Теоретические основы биотехнологии. Учебно-методическое пособие
.pdf
Природа микроорганизма обусловливает выбор одного из
путей катаболизма глюкозы в качестве доминирующего пути:
Эмбдена-Мейергофа-Парнаса, пентозофосфатный, Энтнера-
Дудорова, дыхание и др.
Метаболический путь Эмбдена-Мейергофа-Парнаса (ЭМП)
Катаболизм глюкозы по пути ЭМП включает 10
биокаталитических стадий (рис. 2.1).
Рис. 2.1 – Схема метаболического пути Эмбдена-Мейергофа-
Парнаса
31
Исходным субстратом является глюкоза, конечным продуктом – пировиноградная кислота (ПВК, пируват). Катаболизм глюкозы состоит в ее фосфорилировании, а также фосфорилировании промежуточных соединений с накоплением максимума энергии субстрата внутри клетки, поскольку сильно ионизированные органические вещества не диффундируют через клеточную мембрану из клетки и являются источником энергии для
конструктивного и энергетического обмена. Накопление внутриклеточной энергии вследствие присоединения фосфатной группы HPO42- к молекулам органического субстрата называют
субстратным фосфорилированием.
В процессе катаболизма глюкозы осуществляются
энергозатратные реакции, когда изменение свободной энергии
∆G≥0; энергодающей реакцией для их протекания является сопряженная реакция гидролиза АТФ (рис. 2.1). Спонтанные реакции фосфорилирования АДФ с образованием АТФ
осуществляются, начиная с превращения двух молекул
3-фосфоглицеринового альдегида через ряд промежуточных продуктов в две молекулы пирувата (рис. 2.1). Таким образом,
катаболизм 1 молекулы глюкозы с образованием 2 молекул пирувата сопровождается первоначальным гидролизом 2 молекул АТФ и последующим образованием 4 молекул АТФ.
Общая стехиометрия пути ЭМП выглядит следующим
образом:
С6Н12О6 + 2Рi + 2АДФ + 2НАД+ |
2С3Н4О3 + 2АТФ + 2(НАДН+Н+) (2.1) |
Глюкоза |
ПВК |
32
В результате катаболизма глюкозы по пути ЭМП клетка
получает следующие преимущества:
-запасается химическая энергия (АТФ)
-образуются восстанавливающие эквиваленты (НАДН+Н+)
-синтезируются биосинтетические предшественники (ПВК).
Поэтому этот путь метаболизма является амфиболическим.
В клетках мышечных тканей и молочно-кислых бактериях путь ЭМП не завершается образованием пирувата; пируват восстанавливается до молочной кислоты (лактата):
С3Н4О3 + НАДН + Н+ |
С3Н6О3 + НАД+ |
(2.2) |
пируват |
лактат |
|
Вся последовательность биохимических реакций, начинающая с глюкозы и завершающаяся молочной кислотой называется
гликолизом.
В зависимости от потребностей в важнейших биосинтетических предшественниках метаболизма (пирувата,
ацетилкофермента А, органических кислотах), в энергии (АТФ и других макроэргических соединениях), в восстановительных эквивалентах (НАДН и НАДФН) микробные клетки могут использовать и другие пути метаболизма, например,
пентозофосфатный, Энтнера-Дудорова, дыхание.
При этом общий принцип метаболизма субстратов состоит в том, что клетки могут использовать субстрат, пользуясь несколькими путями катаболизма одновременно для обеспечения своего оптимального развития за счет удовлетворения
33
потребностей в энергии и в синтезе предшественников биополимеров.
Метаболизм этанола
Первичное окисление этанола осуществляется последовательно двумя ферментами: НАД-зависимой
алкогольдегидрогеназой и НАД-зависимой дегидрогеназой. Первый фермент локализован в митохондриях и ответственен за проведение реакций окисления этанола в ацетальдегид:
С2Н5ОН |
СН3СНО |
(2.3) |
|
|
|
НАД |
НАДН |
|
В цитоплазме обнаружен еще один тип дегидрогеназы,
которая катализирует протекание обратной реакции превращения ацетальдегида в этанол. Этот процесс обычно отмечается для анаэробных условий, в которых протекает спиртовое брожение, в
то время как реакция (2.3) доминирует при аэробном росте дрожжей на этаноле.
Ацетальдегид, в свою очередь, под действием НАД-зависимой дегидрогеназы превращается в ацетилкофермент А (СН3СОКоА,
ацетил-КоА):
|
КоА |
|
|
СН3СНО |
|
СН3СОКоА |
(2.4) |
НАД |
|
НАДН |
|
В результате двухступенчатого окисления этанола образуется
2 моля НАДН из 1 моля этанола. При недостатке кислорода клетка может выделять в окружающую среду уксусную кислоту. Она образуется за счет конверсии ацетилкофермента А с участием
34
неорганического фосфата под действием фосфатацетилтрансферазы
до фосфоацетилфосфата (СН3СООФ) и дальнейшего превращения последнего в уксусную кислоту под действием ацетаткиназы:
|
О |
|
(2.5) |
СН3С |
СН3СООФ |
СН3СООН |
|
|
КоА |
|
|
При аэробном дыхании на окисление 1 моля этанола затрачивается 1 моль кислорода и синтезируется 5 молей АТФ.
