Заходами боротьби крім агрохімічних є протруювання та інкрустація насіння для чорної ніжки.

Для сірої гнилі (фомозу) - сівозміна, oбприскування препаратом ропіланом -1-1,5 кг/га. Проти білої гнилі - протравлювання насіння, обприскування посівів ропіланом -1,0-1,5 кг/га, фолікуром - 1 кг/га. Проти альтернаріозу - протруювання насіння, інкрустація насіння, обприскування фолікуром .

Хвороби та шкідники льону.

Льонова блішка. Поширена всюди, але найбільшої шкоди завдає на Поліссі та Лісостепу України.

Жук зверху темно-зелений, рідше сірий з бронзовим відтінком, знизу чорний, завдовжки 1,5-2 мм, ноги товсті. Личинки молочно-білі, видoвжено-циліндричні, завдовжки - 4-5 мм. Зимують жуки під рослинними рештками, а також у поверхневому шарі ґрунту. З'являється наприкінці квітня, початку травня і живе спочатку на бур'янах, а після сходів льону переміщується на нього. Самки відкладають до 300 яєць у верхній шар грунту, на коріння льону або біля них. Наприкінці червня - початку липня личинки заляльковуються і незабаром з'являються жуки нового покоління, які в серпні перелітають у місце зимівлі. Шкоди завдають жуки і личинки. Жуки на весні пошкоджують сім'ядольні і молоді справж­ні листки, ввигризаючи в них виразки, також підгризають корені, а пізніше - шкірку на стеблах достиглих рослин, що призводить до погіршення якостей волокна. Личинки живляться корінцями.

Льоновий трипс - поширений повсюди. Самка завдовжки до 1 мм, темно-сіра або чорно-бура, передні крила затемнені. Личинки жовті.

Зимують дорослі комахи в ґрунті на глибині 20-40 см, головним чином на полях після льону. Навесні при прогріванні ґрунту до 14 °С вони виходять на поверхню і живляться на квітках різних рослин, а потім перелітають на льон. Самки відкладають до 80 яєць у тканини рослин, бутони, зав'язь. В середині червня з'являться личинки, які розвиваються на рослинах протягом 20-25 днів, а потім вони залазять в грунт, де через 3-4 дні перетворюються в дорослих комах, які залишаються на зимівлю. Дорослі трипси та личинки поширюються в основному в верхівках рослин, внаслідок чого вони розгалужуються, затримуються в розвитку, а іноді зовсім припиняють ріст.

Льонова плодожерка — поширена майже повсюди. Передні крила жовтуваті з широкою коричневою смугою вздовж зовнішнього краю. Задні крила і нижній бік передніх крил — сірі. Гусениця зеленувато-біла, тіло вкрите рідкими білими волосками, завдовжки 7-8 мм. Зимують гусениці в коконах у коробочках льону, що залишаються на полі після збирання, в рослинних рештках або в ґрунті. Заляльковуються наприкінці квітня початку травня. Самки відкладають поодинокі яйця на верхівкові листки та чашолистки. Середня плодючість самки - близько 70 яєць. Гусениці вгризаються в бутони квітки, а пізніше в коробочки, виїдаючи насіння.

У другій половині липня - серпні з'являються метелики другого покоління, гусениці якого залишаються на зимівлю.

Совка - гамма поширена повсюдно. Пошкоджує льон, коноплі, бобові, картоплю, кукурудзу, овочі та інші. Передні крила метелика сіруваті або темно-бурі з сріблястою плямою у вигляді грецької літери "гамма", а задні - сірувато-жовті з буруватою торочкою. Гусениця зеленуватo - жовта. Має 8 не завжди ясних повздовжніх ліній на спині та блідо-жовту смужку по боках. Зимують гусениці, лялечки та метелики під рослинними рештками на межах полів, у лісосмугах. Літ метеликів спостерігається з початку квітня і до осені. Самка відкладає від 1 до 6 яєць, переважно з нижнього боку бур'янів, а також буряків, соняшнику, капусти. Плодючість самки до 500-1500 яєць. Гусениці розвиваються 160-25 днів, заляльковуються влітку, для чого вони обплітають павутинням декілька стебел льону. Протягом вегетації розвивається три покоління шкідників. Гусениця пошкоджує листки льону, обгризаючи їх з країв або з'їдаючи повністю, вони також нищать квіти, зав'язь, зелені коробочки і стебла, внаслідок чого зменшується кількість волокна.