
- •Учебное пособие
- •Раздел 1. Структура и свойства ферментов
- •Инженерная энзимология. Иммобилизованные ферменты. Новые пути практического использования ферментов. Применение ферментов в промышленности, сельском хозяйстве, медицине
- •Принцип классификации ферментов. Классы ферментов: оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, лиазы, изомеразы, лигазы. Основные положения систематической и тривиальной номенклатуры ферментов
- •Способы количественного выражения активности ферментов. Единицы активности. Удельная и молекулярная активность
- •Методы определения активности ферментов: колориметрический, спектрофотометрический, флуориметрический, манометрический, биолюминесцентный и др.
- •Прямой и непрямой оптический тест Варбурга. Расчет ферментативной активности при определении по конечной точке и при кинетическом определении
- •Лекция 1.2 выделение и очистка ферментов
- •Разрушение клеток и экстракция белков
- •Тепловая денатурация
- •Осаждение белков
- •Гель-фильтрация
- •Разделение белков путем адсорбции
- •Выбор ионообменника
- •Элюция адсорбированного белка
- •Аффинная хроматография
- •Гидрофобная хроматография
- •Металлохелатная аффинная хроматография
- •Высокоэффективная жидкостная хроматография
- •Электрофорез
- •Изоэлектрическое фокусирование
- •Капиллярный электрофорез
- •Двумерные системы электрофореза
- •Кристаллизация белков
- •Лекция 1.3 уровни структурной организации ферментов
- •Многостадийный процесс образования пространственной структуры белка
- •Механизмы регуляции процесса сворачивания полипептидной цепи внутри клетки
- •Ферменты, участвующие в фолдинге белка
- •Специальные белки, увеличивающие эффективность сворачивания полипептидной цепи в нативную конформацию
- •Посттрансляционная модификация белка
- •Роль доменов в пространственной организации молекул ферментов
- •Увеличение числа доменов в ферменте и усложнение взаимодействий между ними
- •Роль доменов в формирование активного центра фермента
- •Роль доменов в регуляции ферментативной активности
- •Роль доменов в связывание ферментов с мембранами
- •Полифункциональные ферменты
- •Бифункциональные ферменты, катализирующие реакции одного метаболического пути
- •Бифункциональные ферменты, катализирующие противоположно направленные реакции
- •Лекция 1.4 Кофакторы ферментов и их роль в катализе Коферменты, простетические группы, ионы металлов
- •Классификация кофакторов
- •Функции кофакторов
- •Кофакторы окислительно-восстановительных процессов Никотинамидные кофакторы
- •Кофакторы переноса групп Коферменты – производные пиридоксина
- •Кофакторы процессов синтеза, изомеризации и расщепления с-с связей Биотин
- •Роль металлов в функционировании ферментов
- •Лекция 1.5. Топография активных центров простых и сложных ферментов
- •Методы изучения активных центров ферментов
- •Раздел 2. Кинетика и термодинамика
- •Ферментативных реакций
- •Лекция 2.1.
- •Кинетика химических реакций
- •Скорость химической реакции
- •Основной постулат химической кинетики ‒ закон действия масс
- •Реакции нулевого порядка
- •Реакции первого порядка
- •Реакции второго порядка
- •Реакции третьего порядка
- •Уравнения односторонних реакций 0-го, 1-го и 2-ого порядка
- •Реакции нулевого порядка
- •Реакции первого порядка
- •Реакции второго порядка
- •Молекулярность элементарных реакций
- •Методы определения порядка реакции
- •Зависимость скорости реакции от температуры. Уравнения Вант-Гоффа и Аррениуса.
- •Катализ
- •Лекция 2.2. Стационарная кинетика ферментативный реакций
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •Характеристика кинетических констант
- •Методы определения Км и Vmax
- •Лекция 2.3. Ингибиторы ферментов.
- •Конкурентное ингибирование
- •Неконкурентное ингибирование
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Смешанный тип ингибирования
- •Субстратное ингибирование
- •Методы определения константы ингибирования. Метод Диксона
- •Лекция 2.4 Ферменты, не подчиняющиеся кинетике Михаэлиса-Ментен
- •Методы определения коэффициента Хилла
- •Раздел 3.Механизмы ферментативного катализа
- •Сущность явления катализа
- •Стадии образования фермент-субстратного комплекса
- •Природа сил, стабилизирующих различные конформационные состояния ферментсубстратного комплекса
- •Электростатические взаимодействия
- •Водородные связи
- •Вандерваальсовы взаимодействия
- •Гидрофобные взаимодействия
- •Факторы, определяющие эффективность и специфичность ферментативного катализа
- •Физико-химические механизмы ферментативного катализа
- •Лекция 3.2
- •Механизм действия гидролаз на примере карбоксипептидазы а
- •Связывание субстрата карбоксипептидазой а
- •Работы Липскомба с сотрудниками по установлению молекулярного механизма действия кпа
- •Методы для изучения механизма действия ферментов
- •Лекция 3.3 Специфичность – уникальное свойство ферментов
- •Относительная или групповая специфичность действия
- •Абсолютная специфичность действия
- •Стереоспецифичность ферментов
- •Концепция стерического соответствия «ключ-замок»
- •Концепция индуцированного соответствия
- •Раздел 4. Контроль активности ферментов лекция 4.1. Ферменты в клетке и организованных системах
- •Распределение ферментов в клетке
- •Ферменты, присутствующие в ядре
- •Ферменты митохондрий
- •Лизосомальные ферменты
- •Ферменты эндоплазматического ретикулума
- •Ферменты, локализованные в цитозоле
- •Мембранные ферменты
- •Уровни структурной организации ферментов в клетке
- •Мультиферментные комплексы
- •Пируватдегидрогеназный комплекс
- •Мультиферментные конъюгаты
- •Метаболоны
- •Лекция 4.2 Изостерические и аллостерические механизмы регуляции активности ферментов
- •Изостерическая регуляция
- •Изоферменты
- •Лекция 4.3 ковалентная модификация ферментов и ее типы
- •Лекция 4.4
- •Регуляция количества ферментов в клетке
- •Контроль количества ферментов в клетке – процесс, зависящий от соотношения скоростей их биосинтеза и деградации.
