Биоорганическая химия. Учебное пособие

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

тРНК обладает рядом особенностей: 5' концом ее всегда яв ляется гуаниловая или цитидиловая кислота с остатком фосфорной кислоты, на 3' конце последовательность остатков мононуклеотидов всегда постоянна — ЦЦА. На долю минорных нуклеотидов в струк туре тРНК приходится 10%.

мРНК переносит генетическую информацию от ДНК на белок синтезирующий аппарат клетки и определяет первичную структуру синтезируемого белка. На 5' конце мРНК содержит определен ную нуклеотидную последовательность, называемую шапочкой (кэпом), на 3' конце — полиадениловая последовательность (по ли А).

Первичная структура ДНК аналогична таковой у РНК, одна ко в силу большой молекулярной массы молекул ДНК определе ние последовательности нуклеотидов затруднено. В настоящее вре мя продолжается работа по расшифровке первичной структуры генома человека.

Вторичная структура нуклеиновых кислот — первый уровень компактизации нуклеотидной цепи.

Установлено, что две цепи молекулы ДНК образуют право вращающуюся спираль, в которой обе цепи вращаются вокруг од ной и той же оси. Азотистые основания в такой структуре нахо дятся внутри, а фосфорные и углеводные компоненты — снаружи (модель Уотсона Крика).

Азотистые основания в двухспиральной молекуле ДНК уло жены парами: пуриновому основанию из одной цепи соответст вует пиримидиновое из другой — аденину соответствует тимин, а гуанину — цитозин. Такое избирательное взаимодействие назы вается комплементарным, а соответствующие азотистые основа ния — комплементарными. Стабильность пары А — Т обеспечи вается двумя водородными связями, а пары Г — Ц — тремя. Длина связей между основаниями около — 0,3 нм.

81

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

Полинуклеотидные цепи в молекуле ДНК имеют противопо ложную полярность — одна цепь идет в направлении 3'–5', а дру гая — в направлении 5'—3'. Шаг спирали молекулы ДНК равен 3,4 нм, диаметр двухспиральной молекулы составляет 1,8 нм.

В зависимости от количественного содержания воды и ионной силы окружающей среды конфигурация двойной спирали ДНК может меняться. Доказано существование 6 форм ДНК, назван ных A, B, C, D, E и Z формами. У A формы отмечается смещение

82

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

пар оснований от центра к периферии, шаг спирали у этой формы меньше (2,8 нм), а диаметр спирали и количество нуклеотидов на витке больше, чем у B формы, считающейся классической формой молекулы ДНК. В структуре A и B форм параллельно фосфодиэ фирному остову идут малая и большая бороздки — места присоеди нения белков. Z форма имеет левозакрученную конфигурацию, фосфодиэфирный остов расположен зигзагообразно вдоль оси молекулы.

Вторичная структура матричных и рибосомных РНК изучена незначительно. Предполагается, что вторичная структура тРНК представляет собой образование наподобие клеверного листа. Ук ладка РНК во вторичную структуру всегда идет в соответствии с программой ДНК.

Третичная структура нуклеиновых кислот — второй уровень компактизации нуклеиновых кислот. Двойная спираль ДНК на некоторых участках может подвергаться суперспирализации с об разованием суперспирали или кольцевой формы. Образование супервитков катализируется специфическими ферментами — топо изомеразами. Суперспирали соединяются с белками гистонами, рас полагающимися в бороздках, этим обеспечивается стабильность третичной структуры ДНК.

Существует третичная структура тРНК, которая имеет боль шую компактность по сравнению с вторичной структурой. Сущест вуют природные двухцепочечные РНК, обладающие сходной

сДНК структурой (у реовирусов).

Встабилизации третичной структуры нуклеиновых кислот большое значение имеют вандерваальсовы силы.

3. Определение хромопротеинов. ГемоJ и флавопротеины. ХроJ мопротеины — сложные белки, состоящие из простого белка и ок рашенного небелкового компонента. Среди них выделяют гемо протеины, магнийпорфирины и флавопротеины. Хромопротеины участвуют в фотосинтезе, клеточном дыхании, окислительновос

83

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

становительных реакциях, обеспечивают перенос кислорода и угле кислого газа, свето и цветовосприятие и др.

Гемопротеины — это хромопротеины, содержащие в качестве простетической группы железо. К ним относятся гемоглобин и его производные, миоглобин, ферменты (система цитохромов, ката лаза и пероксидаза) и хлорофиллсодержащие белки.

