У квітні 1659 р. Стотисячне російське військо на чолі з князем о. Трубецьким, вийшовши з Путивля, вступило а межі України і після зруйнування м-ка Срібне рушило на Конотоп.

Облога цього міста, де засіло 4 тис. козаків, тривала понад 2 місяці, поки на допомогу обложеним не прибув І. Виговський зі своїм військом, що складалося з 16 тис. козаків і кількох тисяч найманців — сербів, волохів і поляків. Незабаром сюди ж прийшов і союзник Виговського — кримський хан зі своєю ордою. В битві на р. Сосновці союзники дощенту розбили значну частину московського війська (до 30 тис. чол.), яку Виговському вдалося відтягти від обложеного міста. При цьому загинула краща російська кіннота, а воєвода князь С. Пожарський, потрапивши в полон до татар, був убитий за наказом хана. Решта московського війська на чолі з Трубецьким залишила Конотоп і, переслідувана союзниками, поспішно відступила до Путивля. Звістка про страшний конотопський погром дійшла до Москви. Місто охопив жах, коли цар Олексій Михайлович у траурному одязі вийшов до народу.

Перелякавшись, що Виговський рушить на Москву, її мешканці стали обкопувати столицю шанцями. Однак паніка була даремною. Гетьман-переможець, незважаючи на умовляння хана й найманців, категорично відмовився просуватися далі територією Московської держави. Тим самим він підкреслював, що війна, нав'язана Україні, мала для неї виключно оборонний, а не агресивний характер. Розсилаючи по країні універсали, в яких сповіщалося про перемогу під Конотопом і вигнання ворога з української землі, J. Виговський запевняв народ, що краще жити у вольностях, добутих кров'ю, «ніж у залізній московській неволі».

Тим часом у Варшаві зібрався сейм, на який для ратифікації Гадяцької угоди прибуло українське посольство у кількості двохсот чоловік на чолі з Юрієм Немиричем і Прокопом Верещакою. У сенатській залі, де був присутній король, відбулася урочиста церемонія прийому козацьких послів. Юрій Немирич, виголосивши вітальну промову, від імені всієї України заявив про готовність її народу прийняти підданство польської корони. Це викликало захоплення короля і сенаторів. Та на цьому мажорність зустрічі була вичерпана, як засвідчили подальші події. Коли українські представники почали викладати умови підданства, власне, «пакти», затверджені Гадяцькою радою, виявилося, що сенатори дуже далекі від їх Прийняття.

Зрештою після напружених дебатів сейм у травні 1659 р. затвердив документ. Здавалося б, компроміс досягнуто й прийняте історичне рішення. Але це відбулося лише за рахунок дуже суттєвих і вимушених поступок української сторони. Адже, якщо порівняти тексти Гадяцької угоди в першій і остаточній редакціях, то знайдемо значну різницю. З 24 пунктів угоди було відкинуто сім, а шість зазнали суттєвих змін. Зокрема, в останній редакції угоди не зустрічаємо навіть назви «Руське князівство». Певно, під тиском Ватікану сейм не погодився задовольнити одну з головних вимог козаків — знищення унії. Відкидалося прохання про те, щоб Україна не брала участі у війні з Москвою в разі польсько-російського конфлікту; заперечувалося право України на власну монету; фактично заборонялося вільне й незалежне обрання гетьмана (козаки мали право обирати лише чотирьох кандидатів); запроваджувалося значне скорочення збройних сил України тощо. Нарешті, обмежувалась самостійність України навіть у порівнянні з Березневими статтями 1654 p., оскільки гетьману взагалі заборонялося приймати іноземні посольства.