Ацетилкофермент А, синтезированный в клетке в нормальных условиях, включается в ЦТК при конденсации с оксокислотами.
Часть ацетил-КоА вовлекается в так называемый глиоксилатный шунт. Глиоксилатный шунт представляет собой обходной путь реакций превращения изолимонной кислоты в яблочную (рис. 2.2).
Если в цикле Кребса изолимонная кислота путем двух стадий декарбоксилирования последовательно превращается через α-кетоглютаровую кислоту в янтарную кислоту, а затем в яблочную, то при окислении этанола с «включением глиокси-
латного шунта» эти две стадии декарбоксилирования отсутствуют.
Изолимонная кислота путем альдольного расщепления превращается в янтарную и глиоксиловую кислоты. Эту реакцию катализирует изоцитратлиаза. Глиоксиловая кислота путем конденсации с ацетил-КоА образует яблочную кислоту под действием малатсинтазы. Таким образом, при каждом обороте цикла за счет включения второй молекулы ацетил-КоА синтезируются дополнительные молекулы яблочной кислоты
(рис. 2.2). Она используется клеткой для биосинтеза фосфоенолпирувата с «замыканием» метаболических путей утилизации источников углерода.
35
ЛИПИДЫ |
ПОЛИСАХАРИДЫ |
БЕЛКИ |
АДФ |
|
|
|
|
ЖИРНЫЕ |
ГЕКСОЗЫ |
АМИНОКИСЛОТЫ |
|
КИСЛОТЫ |
ПЕНТОЗЫ |
|
АТФ |
|
|
|
|
|
|
ФОСФОЕНОЛПИРУВАТ |
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
СО2 |
|
С2Н5ОН |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ПИРУВАТ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
СО2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
СН3СНО |
||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
АТФ |
|
НАД-Н |
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
ЯБЛОЧНАЯ |
|
АЦЕТИЛ-КоА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
СН3СООН |
|||||||||||
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
Конденсация с |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
НАД-Н |
|
|
|
|||||
|
|
|
глиоксиловой |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
кислотой |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ЛИМОННАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
ЩАВЕЛЕВОУКСУСНАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ИЗОЛИМОННАЯ |
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
ЯБЛОЧНАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
СО2 |
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
α-КЕТОГЛЮТАРОВАЯ |
|
|
|
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
ФУМАРОВАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
СО2 |
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
+ Ацетил-КоА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
ЯНТАРНАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
НАД-Н |
|
|
|
|||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
АТФ |
|
|
|
|
|
2Н |
2Н |
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ГЛИОКСИЛОВАЯ |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
КИСЛОТА |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
АДФ |
|
АТФ |
|
|
О2 |
|||
|
|
|
|
|
|
2Н |
|
|
|
|
|
|
|
|
АДФ |
|
АТФ |
|
|
|||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
АДФ |
|
АТФ |
|
|
Н2О |
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Рис. 2.2 – Биохимическая схема ассимиляции
углеродных субстратов дрожжами
36
На рис. 2.2 отмечена передача четырех пар протонов (2Н),
высвобождающихся в цикле ЦТК при катаболизме углеводов, в
электронтранспортную цепь (ЭТЦ) дыхания с их окислением до
Н2О.
При ассимиляции этанола в ЭТЦ дополнительно передается 2
пары протонов (2Н).
Сопряженно с транспортом электронов в дыхательной цепи протекает процесс регенерации АТФ и, как следствие,
накапливается внутриклеточная энергия. Этот процесс называется
окислительным фосфорилированием.
Стехиометрия процессов культивирования микроорганизмов
Если в результате химического взаимодействия реагентов А и В образуются продукты С и D и выделяются тепло ∆Н, то можно с учетом стехиометрических коэффициентов νА, νВ, νC, νD и νН
можно записать стехиометрическое уравнение реакции:
νАА + νВВ = νCС + νDD + νН ∆Н |
(2.6) |
Определенные значения стехиометрических |
коэффициентов |
отражают закон сохранения материи: количество атомов элементов, составляющих вещества А, В, С и D, не должно изменяться в процессе превращения веществ.
Действие закона сохранения энергии в биологии приводит к
перегруппировке макро- и микроэлементов. Такая перегруппировка предполагает, что общее количество углерода, азота, фосфора,
водорода, кислорода, металлов и др. элементов, включенное в структурные компоненты клетки (ядро, клеточную стенку,
37
митохондрии, др.), внутри- и внеклеточные вещества (АТФ, белки,
липиды, нуклеиновые кислоты, эндо- и экзоферменты,
антибиотики), равно количеству этих элементов, потребленных из питательной среды.