- •Время полужизни различных ферментов
- •Фермент
- •Аминокислоты
- •Биосинтез ферментов и его регуляция на генетическом уровне. Конститутивные и индуцибельные (адаптивные) ферменты. Репрессия и индукция биосинтеза ферментов
- •Убиквитин-протеосомный путь деградации белков у эукариот. Убиквитин – белок, маркирующий белки для деградации. Строение 26s протеосомы
- •Раздел 5. Прикладное значение ферментов лекция 5.1. Генетическая инженерия ферментов
- •Использование рекомбинантных ферментов
- •Лекция 5.2 Ферменты в медицине (часть I)
- •Энзимодиагностика Органная специфичность в распределении ферментов
- •Ферменты сыворотки крови
- •Факторы, влияющие на уровень ферментов во внеклеточной жидкости
- •Диагностическое значение снижения ферментативной активности
- •Неспецифическое повышение ферментативной активности
- •Применение ферментов в качестве аналитических реагентов
- •Лактатдегидрогеназа
- •Лекция 5.3 Ферменты в медицине (часть II) Энзимопатии
- •Врождённые (наследственные) энзимопатии
- •Механизм возникновения наследственных энзимопатий
- •Блок обмена веществ
- •Примеры наследственных энзимопатий
- •Приобретённые энзимопатии
- •Энзимотерапия Использование ферментов в качестве лекарственных препаратов
- •Использование ингибиторов ферментов в качестве лекарственных препаратов
- •Библиографический список
Прямой и непрямой оптический тест Варбурга. Расчет ферментативной активности при определении по конечной точке и при кинетическом определении
В биохимии фотометрические измерения в большинстве случаев проводятся непосредственно при протекании биохимических реакций, в процессе которых потребляются субстраты, повышается концентрация продуктов реакций или меняются кофакторы реакций. Одним из самых распространенным оптических тестов является тест Варбурга, основанный на том, что один из продуктов дегидрогеназной реакции – восстановленная форма никотинамидадениндинуклеотид или его фосфат (NADH или NADPH) – имеет максимум поглощения при длине волны 340 нм, а их окисленные формы при этой длине волны практически не поглощают (рис. 1.1.1).
Рис. 1.1.1. Спектры поглощении NAD+ (1) и NADН (2). Восстановление NAD+ до NADН прослеживается при 340 нм – максимуме поглощения NADН, при котором NAD+ не поглощает
Тест может быть использован для определения скоростей тех реакций, в которых не участвуют NAD+ или NADP+, но образующиеся продукты посредством других ферментативных реакций приводят к окислению NADH или восстановлению NAD+ (непрямой оптический тест Варбурга). При кинетическом определении вычисляют изменение поглощения за 1 мин и рассчитывают активность по формуле:
,
где
А –
активность
фермента, измеряемая в международных
единицах (МЕ или Ед или U).
Каталитическая активность фермента
выражается
числом единиц, рассчитанных для 1 литра
биологической жидкости (Ед/л).
V – объем реакционной смеси, мл;
1000 – коэффициент перерасчета миллимоль в микромоль;
l – длина оптического пути (1 см)
– миллимолярный показатель поглощения NADH в реакции 6,22 л/(ммоль см);
– объем пробы (сыворотки крови или другого материала), мл;
D/t – изменение оптической плотности за 1 мин.
Реакция, сопровождающаяся изменением фотометрического сигнала, развивается за некоторый период времени и достигает определенного конечного состояния, так называемой конечной точки. Изменение сигнала, как функция времени, представлено на рис. 1.1.2.
Рис. 1.1.2. Измерение по конечной точке. Стрелками показаны моменты внесения буфера, реактива и биологической пробы
При измерении по конечной точке уровень сигнала соответствует количеству продуктов реакции в инкубационной среде после фиксированного времени инкубации. Поглощение измеряется после окончания реакции при стабильном значении сигнала.
Существует несколько схем измерения по конечной точке.
