- •Введение
- •Генодиагностика
- •Олигонуклеотиды для определения принадлежности бактерий к родам Neisseria, Streptococcus и Haemophilus на основе гена 16s рнк.
- •Олигонуклеотиды для определения серогрупповой принадлежности n. Meningitidis на основе генов, участвующих в синтезе капсулы.
- •Условия амплификации для определения родовой принадлежности возбудителя
- •Условия амплификации для определения серогрупповой принадлежности менингококков
- •Данные, необходимые для вычисления чувствительности и специфичности нового теста.
- •Испытания в модельных экспериментах на бактериальные штаммах.
- •Испытания с использованием клинических образцов спинномозговой жидкости: определение родовой принадлежности возбудителей гбм.
- •Результаты диагностики бактериологическим методом, методом латекс-агглютинации (ла) и с помощью полимеразной цепной реакции (пцр).
- •Определение серогруппы менингококка, вызвавшего гбм.
- •Генотипирование
- •Годы изоляции определенных субгрупп n. Meningitidis серогруппы а, Москва 1969-1997 гг.
- •Серологическая характеристика n. Meningitidis серогруппы а, Москва 1969-1997 гг.
- •Аллели генов, отличающие различные генотипы менингококков серогруппы а, эпидемической субгруппы III.
- •Заключение
- •Литература
Определение серогруппы менингококка, вызвавшего гбм.
Данные этого раздела исследований приведены в последнем столбце Таблицы 4. Серогруппу менингококков методом ПЦР удалось определить в 100 из 113 образцов СМЖ, взятых от больных с менингококковым менингитом (с или без проявлений менингококцемии). Во всех этих 100 пробах выявлялось также присутствие ДНК нейссерий. При этом в 68 образцах, где была известна серогруппа менингококка, при постановке ПЦР в 65 пробах получен истинно-положительный результат (совпадающий по серогруппе с данными бактериологии и /или ЛА); в 1 пробе – сомнительный результат (ПЦР-тесты выявляют присутствие ДНК менингококка серогруппы C, методом ЛА выявляется антиген менингококка серогруппы В, изолировать штамм не удалось); в 1 пробе – ложно-отрицательный результат (серогруппа не была определена). Также ПЦР на ДНК серогрупп А, В и С была негативна в образце, полученном от пациента с менингитом, вызванным серогруппой Y, что можно рассматривать как истинно-отрицательный результат. ПЦР на ДНК менингококков серогрупп А, В и С была негативна в 48 пробах СМЖ, полученных при ГБМ, вызванных пневмококками, Hib или "прочими" бактериями (истинно-отрицательный результат), а также 78 пробах от пациентов с иными патологиями (серозный менингит, ОРВИ). Таким образом, специфичность и чувствительность теста были не менее 98%, и, следовательно, результатам ПЦР-серогруппирования можно доверять даже при отсутствии иного лабораторного подтверждения. В частности, при исследовании 45 больных, у которых менингококковый менингит была диагностирован клинически при отрицательных данных ЛА и бактериологического посева, в 43 случаях диагноз был подтвержден выявлением нейссериальной ДНК в СМЖ, а в 34 случаях определена серогруппа менингококка. Поскольку в геноме менингококков содержится лишь одна копия mynA или siaD гена и несколько копий 16S РНК гена, не удивительна большая чувствительность "родоспецифической" диагностики по сравнению с "серогруппо-специфической".
Ожидаемый эффект от внедрения метода
Эффективность использования метода складывается из нескольких компонентов. Во-первых, ПЦР позволяет диагностировать в два с половиной раза больше случаев менингококкового менингита и в два раза больше случаев пневмококкового менингита по сравнению с культивированием. По сравнению с методом ЛА, ПЦР можно выявить в два раза больше случаев менингококкового менингита и в 1.4 раза больше случаев пневмококкового менингита. В случае менингита, вызываемого гемофильной палочкой типа b, эффективность ПЦР и ЛА приблизительно одинаковы, что вероятно объясняется большим накоплением бактериального антигена в СМЖ при данной патологии. Во-вторых, сроки ПЦР-диагностики составляют 3-4 часа, а микробиологической диагностики – более суток. В-третьих, себестоимость микробиологической диагностики, дополненной методом ЛА, - не менее 500 руб. на одного пациента, а себестоимость ПЦР-диагностики бактериальных инфекций в условиях ЦННИ эпидемиологии - менее 50 руб.
Клинические подходы к терапии менингитов различной этиологии не совпадают, поэтому своевременная дифференциальная диагностика является важным элементом эффективного лечения. Кроме того, расширенное серогруппирование менингококков позволяет при определенной ситуации принять решение о выборочной или массовой вакцинации населения. В последние годы заболеваемость менингококковой инфекцией и ГБМ в России превышает 5 случаев на 100000 населения в год, а смертность – 0.5/100000/ год, что является серьезной проблемой здравоохранения. Конкретные оценки прямого клинического, эпидемиологического и экономического эффекта от внедрения генодиагностики бактериальных менингитов выходят за рамки данного пособия.