Гемоглобин — сложный белок, содержащий в качестве белково го компонента глобин, а в качестве простетической группы — гем. Гем одинаков у всех видов гемоглобина, его основу составляет порфириновое кольцо:

Протопорфирин IX

84

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

Железо связано с двумя атомами азота молекулы протопор фирина ковалентно и с 2 — координационными связями.

Гем в виде гем порфирина является простетической группой гемоглобина и его производных, миоглобина, каталазы, перокси дазы и цитохромов b, c и c1. В цитохромах a и a3 гем содержится в ви де формилпорфирина.

На каждые 4 молекулы гема приходится 1 полипептидная цепь.

Вмолекуле гемоглобина взрослого человека HbA (от англ. adult —

«взрослый») содержится 4 полипептидных цепи, состав ляющих белковую часть молекулы — глобин — 2 α цепи по 141 аминоки слотному остатку и 2 β цепи по 146 аминокислотных остатков.

Вкрови взрослого человека также содержится HbA2, состоящий

85

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

из 2 α цепей и 2 δ цепей, а в крови новорожденного — HbF (80%), состоящий из 2 α цепей и 2 γ цепей.

Существует ряд аномальных гемоглобинов, возникающих вследствие мутаций генов: HbC, HbDα, HbDβ, HbE, HbG, HbGpH, HbI, HbM, HbO и HbS.

Болезни гемоглобинов — гемоглобинозы — подразделяются на гемоглобинопатии (в основе лежит наследственное нарушение структуры цепи гемоглобина) и талассемии (обусловлены наслед ственным нарушением синтеза цепи гемоглобина). Классический пример наследственной гемоглобинопатии — серповидно кле точная анемия, при которой HbS деформирует эритроциты, при нимающие форму серпа, и приводит к массивному гемолизу.

В результате соединения молекулярного кислорода с гемо глобином образуется оксигемоглобин. Кислород присоединяется к гему при помощи координационной связи железа. Присоедине ние 1 молекулы кислорода к гему облегчает присоединение по следующей. Гемоглобин также легко связывается с угарным газом с образованием карбоксигемоглобина и с оксидами азота с обра зованием метгемоглобина, содержащего Fe3+. Накопление этих видов гемоглобина в крови приводит к снижению снабжения тка ней кровью.

Метод качественного определения производных гемоглобина — исследование их спектров поглощения.

Трансферрины (сидерофилины) — сложные белки, характери зующиеся способностью специфично, прочно и необратимо свя зывать ионы Fe3+ и других переходных металлов. Трансферрин сыворотки крови транспортирует ионы железа в ретикулоциты, где происходит синтез гемоглобина.

Флавопротеины — сложные белки, простетические группы которых представлены изоаллоксазиновыми производными — фла винмононуклеотидом (ФМН) и флавинадениндинуклеотодом (ФАД). Флавопротеины входят в состав ферментов, катализирую щих окислительно восстановительные реакции в клетке (оксидо редуктаз). К ним относятся ксантиноксидазы, альдегидоксидазы, сукцинатдегидрогеназы, дигидрооротатдегидрогеназы, ацил КоА дегидрогеназы и транспортирующий электроны флавопро теин.

86

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

4. Нуклеопротеины и липопротеины. Нуклеопротеины — сложные белки, содержащие в качестве простетической группы нуклеиновые кислоты. В природе существует два типа нуклеопротеинов — рибо нуклеопротеины (РНП) и дезоксирибонуклеопротеины (ДНП). Наз вания их отражают природу углевода, входящего в состав нуклеино вых кислот, — у РНП это рибоза, у ДНП — лезоксирибоза. Преимущественная локализация ДНП — в ядре клетки, РНП — в цитоплазме.

ДНК входит в состав мононуклеосом — составных частей хро мосомы. ДНК и белковые молекулы образуют филаменты (нити), толщина которых определяется белками, а длина — молекулярной массой ДНК. Всего в хромосомах содержатся ДНК, 5 классов бел ков гистонов и негистоновые белки. Количество ДНК в ядре состав ляет до 6 °10–12 г на 1 клетку.

Гистоны нуклеопротеинов представлены следующими клас сами:

1)H1 — богатые лизином;

2)H2A — богатые аргинином и лизином;

3)H2B — умеренно богатые аргинином и лизином;

4)H3 — богатые аргинином;

5)H4 — богатые аргинином и глицином.

