- •Содержание
- •Глава 1. Обзор литературы 11
- •Глава 2. Построение модели. 39
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях 79
- •Введение
- •Глава 1. Обзор литературы
- •1.1 Механизмы сокращения клеток сердечной мышцы
- •1.2 Рианодиновый рецептор – основной элемент управления кальциевой динамикой в клетке
- •1.3 Эксперименты по изучению изолированных RyR-каналов
- •1.4 Модели функционированияRyR-каналов
- •Стохастическая динамика и электронно-конформационные взаимодействия в белках
- •1.7 Модели «общего пула»
- •1.8. Теория локального контроля
- •1.9 Моделирование активности клеток водителей сердечного ритма
- •1.9.1 Современные представления об авторитмической активности пейсмейкеров
- •1.9.3 Модель Мальцева-Лакатты
- •Глава 2. Построение модели.
- •2.1 Электронно-конформационная модель RyR-канала
- •2.1.1 Гамильтониан канала
- •2.1.2. Конформационный потенциал
- •2.1.3 Влияние уровняtrans[Ca] на форму конформационного потенциала RyR-канала
- •2.1.4. Структурные изменения канала в электронно-конформационной модели
- •2.1.5 Динамика конформационной координаты
- •2.1.6 Динамика электронной степени свободы
- •2.1.7 Инактивационое состояние RyR-канала
- •2.1.9 Эффекты туннелирования
- •2.1.10 Проницаемость RyR-канала
- •2.2.1 Электронно-конформационная модель решетки RyR-каналов
- •2.2.1.1 Гамильтониан решетки RyR-каналов
- •2.2.2 Схема динамики RyR-каналов в решетке высвобождающей единицы
- •2.2.3 Сопряжение динамики RyR-каналов с динамикой кальция в отделах высвобождающей единицы
- •2.3 Методы численной реализации модели
- •2.3.1 Метод Эйлера-Марайамы
- •2.3.2 Реализация электронных и туннельных переходов. Метод Монте-Карло
- •2.3.3 Численная схема для эк-модели RyR-канала
- •2.4 Описание программного комплекса
- •2.5 Заключение
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях
- •3.1 Анализ временных зависимостей конформационной координатыQ
- •3.2 Медленная конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.1 Параметр эффективного трения г. Конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.2 Влияние коэффициента упругости каналаK на форму конформационного потенциала
- •3.2.3 Зависимость конформационного потенциала от параметра электронно-конформационного взаимодействияа
- •3.3 Стохастическая динамика RyR-канала. Быстрые переходы
- •3.3.1 Кинетические характеристики динамики RyR-канала
- •3.3.2 Зависимость вероятности электронных переходов отcis[Ca]
- •3.4 Активация одиночного канала
- •3.5 Исследование процесса закрытия RyR-канала
- •3.6 Процесс адаптации RyR-каналов к продолжительной стимуляции
- •3.7 Динамика одиночного RyR-канала при установившемся уровне cis[Ca]
- •3.7.1 Зависимость активности RyR-канала от времени
- •3.7.2 Зависимость активности RyR-канала от уровня cis[Ca]
- •3.8 Заключение
- •4.1 Анализ модели высвобождающей единицы
- •4.1.1 Процессы открытия и закрытия каналов в высвобождающих единицах.
- •4.1.2 Анализ кооперативной динамики RyR-каналов в кластере
- •4.2.1 Высвобождающая единица как самоподдерживающийся кальциевый осциллятор
- •4.2.3 Влияние взаимодействия междуRyR-каналами на стабильность осцилляций системы
- •4.2.3 Эффект случайной остановки автоколебаний
- •4.2.3.1 Форма и устойчивость кластеров открытых каналов
- •4.2.3.2 Характерное время перехода в стационарное состояние
- •4.3 Заключение
- •Заключение
- •Список литературы
- •Основные публикации по теме диссертации
3.5 Исследование процесса закрытия RyR-канала
На следующем этапе проведены численные эксперименты с целью изучения процесса закрытия RyR-канала вследствие резкого понижения уровня cis[Ca].
Согласно формуле
(2.10), при малом значении cis[Ca] вероятность
присоединения ионов Са2+
к активационному центра RyR-канала
становится малой по сравнению с
вероятностями процессов закрытия
RyR-каналов, связанных с отсоединением
ионов от активационного центра (с
интенсивностью
)
и туннелированием в закрытое состояние
(с интенсивностью
).
В начале численного эксперимента все каналы в статистическом ансамбле находятся в открытом состоянии A*I (О). В момент времени t=0 уровень cis[Ca] уменьшается ступенчатым образом от 1 мкМ до нулевого значения (cis[Ca] =0) .
В результате
проведения экспериментов получены
графики зависимостей вероятности
пребывания в открытом состоянии
при различных значениях интенсивностей
вероятности отсоединения ионов от
активационного центра
(рис. 3.19). В данной серии экспериментов
параметр
варьировался с целью исследования
влияния вероятности отсоединения ионов
Са2+
от активационного центра на процесс
закрытия RyR-канала.

Видно, что зависимость
носит экспоненциальный характер, причем
по мере возрастания
увеличивается скорость спадания
.
Из графика этой зависимости можно
определить постоянную времени закрытия
,
ей соответствует момент времениt,
при котором Popen
уменьшается
в е
раз и достигает уровня
0.368
(пунктирная линия на рисунке).
На рисунке 3.21
изображена зависимость среднего времени
закрытия канала
от интенсивности закрытий канала
.

Как видно из
рисунка, величина
падает с увеличением
,
при этом, с учетом процесса туннелирования
в эксперименте канал закрывается
быстрее.
Этот эксперимент проводился на малых интервалах времени (t = 15 мс). Пренебрегая процессами переходов в инактивационное состояние, процесс закрытия канала можно описать с помощью простейшей марковской схемы:
, (3.18)
где
C
– закрытое состояние, O
– открытое
состояние.
Рассмотрим случай
при
=0.
Вероятности пребывания канала в
состоянияхО
и С
описываются системой дифференциальных
уравнений Колмогорова:
(3.19)
где
и
– вероятности пребывания канала в
состоянияхО
и С,
соответственно.
В начальный момент
времени все каналы находятся в открытом
состоянии, поэтому начальные условия
для уравнений (3.19) следующие:
,
.
С учетом этих начальных условий решение системы (3.19) выглядит как:
. (3.20)
На рисунке 3.22
представлены графики зависимости
при
=0.2
мс-1
(
мс,
=0.2
мс-1),
полученные по результатам численных
экспериментов, а также кривая,
соответствующая аналитическому решению
уравнений Колмогорова (3.20).

Как видно из графика, результаты численных экспериментов хорошо согласуются с простейшим марковским приближением.
Экспериментальные данные по изучению закрытия RyR-каналов указывают, что среднее время закрытия имеет порядок 5 мс [119], что также хорошо согласуется с данными численных экспериментов, представленных на рисунке 3.22.
Согласно
экспериментальным данным отношение
постоянной времени закрытия канала к
постоянной времени открытия
~5,
в связи с этим в терминах ЭК-модели можно
сделать вывод, что вероятность электронных
переходов, связанных с присоединением
Са2+
к активационному центру выше вероятности
переходов, связанных с отсоединением
Са2+
от активационного центра (
).
