
- •Содержание
- •Глава 1. Обзор литературы 11
- •Глава 2. Построение модели. 39
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях 79
- •Введение
- •Глава 1. Обзор литературы
- •1.1 Механизмы сокращения клеток сердечной мышцы
- •1.2 Рианодиновый рецептор – основной элемент управления кальциевой динамикой в клетке
- •1.3 Эксперименты по изучению изолированных RyR-каналов
- •1.4 Модели функционированияRyR-каналов
- •Стохастическая динамика и электронно-конформационные взаимодействия в белках
- •1.7 Модели «общего пула»
- •1.8. Теория локального контроля
- •1.9 Моделирование активности клеток водителей сердечного ритма
- •1.9.1 Современные представления об авторитмической активности пейсмейкеров
- •1.9.3 Модель Мальцева-Лакатты
- •Глава 2. Построение модели.
- •2.1 Электронно-конформационная модель RyR-канала
- •2.1.1 Гамильтониан канала
- •2.1.2. Конформационный потенциал
- •2.1.3 Влияние уровняtrans[Ca] на форму конформационного потенциала RyR-канала
- •2.1.4. Структурные изменения канала в электронно-конформационной модели
- •2.1.5 Динамика конформационной координаты
- •2.1.6 Динамика электронной степени свободы
- •2.1.7 Инактивационое состояние RyR-канала
- •2.1.9 Эффекты туннелирования
- •2.1.10 Проницаемость RyR-канала
- •2.2.1 Электронно-конформационная модель решетки RyR-каналов
- •2.2.1.1 Гамильтониан решетки RyR-каналов
- •2.2.2 Схема динамики RyR-каналов в решетке высвобождающей единицы
- •2.2.3 Сопряжение динамики RyR-каналов с динамикой кальция в отделах высвобождающей единицы
- •2.3 Методы численной реализации модели
- •2.3.1 Метод Эйлера-Марайамы
- •2.3.2 Реализация электронных и туннельных переходов. Метод Монте-Карло
- •2.3.3 Численная схема для эк-модели RyR-канала
- •2.4 Описание программного комплекса
- •2.5 Заключение
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях
- •3.1 Анализ временных зависимостей конформационной координатыQ
- •3.2 Медленная конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.1 Параметр эффективного трения г. Конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.2 Влияние коэффициента упругости каналаK на форму конформационного потенциала
- •3.2.3 Зависимость конформационного потенциала от параметра электронно-конформационного взаимодействияа
- •3.3 Стохастическая динамика RyR-канала. Быстрые переходы
- •3.3.1 Кинетические характеристики динамики RyR-канала
- •3.3.2 Зависимость вероятности электронных переходов отcis[Ca]
- •3.4 Активация одиночного канала
- •3.5 Исследование процесса закрытия RyR-канала
- •3.6 Процесс адаптации RyR-каналов к продолжительной стимуляции
- •3.7 Динамика одиночного RyR-канала при установившемся уровне cis[Ca]
- •3.7.1 Зависимость активности RyR-канала от времени
- •3.7.2 Зависимость активности RyR-канала от уровня cis[Ca]
- •3.8 Заключение
- •4.1 Анализ модели высвобождающей единицы
- •4.1.1 Процессы открытия и закрытия каналов в высвобождающих единицах.
- •4.1.2 Анализ кооперативной динамики RyR-каналов в кластере
- •4.2.1 Высвобождающая единица как самоподдерживающийся кальциевый осциллятор
- •4.2.3 Влияние взаимодействия междуRyR-каналами на стабильность осцилляций системы
- •4.2.3 Эффект случайной остановки автоколебаний
- •4.2.3.1 Форма и устойчивость кластеров открытых каналов
- •4.2.3.2 Характерное время перехода в стационарное состояние
- •4.3 Заключение
- •Заключение
- •Список литературы
- •Основные публикации по теме диссертации
4.2.3.1 Форма и устойчивость кластеров открытых каналов
Параметр
определяет скорость высвобождения Са2+
через одиночный канал, являясь
характеристикой только самого канала,
эта величина не зависит от параметров
Са2+
высвобождающей системы. В связи этим
было выдвинуто предположение, что именно
этот параметр может влиять на форму
кластеров открытых каналов в момент
остановки осцилляций. В численных
реализациях параметр
варьировался в интервале от 1 до 15 с-1;
параметры динамики Са2+
в системе:
=0.0012
М·с-1,
= 6·10-7
М,
= 25·103
с-1,
= 50 с-1,
=10
с-1.
Данные значения выбраны в связи с
анализом результатов раздела 3.3.3.
На основе численных реализаций построен график зависимости числа открытых каналов в устойчивом кластере от скорости высвобождения через одиночный канал (рис. 4.19).
Численные
эксперименты показали, что размер
кластера открытых каналов уменьшается
с ростом параметра
,
тем самым обеспечивается постоянство
значения потока ионов Са2+
в диадное пространство, которое прямо
пропорционально произведению
(2.24).