Негистоновые белки — кислые белки, в их состав входят слож ные белки, ферменты и регуляторные белки.

Количество нуклеиновой кислоты в нуклеопротеинах колеб лется в пределах 40–65% у про и эукариот и не превышает 2–5% от общей массы нуклеопротеинов у вирусов.

Важной особенностью нулеопротеинов является их способ ность к полному восстановлению структуры и функции после разъединения белка и нуклеиновой кислоты.

Липопротеины — сложные белки, простетическая группа ко торых представлена каким либо липидом (нейтральными жира ми, жирными кислотами, фосфолипидами или холестеридами).

Липопротеины входят в состав клеточной мембраны, био мембран ядра и митохондрий, микросом, присутствуют в свобод ном состоянии в плазме крови. Липопротеины участвуют в орга низации миелиновых оболочек, нервной ткани, хлоропластов, фоторецепторной и электронно транспортой систем и др.

87

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

Липопротеины синтезируются в печени и в слизистой обо лочке кишечника. Они состоят из гидрофобного липидного ядра, покрытого гидрофильными липидами, и белковой оболочки, состоящей из апобелков (апо AI, AII, B, CI, CII, CIII, D и E). Мо гут содержать до 5% белков (таких как глюкоза, галактоза, гексо замины, фукоза, сиаловая кислота).

В зависимости от плотности при ультрацентрифугировании различают липопротеины очень низкой плотности (ЛПОНП), низ кой плотности (ЛПНП), высокой плотности (ЛПВП) и очень вы сокой плотности (ЛПОВП). При электрофорезе выделяется так же фракция хиломикронов.

Белковый компонент связывается с липидами посредством нековалентных сил различной природы. Если простетической груп пой являются фосфолипиды, то они связываются с белком ион ной связью:

5. Фосфопротеины и гликопротеины. Фосфопротеины — слож ные белки, содержащие в качестве простетической группы оста ток фосфорной кислоты. К ним относятся казеиноген молока, вителлин, втиеллинин и фосвитин желтка куриного яйца, оваль бумин белка куриного яйца, икры рыб и др.

88

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

Фосфорная кислота связывается с белком сложноэфирной связью через OH группы α оксиаминокислот (серина и треонина):

Фосфопротеины содержат органически связанный фосфат, не обходимый для нормальной жизнедеятельности клетки. Они также являются энергетическим и пластическим материалом клетки.

Гликопротеины — сложные белки, содержащие в качестве про стетической группы гетероолигосахариды. Гликоконъюгат — кова лентно связанные углеводный компонент (гликановая фракция) и белковый компонент (агликановая фракция). Гликановая фрак ция состоит из 2–15 мономеров гексоз (галактозы, маннозы или глюкозы) или пентоз (ксилозы, арабинозы) и конечного углевода (N ацетилгалактозамина, L фукозы или сиаловой кислоты). Белки с гликановой фракцией соединены посредством O гликозидных (с OH группами серина, треонина и оксилизина), N гликозидных (с амидными группами аспарагина, глутамина или ω NH2 группами лизина и аргинина) и эфирных гликозидных связей (со свободны ми COOH группами глутаминовой и аспарагиновой кислот). Син тез гликопротеинов происходит в рибосомах эндоплазматической сети, затем идет постсинтетическое гликозилирование, при кото ром олигосахаридная часть, соединенная с липидным переносчи ком долихолфосфатом, переносится на полипептидную цепь.

89

Тема 7. Химический состав и структура нуклеиновых кислот

Гетероолигосахаридный остаток может быть следующим:

NАцНейр – Гал – NАцГлюА – Ман NАцГлюА

Ман – Ман – NАцГлюА – NАцГлюА – Асн – белок

Гал – NАцГлюА – Ман,

где Глю — глюкоза; Гал — галактоза; Ман — манноза;

NАцГлюА — N ацетилглюкозамин; NАцНейр — N ацетилнейраминовая кислота.

Интерфероны — гликопротеины, ингибирующие размноже ние вирусов. Различают α , β , и γ интерфероны, образующиеся в клетке в ответ на внедрение вирусов.

Иммуноглобулины — это гликопротеины, выполняющие за щитную функцию: они обезвреживают антигены любой химиче ской природы. Синтезируются в плазмоцитах. Различают 5 клас сов иммуноглобулинов: IgG, IgM, IgA, IgD и IgE.

90