Выдача структурных данных в стандартном формате
Структурные данные должны быть приведены к формату, утвержденному Международным союзом кристаллографов. Фактически вся необходимая информация должна быть помещена в crystallographic information file (CIF).
Там должны содержаться данные о размерах и форме кристалла, координатах атомов, параметрах анизотропных смещений, подробности о сборе массива данных, решении структуры и ее уточнении.
Далее cif файл может быть обменян, продан, использован для написания статей или депонирован в Кристаллографические базы данных – Кембриджскую (органика и элементоорганика), Боннскую (неорганика) или Брукхэвеновскую (биомолекулы – белки, РНК и д.р.)
Кембриджская база (CSD) – более 500 тыс. структур Боннская база (ICSD) – более 135 тыс. структур
Бесплатная альтернатива этим базам Crystallography open database – более 139 тысяч органических, неорганических и элементоорганических соединений
Брукхэвеновская база (PDB, бесплатная) – более 57 тысяч структур
Специальные вопросы рентгеноструктурного анализа
•Те вещи о которых химики имеют самые превратные представления. Кратко их перечислим:
•1. R-фактор 5%, это много или мало?
•2. Рентген не выявляет водороды?
•3. Хиральность, нецентросимметричность кристалла и конфигурация молекул
•4. Разупорядоченность – это сильное тепловое движение?
•5. Исследование электронной плотности, для чего?
R-фактор 5%, это много или мало?
Или как узнать насколько хорошо уточнена структура
Основные критерии “качества” следующие (индексы obs и calc соответствуют “наблюдаемым” структурным факторам и рассчитанным из модели): Вычисляется только по
отражениям для которых I > 2σ(I), σ - ошибка в определении интенсивности отражения, или, в просторечии, фон.
Вычисляется по всем наблюдаемым отражениям
В случаях “хороших структур”, wR2≤ 2÷2.5R1
Если wR2 R1то в массиве есть только отражения с I > 2σ(I) Если wR2 ≥ 3R1, то возможно три случая:
1.уточнение еще не закончено,
2.cлишком мало отражений с I > 2σ(I) , “слабый кристалл”,
3.cлишком много отражений с I > 2σ(I) принудительно исключено из расчета R1
Как правило в журналы берут структуры с R1< 0.1 (или 10%)
Другие критерии:
Добротность уточнения или точность подгонки (goodness-of-fit, GOF, GOOF)
w – весовой множитель (коэффициент),
m– количество отражений,
n– число уточняемых параметров (каждая координата атома x,y,z и каждый параметр анизотропного смещения является уточняемым параметром).
Видеальном случае GOF = 1. Если GOF сильно меньше 1, то число уточняемых параметров слишком велико, а рефлексов слишком мало. Желательно чтобы n ≥ 7m.
Если GOF заметно больше 1, то либо уточнение не закончено, либо модель неудачная (ошибка в Fhklcalc).
Важный критерий – максимальный остаточный пик на Фурье-карте, после проведения уточнения, для органики он не должен превышать 1е (т.е. количество электронов у атома водорода), для неорганики возможны большие остаточные пики, но не больше 5e.