Наблюдения за
виртуальными Са2+-«часами»
показали, что самыми устойчивыми являются
кластеры квадратной (2х2, 3х3, 5х5 и т.д.) и
прямоугольной формы (2х3, 2х4), особенно,
если они возникают на краю решетки. Для
одного и того же значения
существует вероятность появления
кластеров различной формы. Например,
при
=7.5
с-1,
в различных экспериментах возможно
появление одного кластера формы 2х4,
двух кластеров размером 2х2 и кластера
непрямоугольной формы, состоящего из
8 открытых RyR-каналов (рис. 4.19б).
На рисунке 4.20
приведены результаты исследования
формы кластеров открытых каналов в двух
модельных экспериментах при
=6
с-1.
При данном значении
стабильное высвобождение происходило
при десяти открытых каналах.
В первом случае (рис. 4.20а) сформировался единый непрямоугольный кластер открытых каналов, состоящий из десяти каналов, а во втором случае – два кластера 2х2 и 2х3 (рис. 4.20б).
При анализе
полученных результатов был сделан
важный вывод – кластеры непрямоугольной
формы не являются в полной мере
устойчивыми, их размеры колеблются в
небольшом диапазоне около среднего
значения
.
Зависимости
и
также флуктуируют около среднего
значения (рис. 4.20а). Возникновение
кластеров прямоугольной формы (например,
2х2 и 2х3) приводит к устойчивому
высвобождению Са2+
из СР (рис. 4.20б).
На основании вышеизложенного следует вывод, что форма устойчивых кластеров, зависит от скорости высвобождения Са2+ через одиночный канал, к тому же при одинаковых значениях параметров системы могут образовываться кластеры различной формы и различной степени стабильности.
4.2.3.2 Характерное время перехода в стационарное состояние
Как уже отмечалось ранее, обязательным условием для проявления эффекта случайной остановки осциллятора, обнаруженного в данной работе, является достаточно сильное взаимодействие между RyR-каналами в кластере высвобождающей единицы. В связи с этим необходимо было более подробно исследовать влияние параметра взаимодействия между каналами на процесс формирования устойчивых кластеров, ведущего к переходу в стационарный режим.
Как видно из
графиков зависимостей
при различных значенияхk,
представленных на рис. 4.21, процессу
перехода в стационарное состояние
предшествовал переход в состояние
колебаний с малой амплитудой вблизи
определенного среднего значения Nopen
(моменты времени, при которых происходят
переходы «часов» в стационарное
состояние, обозначены на рисунке
стрелками).
Было замечено, что
при увеличении параметра k
сокращается время пребывания системы
в состоянии устойчивых колебаний. Тот
факт, что появление устойчивого кластера
открытых RyR-каналов осуществляется
быстрее при повышенном значении k
доказывают
и формы гистограмм распределений по
временам переходов в стационарный режим
(,
от англ.stationary
dynamics
– стационарная динамика).
Данные гистограммы, построенные по результатам двадцати экспериментов, проведенных при каждом значении k, позволяют сделать вывод, что при увеличении k максимум распределения сдвигается влево, то есть среднее время функционирования осцилляционной системы перед переходом в стационарное состояние уменьшается. Другими словами, чем сильнее взаимодействие, тем быстрее система переходит в стационарный режим.
4.2.3.3 Влияние стимула на Са2+-«часы», находящихся в стационарном режиме
При исследовании
эффекта случайной остановки также
рассмотрено влияние внешнего стимула
со стороны L-каналов
на поведение системы. Данный стимул
моделировался кратковременным повышением
уровня
в определенные моменты времени.
В численных экспериментах на данном этапе стимул включался только в тот момент, когда система уже перешла в стационарный режим. На рисунке 4.22 представлены зависимости Nopen(t) в случае стимуляции в момент t=2 с после перехода Са2+-«часов» в стационарное состояние (моменты переходов отмечены стрелками), а также показаны формы устойчивых кластеров открытых каналов.
На основе вышеприведенных результатов сделан важный вывод: кратковременная стимуляция выводит Са2+-«часы» из стационарного режима в авторитмический, однако, через некоторое время (0.6÷1.7 c) система вновь спонтанно возвращается в стационарный режим. Из данных наблюдений следует, что именно самосогласованное взаимодействие внутренних и мембранных Са2+-«часов» способствует проявлению стабильной автоволновой динамики всей клетки в целом.
Впервые вышеописанные спонтанные переходы автоколебательной кальциевой системы в стационарный режим были выявлены только в рамках математической модели, представленной в данной диссертационной работе. Обнаруженный эффект показывает способность перехода высвобождающей единицы в отсутствие внешнего стимула в гибернированное (спящее) состояние, позволяющее системе адаптироваться к внешним условиям.
Стоит отметить, что в реальных сердечных клетках существует несколько сотен высвобождающих единиц. Случайный переход некоторых из них в гибернированное состояние не может нарушить автоколебательной активности клетки в целом. Однако при большом количестве «остановившихся» высвобождающих единиц есть вероятность перехода всего кардиомиоцита в гибернированное состояние, что влечет за собой нарушения в ритмической активности сердца.