- •25 Біофізика розділ 6. Елементи молекулярнОї біофізики та біофізики мембранних процесів в клітинах
- •Міжмолекулярні взаємодії у біополімерах
- •6.1.1. Класифікація взаємодій у біополімерах
- •Cтруктурна організація білків та нуклеїнових кислот
- •6.2.1. Первинна структура
- •6.2.2. Вторинна структура
- •6.2.3. Третинна структура
- •6.2.4. Четвертинна структура
- •Будова і властивості біологічних мембран
- •Пасивний та активний транспорт речовин крізь мембранні структури клітин
- •6.4.1. Пасивний транспорт незаряджених молекул
- •6.4.2. Пасивний транспорт іонів
- •6.4.3. Активний транспорт
- •Біологічні потенціали
- •6.5.1. Рівноважний мембранний потенціал Нернста
- •6.5.2. Дифузійний потенціал
- •6.5.3. Потенціал Доннана. Доннанівська рівновага
- •6.5.4. Стаціонарний потенціал Гольдмана-Ходжкіна-Катца
- •6.5.5. Потенціал дії. Механізм виникнення та розповсюдження нервового імпульсу
- •Лабораторний практикум1)
- •6.6.1. Лабораторна робота “Дослідження нелінійних властивостей провідності шкіри жаби”
- •Питання для підготовки до лабораторної роботи
- •Додаткова література
- •Додаткові теоретичні відомості
- •Порядок виконання роботи
- •6.6.2. Лабораторна робота “Дослідження дисперсії електричного імпедансу біологічних тканин”
- •Питання для підготовки до лабораторної роботи
- •Додаткова література
- •Додаткові теоретичні відомості
- •Порядок виконання роботи
- •Задачі та запитання для самоконтролю
- •Порядок виконання роботи
- •Контрольні питання і задачі
- •6.6.4. Практичне заняття “Вивчення біофізики мембран за допомогою комп’ютерних програм”
- •Контрольні питання до комп’ютерних програм з біофізики мембран (блок 5, файл bmq_.Exe)
6.2.2. Вторинна структура
Завдяки використанню прецизійного фізичного методу рентгеноструктурного аналізу вчені відкрили вторинну структуру макромолекул, яка полягає в тому, що поряд з лінійними ділянками в біополімерах були знайдені також ділянки, певним чином скручені в спіраль або в якусь іншу конформацію. Це явище локального впорядкування біополімерних лацюгів було відкрито як для білків (Астбюрі, Полінг, Корі та інші; саме Полінг отримав Нобелівську премію за відкриття цієї тонкої структури білків), так і для нуклеїнових кислот (вже згадане вище відкриття спіральної структури ДНК Франкліном, Криком, Уотсоном і Уілкинзом).
На мал. 6.8 зображена модель -спіралі поліпептидного ланцюга білкової молекули, що закручена направо за стрілкою годинника. Основна причина утворення вторинної структури – це наявність водневих зв’язків між амінокислотними залишками. Виявилося, що на кожний крок спіралі приходиться 3.6 амінокислотних залишка, а через 5 кроків спіралі (ця ділянка містить відповідно 18 амінокислот) конфігурація поліпептидного ланцюга повторюється. Як показали дані рентгеноструктурного аналізу, просторовий крок спіралі дорівнює 0.54 нм, а відповідно просторовий період повторення -спіралі складає 50.54 нм = 2.7 нм. Напрямок водневих зв’язків в -спіралі виявився паралельним до вісі спіралі. Стабілізація спіральної конформації відбувається завдяки водневим зв’язкам між групами С=О і Н-N кожної першої і четвертої пептидної одиниці.
Мал. 6.8. Модель -спіралі білкової молекули.
Полінг і Корі встановили, що окрім -спіралі в білках існують ще інші стійкі конформації поліпептидного ланцюга (наприклад, паралельна і антипаралельна -форми тощо). Всі ці стійкі конформації поліпептидного ланцюга, що визначають вторинну структуру білків, зобов’язані своїм існуванням і стабільністю, як і у випадку -спіралі, водневим зв’язкам.
Вторинна структура нуклеїнових кислот (зокрема, ДНК) пов’язана, як вже згадувалося, з наявністю подвійної спіралі, яка складається з двох полінуклеотидних ланцюгів. В цих взаємно перевитих спіральних ланцюгах пуринові азотисті основи одного ланцюга з’єднані водневими зв’язками з відповідними піримідиновими азотистими основами другого ланцюга. З’єднання азотистих основ відбувається за наступним правилом Чаргаффа: незважаючи на те, що кількість азотистих основ А, Г, Т, Ц може змінюватися досить в широких межах від виду до виду, але завжди кількість пуринових основ в точності дорівнює кількості піримідинових основ. Точніше кажучи, аденін і гуанін в одному ланцюгу зв’язані у строгій відповідності з тиміном і цитозином в другому ланцюгу, утворюючи так звані “уотсон-криківські пари” АТ і ГЦ (мал. 6.9).
Мал. 6.9. “Уотсон-криківські” пари в подвійній спіралі ДНК.
Слід зазначити, що в парах азотистих основ АТ і особливо в парах ГЦ значна роль належить диполь-дипольним (Ван-дер-Ваальсівським) взаємодіям. Ці взаємодії стають дуже помітними, коли подвійна спіраль розділяється з утворенням двох окремих ланцюгів. При цьому водневі зв’язки між азотистими основами замінюються на зв’язки з молекулами води.
Температура плавлення ДНК Тпл може бути апроксимована наступною формулою:
Тпл = ТГЦ х + ТАТ (1 – х),
де ТГЦ 110 оС і ТАТ 69 оС – температура плавлення відповідно пар ГЦ і АТ, а х – концентрація (мольна доля) пар ГЦ в ДНК.
Окремі (розділені) поліпептидні ланцюги скручуються в клубки. Цей процес зветься фазовим переходом спіраль-клубок або денатурацією. Він відбувається не лише при нагріванні, але й при додаванні кислот, спиртів та деяких інших хімічних сполук.