При работе на 2-х лучевом фотометре измерение ведется в режиме сравнения растворов в двух кюветах. В каждую кюветы вносится одинаковое количество реактива, затем в 1 кювету вносится с биопроба с известной концентрацией и получают стандартный раствор с известной концентрацией исследуемого вещества, а в другую кювету помещают количество воды или физиологического раствора, равное количеству биопробы, и получают таким образом опорный раствор (бланк).
Двухлучевая схема фотометрирования предусматривает автоматическое вычитание бланка, при этом фотоэлектрический сигнал бланка (оптическая плотность) принимается за нулевой отсчет оптической плотности, относительно которой и проводится 1-точечное измерение. Пример изменения сигнала при построении калибровочной кривой при измерении по конечной точке представлен на рис. 1.1.3. Измерение проводится по методу 1-точечного измерения (1 -point assay).
Рис. 1.1.3. 1-Точечное измерение. Сигнал развивается как функция времени для 6 стандартов. Исходная точка – нуль. Концентрация каждого стандарта измеряется 1 раз по конечной точке (по достижении стационарного уровня)
Кинетическое измерение подразумевает определение меняющейся в ходе реакции оптической плотности. Наиболее широко кинетическое измерение используется для определения активности ферментов, хотя в последнее время разработано достаточно много методов определения концентрации субстратов в период кинетического протекания реакций. Кинетическое измерение требует, наряду с соответствующим фотометрическим оборудованием, также точного поддержания температуры в измерительной кювете и правильного отсчета временных интервалов. Так, общепринятым считается поддержание температуры в измерительной ячейке в пределах ± 0,2° С. Эти условия являются обязательными для кинетических методов и доступны только при использовании современных фотометров и биохимических анализаторов. Что касается абсолютного значения температуры, то для определения активности ферментов используются 25°С, 30°С и 37°С. Температура 25°С является стандартной в физической химии, поэтому эта температура была предложена Комиссией по ферментам международного Союза по ферментам в 1961 г. В 1964 г. было предложено использовать 30°С, что связано с климатическими особенностями ряда стран и мнением о наибольшей стабильности результатов по определению активности ферментов при этой температуре. Однако в настоящее время большинство измерений в биохимических анализаторах проводится при 37°С.
Протекание
кинетических реакций неоднозначное.
На рис. 1.1.4 представлены типичные варианты
протекания кинетических реакций.
Существует несколько схем кинетического
измерения.
Рис. 1.1.4. Скорость ферментативной реакции как функция времени. А – скорость постоянна в течение всего периода измерения, в любой период можно по скорости реакции оценивать активность фермента; Б – скорость реакции постоянно снижается, рекомендуется активность фермента оценивать по начальной скорости; В – линейный участок, в течение которого рекомендуется определять активность фермента, устанавливается в середине периода инкубации
В случае постоянной скорости кинетической реакции (рис. 1.1.4, А) измерение можно проводить на любом отрезке линейной кривой, приводя измерение поглощения к I минуте. Расчет ведут по формуле:
Достоинством данного способа является простота, возможность измерения без использования стандарта, а также независимость в пределах линейного диапазона плотностей от влияний системных интерферирующих факторов. Кинетический способ измерения допустим при использовании вымытых пластиковых кювет, которые предназначены для разового использования в биохимических анализаторах, так как оптическая плотность меняется на определенное значение в любой промежуток времени и не зависит от величины оптической плотности холостой пробы. Однако необходимо убедиться, что измерение проводится в линейном диапазоне протекания кинетической реакции.
Двухточечное измерение потенциально включает возможность нескольких методических ошибок. Если реакция начинается с очень высокой скоростью, то она может замедлиться или вообще прекратиться из-за потребления всего количества субстрата. Выявить такую погрешность при 2-х точечном измерении не представляется возможным. На ошибку указывает несоответствие результатов биохимического исследования клиническим данным. Реакция вообще может иметь нелинейный характер.
Реакция может задержаться на старте (Lag фаза в мультиферментных тестах, рис. 1.1.4, В). Наличие Lag фазы, как правило, объясняют выравниванием температуры и задержкой для равномерного перемешивания пробы с реактивом, однако основное значение имеет, по-видимому, задержка для образования комплекса субстрата [S] с ферментом [Е], поэтому Lag фаза может продолжаться до нескольких минут. При кинетических исследованиях существенное значение имеет порядок внесения реактивов. Считается правильным для лучшего перемешивания реактив большего объема добавлять к меньшему объему, в измерительную кювету сначала вносится биопроба (меньший объем), а затем рабочий реактив (больший объем), то есть, стартуют реактивом.
В биохимии для измерений, в которых регистрируется более 2 точек, принят термин “кинетическое” измерение, хотя 2-х точечное измерение также кинетическое. Непрерывное (многоточечное) измерение оптической плотности в ходе реакции позволяет оценивать характер кинетики и выбирать для расчетов линейный участок кривой. Многократное измерение прироста концентрации продукта реакции (снижения субстрата, либо изменения состояния кофермента) считается наиболее точным методом определения активности ферментов. Изменение оптического поглощения в этом случае должно быть одинаковым за равные промежутки времени (допуск отклонений от линейности не должен превышать 10 %).