V рівень - на Центр державного санітарного-епідеміологічного нагляду Збройних Сил України покладається:

- аналітичні, методичні та організаційні функції (в основному в санітарно-епідеміологічних установах нижніх рівнів);

- встановлення порядку здійснення санітарно-епідеміологічного нагляду;

- корекція роботи фахівців інших санітарно-епідеміологічних установ зі спеціальних питань;

- розробка, впровадження в практику та контроль виконання нових системо-корегуючих документів, які видаються наново по спеціальностям і напрямкам оперативного (лабораторного) профілей, а також документів щодо покращання умов життя та побуту військ;

- узагальнення і впровадження у роботу військової ланки та фахівців санітарно-епідеміологічних установ передових, сучасних методів виконання аналітичних функцій та конкретних заходів;

- безпосередня організація та проведення санітарно-епідеміологічного нагляду у з'єднаннях, частинах та установах центрального підпорядкування;

- вибірковий, на основі аналізу контроль виконання заходів у військах території і гарнізонів;

- цілеспрямування проведення профілактичних та протиепідемічних заходів і контроль спеціалізованими оперативними та лабораторними підрозділами.

VІ рівень - санітарно-епідеміологічне управління здійснює аналітичну, методичну, організаційну та контрольну функції відносно всіх рівнів, на яких відбувається проведення профілактичних та протиепідемічних заходів.

Основою діяльності всіх рівнів управління в системі протиепідемічного забезпечення є повний і всебічний збір інформації, подання донесень, аналіз ситуації, виявлення першочергових, найбільш значущих заходів, планування роботи санітарно-епідеміологічних установ, організація виконання планів при змінах епідемічної ситуації. Тобто епідемічне благополуччя військ може бути досягнутим при дотриманні принципів функціональної підлеглості, своєчасної, повної і правдивої звітності (в тому числі і позачергових донесень) установ попередніх рівнів керівництва наступним для негайного прийняття рішень при зміні епідемічної ситуації.

На воєнний час організаційно-штатна структура санітарно-епідеміологічних установ залишається фактично незмінною. Протиепідемічне забезпечення військ організується за територіальним принципом. Дещо змінюються задачі, які стоять перед санітарно-епідеміологічними установами.

Так, основними завданнями СЕЛ гарнізону на воєнний час є:

- проведення санітарно-епідеміологічної розвідки та спостереження;

- участь в проведенні бактеріологічної розвідки з проведенням специфічної індикації бактеріологічної зброї в скороченому обсязі;

- проведення поточних санітарно-гігієнічних та мікробіологічних досліджень;

- проведення експертизи води і продовольства на вміст радіоактивних і отруйних речовин;

- епідеміологічне обстеження осередків інфекційних захворювань в частинах та підрозділах району забезпечення з організацією заходів щодо їх локалізації і ліквідації;

- здійснення санітарно-епідеміологічного нагляду за розташуванням, харчуванням, водопостачанням, лазнево-пральним обслуговуванням особового складу, а також за похованням загиблих в бою;

- здійснення контролю та методичної допомоги при проведенні протиепідемічних та санітарно-гігієнічних заходів в частинах і підрозділах;

- організація і проведення повної санітарної обробки поранених та хворих військовослужбовців, які поступають в окремий медичний батальйон дивізії;

- надання методичної допомоги при впровадженні суворого протиепідемічного режиму в окремому медичному батальйоні;

- здійснення епідеміологічного аналізу;

- організація і проведення протиепідемічних заходів.

На СЕЗ територіальні та регіональні на воєнний час покладаються наступні завдання:

- вивчення санітарно-епідеміологічної обстановки у військах та в районі дій армії шляхом проведення санітарно-епідеміологічної розвідки і спостереження;

- здійснення всіх видів мікробіологічних та санітарно-гігієнічних досліджень, індикації бактеріологічної зброї в скороченому і повному обсязі;

- експертиза води та продовольства на радіоактивні і отруйні речовини;

- обстеження природних осередків інфекцій і розробка заходів по недопущенню зараження особового складу при дії військ в районах природних осередків;

- участь в проведенні у військах режимно-обмежувальних заходів і ліквідації осередків особливо небезпечних інфекцій;

- проведення повної санітарної обробки особового складу за епідемічними показниками;

- організація і проведення дезінфекційних, дезинсекційних та дератизаційних заходів на окремих об'єктах;

- здійснення кваліфікованого санітарно-епідеміологічного нагляду за розташуванням, харчуванням, водопостачанням, за умовами військової праці особового складу та мешкання у військово-технічних об'єктах;

- забезпечення СЕЛ гарнізонів реактивами, діагностикумами, поживними середовищами та лабораторними тваринами;

- заміна СЕЛ гарнізонів, що вибули з ладу (маневр силами та засобами);

- контроль та надання допомоги військовій медичній службі в проведенні протиепідемічних та санітарно-гігієнічних заходів.

До складу санітарно-епідеміологічних закладів на воєнний час входять санітарно-контрольні пункти (СКП), основне завдання для яких - здійснення санітарно-епідеміологічного контролю за санітарним станом ешелонів і команд військовослужбовців, які рухаються залізничним або водним транспортом, а також по військово-автомобільних шляхах. СКП виконує функції протиепідемічних перешкод на шляхах пересування військ з метою попередження заносу інфекції в війська, або з військ - на територію країни. Начальник СКП забезпечує проведення санітарного огляду, а за необхідності - санітарної обробки особового складу ешелонів, які проходять через даний залізничний пункт, ізоляцію інфекційних хворих, затримання для обсервації осіб, які проходять через даний залізничний пункт, ізоляцію інфекційних хворих, затримання для обсервації осіб, які були в контакті з інфекційними хворими. Під час бойових дій ефективна робота СКП забезпечує епідемічне благополуччя в діючій армії та в країні в цілому.