Схематическое |
представление процесса |
культивирования |
|||||
микроорганизмов представлено на рис. 2.3. |
|
|
|||||
|
|
Субстраты |
|
Продукты |
|||
S1 |
|
|
Система культивирования |
|
|
Р1 |
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|||||
S |
|
|
Р2 |
||||
|
|
||||||
2 |
|
|
|
микроорганизмов |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
||
Sn |
|
|
|
Рn |
|
||||
|
|
|
||
|
|
|
X |
|
|
|
|
|
Рис. 2.3 – Схема процесса культивирования микроорганизмов
Стехиометрическое уравнение для ферментативной реакции превращения субстратов (S) в продукты (Р) и биомассу (Х) в
процессе культивирования можно записать следующим образом
(квадратные скобки традиционно обозначают концентрации веществ, в данном случае различных субстратов):
νС [углеродный субстрат] + νN [азотный субстрат] + νФ [фосфорный
субстрат] + νО2 [кислород как субстрат] =
νХ [биомасса] + νР [продукт метаболизма] + …+ νСО2 [СО2] + νН2О [Н2О]
+ νН ∆ Н |
(2.7) |
В процессах культивирования биомасса (Х) накапливается как
продукт реакции; она же в качестве инокулята является важнейшим
исходным реагентом, от ферментативной (катализирующей)
38
активности которого зависит протекание реакции. Поэтому правильнее было бы показать биомассу в качестве субстрата с коэффициентом νХ, а в качестве продукта с коэффициентом (νХ+1).
Однако количество инокулята принимается пренебрежимо малым в сравнении с количеством биомассы, накопленной в процессе культивирования.
Реакции, в которых продукт является катализатором реакции,
называются автокаталитическими.
Формула биомассы микроорганизмов.
Молекулярный вес биомассы (биомоль)
Для работы со стехиометрическим уравнением нужно определить формулу биомассы. Элементный состав биомассы микроорганизмов приведен в табл. 2.1.
Таблица 2.1 – Элементный состав биомассы различных микроорганизмов
Состав |
|
|
Элементный состав, % |
|
|
||
микроорганизмов |
С |
Н |
О |
N |
P |
S |
Зола |
|
|
|
|
|
|
|
|
Дрожжи |
47,0 |
6,5 |
30,0 |
7,5 |
1,5 |
1,0 |
6,5 |
|
|
|
|
|
|
|
|
Бактерии |
53,0 |
7,0 |
20,0 |
12,0 |
3,0 |
1,0 |
4,0 |
|
|
|
|
|
|
|
|
«Усредненный» |
50,0 |
8,0 |
20,0 |
14,0 |
3,0 |
1,0 |
4,0 |
|
|
|
|
|
|
|
|
Если принять сухой вес биомассы равным 100 г, масса соответствующего элемента (С, H, O, N, P, S) в граммах (грамм-
атомах) равна отношению его процентного содержания к его атомной массе (табл. 2.2). При этом зольными компонентами биомассы пренебрегают.
39
Таблица 2.2 – Удельно-весовой элементный состав биомассы
различных микроорганизмов
Состав |
|
Элементный состав, грамм-атомов |
|
|||
микроорганизмов |
С/12 |
Н/1 |
О/16 |
N/14 |
P/31 |
S/32 |
|
|
|
|
|
|
|
Дрожжи |
3,92 |
6,5 |
1,88 |
0,54 |
0,05 |
0,03 |
|
|
|
|
|
|
|
Бактерии |
4,42 |
7,0 |
1,25 |
0,86 |
0,1 |
0,03 |
|
|
|
|
|
|
|
«Усредненный» |
4,17 |
8,0 |
1,25 |
1,0 |
0,1 |
0,03 |
|
|
|
|
|
|
|
Таким образом, формула биомассы записывается так:
для дрожжей – C3,92H6,5O1,88N0,54P0,05S0,03 ,
для бактерий – C4,42H7,0O1,25N0,86P0,1S0,03 ,
для микроорганизмов «усредненного» состава –
C4,17H8,0O1,25N1,0P0,1S0,03 .
Молекулярный вес биомассы (биомоль) составляет около 100 (с учетом зольности биомассы).
Для простоты расчетов по стехиометрическим уравнениям из формулы биомассы можно исключить некоторые элементы, чаще всего фосфор и серу.
Далее, для расчетов удобнее принять формулу биомассы из расчета на 1 атом углерода. Для этого нужно разделить индексы при всех атомах на индекс при углероде:
для дрожжей – CH1,66O0,48N0,14
для бактерий – CH1,58O0,28N0,19
для биомассы «усредненного» состава – CH1,92O0,3N0,24
Для практических расчетов биомоля «усредненного» состава часто используют формулу Стоутхамера:
CH1,8O0,5N0,2 с молекулярной массой 24,6.
40
