метки для антител. Позволяет визуализировать антитела после их связывания с антигеном.
Флуорофор. Химическая группа, ответственная за флуоресценцию данного соединения.
Фосфодиэфирная связь. Связь между фосфатными группами
при 3'- и 5'- углеродных атомах соседних нуклеотидов одной полинуклеотидной цепи.
Фолдинг белка. Процесс спонтанного сворачивания полипептидной цепи в уникальную нативную пространственную структуру
(так называемая третичная структура).
Фосфарамидиты (см. Амидофосфиты).
Фрагмент Кленова. Более крупный из двух фрагментов ДНК-по-
лимсразы I E. coli, образующийся при ее протеолитическом расщеплении. Сохраняет полимеразную активность в направлении 5'→3' и
экзонуклеазную — в направлении 3'→5'. Используется, в частности,
при секвенировании ДНК.
Фрагментация ДНК. Разрыв молекул ДНК под действием гид-
родинамических сил (например, при пропускании раствора ДНК через иглу шприца).
Хемилюминесценция. Испускание света в ходе химической ре-
акции.
Химерный белок (см. Гибридный белок).
Хромогенный субстрат. Вещество, приобретающее определен-
ную окраску после расщепления специфическим ферментом.
Хромосомный сайт интеграции. Место в хромосоме, куда может встроиться чужеродная ДНК, часто без всяких последствий для
организма-хозяина.
124
Цитозин (С). Одно из четырех азотистых оснований, входящее в
состав ДНК и РНК.
Центромера. Участок хромосомы, характеризующийся специфи-
ческой последовательностью нуклеотидов и структурой. Центромера
играет важную роль в процессе деления клеточного ядра и в контроле
экспрессии генов.
Частота трансформации. Доля клеток в клеточной популяции,
получивших чужеродную ДНК; выражается числом трансформантов
к общему числу клеток,
Челночный вектор. Плазмидная ДНК, способная реплицироваться в клетках двух разных типов (например, в E. coti и клетках
дрожжей).
Шайна — Дальгарно последовательность. Сайт связывания
рибосомы у прокариот. Нуклеотидная последовательность на 5'-конце
мРНК (обычно AGGAGG), спаривающаяся с комплементарной последовательностью РНК-компонента (рРНК) малой субчастицы рибосомы.
Штамм. Культура генетически однородных микроорганизмов.
Шапероны. Класс белков, главная функция которых состоит в
восстановлении правильной третичной структуры поврежденных
белков, а также образование и диссоциация белковых комплексов.
Экзогенная ДНК. ДНК, выделенная из организма-донора и
встроенная в вектор или хромосомную ДНК организма-хозяина. Называется также чужеродной и гетерологичной ДНК.
Экзон. Участок гена, входящий в состав первичного транскрипта,
который остается в нем после процессинга (вырезания нитронов).
Вместе с другими экзонами образует зрелую мРНК.
Экзонуклеазы. Белки из группы нуклеаз, отщепляющие концевые мононуклеотиды от полинуклеотидной цепи путем гидролиза
фосфодиэфирных связей между нуклеотидами.
Экспрессия генов. Транскрипция и трансляция гена.
Экспрессионный вектор. Вектор, содержащий промоторную и
другие регуляторные последовательности, обеспечивающие эффективную транскрипцию рекомбинантного гена с последующей трансляцией мРНК и образованием рекомбинантного белка.
Электропорация. Образование пор в клеточных мембранах под
действием электрического тока. Через эти поры в клетки проникает
чужеродная ДНК.
125
Электрофорез. Метод разделения заряженных молекул (ДНК,
РНК или белков), основанный на разной скорости их перемещении в
электрическом поле.
Элонгация. Последовательное присоединение мономеров к полимерной цепи.
Эндонуклеаза (Endonuciease). Фермент, гидролизующий внутренние фосфодиэфирные связи и расщепляющий молекулы ДНК и
РНК. Эндонуклеазы участвуют в рекомбинации, репарации и рестрикции; в последнем случае называются рестриктазами (рестрицирующими эндонуклеазами).
Эндонуклеазы рестрикции. Ферменты (класс гидролаз), узнаю-
щие на молекуле двухцепочечной ДНК специфические последовательности нуклеотидов (сайты узнавания ДНК) и катализирующих
реакцию гидролиза обеих цепей ДНК внутри или вне участка узнавания.
Эукариоты. Организмы, клетки которых содержат оформленные
ядра.
Эффективность трансформации. Количество колоний, вырос-
ших на чашке Петри после добавления к клеткам 1 мкг суперскрученной плазмидной ДНК и рассева клеток на питательную среду.
126
Список используемой литературы
1. Альбертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Робертс К., Уотсон Дж. Молекуляр-
ная биология клетки. — М.: Мир, 1994.
2. Генная терапия — медицина будущего: Сборник обзорных материалов
по программе «Геном человека» / Под ред. А. В. Зеленина. — М., 2000.
3. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. Принципы и
применение. — М.: Мир, 2002.
4. Горбунова В. Н., Баранов В. С. Введение в молекулярную диагностику и
генотерапию наследственных заболеваний. — СПб.: Специальная литература,
1997.
5. Дымшиц Г. М. и др. Введение в молекулярную биологию: Курс лекций. —
НГУ, 2000.
6. Калинин В. Л. Введение в молекулярную вирусологию. — СПб.:
СПбГТУ, 2000.
7. Калинин В. Л. Транскрипция и регуляция экспрессии генов. — СПб.:
СПбГТУ, 2001
8. Клаг У., Каммингс М. Основы генетики. — М.: Техносфера. 2007.
9. Льюин Б. Гены. — М.: Мир, 1987.
10. Молекулярная клиническая диагностика / Под ред. С. Херрингтона,
Дж. Макги. — М.: Мир, 1999.
12. Рис Э., Стернберг М. Введение в молекулярную биологию (от клеток к
атомам). — М.: Мир, 2002.
13. Рыбчин В. Н. Основы генетической инженерии. — СПб.: СПбГТУ, 1999.
14. Сингер М., Берг П. Гены и геномы. — М.: Мир, 1998.
15. Уотсон Дж., Туз Дж. Рекомбинантные ДНК: Краткий курс. — М.: Мир,
1986.
16. Эллиот В., Эллиот Д. Биохимия и молекулярная биология. — М.: Изд-
во НИИБМХ РАМН, 2000.
17. David L. Nelson Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. —
N.Y.: Ed. 4th W. H. Freeman, 2004.
18. Sambrook J., Fritch I. F., Maniatis T. Molecular cloning. Laboratory manual. —
N.Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press., 1991.
127
Цымбаленко Надежда Васильевна
БИОТЕХНОЛОГИЯ
Часть I
ТЕХНОЛОГИЯ РЕКОМБИНАНТНОЙ ДНК
Учебное пособие
Редактор Н. П. Дралова
Верстка Л. А. Овчинниковой
Подписано в печать 2011. Формат 60 × 841/16.
Бумага офсетная. Печать офсетная. Объем 8,0 уч.-изд. л.
8,0 усл. печ. л. Тираж 100 экз. Заказ № 679
Издательство РГПУ им. А. И. Герцена.
191186, С.-Петербург, наб. р. Мойки, 48
Типография РГПУ. 191186, С.-Петербург, наб. р. Мойки, 48
Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]