- •Принципы классификации ферментов.
- •Понятие «moonlighting» ферментов.
- •Скорость химической реакции. Порядок реакции. Основные характеристики ферментативной реакции.
- •Понятие метаболон. Примеры метаболонов.
- •Требования к ферменту, образующему ядро метаболона и связывающемуся с подложкой:
- •Принципы взаимного расположения ферментов в метаболоне:
- •Теория переходного состояния.
- •Нуклеофильные и электрофильные группы ферментов. Участие в катализе.
- •Принципы классификации лиаз. Примеры лиазных реакций. Механизм альдолазной реакции.
- •Обзор методов наблюдения за ферментативной реакцией. Требования к проведению кинетических экспериментов.
- •Методы:
- •Характерные особенности метаболонов.
- •Основные этапы и направления развития энзимологии.
- •Билет 11.
- •Количественный анализ кооперативности.
- •Модель Моно-Шанже-Уайман
- •Колориметрические методы контроля ферментативной реакции. Примеры.
- •Принципы классификации ферментов.
- •Модели «изменяющейся центровой реактивности» олигомерных ферментов.
Понятие метаболон. Примеры метаболонов.
С глицеральдегидфосфатдегидрогеназой легко образуют молекулярные комплексы другие ферменты и внутриклеточные белки. Имеет ли это обстоятельство функциональное значение? Меняется ли субстратная специфичность фермента? Или это неспецифические белок-белковые взаимодействия? Ответить на эти вопросы трудно, так как выделенные из клетки как индивидуальные белки, так и их комплексы могут оказаться артефактом, результатом либо распада естественного комплекса, либо, наоборот, нехарактерного объединения изначально изолированных ферментов. Сами методы очистки - разведение, изменение состава среды - могут изменить естественное состояние фермента и его способность к регулирующим воздействиям. Постепенно накапливаются факты, убеждающие нас в реальности существования надмолекулярной структурной организации ферментов в живой клетке. В научной литературе все чаще можно встретить термин "метаболон" для обозначения комплексов функционально связанных ферментов основных метаболических путей. В этом направлении проводятся интенсивные научные исследования. Надмолекулярный комплекс ферментов гликолиза.
Особенности метаболона:
В структурной и функциональной иерархии биологических систем метаболон относится к уровню надмолекулярных структур, который расположен между уровнями биомакромолекул и клеточных органоидов.
Функция метаболона состоит в реализации определенного метаболического процесса, состоящего из совокупности метаболических реакций. Такие совокупности принято называть метаболическими системами. Таким образом, метаболон – это структура, объединяющая ферменты метаболической системы.
Метаболоны ассоциированы с клеточными структурами. Якорные белки, ответственные за ассоциацию метаболона со структурой сами могут входить в состав метаболона.
ПРИНЦИПЫ СБОРКИ МЕТАБОЛОНОВ (по А.Е. Любареву):
Метаболоны формируются на биологических подложках, в роли которых могут выступать биологические мембраны, цитоскелет, структурные белки мышц и т.п. Подложка содержит белок, который выполняет якорные функции, при этом якорный белок и "заякоренный" комплекс образуют единую систему.
Симметрия, которая должна соответствовать симметрии той структуры, на которой метаболон формируется. Преобладающими среди метаболонов должны быть структуры с осью симметрии третьего порядка.
Фермент, который связывается с якорным белком подложки, образует "ядро" метаболона и играет ключевую роль в формировании комплекса.
Требования к ферменту, образующему ядро метаболона и связывающемуся с подложкой:
Молекула фермента должна иметь наибольшие размеры среди ферментов метаболической системы, то есть иметь наибольшую поверхность.
Фермент должен быть способен адсорбироваться на мембране, сохраняя при этом каталитическую активность.
Фермент должен иметь ось симметрии третьего порядка или собираться в тримеры в адсорбированном состоянии.
Фермент должен проявлять способность к самоассоциации. Эта способность означает наличие у фермента "липких концов", которые в условиях in vivo могут насыщаться путем взаимодействия с якорным белком подложки и с другими ферментами метаболической системы.
Фермент должен быть чувствителен к действию "вторых посредников", так как он образует вместе с якорным белком подложки центр управления метаболона.
